Directives de soumission d'échantillons
Une étude organoïde complète, construite autour de votre question.
Apportez-nous l'objectif biologique ainsi que le matériel ou les données que vous avez déjà. Nous construisons le projet autour de la comparaison dont vous avez besoin, en intégrant le travail de modèle, les conditions expérimentales, le séquençage et l'analyse dans le même plan.
- Des résultats tissulaires aux résultats moléculairesnous évaluons la faisabilité du modèle, identifions les caractérisations pertinentes et planifions le matériel pour les expériences et le séquençage qui suivent.
- Des organoïdes établis à une réponse expérimentaleNous connectons votre histoire culturelle et l'évaluation de votre modèle avec les perturbations requises, les lectures moléculaires et les comparaisons.
- Des données existantes à une interprétation plus approfondieNous examinons la conception de l'étude, les fichiers et les métadonnées pour définir une réanalyse ou une intégration réalisable, sans répéter inutilement le travail déjà accompli.
Notre services de séquençage d'organoïdes fournir un composant d'analyse moléculaire dans le cadre de cette approche de projet plus large. Le plan de recherche peut aborder la biologie tumorale, le tissu épithélial normal ou des questions de développement, avec une évaluation de l'adéquation du modèle pour l'utilisation prévue.
Par exemple, une étude des réponses aux composés dans des organoïdes tumoraux dérivés de patients peut relier la caractérisation des modèles, les conditions d'exposition, les mesures de réponse et le profilage de l'ARN. Planifier ces éléments ensemble établit quels échantillons et quels points temporels doivent correspondre, afin que les résultats moléculaires puissent être interprétés en parallèle avec l'expérience plutôt qu'isolément.
Services d'Organoïdes Connectés dans un Plan de Recherche Unique
Les services ci-dessous sont des compétences que nous rassemblons pour réaliser votre projet de recherche. Nous établissons comment chaque activité sélectionnée contribue à la question, ce que nécessite la prochaine étape et comment ses résultats seront interprétés ; vous n'avez pas besoin de spécifier chaque technique avant de discuter d'une étude.
Services de développement de modèles organoïdes
Nous planifions le développement de modèles en fonction de l'origine tissulaire, de l'objectif expérimental et des besoins d'échantillonnage en aval. Relier la construction à la caractérisation et au profilage moléculaire aide à évaluer les caractéristiques requises par votre étude, plutôt que de considérer la croissance du modèle seule comme le point final.
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Services de caractérisation des organoïdes
La morphologie, les marqueurs tissulaires sélectionnés et les comparaisons moléculaires pertinentes établissent les preuves nécessaires pour évaluer l'adéquation du modèle. Nous relions ces observations à la conception expérimentale ultérieure, de sorte que les caractéristiques du modèle informent sur les comparaisons et les résultats de séquençage appropriés.
Services de séquençage et d'analyse d'organoïdes
Nous alignons la préparation du séquençage et la bioinformatique avec le modèle, les conditions expérimentales et la comparaison prévue. L'expression au niveau des échantillons, le profilage au niveau cellulaire, l'analyse spatiale ou l'évaluation des variants dans les régions codantes deviennent une partie des preuves de l'étude, avec une interprétation planifiée avant la génération des données.
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Services de dépistage de médicaments sur organoïdes
Connectez des études in vitro sur les composés, les concentrations ou les combinaisons avec le profilage d'expression où une interprétation moléculaire est nécessaire. Nous prévoyons des mesures de réponse et le séquençage des échantillons ensemble pour enquêter sur les voies associées aux conditions et identifier des questions pour des expériences de suivi.
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Services de co-culture de cellules immunitaires organoïdes
Pour les études d'interactions absentes d'un modèle épithélial seul, nous relions la co-culture de cellules immunitaires définies avec des observations fonctionnelles et un profilage moléculaire approprié. Cela relie le système expérimental à des preuves concernant les populations et les états d'expression qui changent dans les conditions d'étude.
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Services d'Organoïdes Épithéliaux Personnalisés
Nous alignons les configurations épithéliales, y compris la polarité ou les formats de monocouche dérivés d'organoïdes, avec des questions concernant l'orientation d'exposition ou la biologie liée aux barrières. Un échantillonnage moléculaire compatible est prévu parallèlement à l'expérience fonctionnelle, de sorte que le format de culture et la préparation du séquençage travaillent vers le même objectif.
Associez votre question de recherche au bon type de séquençage.
Lors de la planification du projet, nous aidons à déterminer si votre réponse nécessite des preuves au niveau des échantillons, au niveau des cellules, spatiales ou génétiques. Le test est sélectionné en tenant compte du modèle, des contrôles et de l'analyse, et non comme un achat technique isolé.
| Lecture | Meilleur pour | Pas pour / quand choisir un autre itinéraire |
|---|---|---|
| Séquençage d'ARN en vrac | Comparaison des changements d'expression moyenne et associés aux voies entre les conditions | Affecter un changement d'échantillon mixte à un type de cellule spécifique ; prendre en compte le profilage au niveau cellulaire lorsque cette distinction est importante. |
| Séquençage d'ARN à cellule unique ou à noyau unique | Examen de la composition cellulaire, de l'identité et des états d'expression | Retenir directement la position tissulaire originale de chaque cellule ; envisager un essai spatial compatible pour des questions dépendant de la localisation. |
| Transcriptomique spatiale | Relier les motifs d'expression aux régions de tissu préservées | En supposant que chaque essai résout des cellules individuelles ou fonctionne avec chaque préparation ; choisissez la méthode en fonction des besoins en tissu et en résolution. |
| Séquençage de l'exome complet | Comparaison des variantes de la région codante pertinentes pour la caractérisation du modèle | Démontrant une stabilité génomique complète ou une équivalence tissulaire totale ; à combiner avec d'autres caractérisations appropriées à la question. |
Pour les comparaisons d'expressions au niveau des conditions, nous pouvons incorporer séquençage d'ARNm dans le plan expérimental. Lorsque la composition cellulaire peut expliquer une différence d'expression apparente, séquençage d'ARN à cellule unique fournit une perspective au niveau cellulaire ; les conditions d'échantillonnage déterminent si une approche basée sur la cellule entière ou sur les noyaux est appropriée.
Là où le contexte tissulaire est important, notre services multi-omiques spatiales peut être considéré en parallèle avec les plans de préservation et d'allocation de sections. Une étude comparative des méthodes spatiales basées sur le séquençage montre pourquoi la sélection des tests doit prendre en compte la compatibilité des tissus et la performance effective, et pas seulement la résolution nominale. [5]
Pour des comparaisons génétiques pertinentes, nous connectons séquençage de l'exome entier avec la question de caractérisation plus large. Ses preuves de la région codante complètent, plutôt que de remplacer, la morphologie, l'évaluation de l'identité cellulaire et les observations fonctionnelles.
Discuter d'un plan de séquençage coordonné.: connectez les méthodes ci-dessus avec vos modèles, contrôles expérimentaux et résultats requis.
Planification d'échantillonnage qui relie chaque étape
Nous planifions les exigences d'échantillons selon le flux de travail convenu, pas seulement pour le prochain essai. L'origine du modèle, le stade de culture, les contrôles et la réplication biologique informent sur la manière dont le matériel est alloué et préservé, aidant à identifier les étapes de préparation incompatibles avant que les échantillons ne soient engagés.
| État d'entrée | Informations à fournir | Itinéraire potentiel | Confirmer avant soumission |
|---|---|---|---|
| Tissu ou organoïdes vivants | Origine, histoire culturelle, étiquettes de condition, évaluation des modèles disponibles | Développement de modèles, caractérisation ou préparation de séquençage | Faisabilité, allocation des matériaux, instructions de manutention et de transport |
| Cellules ou noyaux préparés | Méthode de préparation, état de conservation, mesures de qualité disponibles | Profilage d'expression cellulaire compatible au niveau cellulaire | Acceptation spécifique à l'essai et si la préparation pourrait biaiser les populations récupérées. |
| Sections d'organoïdes préservés | Méthode de conservation, préparation des sections, orientation et images disponibles | Analyse spatiale ou histologique compatible | Intégrité des tissus, compatibilité de la plateforme et allocation de matériel adjacent |
| ARN ou ADN extrait | Méthode d'extraction, quantité, évaluation de la qualité et cartographie des échantillons | Séquençage d'ARN compatible ou analyse de l'exome | Pertinence de l'entrée et si suffisamment de matériel reste pour le flux de travail convenu. |
| Données de séquençage existantes | Types de fichiers, informations de référence, feuille d'échantillons et analyses précédentes | Réanalyse ou intégration de jeux de données compatibles | Complétude des données, limitations de conception et nouvelle comparaison requise. |
Partagez les informations ci-dessus avant de collecter, de réparer, de dissocier ou d'expédier du matériel. Nous les utilisons pour définir les exigences de préparation spécifiques au projet et les transitions entre le travail sur les modèles et l'analyse moléculaire ; un seul seuil d'entrée ne peut pas couvrir tous les modèles et tests.
Les conditions de culture peuvent affecter les populations contenues dans un modèle, comme l'illustre le travail comparant les approches de différenciation des organoïdes cérébraux. [4] Nous intégrons les informations sur le lot de culture et le stade de développement dans le plan d'analyse afin que ces facteurs puissent être évalués lors de l'interprétation des différences expérimentales.
De la conception de l'étude aux résultats : comment nous gérons votre projet.
CD Genomics coordonne le travail expérimental et analytique convenu comme un projet de recherche unique. Chaque étape est planifiée en fonction des besoins de la prochaine étape, avec des relations entre les échantillons, des contrôles de qualité et la comparaison biologique finale intégrés dans le flux de travail.
- Définir l'étude et ses résultats. Nous traduisons votre objectif en une stratégie modèle, des comparaisons expérimentales, une approche de séquençage et un périmètre d'analyse, avec les résultats escomptés identifiés dès le départ.
- Préparez des modèles et des échantillons expérimentaux. Nous coordonnons le développement, la caractérisation et le travail d'essai du modèle convenu, en examinant l'adéquation et l'allocation des échantillons avant le traitement en aval.
- Générer des profils moléculaires. Nous relions les conditions expérimentales et les étapes d'échantillonnage avec une préparation spécifique à l'essai, des vérifications de bibliothèque et du séquençage, en conservant les identifiants nécessaires à la comparaison.
- Analyse et interprète dans le contexte. Nous évaluons la qualité des données et la conception de l'étude avant d'interpréter les différences d'expression, les populations cellulaires, les motifs spatiaux ou les variantes par rapport à la question de recherche convenue.
- Fournir les preuves de l'étude. Nous organisons les données convenues, les résultats et les enregistrements de méthode autour des comparaisons expérimentales, en expliquant les limites d'interprétation et les questions qui nécessitent une enquête plus approfondie.
Le périmètre d'analyse est établi lors de la conception du projet, de sorte que les données générées sont adaptées à la comparaison prévue. Il combine la documentation d'étude partagée avec les résultats d'analyse pertinents ; les matrices d'expression, les annotations cellulaires, les résultats spatiaux et les fichiers de variantes sont inclus selon le travail convenu, sans être automatiquement regroupés dans chaque projet.
Lorsque des données et des conceptions appropriées sont disponibles, la comparaison d'atlas de référence ou l'intégration entre essais peuvent étendre l'interprétation. La recherche sur l'atlas des organoïdes neuronaux illustre la valeur de la comparaison des états cellulaires modèles avec des informations de référence, tout en montrant pourquoi les différences entre les modèles nécessitent une interprétation. [1]
Résultats connectés pour votre prochaine décision de recherche
La valeur de votre projet réside dans la connexion entre les observations expérimentales et les preuves moléculaires. Nous organisons les résultats convenus afin que votre équipe puisse retracer un résultat jusqu'au modèle, aux conditions, à l'évaluation de la qualité et à l'analyse qui l'ont produit.
- Contexte d'étude: l'échantillonnage et la cartographie des conditions, les observations de modèles ou d'essais pertinentes, et les enregistrements de méthodes établissent ce qui a été comparé.
- Preuves moléculairesLes résultats spécifiques au flux de travail peuvent inclure des matrices d'expression, des annotations cellulaires, des résultats spatiaux ou des comparaisons de variantes, accompagnés de résumés de qualité pertinents.
- Interprétation biologiqueLes résultats de la comparaison et les visualisations montrent quelles conclusions répondent à la question initiale et où subsiste l'incertitude.
Les panneaux illustratifs ci-dessous montrent des types de résultats complémentaires, et non une exigence de réaliser chaque essai dans un même projet.
Comparer l'expression à travers les conditions
Une vue d'expression au niveau des conditions relie les groupes expérimentaux planifiés aux programmes génétiques associés à une perturbation. Nous interprétons ces motifs en tenant compte des informations de réplication et de qualité ; l'image ci-dessous est un exemple illustratif, et non des données expérimentales.
Examiner les populations et états cellulaires
Les visualisations au niveau cellulaire relient les populations de modèles aux preuves d'expression des marqueurs, aidant à distinguer les différences liées à la composition des changements au sein d'une population. L'annotation informe l'interprétation, mais la position des clusters à elle seule n'établit pas une lignée développementale.
Relier l'expression aux régions tissulaires
Les vues spatiales relient les motifs moléculaires à l'architecture du modèle préservée lors de la préparation de l'échantillon. Ces résultats sont interprétés à la résolution supportée par le test sélectionné ; le diagramme illustratif n'est pas un résultat de performance de la plateforme.
Planifiez votre étude sur les organoïdes avec CD Genomics. Partagez la question, le matériel de départ et le résultat dont vous avez besoin ; nous vous aiderons à définir le travail expérimental et analytique connecté pour y parvenir.
FAQ sur la recherche et le séquençage des organoïdes
Pouvez-vous soutenir un projet de recherche complet sur les organoïdes ?
Oui. Nous pouvons coordonner la planification des études, le développement et la caractérisation des modèles, les essais expérimentaux convenus, le séquençage et l'interprétation des données au sein d'un même projet. Le périmètre suit votre objectif de recherche, avec les étapes requises et leurs connexions définies avant le début des travaux.
Dois-je choisir les méthodes de séquençage avant de m'approcher de vous ?
Non. Commencez par la question et le matériel disponible ; nous aidons à définir l'approche appropriée. L'expression en vrac peut traiter les changements au niveau des conditions, tandis que le profilage au niveau cellulaire aide à distinguer les changements de composition des changements d'expression au sein d'une population.
Un lot d'organoïdes peut-il soutenir plusieurs tests ?
Potentiellement ; nous évaluons l'allocation entre les tests prévus avant le traitement. Les sections fixes, les cellules dissociées, les noyaux et les acides nucléiques extraits ne sont pas des intrants interchangeables, donc des portions séparées ou des cultures parallèles peuvent être nécessaires.
La séquence à elle seule établit-elle qu'un modèle est adapté ?
Aucun seul résultat ne détermine tous les aspects de l'adéquation du modèle. Nous planifions la caractérisation en fonction des caractéristiques génétiques, cellulaires, structurelles ou fonctionnelles requises par votre expérience, en reconnaissant que les organoïdes ne contiennent pas automatiquement tous les composants tissulaires d'origine.
L'analyse de l'expression génique peut-elle aider à interpréter un résultat de dépistage de médicaments ?
Nous pouvons planifier l'échantillonnage d'expressions parallèlement aux mesures de réponse in vitro pour étudier les changements moléculaires associés aux conditions, une approche illustrée dans la recherche sur les organoïdes de type glioblastome. [3] Ces associations génèrent des hypothèses ; elles ne prouvent pas à elles seules le mécanisme d'un composé.
Comment les répliques biologiques et les effets de lot doivent-ils être gérés ?
Nous abordons la réplication et la structure des lots lors de la conception de l'étude et intégrons les métadonnées pertinentes dans l'analyse. Les puits techniques ne constituent pas automatiquement des répliques biologiques indépendantes, et un ajustement statistique ne peut pas sauver chaque conception confondue.
Le projet peut-il commencer avec des organoïdes existants ou des données de séquençage ?
Oui, sous réserve de l'examen de l'état du modèle ou de la compatibilité des données. Nous définissons le travail restant en fonction de votre matériel existant et de votre objectif de recherche ; les étapes déjà complétées n'ont pas besoin d'être répétées, bien que les informations expérimentales manquantes puissent limiter l'analyse disponible.
Quelles informations sont nécessaires pour définir le périmètre d'un projet ?
Partagez l'objectif de recherche, le matériau de départ, les informations sur le modèle disponible et le résultat prévu. Nous utilisons ces éléments pour développer le périmètre de l'étude connectée, y compris les comparaisons expérimentales, la préparation des échantillons, le séquençage et l'analyse ; vous n'avez pas besoin d'arriver avec une spécification technique complète.
Étude de cas : Résolution de l'identité cellulaire dans des organoïdes rétiniens en développement
SourceWahle et ses collègues ont rapporté une étude indépendante sur les organoïdes rétiniens dans Biotechnologie de la Nature en 2023. Il s'agit d'une recherche externe, pas d'un projet client de CD Genomics. [2]
ContexteLes organoïdes en développement contiennent des populations cellulaires changeantes ; les identifier nécessite des preuves moléculaires au-delà de l'apparence générale.
MéthodesLes chercheurs ont combiné des profils de RNA unicellulaire et d'accessibilité de la chromatine au cours du temps, soutenus par des mesures conjointes à des étapes sélectionnées, pour étudier les identités cellulaires et les programmes de régulation génique.
RésultatsL'analyse a distingué les classes de cellules rétiniennes et les états de développement, et a lié les motifs d'expression aux relations de régulation des gènes candidats. La figure 3 présente les analyses axées sur le séquençage ; des approches d'imagerie distinctes ont contribué à des informations spatiales dans l'étude plus large.
ConclusionPour la conception de projet, l'étude souligne la valeur des modèles de planification, des étapes d'échantillonnage et des résultats moléculaires ensemble. Elle n'établit pas qu'un organoïde reproduit toutes les propriétés de son tissu source.
Références :
- He Z, et al. Un atlas transcriptomique intégré des organoïdes neuronaux humains. Nature. 2024;635:690–698.
- Wahle P, et al. Phénotypage spatiotemporel multimodal du développement des organoïdes rétiniens humains. Biotechnologie de la nature. 2023;41:1765–1775.
- Wang C, et al. Un atlas multidimensionnel des organoïdes humains semblables à des glioblastomes révèle des réseaux moléculaires hautement coordonnés et des médicaments efficaces.. npj Oncologie de Précision2024;8:19.
- Rosebrock D, et al. L'identité des cellules souches neurales corticales améliorée par l'inhibition courte de SMAD et de WNT dans des organoïdes cérébraux humains favorise l'émergence de cellules gliales radiales externes.. Nature Cell Biology. 2022;24:981–995.
- Vous Y, et al. Comparaison systématique des méthodes de transcriptomique spatiale basées sur le séquençage. Méthodes de la nature. 2024;21:1743–1754.