Directives de Soumission d'Échantillons
Aperçu – Qu'est-ce que l'Infinium GSA-24 ?
Le Infinium Global Screening Array-24 (Infinium GSA-24) est une plateforme de génotypage à haute densité développée par Illumina pour la recherche génétique à grande échelle. Elle fournit des données fiables et reproductibles à un coût inférieur et avec un délai d'exécution plus rapide par rapport au séquençage, ce qui en fait un choix privilégié pour les études nécessitant des milliers d'échantillons.
Contrairement au séquençage, qui est axé sur la découverte, l'Infinium GSA-24 se concentre sur variants génétiques connus et cliniquement pertinentsChaque BeadChip traite 24 échantillons d'ADN simultanément et interroge ~654 000 marqueurs, avec la flexibilité d'ajouter jusqu'à 100 000 SNP personnalisésCet équilibre entre une couverture génomique fixe et un contenu personnalisable garantit que la plateforme peut être adaptée à des objectifs d'étude variés.
Au-dessus 15 millions d'échantillons dans le monde entier ont été traités à l'aide de la famille de matrices Infinium GSA, établissant ainsi cet outil comme l'un des plus fiables en génétique humaine et en recherche translationnelle.
Spécifications
| Paramètre | Détails |
|---|---|
| Type d'essai | Microarray au format Infinium HTS |
| Automatisation | Compatible avec les chargeurs de matrice automatisés, les robots de manipulation de liquides. |
| Entrée ADN | 200 ng par échantillon |
| Instrumentation | Système iScan |
| Espèce | ADN humain |
| Nombre de marqueurs | ~654 027 marqueurs fixes (plus jusqu'à 100 000 modules personnalisés) |
| Capacité d'échantillon | 24 échantillons par tableau |
| Débit | Jusqu'à ~5 760 échantillons par semaine |
| Types de variantes | SNPs, variants structurels, CNVs |
Avantages de l'Infinium GSA-24
Haut débit
– 24 échantillons par BeadChip avec une capacité hebdomadaire allant jusqu'à ~5 760 échantillons.
Délai d'exécution rapide
– le flux de travail Infinium HTS rationalisé fournit des résultats en environ 3 jours.
Précision robuste
– >99 % de taux d'appel et 99,9 % de reproductibilité à travers divers types d'échantillons.
Pertinence mondiale
– optimisé pour une haute précision d'imputation à travers 26 populations du projet 1000 Génomes.
Utilité clinique
– variantes sélectionnées des bases de données ClinVar, NHGRI-GWAS, PharmGKB et ExAC.
Prêt pour la pharmacogénomique
– couverture complète des gènes ADME et des loci HLA.
Compatibilité avec un large éventail d'échantillons
– prend en charge l'ADN provenant du sang, de la salive, des écouvillons buccaux et des tissus FFPE.
Personnalisation flexible
– option d'ajouter jusqu'à 100 000 marqueurs spécifiques au projet via DesignStudio.
Flux de travail
Figure : Illustration schématique du flux de travail de génotypage Infinium GSA-24. Les échantillons d'ADN sont traités par hybridation, numérisation et analyse des données dans un processus rationalisé. processus.
Le Flux de travail Infinium GSA-24 est basé sur la chimie Infinium HTS d'Illumina, conçue pour la rapidité et la reproductibilité. Chaque étape est optimisée pour minimiser le temps de manipulation et maintenir une haute qualité des données.
Préparation de l'ADN – l'ADN génomique est amplifié et fragmenté.
Hybridation – Des fragments d'ADN se lient aux sondes sur le BeadChip.
Imagerie – le système iScan utilise une optique à double laser pour capturer des signaux fluorescents.
Génotypage Le logiciel GenomeStudio convertit les données d'intensité en appels SNP avec une précision de plus de 99 %.
Ce processus rationalisé permet études de population à grande échelle à être complété efficacement, avec des résultats prêts pour l'analyse d'association en aval et l'imputation.
Analyse de données
| Niveau d'analyse | Processus et livrables |
|---|---|
| Contrôle qualité de base et génotypage |
|
| Analyse différentielle |
|
| Annotation fonctionnelle |
|
| Analyse Génétique Avancée |
|
Résumé de la livraison
✅ Données génotypiques à haute confiance
Appels SNP soigneusement sélectionnés par des experts pour chaque échantillon, prêts pour une analyse ultérieure.
✅ Résumé du contrôle qualité
Comprend les taux d'appel d'échantillons globaux, les métriques de clusters par locus et l'évaluation des performances des échantillons.
✅ Visualisation de la fréquence des allèles
Graphiques de fréquence de l'allèle B (BAF) et de rapport log R (LRR) pour refléter la distribution des génotypes et détecter les CNV le cas échéant.
✅ Aperçu de la concordance
Résumé de la concordance par rapport aux ensembles de données de référence ou aux échantillons de validation internes (par exemple, rWGS ou standards 1KG).
✅ Ensemble de données imputées facultatif
Données de génotype projetées sur des variantes supplémentaires via une imputation de haute précision sur demande.
Comparaison entre GSA-24 et GDA-8
| Caractéristique | Kit d'Array de Dépistage Global Infinium-24 | Kit Infinium Global Diversity Array-8 |
|---|---|---|
| Type d'essai | Microarray au format Infinium HTS | Microarray Infinium LCG (format 8 échantillons) |
| Capacité d'échantillon par tableau | 24 échantillons | 8 échantillons |
| Nombre de marqueurs | ~654 027 marqueurs fixes ; jusqu'à 100 000 marqueurs personnalisés | ~1,8 million de marqueurs, y compris un contenu exonique et clinique étendu |
| Concentration sur le contenu d'information | Génome multiethnique à l'échelle du génome + variantes cliniques sélectionnées (ClinVar, PharmGKB, etc.) | Couverture clinique améliorée incluant les exons, les variants rares, les associations phénotypiques |
| Détection de CNV et couverture exomique | Limité ; principalement génotypage SNP | Détection de CNV haute résolution avec un accent sur les exons ; résolution moyenne d'environ 1,5 Mb |
| Débit | Élevé ; évolutif pour un débit à l'échelle de la population | Modéré ; format à 8 échantillons avec une haute efficacité par variante |
| Cas d'utilisation idéaux | GWAS, pharmacogénomique, profilage du risque de maladie, études multi-populations | Recherche clinique nécessitant une couverture approfondie des gènes de maladie, des CNV et des variants exoniques. |
| Compatibilité de la plateforme | Système Illumina iScan avec support d'automatisation | Système iScan compatible ; objectif d'un rendement par variante rentable. |
Pourquoi offrir les deux services ?
Le GSA-24 le service excelle dans génotypage à haut débit avec une large couverture de variantes multi-ethniques ; idéal pour les études de grande cohorte.
Le GDA-8 service, avec son ensemble de marqueurs plus dense et contenu exonique et clinique amélioréest mieux adapté à enquêtes approfondies et ciblées—tels que la découverte de variants détaillés, l'analyse des CNV et la recherche translationnelle/clinique.
Offrir les deux permet à CD Genomics de guider de manière flexible les clients vers l'array approprié en fonction de leurs taille d'échantillon, besoins en résolution des variantes et objectifs de l'étude.
Exigences d'échantillon
| Paramètre | Exigence |
|---|---|
| Quantité d'ADN d'entrée | ≥200 ng d'ADN génomique par échantillon |
| Concentration d'ADN | >50 ng/µL recommandé |
| Pureté (OD260/280) | 1,7–2,1, avec des bandes d'électrophorèse claires |
| Intégrité de l'ADN | ADN de poids moléculaire élevé >10 kb, dégradation minimale |
| Types d'échantillons acceptés | Sang, salive, écouvillons buccaux, tissu frais/congelé, tissu FFPE |
| Tampon/Stockage | Tampon TE ou eau sans nucléase (ddH₂O) |
| Conteneur | Tube microcentrifuge de 1,5 mL ou plaque à 96 puits, scellée avec un film |
| Conditions de stockage | –20 °C ou moins pour un stockage à long terme |
| Conditions de transport | 2–8°C avec des packs de glace pour la livraison locale ; expédition avec de la glace carbonique (< –20°C) pour les longues distances. |
Applications de génotypage Infinium GSA-24
Le Infinium Global Screening Array-24 (Infinium GSA-24) est une plateforme polyvalente qui prend en charge un large éventail d'applications de recherche :
Génétique des populations et analyse de l'ascendance
Exploite des marqueurs génomiques multi-ethniques à l'échelle du génome pour des études robustes de la structure des populations et de la cartographie des ancêtres.
Études d'association à l'échelle du génome (GWAS)
Idéal pour la découverte de variantes à grande échelle reliant des marqueurs génétiques à des traits complexes et des maladies.
Profilage du risque de maladie et découverte de biomarqueurs
Inclut des variantes sélectionnées de ClinVar, du catalogue NHGRI-GWAS, et d'autres pour une analyse de risque ciblée.
Pharmacogénomique et recherche sur la réponse aux médicaments
Caractéristiques des marqueurs liés à l'ADME et du contenu HLA/KIR pertinents pour le métabolisme des médicaments et la médecine personnalisée.
Caractérisation du mode de vie et du bien-être
Prend en charge la cartographie des traits, les panneaux de bien-être et les cas d'utilisation de la génomique des consommateurs avec des boosters personnalisables.
Initiatives de médecine translationnelle et de précision
Employé dans la recherche clinique pour la stratification des populations et la validation des cibles thérapeutiques.
Dépistage de variantes à haut débit
Permet un chargement flexible de grandes cohortes d'échantillons avec un flux de travail efficace de 3 jours et un traitement automatisé.
FAQs – Service de génotypage Infinium GSA-24
Q1 : Quelle est la précision de l'Infinium Global Screening Array-24 ?
L'Infinium GSA 24 démontre >99 % de concordance avec référence au séquençage de génome entier (rWGS) et aux ensembles de données de référence, avec plus de 82 % des tests atteignant une valeur prédictive positive (VPP) de 100 %—un standard aligné avec les besoins de dépistage clinique.
Q2 : Le GSA-24 peut-il traiter des échantillons de faible qualité ou avec un faible apport en ADN ?
Oui. L'array maintient d'excellentes performances même avec de faibles entrées d'ADN, préservant des taux d'appel élevés et une reproductibilité à travers les types d'échantillons, un avantage clé pour les études utilisant des échantillons cliniques dégradés ou limités.
Q3 : Quels types de recherche bénéficient le plus de l'Infinium GSA-24 ?
Cette plateforme prend en charge un large éventail d'applications, y compris les GWAS basés sur les SNP, le profilage du risque de maladie, la pharmacogénomique (ADME/HLA), la cartographie des ancêtres et les études translationnelles, le tout soutenu par une couverture multi-ethnique dense et des variants cliniques soigneusement sélectionnés.
Q4 : Quelles données reçois-je après l'exécution ?
Nous fournissons des appels de génotypes SNP à haute densité, des métriques de contrôle qualité, des ensembles de données imputés en option et des évaluations de fiabilité détaillées, prêtes pour des études d'association ou des pipelines de génomique clinique.
Q5 : Qu'est-ce que l'Accord Prédictif Positif (APP) et pourquoi est-ce important ?
Le PPA est la proportion de résultats d'array positifs confirmés par le séquençage de référence. Atteindre PPV = 100 % dans plus de 82 % des tests cela signifie que le GSA-24 identifie de manière fiable les vrais positifs, ce qui est essentiel pour avoir confiance dans l'interprétation des variants.
Q6 : Combien de SNPs l'Infinium GSA-24 comprend-il ?
Le Infinium Global Screening Array-24 (GSA-24) caractéristiques approximativement 654 027 marqueurs fixes, avec la possibilité d'incorporer jusqu'à 100 000 SNPs personnalisables pour des besoins d'étude sur mesure.
Q7 : Le GSA-24 est-il précis pour les marqueurs pharmacogénomiques ?
Oui. Le GSA-24 inclut des éléments sélectionnés. marqueurs pharmacogénomiques (PGx) provenant de bases de données telles que PharmGKB et ClinVar, garantissant une couverture cliniquement pertinente pour les gènes ADME, HLA et liés à l'immunité.
Étude de cas
1. Contexte
L'étude visait à valider le Infinium Global Screening Array-24 v3.0 (GSA-24) pour des applications judiciaires, suivant SWGDAM et Normes d'assurance qualité du FBI (QAS)L'objectif était de tester la précision, la sensibilité, la reproductibilité et l'adéquation pour des échantillons d'ADN dégradés ou à faible apport.
2. Méthodes
- La validation a utilisé des standards ADN (NA12878, NA24385, NA24631) avec des entrées allant de 200 ng à 0,2 ng.
- Les évaluations comprenaient la sensibilité, la précision, la répétabilité, la reproductibilité, la dégradation, la spécificité des espèces, la contamination et les mélanges.
- La concordance des génotypes a été mesurée par rapport aux données de référence NIST/Genome-in-a-Bottle (GIAB).
3. Résultats
- Les taux d'appel ont dépassé 99 % pour des entrées ≥ 1 ng et sont restés > 95 % à 0,2 ng.
- Les taux de concordance par rapport aux références GIAB étaient systématiquement élevés (moyenne de 99,2 %). Les répliques au sein de l'échantillon ont montré une reproductibilité >99,8 %.
- Dans les tests de mélange, les profils avec un ratio de 3:1 ont atteint 98,85 % de concordance et à 9:1 ont atteint plus de 99,99 % de concordance.
- Le tableau a montré une performance robuste même avec des échantillons difficiles ou dégradés.
Légende de la figure: "Taux d'appel et concordance à travers les niveaux d'entrée en ADN, démontrant la haute performance du GSA-24 v3.0 avec des entrées aussi faibles que 0,2 ng."
4. Conclusions
La validation confirme que Infinium GSA-24 v3.0 livre haute précision (>95% de taux d'appels à 0,2 ng), reproductibilité exceptionnelle (>99,8 %)et la robustesse face à des échantillons dégradés ou mixtes. Ces résultats soulignent sa fiabilité pour la recherche à haut débit, la criminalistique, la médecine de précision et les applications en génétique des populations.
Démonstration
