CD Genomics fournit des services d'analyse de données statistiques et bioinformatiques qui aident nos clients à expliquer de grandes quantités de données générées par le séquençage, le génotypage et les expériences de microarray.
Aperçu
Le séquençage de nouvelle génération a fondamentalement révolutionné les sciences biologiques et médicales. Un projet d'analyse de données de séquençage/microarray nécessite une planification minutieuse, une méthodologie éprouvée et des rapports concis. CD Genomics est une entreprise experte offrant des solutions bioinformatiques complètes dans tous les aspects du séquençage et du microarray. Nous fournissons des services d'analyse de données pour des données générées par une large gamme de plateformes de séquençage/microarray. Nous utilisons des algorithmes et des pipelines bioinformatiques à la pointe de la technologie et vous fournissons des figures de haute qualité prêtes à être publiées.
Notre personnel bioinformatique est composé de scientifiques de niveau doctorat formés aux langages informatiques, aux statistiques, à la bioinformatique, à la génétique et à la génomique. L'infrastructure logicielle pour l'analyse est une combinaison de logiciels sur mesure et de logiciels open-source. Nos services de bioinformatique prennent vos données brutes de nouvelle/troisième génération et vous fournissent des figures complètes personnalisées pour vos besoins de recherche ainsi qu'un support d'interprétation des données personnalisé. La gamme complète de services bioinformatiques de CD Genomics peut être une solution idéale pour vous.
Flux de travail bioinformatique
La technologie de séquençage à haut débit peut générer de nombreuses données avec une qualité hétérogène, et il n'existe pas de pipeline bioinformatique optimal pour tous les cas. Nous sommes spécialisés dans la personnalisation du pipeline bioinformatique pour vos projets spécifiques. Nous soutenons les entreprises et les groupes de recherche en transformant des idées en plans de projet concrets et en les mettant en œuvre, exploitant ainsi pleinement vos données.
- Flux de travail d'analyse des données NGS
(Roy et al. 2016)
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Le flux de travail bioinformatique général pour les données NGS comprend l'appel de bases (spécifique à la plateforme), le démultiplexage (optionnel), l'alignement des séquences et l'appel de variants. |
- Flux de travail d'analyse des données de microarray
(Afshari et al. 2010)
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Le flux de travail bioinformatique général pour les données de microarray comprend la correction des données pour le fond, la normalisation, le regroupement des motifs d'expression génique, la prédiction de classes et la prédiction de mécanismes biologiques. |
Gamme de services
Les services bioinformatiques de CD Genomics couvrent un large éventail d'applications en génomique, y compris, mais sans s'y limiter, à la génomique, la transcriptomique, l'épigénomique et le microarray.
| Analyse des données génomiques (séquençage ciblé, exome et génome entier) |
Métagénomique |
Analyse des données transcriptomiques |
Analyse des données épigénomiques |
Analyse des données de séquençage long |
Analyse des données de microarray |
| 1. Conception in silico d'un panel de gènes |
1. Séquençage RNA16S |
1. Vérifications de qualité des séquences |
1. Analyse des données ChIP-Seq (facteurs de transcription, histones) |
1. Contrôle de qualité et correction des erreurs |
1. Contrôle de qualité des données de microarray |
| 2. Vérifications de qualité des séquences |
2. Identification de la composition des communautés microbiennes |
2. Assemblage de transcriptome de novo |
2. Analyse des données de séquençage bisulfite (Methyl-Seq) |
2. Expression des gènes/gènes isoformes |
2. Analyse d'expression différentielle |
| 3. Assemblage de génome de novo |
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3. Analyse d'expression différentielle des gènes, isoformes et exons |
3. Analyse de méthylation différentielle dans les régions CpG et non-CpG |
3. Découverte de nouveaux gènes et identification d'isoformes complètes |
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| 4. Alignement des séquences par rapport aux génomes de référence |
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4. Analyse des gènes de fusion, des ARN circulaires et des événements de trans-épissage |
4. Analyse HiC |
4. Détection de nouveaux gènes de fusion et profils d'expression des isoformes de fusion |
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| 5. Appel, annotation et priorisation des variants (échantillons uniques, paires normal-tumeur appariées, trios familiaux) |
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5. Détection des ARN non codants longs |
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5. Expression spécifique des allèles et haplotypage |
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| 6. Analyse d'enrichissement en ontologie génique et en voies |
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6. Analyse d'enrichissement en ontologie génique et en voies |
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6. Assemblage de génome de novo |
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| 7. Analyse des CNV et des grandes réarrangements |
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7. Analyse de survie dépendante de l'expression génique |
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7. Assemblage de transcriptome de novo |
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| 8. Évolution clonale et hétérogénéité dans le cancer |
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8. Appel de méthylation, positionnement des nucléosomes et accessibilité de la chromatine | |
Nous avons deux options pour vous :
Analyse standard : Les résultats sont publiés sans que le service fournisse un contexte supplémentaire pour l'expérience (par exemple, liste des variations avec annotations, gènes exprimés différemment avec des données statistiques, sites de liaison, etc.). Dans cette situation, il est prévu que le coût de séquençage soit augmenté par un coût typique par échantillon.
Analyse avancée. Ici, l'objectif est d'examiner les faits tout en leur donnant également un contexte grâce à des conseils d'experts. En fait, le service travaille avec la conception de l'étude, crée des analyses ad hoc pour l'étude, recommande la meilleure façon de présenter les données, etc.
Nos avantages
- Bioinformatique personnalisée
- Compatible avec Illumina, Ion Torrent, PacBio SMRT et Nanopore
- Données et figures prêtes à être publiées
- Services de séquençage et de microarray précis disponibles
- Une équipe d'experts professionnelle et expérimentée
- Délai d'exécution rapide
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Références :
- Roy, S.; et al. Informatique de séquençage de nouvelle génération : défis et stratégies pour la mise en œuvre dans un environnement clinique. Archives de pathologie et de médecine de laboratoire, 2016, 140(9), 958–975.
- Afshari, C. A., Hamadeh, H. K., & Bushel, P. R. L'évolution de la bioinformatique en toxicologie : faire progresser la toxicogénomique. Sciences toxicologiques, 2010, 120(Supplement 1), S225–S237. doi:10.1093/toxsci/kfq373
À des fins de recherche uniquement, non destiné à un diagnostic clinique, un traitement ou des évaluations de santé individuelles.
Directives de Soumission d'Échantillons
