Système SNaPshot Multiplex pour le génotypage SNP

CD Genomics propose le génotypage SNP en utilisant le système multiplex SNaPshot, simple et abordable, pour permettre des résultats efficaces et rapides.

Qu'est-ce que le génotypage SNaPshot ?

Le système SNaPshot Multiplex est un système sophistiqué Génotypage SNP technologie développée par Applied Biosystems (ABI). Souvent appelée "mini-séquençage", cette méthode est basée sur des principes d'extension de base unique marqués par fluorescence. Elle excelle dans le génotypage de plusieurs polymorphismes à un seul nucléotide (SNP) simultanément au cours d'une seule réaction. La technologie de base de SNaPshot implique l'utilisation de didéoxynucléotides (ddNTP) marqués par fluorescence pour terminer l'extension des amorces d'ADN après l'ajout d'un nucléotide, permettant ainsi une détermination précise des SNP en fonction de la fluorescence émise.

Figure 1. Schéma du principe de l'essai SNaPshot.

Comment fonctionne un essai SNaPshot ?

L'essai SNaPshot fonctionne grâce à un flux de travail méthodique et efficace qui comprend plusieurs étapes cruciales :

• Conception de primersDes amorces spécifiques sont soigneusement conçues pour s'hybrider immédiatement en amont des sites SNP d'intérêt. Ces amorces varient en longueur, permettant de différencier les SNP lors des analyses ultérieures.
• PCR multiplexeDans cette étape, une réaction de polymérase en chaîne multiplex (PCR) est réalisée pour amplifier des régions contenant les SNP cibles. Cela implique l'utilisation de plusieurs amorces au sein d'une seule réaction pour générer des produits PCR qui englobent plusieurs loci SNP, augmentant ainsi le débit et l'efficacité.
• Extension à base uniqueDans le mélange de réaction, qui contient des enzymes de séquençage et quatre ddNTP fluorescents, les amorces subissent une extension d'une seule base. Chaque ddNTP est marqué avec un colorant fluorescent distinct correspondant à l'un des quatre nucléotides (adénine, thymine, cytosine, guanine), fournissant une signature unique pour chaque base.
• Détection et AnalyseLes produits étendus subissent une électrophorèse capillaire, où les signaux fluorescents émis par les ddNTPs sont détectés et enregistrés. L'électrophorogramme affiche des pics où la position de chaque pic correspond à l'emplacement du SNP et sa couleur identifie le nucléotide spécifique.
• Interprétation des donnéesLa sortie de l'électrophorogramme est analysée à l'aide d'un logiciel spécialisé pour déterminer les génotypes SNP en fonction des couleurs et des positions de pic distinctes.

Cette approche facilite l'analyse simultanée de jusqu'à 16 SNP dans une seule réaction, ce qui la rend très efficace pour les projets de génotypage à débit moyen.

Introduction du service de génotypage SNaPshot

CD Genomics propose des services de génotypage SNaPshot étendus, adaptés pour répondre à des besoins de recherche divers. En tirant parti de la technologie SNaPshot de pointe, CD Genomics garantit un génotypage SNP à haut débit avec une précision et une efficacité inégalées. Notre gamme de services comprend :

• Conception de primers sur mesure: Amorces spécifiquement conçues pour cibler vos SNP d'intérêt.
• PCR multiplex et extension à base uniqueDes protocoles optimisés garantissent des résultats précis et fiables.
• Électrophorèse capillaire avancéeUtilisation de technologies de pointe pour la détection précise des SNP.
• Analyse de donnéesInterprétation experte des électrophorogrammes utilisant des logiciels de pointe.

Notre service de génotypage SNaPshot prend en charge des projets impliquant l'analyse de 8 à 16 SNPs sur plusieurs centaines à des milliers d'échantillons, ce qui le rend particulièrement adapté aux études génétiques à grande échelle et aux applications.

Avantages du service de génotypage SNaPshot

Le génotypage SNaPshot offre plusieurs avantages distincts :

• Haute PrécisionLa méthode SNaPshot atteint un taux de précision allant jusqu'à 99,9 %, offrant un génotypage SNP précis qui rivalise avec les méthodes de séquençage traditionnelles en termes de fiabilité.
• Multiplexage simultanéCapable d'analyser jusqu'à 16 SNPs en une seule réaction, réduisant ainsi de manière significative le temps et le coût associés à l'analyse génétique.
• FlexibilitéAdaptable à une large gamme de quantités d'échantillons, de quelques centaines à plusieurs milliers, s'adaptant à des échelles de recherche variées.
• Applicabilité largeEfficace pour différents types de SNP, y compris ceux impliqués dans des traits génétiques complexes, sans les limitations imposées par les caractéristiques de polymorphisme des SNP.
• ÉconomiqueComparé aux approches de séquençage complet, SNaPshot offre une solution économique pour le génotypage à haut débit, fournissant des résultats de haute qualité à un coût inférieur.

Applications du génotypage SNaPshot

La technologie de génotypage SNaPshot trouve des applications dans divers contextes de recherche et cliniques, y compris :

• Études d'association génétiqueIdentifier des variants génétiques associés à des maladies ou des traits.
• Génétique des populations: Enquête sur la diversité génétique et les relations évolutives au sein et entre les populations.
• PharmacogénomiqueExplorer les facteurs génétiques qui influencent les réponses aux médicaments, essentiel pour la médecine personnalisée.
• Génétique agricoleAméliorer les programmes de reproduction en identifiant des marqueurs génétiques liés à des traits souhaitables chez les cultures et le bétail.

La polyvalence et la précision de SNaPshot en font un outil inestimable tant dans la recherche académique que dans les études génétiques appliquées, offrant des capacités robustes pour une multitude d'investigations génétiques.

Flux de travail de génotypage SNaPshot

Tout d'abord, les amorces sont utilisées pour amplifier le fragment cible des SNP, et l'Exo I ainsi que la phosphatase alcaline de crevette (SAP) sont ajoutés aux produits d'amplification pour digérer les amorces et les dNTPs restants. Ensuite, les produits purifiés sont utilisés comme modèles, et la PCR est réalisée en utilisant l'enzyme de séquençage, quatre ddNTP marqués par fluorescence et les amorces d'extension terminale 5' proches du site SNP. Les amorces s'étendent d'une seule base. Après le séquenceur ABI, les loci SNP correspondants sont déterminés en fonction de la position et de la couleur du pic. Selon la couleur du pic, nous pouvons connaître le type de base et identifier la séquence génétique de l'échantillon. Cela est généralement utilisé pour l'analyse de 3 à 30 sites SNP. Un système typique de SNaPshot Multiplex pour le génotypage SNP est présenté comme suit :

Spécifications du service

	Exigences d'échantillon ADN génomique, tissu frais, sang, échantillons de cellules ADN génomique : Volume ≥20 μL, concentration ≥50 ng/µL Sang ≥1 ml Cellule ≥ 106 Tissu ≥ 300 mg, Les échantillons d'ADN doivent avoir un rapport OD260/280 aussi proche que possible de 1,8 à 2,0. Tout l'ADN doit être traité avec de l'ARNase et ne doit montrer aucune dégradation ni contamination. Remarque : Les montants d'échantillons sont indiqués à titre de référence uniquement. Pour des informations détaillées, veuillez contactez-nous avec vos demandes personnalisées.
Cliquez	Stratégie de séquençage Analyseur d'ADN ABI PRISM 3700
	Analyse bioinformatique Nous proposons plusieurs analyses bioinformatiques personnalisées : Logiciel ABI Genescan™ Recherche sur les maladies : analyse de liaison et études d'association Identification humaine : tests judiciaires et de paternité Recherche en diagnostic moléculaire : tests du syndrome de l'X fragile, de la fibrose kystique (FK) et de la perte d'hétérozygotie (LOH) Élevage de bétail : tests de parenté animale et génotypage animal Typage agricole et microbien : technique de polymorphisme de longueur de fragment amplifié (AFLP®) Remarque : Les sorties de données et les contenus d'analyse recommandés affichés sont à titre de référence uniquement. Pour des informations détaillées, veuillez contactez-nous avec vos demandes personnalisées.

Pipeline d'analyse

Livrables

• Fichiers de données brutes (.fsa)
• Fichiers d'électrophorogramme (.pdf)
• Séquences d'amorces utilisées dans les systèmes d'amplification et de réaction
• Résultats de génotypage (.excel)

Avec des compétences en bioinformatique professionnelles, CD Genomics offre des services de haute qualité. Génotypage SNP services pour vous. Si vous avez des questions, n'hésitez pas à nous contacter.

Les résultats partiels sont affichés ci-dessous :

1. SNaPshot peut-il détecter la contamination des échantillons ?

Oui, l'essai SNaPshot peut identifier la présence de contamination par de l'ADN exogène en analysant les rapports de hauteur des pics doubles dans l'électrophorogramme. Cette méthode fournit un moyen fiable d'évaluer l'intégrité de l'échantillon.

2. La méthode SNaPshot peut-elle détecter des polymorphismes inconnus ?

Oui, la méthode SNaPshot est capable de détecter des polymorphismes inconnus, à condition que les séquences flanquant le site de mutation soient connues. Cela permet une identification précise des bases au site cible.

3. SNaPshot peut-il être utilisé pour l'analyse des SNPs à l'échelle du génome entier ?

Le test SNaPshot est conçu pour le génotypage ciblé des SNP, ce qui le rend très efficace pour l'analyse de SNP spécifiques plutôt que pour effectuer une analyse complète des SNP à l'échelle du génome. Pour des études génomiques étendues nécessitant un examen large des SNP à travers l'ensemble du génome, d'autres technologies telles que les puces à SNP ou séquençage de nouvelle génération (NGS) offrir une meilleure couverture et un débit plus élevé.

TIMD4 Le SNP rs6882076 est associé à des niveaux réduits de triglycérides et au risque de maladie coronarienne et d'accident vasculaire cérébral ischémique.

Journal : Revue Internationale des Sciences Médicales

Facteur d'impact : 3,2

Publié : 2 juin 2019

Contexte

La maladie coronarienne (MC) et l'accident vasculaire cérébral ischémique (AVC) sont des problèmes de santé majeurs liés à l'athérosclérose et à des facteurs de risque communs. Cette étude a examiné le TIMD4 SNP rs6882076 utilisant la technologie Snapshot chez 1 765 individus (581 avec une cardiopathie coronarienne, 559 avec un AVC ischémique, et 625 témoins) pour explorer son association avec la cardiopathie coronarienne, l'AVC ischémique et les niveaux de lipides sériques.

Matériaux et Méthodes

Résultats

L'étude a comparé les caractéristiques cliniques et génétiques entre les patients atteints de CHD ou d'IS et des témoins en bonne santé. Elle a révélé que les patients atteints de CHD ou d'IS avaient un poids corporel, un IMC, une pression artérielle systolique, des triglycérides (TG) et des taux d'hypertension plus élevés, mais un cholestérol total (CT), un HDL-C, un ApoA1 et un ratio ApoA1/ApoB plus faibles par rapport aux témoins. TIMD4 Le SNP rs6882076 a montré des fréquences génotypiques et alléliques différentes entre les patients et les témoins. Les porteurs de l'allèle T avaient un risque réduit à la fois de CHD et d'IS. Chez les témoins, les porteurs de l'allèle T avaient des niveaux de TG plus bas par rapport aux non-porteurs, bien que cela n'ait pas été significatif chez les patients atteints de CHD ou d'IS. L'analyse multivariée a identifié la consommation d'alcool, un IMC élevé et l'hyperlipidémie comme des facteurs de risque pour à la fois CHD et IS, tandis que le tabagisme était un facteur de risque pour CHD mais pas pour IS.

Tableau 2 Fréquences génotypiques et alléliques de la TIMD4 SNP rs6882076 et le risque de CHD et IS [n (%)]

Tableau 3 Le TIMD4 SNP rs6882076 et le risque de CHD et d'IS selon le sexe, l'âge, l'indice de masse corporelle, le statut tabagique et la consommation d'alcool.

Conclusion

Le TIMD4 Le SNP rs6882076 est associé à des niveaux de triglycérides sériques (TG) plus bas et à un risque réduit de maladie coronarienne (MC) et d'accident vasculaire cérébral ischémique (AVC) dans la population Han du Sud de la Chine. Les porteurs de l'allèle T ont un risque diminué pour les deux conditions et des niveaux de TG plus bas par rapport aux non-porteurs. Cela suggère que le SNP pourrait réduire le risque de MC et d'AVC en abaissant les niveaux de TG sériques.

Référence

1. Khounphinith E, Yin RX, Cao XL, et al. TIMD4 Le SNP rs6882076 est associé à des niveaux réduits de triglycérides et au risque de maladie coronarienne et d'accident vasculaire cérébral ischémique. Journal International des Sciences Médicales2019, 16(6):864.