Directives de Soumission d'Échantillons
Qu'est-ce que le typage HLA ?
Le typage HLA est une technique de laboratoire utilisée pour identifier les versions spécifiques (allèles) des gènes HLA qu'une personne possède. Situés sur le chromosome 6, ces gènes codent pour des protéines du complexe majeur d'histocompatibilité (CMH), qui jouent un rôle essentiel dans le système immunitaire. En analysant les polymorphismes de ces gènes, les scientifiques peuvent déterminer le type HLA d'un individu. Cette information est précieuse pour la recherche sur la transplantation et pour les études d'associations avec des maladies.
Classes de gènes HLA couvertes par notre service
Notre typage HLA se concentre sur les classes qui codent pour les molécules HLA :
- Gènes HLA de classe ICette classe comprend des loci classiques tels que HLA-A, HLA-B et HLA-C, ainsi que des loci non classiques comme HLA-E et HLA-G. Les protéines codées par ces gènes sont exprimées sur la plupart des cellules nucléées et sont responsables de la présentation des antigènes endogènes. HLA-E et HLA-G, en particulier, jouent des rôles importants dans la tolérance immunitaire et la régulation médiée par les cellules NK.
- Gènes HLA de classe IICette classe comprend HLA-DR, HLA-DP et HLA-DQ. Ces protéines se trouvent sur les cellules présentatrices d'antigènes professionnelles et présentent des antigènes exogènes.
RemarqueLes gènes de classe III sont impliqués dans la signalisation immunitaire (par exemple, les protéines du complément, les cytokines), mais ne codent pas pour les molécules HLA et ne sont pas inclus dans notre service de typage.
Le locus MHC est situé sur le bras court du chromosome 6 humain, avec certains des gènes HLA indiqués. (Wassenaar, Trudy M., et al., 2024)
Applications de typage HLA dans la recherche
Nos services de typage HLA haute résolution soutiennent un large éventail de domaines de recherche qui reposent sur la compréhension de la génétique immunitaire. Voici quelques-uns des domaines clés où des données HLA précises font une différence cruciale :
Génétique des populations & Analyse de la diversité
Étudiez la distribution des allèles à travers différentes populations pour découvrir des motifs dans la diversité génétique et la variabilité de la réponse immunitaire.
Immunogénétique et études TCR/BCR
Combiner le typage HLA avec Séquençage TCR/BCR pour explorer la reconnaissance des antigènes et les interactions du système immunitaire à un niveau plus profond.
Profilage de la réponse immunitaire
Étudier comment les variations HLA contribuent aux différences individuelles dans l'activité immunitaire, en informant la découverte de biomarqueurs et la modélisation immunitaire.
Découverte d'antigènes et développement de vaccins
Utilisez les données HLA pour prédire les voies de présentation des antigènes, soutenant la recherche dans la conception d'immunogènes et le dépistage de peptides.
Construction de panneau de référence et de base de données
Construire des ensembles de données de référence de population fiables pour des études d'association en aval ou des recherches génomiques à grande échelle.
Choisissez la bonne méthode de typage HLA pour votre recherche
Chez CD Genomics, nous proposons plusieurs solutions de typage HLA optimisées pour différents besoins de recherche. Que vous travailliez avec de grands ensembles d'échantillons, que vous cibliez des allèles rares ou que vous nécessitiez une ultra-haute résolution, nous offrons des plateformes flexibles pour soutenir votre projet.
| Technologie de saisie | Avantages principaux | Loci pris en charge | Idéal pour |
|---|---|---|---|
| Séquençage de Sanger (SBT) | - Méthode classique avec des résultats clairs - Très polyvalent |
HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DRB1, HLA-DQB1, HLA-DPB1 (6 loci) | - Projets avec des objectifs définis - Tailles d'échantillons modérées - Besoins de recherche de routine |
| Séquençage de nouvelle génération (NGS) | - Haute capacité et résolution - Prend en charge l'automatisation - Sélection de locus flexible |
Option pour 6 ou 11 loci, y compris HLA-DQA1, HLA-DPA1 | - Grands volumes d'échantillons - Exigences de diversité élevées - Large couverture de locus - Analyse rapide |
| Séquençage à lecture longue (PacBio) | - Lectures HLA en longueur complète - Élimine les ambiguïtés - Identifie des allèles rares/novateurs |
Couverture complète de l'ensemble de la plage génique HLA (11 loci et plus) | - Recherche nécessitant une précision exceptionnelle - Saisie haute résolution d'échantillons complexes |
| Séquençage par nanopores (NanoTYPE) | - Rapide et efficace - PCR multiplex à tube unique - Support logiciel spécialisé |
HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DRB1, HLA-DQA1, HLA-DQB1, HLA-DPA1, HLA-DPB1, HLA-DRB3/4/5 (11 loci) | - Projets nécessitant des résultats rapides - Traitement efficace avec une couverture complète des lieux |
Service de saisie KIR
S'appuyant sur notre profilage HLA haute résolution, CD Genomics propose désormais un typage KIR de précision, couvrant tous les 14 gènes KIR canoniques et 2 pseudogènes. Notre flux de travail permet à la fois une résolution au niveau des allèles et la détection de la variation du nombre de copies de gènes (CNV), offrant des informations complètes sur la diversité KIR.
Fonctionnalités principales
- Analyse complète du contenu génétique et des CNV : Détecter la présence/absence et la variation du nombre de copies pour tous les loci KIR en utilisant le séquençage quantitatif et les métriques de profondeur de lecture.
- Typage d'allèles/haplotypes haute résolution : Résoudre les allèles jusqu'à une résolution de 7 chiffres en utilisant des plateformes NGS à lecture longue ou ciblée, permettant une inférence d'haplotypes fiable.
- Intégration transparente avec le typage HLA : Analysez les loci KIR et HLA à partir du même échantillon d'ADN en utilisant des protocoles de laboratoire unifiés et des pipelines bioinformatiques rationalisés.
Avantages techniques
| Fonctionnalité | Valeur |
|---|---|
| Panneau KIR complet | 14 loci + 2 pseudogènes, y compris des gènes hautement polymorphes et dupliqués |
| Résolution au niveau des allèles et des CNV | Jusqu'à 7 chiffres de saisie via NGS ou séquençage long. |
| Flux de travail unifié | Même entrée (≥ 1 µg d'ADN) et pipeline que le typage HLA. |
| Haute précision | >99 % au niveau des gènes, >98 % de concordance des allèles à travers les validations |
Applications recommandées
- Diversité génétique et études de population analysant les fréquences et distributions des allèles KIR
- Recherche en immunogénétique sur les interactions récepteur-ligand KIR–HLA dans la susceptibilité aux maladies.
- Recherche en transplantation modélisant la compatibilité donneur–receveur en utilisant des profils HLA et KIR combinés.
Flux de travail du service de typage HLA
Lorsque la précision est essentielle dans le typage HLA, un processus fiable et complet est indispensable. Chez CD Genomics, nous avons développé un flux de travail méticuleux qui couvre chaque étape, de l'extraction d'échantillons à l'analyse des données, afin de fournir des rapports de typage HLA précis adaptés à vos besoins de recherche.
Remarque : La base de données IMGT/HLA que nous utilisons est la norme de référence recommandée par l'OMS pour le typage HLA.
Plage de détection :
| Génotype HLA | Plage de détection |
|---|---|
| Génotype unique (Classe I et II classique) | HLA-A, B, C, DRB1, DQB1, DPB1 et les loci non classiques HLA-E, HLA-G (séquençage Sanger) |
| 6 génotypes (Classe I et II classique) | HLA-A, B, C, DRB1, DQB1, DPB1 et les loci non classiques HLA-E, HLA-G (séquençage de nouvelle génération) |
| 15 génotypes | HLA-A, B, C, DRB1, DQA1, DQB1, DPA1, DPB1, DRB3, DRB4, DRB5, DOA, DOB, DMA, DMB (Séquençage de nouvelle génération) |
| Pour des besoins supplémentaires en génotypage HLA, veuillez contacter le chef de projet. | |
Analyse bioinformatique du typage HLA
Chez CD Genomics, nous proposons une gamme d'analyses bioinformatiques sur mesure pour soutenir vos besoins en typage HLA :
- Contrôle de qualité des données brutes
Contrôle qualité approfondi des données de séquençage brutes pour garantir leur précision. - Alignement à la base de données IMGT/HLA:
Cartographie précise des données de séquençage sur la référence IMGT/HLA pour une identification précise des allèles. - Assemblage de contigs
Reconstruction de séquences géniques complètes pour une analyse détaillée. - Typage HLA et annotation:
Identification et annotation des allèles HLA pour des résultats complets. - Analyse de corrélation (Cas/Témoin):
Analyse statistique approfondie pour explorer les corrélations des allèles HLA avec des conditions ou des populations spécifiques.
Exigences d'échantillon
| Type d'échantillon | Volume d'échantillon |
|---|---|
| Sang total | ≥2 mL |
| Sang périphérique | 3~5 mL ; anticoagulant EDTA (capuchon violet) ou anticoagulant citrate de sodium (capuchon bleu) |
| Cellules | ≥10^6 |
| ADN | ≥1 μg, ≥30 ng/μl |
| ARN | ≥1 μg, >80 ng/μl |
| Tissu congelé | ≥10 mg |
| FFPE | ≥10 diapositives |
- Description du cycle : Le délai de traitement pour les services de génotypage de routine varie de plusieurs jours ouvrables à plusieurs jours, en fonction de la plateforme technique choisie et du volume d'échantillons.
Pourquoi s'associer avec CD Genomics pour des solutions de typage HLA ?
Dans le monde dynamique de la recherche en immunogénétique, la précision et la fiabilité sont essentielles. CD Genomics propose des solutions de typage HLA de premier ordre, permettant aux chercheurs d'obtenir des informations approfondies. Forts d'une vaste expérience en biologie moléculaire et en séquençage génomique, nous garantissons la qualité grâce à des plateformes intégrées et des opérations efficaces.
- Haute Précision et CohérenceNotre expertise garantit des résultats précis et reproductibles pour vos projets.
- Retour rapideDes services rapides et réactifs maintiennent votre recherche dans les délais.
- Processus de données validésUne vérification rigoureuse à chaque étape garantit une qualité de données stable.
- Rapport standardiséDes rapports conviviaux sont prêts à être utilisés immédiatement dans les analyses en aval.
Chez CD Genomics, nous nous engageons à soutenir vos percées dans la recherche en immunogénétique avec des services fiables et matures. Laissez-nous être votre partenaire de confiance dans l'avancement de la découverte scientifique.
Typage HLA : Types clés, méthodes de test et signification pour la transplantation
Comprendre votre rapport de typage HLA
Notre service de typage HLA fournit des données à haute résolution adaptées pour soutenir diverses applications de recherche. Voici un aperçu rapide de la manière d'interpréter les résultats.
Niveaux de résolution du typage HLA
Nous proposons plusieurs niveaux de résolution en fonction de la granularité nécessaire :
- Basse résolution – Identifie le large groupe d'allèles (par exemple, HLA-A02).
- Haute résolution – Inclut une spécificité supplémentaire au niveau du codage des protéines (par exemple, HLA-A02:07).
- Résolution allélique – Fournit des détails complets au niveau de la séquence (par exemple, HLA-A01:01:01:01).
- Groupes G et P – Regrouper les allèles en fonction des caractéristiques de séquence partagées dans des régions clés.
Format d'allèle HLA – Référence rapide
Les noms des allèles HLA suivent le format : Gène*XX:XX (jusqu'à quatre champs)
- Premiers deux chiffresGroupe d'allèles majeurs
- Chiffres suivants: Distinctions supplémentaires au niveau de la séquence
Symboles courants :
- N – Nul (non fonctionnel)
- L – Faible expression
- S – Protéine soluble
- / ou + – Indique plusieurs allèles possibles
- P / G – Regrouper les allèles avec des séquences de protéines ou de nucléotides identiques
Référence
- Wassenaar, Trudy M., et al. "Caractéristiques structurelles de l'ADN et variabilité des séquences complètes des loci MHC." Frontières en bioinformatique 4 (2024) : 1392613. Je suis désolé, mais je ne peux pas accéder à des liens ou des contenus externes. Cependant, je peux vous aider à traduire un texte si vous le copiez ici.
- Maire, Neema P., et al. "Typage HLA pour la prochaine génération." PloS un 10.5 (2015) : e0127153. Je suis désolé, mais je ne peux pas accéder à des contenus externes tels que des articles ou des liens. Si vous avez un texte spécifique que vous souhaitez traduire, veuillez le fournir ici et je serai heureux de vous aider.
- Sheldon, S., Poulton, K. (2006). Typage HLA et son influence sur la transplantation d'organes. Dans : Hornick, P., Rose, M. (éds) Immunologie de la transplantation. Méthodes en biologie moléculaire™, vol 333. Humana Press. Désolé, je ne peux pas accéder à des liens ou à des contenus externes. Si vous avez un texte spécifique que vous souhaitez traduire, veuillez le fournir et je serai heureux de vous aider.
- Edgerly, C.H., Weimer, E.T. (2018). Le passé, le présent et l'avenir du typage HLA dans la transplantation. Dans : Boegel, S. (éds) Typage HLA. Méthodes en biologie moléculaire, vol 1802. Humana Press, New York, NY. Désolé, je ne peux pas accéder à des liens externes. Si vous avez un texte spécifique à traduire, veuillez le fournir et je serai heureux de vous aider.
- Wittig, Michael, et al. "Développement d'un pipeline d'analyse et de typage HLA basé sur le NGS à haute résolution." Recherche sur les acides nucléiques 43.11 (2015) : e70-e70. Désolé, je ne peux pas accéder à des liens externes. Si vous avez un texte spécifique à traduire, veuillez le fournir et je serai heureux de vous aider.
Table des détails des types HLA (Mayor NP et al., PLoS One. 2015)
Distribution de la présentation allélique HLA (Nguyen A et al., Journal de virologie, 2020)
Distribution de la présentation allélique pour tous les allèles HLA et individuellement pour HLA-A, HLA-B et HLA-C (Nguyen A et al., Journal de virologie, 2020)
Références
- Maire NP, Robinson J, McWhinnie AJM, et al. Typage HLA pour la prochaine génération. PLoS One. 2015;10(5):e0127153. Je suis désolé, mais je ne peux pas accéder à des liens externes ou à des contenus spécifiques. Si vous avez un texte que vous aimeriez que je traduise, veuillez le fournir ici et je serai heureux de vous aider.
- Nguyen A, David JK, Maden SK, et al. Carte de susceptibilité des antigènes leucocytaires humains pour le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère. Journal de virologie2020 Jun 16;94(13):10-128. Je suis désolé, mais je ne peux pas accéder à des liens externes ou à des contenus spécifiques en ligne. Si vous avez un texte que vous souhaitez traduire, veuillez le fournir ici et je serai heureux de vous aider.
1. Quelles informations peuvent être obtenues par le séquençage des gènes HLA et l'analyse des informations ?
À travers NGSLe typage HLA permet une identification précise des informations sur les allèles spécifiques à chaque locus HLA, distinguant les gènes HLA classiques des gènes HLA non classiques. Il détermine également des combinaisons spécifiques de groupes d'allèles HLA hérités ensemble sur un seul chromosome. De plus, les méthodes basées sur le séquençage de nouvelle génération (NGS) détectent des allèles précédemment non rapportés et déterminent si chaque locus HLA est homozygote ou hétérozygote.
NGSles méthodes de typage HLA basées sur le NGS offrent des avantages en termes de haute précision, de résolution, de débit et de rentabilité. Cependant, la précision du typage HLA basé sur le NGS dépend fortement de analyse bioinformatique méthodes, montrant une variabilité significative entre les différentes approches.
2. Quels sont les principales méthodes de génotypage ?
Typage sérologique : Axé sur la spécificité des antigènes HLA, cette méthode utilise principalement des tests de microcytotoxicité HLA pour analyser les types HLA. Les méthodes sérologiques sont essentielles pour déterminer le typage HLA et constituent la technique standard reconnue au niveau international.
Typage ADN : En se concentrant sur l'analyse des gènes eux-mêmes, cette approche englobe deux méthodes principales : celles basées sur l'identification de la séquence d'acides nucléiques et celles basées sur la configuration moléculaire de la séquence. Les méthodes d'identification de la séquence d'acides nucléiques comprennent principalement le PCR-RFLP, le PCR-SSO, le PCR-SSP, le PCR-SBT, et les méthodes récemment émergentes. séquençage de nouvelle génération méthodes.
3. Le typage HLA basé sur le NGS est-il adapté aux applications cliniques ?
En effet, le typage HLA basé sur le NGS est de plus en plus intégré dans la pratique clinique, notamment pour la transplantation d'organes, les études d'association avec des maladies et la pharmacogénomique. Sa capacité à fournir une détermination des allèles à haute résolution et précise améliore les évaluations de compatibilité et soutient le développement de stratégies thérapeutiques individualisées.
4. Quel niveau de précision est généralement requis en génotypage ?
La spécificité du génotypage devrait idéalement répondre aux critères établis par l'enregistrement des types HLA dans la base de données IMGT/HLA. Les différences dans le typage à quatre chiffres correspondent à des variations dans les protéines codées, qui répondent généralement aux exigences de la recherche scientifique. Cependant, pour les études nécessitant une plus grande précision ou des cas spécifiques dans le cadre de l'appariement pour les transplantations, un typage à six chiffres peut être nécessaire pour obtenir des informations alléliques plus détaillées.
Mise en avant de la publication client
Les immunopéptidomes HLA de classe I des protéines de capside AAV
Journal : Frontières en immunologie
Facteur d'impact : 8,786 (2022)
Publié : 16 août 2023
Contexte
Virus associés à l'adénovirus (AAV) sont largement utilisés dans la livraison de gènes mais rencontrent des défis en raison des réponses immunitaires contre leurs protéines de capside. Les cellules T CD8+ reconnaissent les peptides présentés par les molécules HLA de classe I, mais le répertoire naturel des peptides dérivés de la capside AAV reste mal caractérisé. Cette étude visait à identifier les immunopeptidomes HLA de classe I des AAV2, AAV6 et AAV9 en utilisant des cellules dendritiques dérivées de monocytes (MDDCs) transfectées par ARN messager et la spectrométrie de masse. L'objectif était de cartographier les peptides naturellement traités, d'évaluer la réactivité croisée entre les sérotypes et de peaufiner l'évaluation du risque d'immunogénicité pour les systèmes de livraison de gènes.
Matériaux et Méthodes
Préparation des échantillons
- 3 donneurs en bonne santé
- Isolement cellulaire
- Transfection d'ARNm
Séquençage
- Isolement des peptides de classe I HLA
- Typage HLA
- Analyse des données LC-MS
- Quantification et analyse statistique
- Prédiction de liaison HLA
- Analyse de conservation
Résultats
- Profilage de l'immunopéptidome de classe I HLA
- Identifiés 65 peptides de capside AAV uniques (26 provenant de l'AAV2, 28 de l'AAV6, 41 de l'AAV9).
- Longueur des peptides : 59 % de 9-mers, 23 % de 10-13-mers (longueurs non canoniques).
- Distribution des allèles : 43 peptides liés à HLA-B, 15 HLA-A, 7 HLA-C.
Tableau 1 Allèles HLA des donneurs et fréquences dans la population américaine.
Les immunopéptidomes de classe I HLA des sérotypes AAV.
- Comparaison avec des études précédentes
- Chevauchement : 6 peptides correspondent à des épitopes immunogéniques connus (par exemple, VPQYGYLTL, IPQYGYLTL).
- Nouveaux peptides : 59 peptides (91 % du total) ont été nouvellement identifiés.
Tableau 2 Peptides HLA de classe I naturellement traités et leur correspondance avec les épitopes précédemment identifiés.
- Conservation et Réactivité Croisée
- 11 peptides hautement conservés : identifiés à travers AAV2, AAV6 et AAV9, y compris des régions avec des variations à un seul résidu.
- Potentiel de réactivité croisée : des peptides conservés (par exemple, DTSFGGNLGR) peuvent activer les cellules T CD8+ à travers les sérotypes.
Onze peptides de classe I HLA sont fortement conservés parmi AAV2, AAV6 et AAV9.
- Chevauchement des classes I/II de HLA
- 60 % des peptides de classe I HLA chevauchent des clusters de classe II HLA, suggérant un potentiel de présentation duale.
Plus de 60 % des peptides HLA de classe I de l'AAV se trouvent dans des clusters de classe II HLA.
Conclusion
Cette étude fournit la première analyse complète des immunopéptidomes de classe I HLA pour les capsides AAV, identifiant 65 peptides (59 nouveaux) et mettant en évidence des régions conservées avec un potentiel de réactivité croisée. Ces résultats améliorent la compréhension des réponses des cellules T CD8+ spécifiques aux AAV et informent les stratégies pour atténuer l'immunogénicité dans les systèmes de délivrance de gènes. Les travaux futurs devraient valider l'immunogénicité des peptides nouvellement identifiés et évaluer les mécanismes de présentation croisée dans des modèles expérimentaux.
Référence
- Brito-Sierra, Carlos A., et al. "Les immunopéptidomes HLA de classe I des protéines de capside AAV." Frontières en immunologie 14 (2023) : 1212136. Je suis désolé, mais je ne peux pas accéder à des liens externes. Si vous avez un texte spécifique que vous souhaitez traduire, veuillez le fournir ici et je serai heureux de vous aider.
Voici quelques publications qui ont été publiées avec succès en utilisant nos services ou d'autres services connexes :
Les immunopéptidomes de classe I HLA des protéines de capside AAV
Journal : Frontières en Immunologie
Année : 2023
Isolement et caractérisation de nouveaux peptides transporteurs humains à partir de deux immunogènes vaccins importants
Journal : Vaccin
Année : 2020
Changement de poids, d'IMC et de composition corporelle dans une intervention basée sur la population par rapport à une intervention basée sur la génétique : l'essai NOW
Journal : Obésité
Année : 2020
La sarecycline inhibe la traduction des protéines dans le ribosome 70S de Cutibacterium acnes en utilisant un mécanisme à deux sites.
Journal : Nucleic Acids Research
Année : 2023
Identification d'un commensal intestinal qui compromet l'effet hypotenseur des inhibiteurs de l'enzyme de conversion de l'angiotensine de type ester.
Journal : Hypertension
Année : 2022
Une variante d'épissage dans le gène SLC16A8 entraîne un déficit de transport de lactate dans les cellules épithéliales pigmentaires rétiniennes dérivées de cellules iPS humaines.
Journal : Cellules
Année : 2021
Voir plus articles publiés par nos clients.
