Génotypage SNP MassARRAY

CD Genomics propose une validation personnalisée rapide et précise des SNP sur l'instrument MassARRAY MALDI–TOF fourni par Agena Bioscience. Notre système de génotypage SNP MassARRAY combine la spectrométrie de masse, une chimie sensible et robuste, ainsi qu'un logiciel d'analyse de données avancé pour répondre à vos besoins. Génotypage SNP besoins.

Introduction au génotypage SNP MassARRAY

La génotypage SNP MassARRAY amplifie la séquence d'ADN à travers le site SNP par PCR, puis utilise un seul amorce d'extension pour amplifier les produits de PCR, garantissant que l'amorce s'étend uniquement d'une base. Le produit étendu a été analysé par TOF (temps de vol) et le SNP a été classé en fonction de la différence de poids moléculaire des bases, et la fréquence allélique du site SNP pouvait également être calculée. Le génotypage SNP MassARRAY peut réaliser plusieurs typages SNP en une seule réaction. Cette technique est précise et présente un avantage de coût lors de l'analyse de dizaines ou de centaines de SNP.

Avec différents modules de détection et de logiciel, le MassARRAY^® La technologie iPLEX GOLD peut réaliser la recherche ou l'application du génotypage SNP, de la recherche sur l'expression génique, de la variation du nombre de copies, de l'analyse de la méthylation des gènes, du typage des pathogènes et du diagnostic prénatal sur une seule plateforme. Le génotypage SNP MassARRAY a un très bon potentiel d'application dans les domaines des sciences biologiques, de la médecine, de la recherche agricole, etc. Elle a fourni d'excellentes solutions aux scientifiques du monde entier.

Avantages du génotypage SNP MassARRAY

• Précis et automatiséLa détection des acides nucléiques par spectrométrie de masse permet une lecture par masse moléculaire, en utilisant des technologies de pointe pour le dosage automatisé et sans contact des réactifs.
• Scalable et FlexibleNous proposons une variété d'options pour le SNP, l'échantillon et le débit des tests.
• Capacité de multiplexage élevéeMultiplexez jusqu'à 30 loci SNP dans un seul pool.
• Conception d'Essai RapideUn nouvel essai peut être conçu en quelques heures. De plus, un flux de travail semi-automatisé et des oligonucléotides non modifiés offrent un temps de réponse rapide.
• RentableL'analyse multiplex réduit le coût par échantillon, et le débit évolutif optimise les besoins en lots et en ressources.

Applications de génotypage SNP MassARRAY

• Génotypage et détection de mutations
• Détection ultrasensible
• Analyse de méthylation
• Identification de la variété
• Personnalisation du panneau fonctionnel
• Recherche en pharmacogénomique
• Validation de biomarqueurs

Flux de travail de génotypage SNP MassARRAY

Les procédures pour notre génotypage SNP MassARRAY sont illustrées ci-dessous.

Spécifications de service

	Exigences d'échantillon Type d'échantillon : ADN génomique Concentration d'ADN : 20-50 ng/µL, volume d'ADN : ≥ 15 µL, OD260/280 = 1,7~2,0 sans dégradation ni contamination par l'ARN.
	Impression de puces Plateforme Sequenom MassARRAY iPLEX Gold
	Analyse de données Les génotypes sont déterminés par l'analyse des ratios du spectromètre de masse MALDI-TOF. Contrôle de qualité et détection des oligonucleotides Typage SNP et calcul de la fréquence des allèles SNP Détection et analyse des mutations somatiques Analyse quantitative de la méthylation …et plus encore

Pipeline d'analyse

Livrables

• Les données de séquençage originales
• Résultats expérimentaux
• Rapport d'analyse de données

Notre service comprend la conception de panneaux SNP personnalisés, la fabrication d'oligonucléotides et l'équilibrage de pools, l'exécution de la chimie iPLEX, l'analyse de génotypage et la livraison de rapports de génotype au format Excel. Nos flux de travail peuvent être conçus pour s'adapter à des exigences d'essai à la fois petites et grandes. Si vous avez des exigences supplémentaires ou des questions, n'hésitez pas à nous contacter.

Références:

1. Aierken K, Dong Z, Abulimiti T, et al. Les polymorphismes du 3'UTR de CDK6 modifient la susceptibilité au cancer du col de l'utérus chez les femmes ouïghoures. Mol Genet Genomic Med. 2019 Mar 4 : e626.
2. Cai J, Cui K, Niu F, et al. Génétique des polymorphismes de l'IL6 : Étude cas-témoins du risque de cancer de l'endomètre. Mol Genet Genomic Med. 2019 Mar 3 : e600.
3. Ji H, Lu L, Huang J, et al. Les polymorphismes IL1A sont un facteur de risque pour le cancer colorectal dans la population Han chinoise : une étude cas-témoins. BMC Cancer. 2019 28 févr.;19(1):181.

1. Combien d'échantillons peuvent être traités sur le système MassARRAY ?

Cela dépend de la conception de l'essai et du format de la SpectroCHIP Array utilisé. Le système MassARRAY traite 2 puces par course. La puce se présente sous l'un des deux formats, 96 ou 384 puits. Si la conception de l'essai nécessite un seul puits, le nombre d'échantillons traités en une seule course varie de 768 échantillons avec les puces au format 384 puits à 192 échantillons avec les puces au format 96 puits.

2. Quelle est la précision et la reproductibilité des résultats expérimentaux de la spectrométrie de masse par désorption/ionisation laser assistée par matrice (MALDI-TOF) ?

Dans certaines conditions expérimentales, la précision et la reproductibilité des résultats de détection de génotypage SNP peuvent toutes deux atteindre plus de 99 %.

3. Quelle est la fiabilité du test SNP MassARRAY ?

Développée par la société américaine Sequenom, la technologie MassARRAY a trouvé une large gamme d'applications dans la recherche sur les maladies, le diagnostic moléculaire et l'élevage moléculaire. De plus, des recherches utilisant cette technologie ont été publiées dans des revues scientifiques réputées telles que Nature, Science et Blood.

4. Quel est le principe de MassARRAY ?

La technologie d'analyse génétique MassARRAY repose sur la technique de spectrométrie de masse MALDT-TOF. Le principe analytique de cette technologie repose sur l'identification des variations de bases à des emplacements SNP spécifiques via la différence de poids des bases individuelles. De plus, elle présente la capacité de détecter l'ADN dans une plage de masse approximative de 4500Da à 9000Da, avec une résolution de séparation de masse de 16Da.

Une étude d'association à l'échelle du génome en deux étapes pour identifier de nouveaux loci génétiques associés à la toxicité aiguë de la radiothérapie dans le carcinome nasopharyngé.

Journal : Cancer Moléculaire

Facteur d'impact : 15,302

Publié : 23 août 2022

Arrière-plans

Le carcinome nasopharyngé (CNP) affecte principalement le sud de la Chine, la radiothérapie étant un traitement clé malgré des toxicités aiguës et tardives significatives. Cette étude a réalisé une GWAS en deux étapes sur 1084 patients atteints de CNP pour identifier des variants génétiques liés à la toxicité aiguë de la radiothérapie et évaluer leur performance prédictive clinique.

Méthodes

Résultats

L'analyse GWAS a identifié 16 SNP associés à cinq toxicités, avec cinq SNP validés. L'étude n'a trouvé aucun SNP significatif pour la myélosuppression, la mucite buccale et la toxicité des glandes salivaires dans la cohorte de validation, garantissant une haute qualité des données et une homogénéité ethnique parmi les patients.

Fig 1. Conception et résultats de l'étude d'association à l'échelle du génome dans la cohorte de découverte.
Les porteurs de l'allèle mineur avaient un risque accru et une résistance plus élevée à la radiothérapie. Rs584547 a montré un schéma similaire sans stratification, avec une toxicité de grade 3 plus élevée et une résistance chez les porteurs de l'allèle A.

Fig 2. Distribution des patients selon différents génotypes en fonction de la toxicité de la réaction cutanée (A) et de la réponse radiothérapeutique (B).
Cinq variantes génétiques ont été identifiées comme des biomarqueurs potentiels pour prédire les réactions cutanées induites par la radiothérapie et la dysphagie chez les patients atteints de NPC, les modèles combinant des facteurs génétiques et cliniques montrant la plus haute précision.

Fig 3. Courbes caractéristiques de fonctionnement du récepteur de trois modèles pour la réaction cutanée (A) et la dysphagie (B).
Les cinq loci de risque ont été cartographiés sur des gènes, avec quatre SNP sur le chromosome 2q14.2 liés à LINC01101 et INHBB, tandis que rs584547 a été trouvé pour réguler l'expression du gène SYT8.

Fig 4. Cartographie des gènes et analyse de LD de rs6711678, rs4848597, rs4848598, rs2091255 et rs584547.

Conclusion

Les auteurs ont identifié cinq variants génétiques associés aux toxicités aiguës de la radiothérapie chez les patients atteints de NPC, ce qui pourrait aider à optimiser les stratégies de traitement pour réduire ces toxicités.

Référence

1. Wang Y, Xiao F, Zhao Y, et al. Une étude d'association génomique à deux étapes pour identifier de nouveaux loci génétiques associés à la toxicité aiguë de la radiothérapie dans le carcinome nasopharyngé. Cancer moléculaire2022, 21(1):169.