Explorer l'analyse d'édition CRISPR avec le séquençage de nouvelle génération : de la validation des modifications au criblage fonctionnel.
De la confirmation d'édition unique à la découverte à l'échelle du génome—le séquençage rencontre l'édition génétique avec une précision conçue sur mesure.
La complexité croissante des expériences CRISPR exige plus qu'une validation de base. Que vous soyez en train de concevoir des modifications ciblées, de dépister des bibliothèques de gènes ou de cartographier des effets hors cible, la manière dont vous mesurez les résultats est tout aussi importante que les modifications elles-mêmes. Chez CD Genomics, nous proposons des services d'analyse d'édition CRISPR et de NGS conçus pour rendre vos résultats sans ambiguïté, reproductibles et profondément informatifs.
Notre plateforme prend en charge trois fonctionnalités principales :
Vérification de l'édition avec une résolution de base – Capturez des indels, knock-ins et substitutions précis grâce à un séquençage d'amplicons optimisé.
Profilage hors cible qui ne manque pas l'inattendu – Révéler des modifications non intentionnelles en utilisant des stratégies ciblées ou à l'échelle du génome.
Dépistage fonctionnel avec profondeur analytique – Décodez la représentation de l'sgRNA et reliez les perturbations au phénotype avec confiance.
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L'édition de précision nécessite une mesure de précision.
CRISPR a rendu possible la manipulation du génome avec un contrôle remarquable. Mais l'édition n'est que le début : comprendre ce qui s'est réellement passé dans vos cellules nécessite des outils tout aussi précis. C'est là que séquençage de nouvelle génération (NGS) devenant indispensable.
Voici pourquoi les chercheurs s'appuient de plus en plus sur le séquençage de nouvelle génération (NGS) pour soutenir les flux de travail CRISPR :
1. Tous les edits ne sont pas ce qu'ils semblent être.
Même des guides bien conçus peuvent entraîner des résultats divers : de petites insertions ou délétions, des décalages de cadre inattendus ou du mosaïcisme. Le séquençage de nouvelle génération (NGS) permet une analyse base par base au site ciblé pour vérifier le changement prévu - et découvrir ce qui d'autre a pu se produire.
2. Les événements hors cible sont subtils mais significatifs.
Les modifications hors cible à faible fréquence peuvent ne pas être évidentes mais peuvent altérer les résultats expérimentaux ou les conclusions biologiques. Le séquençage de nouvelle génération (NGS) offre des méthodes sensibles et évolutives pour détecter des modifications non intentionnelles à travers des sites prévus ou à l'échelle du génome.
3. Les écrans génèrent des données, pas des réponses.
Les écrans CRISPR groupés utilisant des bibliothèques de sgRNA offrent des aperçus puissants sur la fonction des gènes, mais seulement si les données sont correctement interprétées. Le séquençage de nouvelle génération quantifie l'abondance des sgRNA à travers les conditions expérimentales, tandis que des analyses avancées (par exemple, MAGeCK) révèlent quelles perturbations ont réellement de l'importance.
4. La scalabilité rencontre la complexité
Que vous validiez une poignée de cibles ou que vous dépistiez des milliers de gènes, le séquençage de nouvelle génération s'adapte à vos ambitions expérimentales, sans compromettre la résolution.
CRISPR et NGS ne sont pas des outils parallèles, ils sont complémentaires.
Ensemble, ils forment une boucle de rétroaction complète : conception → édition → mesure → interprétation → affinement. Cette intégration est ce qui fait de la plateforme de CD Genomics non seulement un service de séquençage, mais une base pour un ingénierie génomique confiante.
Flux de travail d'analyse d'édition CRISPR : stratégies NGS pour le ciblage, les effets hors cible et le dépistage fonctionnel.
Trois objectifs expérimentaux. Une plateforme NGS intégrée.
La recherche sur CRISPR n'est pas monolithique : vos questions varient, tout comme votre approche de séquençage. Que vous confirmiez un edit, cartographiiez des effets hors cible ou exploriez la fonction des gènes à grande échelle, nous proposons des flux de travail sur mesure qui s'alignent avec vos objectifs scientifiques.
A. Confirmation de modification – Faites confiance à ce que vous avez conçu
Vous avez conçu le guide. Alors, les cellules ont-elles réagi comme prévu ?
En utilisant le séquençage NGS basé sur des amplicons ciblés, nous fournissons une vue détaillée du locus d'édition, capturant les indels, les substitutions de bases et même les événements de knock-in avec une clarté au niveau des bases. Nos pipelines quantifient les fréquences de mutation à travers les allèles, évaluent la zygosité et aident à distinguer les véritables modifications du bruit de fond.
Utilisez-le quand vous en avez besoin :
Confirmer l'efficacité de CRISPR/Cas9, Cas12a ou de l'éditeur de base.
Vérifiez la précision ciblée dans les systèmes knock-out ou knock-in.
Comparer les résultats d'édition selon différentes conditions ou types de cellules.
B. Profilage hors cible – Quand la spécificité compte
CRISPR est puissant, mais pas toujours parfaitement spécifique. Identifier les modifications non intentionnelles est crucial, surtout dans des systèmes sensibles ou lorsque des essais fonctionnels en aval sont impliqués.
Nous proposons deux niveaux de détection hors cible :
Séquençage ciblé basé sur un panneau des sites prédits
Détection génomique sans biais utilisant des stratégies NGS haute résolution optimisées pour identifier des événements hors cible rares dans tout le génome.
Les résultats incluent des tableaux de variantes annotées, des fréquences de mutations et un contexte positionnel, vous permettant ainsi de séparer la biologie réelle du bruit hors cible.
Utilisez-le quand vous en avez besoin :
Évaluer la spécificité du guide ou comparer les conceptions de gARN.
Évaluer la stabilité du génome dans des lignées cellulaires modifiées.
Réaliser un contrôle qualité pour les pipelines d'édition génétique.
C. Criblages CRISPR fonctionnels – Lisez la biologie, pas seulement le code-barres
Lors de l'étude de la fonction des gènes à grande échelle, les écrans CRISPR associés au séquençage de nouvelle génération (NGS) vous donnent la possibilité de suivre des milliers de perturbations simultanément.
Nous séquençons l'abondance des ARN guides (sgRNA) à travers les conditions pour déterminer quels gènes sont enrichis ou appauvris, puis nous utilisons des outils analytiques pour identifier les résultats fonctionnellement pertinents.
Améliorations optionnelles :
Conceptions à double condition ou à évolution temporelle
Intégration avec des données de transcriptome ou d'accessibilité de la chromatine (par exemple, Perturb-seq ou ATAC-seq)
Utilisez-le quand vous en avez besoin :
Identifier des gènes essentiels dans des modèles de cancer ou immunitaires.
Chacun de ces flux de travail est modulaire, mais peut être combiné de manière transparente. Par exemple, confirmez les modifications dans un groupe pilote, profilez la spécificité, puis passez à des expériences à plein écran, le tout sous une seule infrastructure de données.
Services de séquençage NGS pour l'édition génétique CRISPR – Aperçu fonctionnel
Pas sûr de quel flux de travail convient à votre étude ? Voici comment nos services de NGS CRISPR se comparent en termes d'objectifs, de technologies et de profondeur analytique.
Détection de mutations, contrôle qualité des knockouts/knock-ins
Évaluation de la spécificité, QC dans les lignes d'ingénierie
Découverte de cibles, cartographie des voies
Bioinformatique
Appel d'indels, analyse de la fréquence allélique
Annotation des variants, évaluation des cibles hors cible
quantification de l'ARNsg, enrichissement statistique
Évolutivité
Des cibles uniques aux panneaux multiplexés
Des dizaines à des centaines de loci prédits
Dépistages à l'échelle du génome entier
Services d'analyse de données NGS pour l'édition CRISPR et les écrans fonctionnels
Des lectures brutes aux insights de niveau recherche—vos données méritent plus qu'un simple alignement.
Les expériences basées sur CRISPR génèrent des ensembles de données complexes, souvent à haut débit. Mais le séquençage n'est que la moitié de l'équation. Sans un robuste bioinformatique même des lectures de haute qualité peuvent laisser des questions sans réponse. C'est pourquoi chaque service que nous proposons est soutenu par des pipelines d'analyse de données intégrés, soigneusement élaborés pour une clarté scientifique et une interprétabilité.
Pour confirmation de modification
Notre flux de travail d'analyse commence par l'alignement sur votre génome de référence, suivi d'une quantification précise des insertions, des suppressions et des substitutions au site cible.
Profilage d'Indel et analyse de fréquence utiliser CRISPResso2
Évaluation de la zygosité pour distinguer les modifications hétérozygotes des modifications homozygotes
Graphiques de distribution allélique pour la visualisation des résultats d'édition
Support d'analyse par lot pour plusieurs cibles ou échantillons
Les livrables comprennent à la fois des données numériques et des graphiques intuitifs qui vous permettent de voir—d'un coup d'œil—ce qui s'est passé après l'édition.
Pour l'analyse des cibles hors cible
Nous cartographions les lectures sur des régions définies par l'utilisateur ou sur des loci à l'échelle du génome, annotons toutes les variantes détectées et signalons les événements potentiels hors cible.
Appel de variants + filtrage contre les bases de données SNP connues (optionnel)
Analyse de l'enrichissement hors cible par type de mutation et profondeur de lecture
Classement de site personnalisable basé sur la proximité des discordances et l'homologie des guides
Résumé visuel intégré y compris des graphiques en lollipop et des pistes de navigateur génomique
La sortie n'est pas simplement une liste, c'est un rapport structuré conçu pour vous aider à prioriser et à interpréter.
Pour des écrans CRISPR fonctionnels
Ici, la bioinformatique n'est pas une étape finale, c'est l'expérience.
Nous utilisons des outils établis comme MAGeCK, edgeR, et DESeq2 pour quantifier l'abondance de sgRNA, identifier des résultats statistiquement significatifs et relier ces perturbations à des voies biologiques connues ou nouvelles.
normalisation du compte sgRNA et modélisation statistique
Enrichissement/déplétion différentielle de sgRNA entre les bras expérimentaux
Graphiques en volcan, cartes de chaleur, et diagrammes d'enrichissement pour une interprétation claire des résultats
Analyse d'enrichissement des voies optionnelles (e.g., KEGG, GO) pour l'annotation des cibles
Pour les dépistages groupés à grande échelle, nous proposons également des vérifications de concordance des réplicats et des diagnostics d'effets de lot.
Applications de l'analyse et du séquençage de l'édition CRISPR dans la recherche
Là où CRISPR rencontre le séquençage—des questions de recherche répondues avec précision et rigueur.
Notre plateforme NGS CRISPR est conçue pour servir les chercheurs travaillant dans divers domaines de la génomique fonctionnelle, de la biologie moléculaire et de l'ingénierie cellulaire. Que vous développiez une nouvelle stratégie de thérapie génique ou que vous disséquiez les dépendances des voies dans des modèles de cancer, nos solutions s'alignent avec votre logique expérimentale.
Voici quelques applications courantes axées sur la recherche où nos services font une différence cruciale :
Génomique fonctionnelle et découverte de cibles
Utilisez des écrans CRISPR groupés pour éliminer systématiquement des gènes à travers le génome, puis identifiez les résultats grâce à un séquençage de nouvelle génération à haut débit et à une analyse statistique.
Identifier des gènes essentiels dans des modèles de cancer ou de cellules souches.
Cartographier les interactions génétiques et les paires létales synthétiques.
Prioriser les candidats pour le développement thérapeutique.
Validation des lignées cellulaires ingénierées
Confirmez que les modifications dans les lignées cellulaires modifiées par CRISPR ont été réalisées comme prévu et qu'aucune variante non intentionnelle n'a été introduite.
Vérifiez les knockouts homozygotes ou hétérozygotes.
Évaluer la fidélité du knock-in et la pureté de l'édition
Comparer les efficacités d'édition entre les gARN et les méthodes de transfection.
Tests de spécificité des systèmes CRISPR
Mesurer la précision d'édition des nucléases CRISPR ou des éditeurs de bases à travers les loci cibles et hors cibles.
Évaluer différents ARN guides pour leur propension aux effets hors cible.
Comparer les variantes de Cas9 ou les éditeurs alternatifs.
Comportement d'édition de profil dans différents types de cellules ou contextes génomiques
Interrogation des voies dans les modèles de maladie
Intégrer des écrans CRISPR fonctionnels avec des résultats phénotypiques pour analyser les voies de signalisation ou les mécanismes de résistance.
Identifier des gènes modulant l'évasion immunitaire ou la réponse aux médicaments.
Combiner l'analyse sgRNA avec RNA-seq ou ATAC-seq.
Explorer les conséquences transcriptionnelles de la perturbation génique (par exemple, via Perturb-seq)
Ce ne sont pas des cas d'utilisation abstraits, mais des questions scientifiques réelles que les chercheurs nous posent chaque jour. Notre objectif est de garantir que, quel que soit votre système CRISPR ou votre modèle biologique, vos données de séquençage racontent l'histoire que vous souhaitez tester.
Ce que vous recevez de nos services NGS CRISPR
Conçu pour les chercheurs qui ont besoin de plus que de simples données brutes.
Chaque projet CRISPR est différent, tout comme ses exigences en matière de données. Que vous confirmiez des modifications, dépistiez des cibles ou profiliez des effets hors cible, nous fournissons un ensemble de données complet adapté à vos objectifs expérimentaux.
Voici ce à quoi vous pouvez vous attendre en tant que livrables standards dans le cadre de nos services de séquençage d'édition génétique :
🔹 Données de séquençage brutes
Fichiers FASTQ de haute qualité générés à partir des plateformes Illumina (courtes lectures) ou PacBio (longues lectures), prêts pour une analyse indépendante ou un archivage.
🔹 Sorties de détection de variantes
En fonction de votre application, nous fournissons :
Modifier les rapports de validation axé sur les insertions, suppressions et substitutions aux sites cibles CRISPR
Résumé des mutations hors cible détaillant la fréquence et la distribution des variantes à travers les loci prévus ou découverts
Toutes les variantes sont annotées et organisées pour une utilisation en aval facile.
🔹 Visualisations et graphiques récapitulatifs
Cartes thermiques de mutations et graphiques de distribution des indels pour des études axées sur l'édition
Instantanés du navigateur génomique et graphiques en forme de sucette pour la détection des effets hors cible.
Graphiques en volcan, graphiques de classement et cartes thermiques pour l'analyse basée sur l'écran
Fichiers de séquence alignés
Fichiers BAM ou SAM avec des alignements propres et annotés à votre génome de référence - applicables à l'analyse ciblée, à la détection hors cible ou à la quantification des sgRNA.
🔹 Abondance de sgRNA et résultats de criblage
Pour les expériences de criblage CRISPR, nous fournissons :
matrices de comptage sgRNA
Tableaux d'abondance différentielle
Scores d'enrichissement et résultats statistiques
Ces ensembles de données sont prêts pour l'interprétation ou l'intégration dans l'analyse des voies.
🔹 Rapport d'analyse complet
Chaque projet est livré avec un rapport clair et structuré qui comprend :
Méthodes utilisées
Principales conclusions
Métriques de qualité
Notes d'interprétation des résultats
Ces documents sont conçus pour soutenir la préparation de publications, les présentations ou les discussions en équipe.
Pourquoi nous choisir
Un partenaire de séquençage qui comprend le CRISPR comme plus qu'une simple technique.
Lorsque vous travaillez avec CRISPR, vous ne vous contentez pas de faire des modifications : vous construisez des systèmes, testez des hypothèses et définissez la biologie. Chez CD Genomics, nous avons construit une plateforme de services autour de cet état d'esprit : techniquement rigoureuse, biologiquement consciente et axée sur la recherche.
Voici ce qui nous distingue des fournisseurs de séquençage générique :
Précision par Design
Nos flux de travail sont spécialement conçus pour la recherche sur l'édition génomique, allant de la détection d'indels à locus unique au suivi de sgRNA en pool à travers des écrans de génome entier. Chaque protocole, plateforme et pipeline est validé pour la compatibilité avec CRISPR.
Intégration approfondie en bioinformatique
Nous n'ajoutons pas la bioinformatique à la fin. Elle est intégrée à chaque projet dès le début. Que vous cartographiiez des événements rares hors cible ou que vous interprétiez des phénotypes au niveau de l'écran, nous livrons non seulement des données, mais aussi du sens.
La modularité rencontre la scalabilité
Vous pouvez commencer petit ou évoluer. Notre plateforme est suffisamment flexible pour gérer une validation ciblée ou une découverte à l'échelle du génome, sans vous contraindre à des forfaits de service rigides.
Soutien entre scientifiques
Nous savons ce que c'est que de mener une expérience CRISPR complexe. C'est pourquoi vous travaillerez directement avec des experts techniques qui comprennent votre recherche, parlent votre langue et aident à concevoir des solutions, et pas seulement à traiter des échantillons.
Reproductibilité sur laquelle vous pouvez compter
Des flux de travail en laboratoire humide contrôlés par la qualité aux pipelines bioinformatiques suivis par version, nous privilégions la transparence, la cohérence et la documentation—afin que vous puissiez reproduire et défendre vos résultats.
Édition du génome avec CRISPR : Comment minimiser efficacement les effets hors cible
FAQs sur les services de séquençage d'édition du génome
À des fins de recherche uniquement, non destiné à un diagnostic clinique, un traitement ou des évaluations de santé individuelles.
Directives de Soumission d'Échantillons
