Directives de Soumission d'Échantillons
Qu'est-ce que le génotypage APOE ?
Le génotypage APOE est une technique moléculaire utilisée pour identifier les variantes génétiques spécifiques, ou allèles, du gène Apolipoprotéine E (APOE). C'est un outil fondamental pour les chercheurs étudiant le métabolisme lipidique et la fonction neuronale. Le gène APOE code pour une protéine qui est un transporteur principal de cholestérol, ce qui en fait une cible centrale pour la recherche fondamentale.
La biologie des allèles APOE : ε2, ε3 et ε4
Les trois principaux allèles APOE (ε2, ε3 et ε4) sont définis par des changements d'acides aminés à deux positions clés (112 et 158). Ces différences sont causées par deux polymorphismes nucléotidiques uniques (SNPs) : rs429358 et rs7412. Cette variation allélique est le principal moteur de la recherche fonctionnelle sur le rôle de la protéine.
| Allèle | SNP clé (rs429358) | SNP clé (rs7412) | Acide aminé à 112 | Acide aminé à 158 |
|---|---|---|---|---|
| ε2 | T | T | Cys | Cys |
| ε3 | T | C | Cys | Arg |
| ε4 | C | C | Arg | Arg |
Pourquoi le génotypage APOE est-il crucial pour la recherche ?
Les différents isoformes d'APOE (E2, E3 et E4) spécifiées par ces allèles modifient fondamentalement la structure de la protéine. Ce changement structurel impacte directement sa capacité à se lier aux lipides et à interagir avec des récepteurs (comme la famille LDLR).
Comprendre cette relation génotype-phénotype est crucial pour les chercheurs qui étudient les mécanismes de base de :
- Transport et maintenance des lipides neuronaux
- Plasticité synaptique
- Voies d'élimination de l'amyloïde-bêta (Aβ)
- Homéostasie globale du cholestérol
Le génotypage APOE permet aux chercheurs de classer avec confiance leurs modèles in vitro et in vivo (tels que les iPSCs ou les souris transgéniques), garantissant que leurs données expérimentales sont robustes, reproductibles et correctement interprétées.
Applications de génotypage APOE (À des fins de recherche uniquement)
Notre service de génotypage APOE haute fidélité fournit des données fondamentales pour un large éventail d'applications de recherche non clinique. Tous les services sont strictement réservés à un usage de recherche uniquement (RUO) et ne sont pas destinés à un usage clinique ou diagnostique.
Recherche sur la neurodégénérescence
Le gène APOE est le facteur génétique le plus significatif dans les études sur le mécanisme de la maladie d'Alzheimer à début tardif (AD). Notre service permet aux chercheurs de :
- Élucider les mécanismes de l'AβInvestiguer comment différents isoformes d'APOE (E2, E3, E4) modulent l'élimination et l'agrégation des peptides amyloïdes-bêta (Aβ) in vitro et in vivo.
- Étudier la pathologie de la tauExplorez la relation fonctionnelle entre le génotype APOE et le développement de la phosphorylation de la Tau et de la pathologie neuronale associée.
- Modèle de Fonction SynaptiqueCaractériser les neurones ou les astrocytes dérivés des iPSC pour comprendre comment les allèles APOE impactent le transport lipidique, la plasticité synaptique et la santé neuronale globale.
Métabolisme des lipides et recherche cardiovasculaire
L'APOE est un nœud central dans le métabolisme lipidique. Le génotypage est essentiel pour la recherche fondamentale visant à :
- Comprendre l'homéostasie du cholestérolÉtudier comment les isoformes d'APOE se lient différemment aux lipides et interagissent avec des récepteurs, tels que le récepteur des lipoprotéines de basse densité (LDLR).
- Caractérisation des modèles métaboliquesValidation du contexte génétique des modèles animaux utilisés dans la recherche sur l'athérosclérose, la dyslipidémie et les voies métaboliques.
Recherche en pharmacogénomique (PGx)
Le génotype APOE peut influencer les voies métaboliques. Notre service soutient la recherche fondamentale en PGx pour :
- Enquêter sur les réponses différentiellesComprendre la base génétique des réponses variées aux composés de recherche dans des modèles précliniques.
- Soutenir la découverte de médicamentsClasser les lignées cellulaires et les modèles in vivo pour dépister des composés susceptibles de moduler les voies liées à l'APOE.
Caractérisation des lignées cellulaires et des modèles animaux
La confiance dans votre système de modèle est primordiale. Avant de commencer une expérience coûteuse ou longue, utilisez notre service rapide pour :
- Vérifier les iPSCs et les lignées cellulairesConfirmez le génotype APOE de vos lignées cellulaires d'origine humaine (par exemple, iPSCs, astrocytes, microglies).
- Valider les modèles transgéniquesAssurez l'intégrité génétique de vos colonies animales knock-in ou transgéniques APOE.
Pourquoi choisir CD Genomics pour votre génotypage APOE ?
Nous fournissons les données définitives, prêtes à être publiées, dont vous avez besoin pour faire avancer vos recherches en toute confiance. Nous nous concentrons sur trois avantages clés : précision, rapidité et valeur.
Précision Intransigeante (Données Prêtes pour Publication)
Nous fournissons des résultats définitifs et de référence. Notre plateforme de qPCR spécifique à l'allèle (AS-qPCR) évite l'ambiguïté de l'analyse de courbe de fusion (HRM), vous épargnant des répétitions coûteuses, des interprétations erronées et garantissant que vos données publiées sont fiables.
Économique et évolutif (Maximisez votre budget)
Obtenez la précision du séquençage à une fraction du coût. Notre plateforme AS-qPCR validée est très efficace et évolutive, offrant des prix compétitifs pour les études de cohorte à grande échelle, les partenariats avec des CRO et les installations centrales.
Soutien scientifique dédié (Partenaires en recherche)
Vous n'êtes pas seulement un numéro de commande. De la conception initiale du projet à l'interprétation des données, notre équipe d'experts de niveau doctorat est disponible pour discuter de votre projet et garantir son succès.
Notre plateforme de génotypage APOE : Précision que vous pouvez publier
La conception de notre plateforme est axée sur un objectif : fournir un résultat clair et précis. Nous y parvenons en utilisant une méthodologie supérieure.
La norme d'or : qPCR spécifique à l'allèle (AS-qPCR)
Notre service utilise une méthode AS-qPCR basée sur des sondes à haute discrimination. Cette technique utilise des amorces spécifiques qui n'amplifient une cible que si l'allèle correct (ε2, ε3 ou ε4) est présent, combinée à une sonde fluorescente pour une confirmation définitive. Le résultat est une réponse simple et binaire "oui/non" pour chaque allèle, fournissant des données robustes et faciles à interpréter.
Pourquoi l'AS-qPCR est supérieur à l'analyse de courbe de fusion (HRM)
De nombreux tests commerciaux utilisent une méthode moins précise appelée fusion à haute résolution (HRM).
- Ambiguïté de la RMH : Cette méthode repose sur la détection de légers changements dans une courbe de fusion de l'ADN pour différencier les génotypes. Cela peut être notoirement difficile à interpréter et est très sensible aux dimères d'amorces, à l'amplification non spécifique ou aux contaminants, ce qui entraîne des résultats ambigus ou incorrects.
- Notre avantage AS-qPCR : Notre système basé sur des sondes n'est pas affecté par ces problèmes. Il n'analyse pas une courbe de fusion ; il ne produit un signal que si la cible correcte est présente à 100 %. Cela apporte de la confiance, pas de la complexité.
Notre flux de travail pour le service de génotypage APOE
Notre processus est conçu pour la rapidité et la précision du début à la fin.
- Consultation et Soumission d'ÉchantillonsContactez nos experts pour discuter de votre projet. Expédiez vos échantillons de gDNA, de sang ou de prélèvements en utilisant nos directives fournies.
- Contrôle qualité des échantillons rigoureuxTous les échantillons entrants subissent un contrôle qualité rigoureux (concentration, pureté) pour garantir qu'ils sont adaptés à l'analyse.
- Génotypage par qPCR ASLes échantillons sont analysés sur notre plateforme AS-qPCR validée en triplicat, avec tous les contrôles positifs et négatifs nécessaires.
- Analyse de données et livraison de rapportsNotre équipe d'informatique analyse les données d'amplification, établit l'appel de génotype définitif et vous remet votre rapport sécurisé et complet.
Étude de cas : Concordance à 100 % avec le séquençage
Notre méthodologie est basée sur des sciences validées, publiées et examinées par des pairs. La plateforme AS-qPCR que nous utilisons a été rigoureusement testée par rapport à la norme d'or du séquençage ADN.
Basé surLiu, G., et al. "Une méthode rapide et économique pour le génotypage du polymorphisme du gène de l'apolipoprotéine E." Neurodégénérescence moléculaire 11, 6 (2016).
DOI10.1186/s13024-016-0069-4
Objectif du projet
Développer et valider une méthode de génotypage APOE rapide, à haut débit et économique qui égalise la précision du séquençage ADN.
Méthodologie
Un essai de PCR en temps réel spécifique aux allèles (AS-qPCR) a été développé pour identifier les allèles ε2, ε3 et ε4. Pour valider la méthode, 1 158 échantillons d'ADN humain ont été génotypés en parallèle en utilisant à la fois la nouvelle méthode AS-qPCR et le séquençage traditionnel de l'ADN.
Résultats
La méthode AS-qPCR a atteint 100 % de concordance sur l'ensemble des 1 158 échantillons par rapport aux résultats de séquençage ADN de référence. La méthode a réussi à identifier avec succès et précision les six génotypes APOE possibles (par exemple, ε2/ε3, ε3/ε4, ε4/ε4, etc.).
Conclusion
L'étude confirme qu'une méthode basée sur l'AS-qPCR est une plateforme extrêmement précise, rapide et robuste pour le génotypage APOE. Cette validation offre une grande confiance dans le fait que notre service fournit des données équivalentes à celles du séquençage, mais avec une amélioration significative en termes de rapidité et de rentabilité pour les chercheurs.
Légende de la figureFig. 3 (Liu et al., 2016) : Validation de la méthode AS-qPCR. Les résultats de la PCR spécifique à l'allèle (en haut) montrent une concordance de 100 % avec les résultats de séquençage ADN de référence (en bas) pour les six génotypes humains APOE.
Rapport de génotype complet
Vous recevrez un rapport PDF sécurisé, prêt à être publié, contenant :
- Un appel de génotype APOE clair et définitif (par exemple, ε3/ε4)
- Un résumé complet de l'échantillon d'entrée QC (concentration, pureté)
- Données d'amplification brutes (valeurs Ct) et métriques de qualité de l'essai
Types d'échantillons acceptés pour la recherche
| Type d'échantillon | Volume / Montant minimum | Notes |
|---|---|---|
| ADN génomique (gDNA) | ≥ 200 ng (à ≥ 10 ng/μL) | Ratio OD260/280 : 1,8–2,0. Pas de dégradation. |
| Sang total | ≥ 500 μL | Collecter dans des tubes EDTA (capuchon violet). |
| Échantillon buccal | 2 écouvillons | Utilisez le kit de collecte recommandé. |
| Lignes cellulaires | ≥ 1 × 10⁶ cellules | Soumettre sous forme de pellet congelé. |
Questions Fréquemment Posées (FAQ)
1. Qu'est-ce que le génotypage APOE ?
Le génotypage APOE est une technique moléculaire utilisée pour identifier les variantes génétiques spécifiques, ou allèles, du gène Apolipoprotéine E (APOE). Il détermine spécifiquement la combinaison de deux SNP clés (rs429358 et rs7412), qui aboutissent aux trois principaux allèles : ε2, ε3 et ε4.
2. Quel est le rôle du gène APOE dans la recherche ?
Le gène APOE est un axe central de la recherche en raison de son rôle crucial dans le métabolisme lipidique. La protéine qu'il code, l'apolipoprotéine E, est un transporteur principal de cholestérol dans le cerveau et en périphérie, ce qui en fait une cible de recherche clé pour comprendre le transport lipidique, le maintien neuronal et la plasticité synaptique.
3. Quels sont les allèles APOE ε2, ε3 et ε4 ?
Les allèles ε2, ε3 et ε4 sont les trois isoformes principales (versions) du gène APOE. Ils diffèrent par des changements d'acides aminés uniques aux positions 112 et 158. Ces différences structurelles modifient la capacité de la protéine à se lier aux lipides et aux récepteurs, formant ainsi la base de recherches approfondies sur leurs conséquences fonctionnelles.
4. Quelle est la meilleure méthode pour le génotypage APOE ?
Bien que plusieurs méthodes existent, la qPCR spécifique aux allèles (AS-qPCR) et le séquençage de l'ADN sont considérés comme des références en matière de précision. L'AS-qPCR offre une solution hautement sensible, rapide et rentable qui a été validée pour avoir une concordance de 100 % avec le séquençage, évitant ainsi les défis d'interprétation des méthodes plus anciennes comme l'analyse de courbe de fusion.
5. Quelle est la différence entre le génotypage APOE et le séquençage ?
Le génotypage APOE est un test ciblé qui détermine spécifiquement les allèles connus ε2/ε3/ε4. Le séquençage du génome entier ou de l'exome, en revanche, analyse l'ensemble du gène (ou du génome) pour toutes les variations. Pour des études ciblées sur l'APOE, le génotypage est nettement plus rapide et plus rentable.
6. Quels échantillons sont adaptés pour le génotypage APOE ?
Notre plateforme est validée pour une gamme flexible d'entrées de recherche, y compris l'ADN génomique (ADNg), le sang total (préservé dans de l'EDTA) et les écouvillons buccaux (oraux).
Quelle est la méthode la plus précise pour le génotypage de l'APOE ?
7. Pourquoi choisir la qPCR spécifique à l'allèle plutôt que l'analyse de la courbe de fusion ?
L'AS-qPCR élimine l'ambiguïté de l'analyse HRM en détectant chaque allèle avec une grande discrimination et spécificité.
Accélérez vos recherches avec un génotypage APOE définitif
Cessez de vous fier à des tests ambigus. Partenariat avec CD Genomics pour un génotypage APOE de haute confiance, prêt pour publication. Contactez notre équipe scientifique dès aujourd'hui pour discuter de votre projet et recevoir un devis sans engagement.
Références :
- Validé selon : Liu, G. et al. "Une méthode rapide et économique pour le génotypage du polymorphisme du gène de l'apolipoprotéine E." Neurodégénérescence moléculaire 11, 6 (2016).
- Hixson, J. E., & Vernier, D. T. (1990). Typage de restriction de l'apolipoprotéine E humaine par amplification génique et clivage avec HhaI. Journal de la recherche sur les lipides, 31(3), 545–548.
- Corder, E. H., et al. (1993). Dose génique de l'allèle de type 4 de l'apolipoprotéine E et risque de la maladie d'Alzheimer dans les familles à début tardif.. Science, 261(5123), 921–923.
- Mahley, R. W., & Rall, S. C. Jr. (2000). Apolipoprotéine E : bien plus qu'une protéine de transport des lipides. Revue annuelle de génomique et de génétique humaine, 1, 507–537.
- Eichner, J. E., Dunn, S. T., Perveen, G., Thompson, D. M., Stewart, K. E., & Stroehla, B. C. (2002). Polymorphisme de l'apolipoprotéine E et maladies cardiovasculaires : une revue HuGE. Journal américain d'épidémiologie, 155(6), 487–495.
