Services de transcriptomique spatiale Visium haute résolution 10x

Qu'est-ce que la transcriptomique spatiale ?

La transcriptomique spatiale, une approche innovante pour une analyse approfondie des données RNA-seq dans une dimension spatiale, permet une représentation complète de la distribution de l'ARNm au sein de chaque coupe de tissu individuelle. Cela permet ensuite la localisation précise et l'identification différentielle des gènes fonctionnels exprimés activement dans une région tissulaire spécifique. Étant donné que les cellules, représentant les unités de base d'un organisme, exercent leurs fonctions biologiques uniques en collaboration avec leur microenvironnement spatialement spécifique, la maîtrise des informations de positionnement spatial devient primordiale lors de l'étude des mécanismes en biologie cellulaire, en oncologie et en biologie du développement.

Grâce aux avancées des technologies d'imagerie microscopique (y compris l'imagerie super-résolution et l'imagerie de molécules uniques), ainsi qu'aux améliorations continues des techniques d'hybridation in situ par fluorescence multicolore, notre compréhension des cellules, de la structure des tissus et de leurs fonctions a considérablement progressé. Parallèlement, l'évolution des technologies de séquençage a permis des analyses quantitatives et qualitatives précises de l'expression génique dans des cellules ou tissus auparavant inexplorés. La transcriptomique spatiale, en intégrant l'imagerie microscopique et les technologies de séquençage, conserve autant d'informations spatiales que possible sur l'échantillon tout en obtenant des données sur l'expression génique. Cela offre aux scientifiques des découvertes révolutionnaires aux implications profondes.

Service de séquençage en transcriptomique spatiale Visium 10x Genomics chez CD Genomics

Le service de séquençage en transcriptomique spatiale de CD Genomics est une technique révolutionnaire, utilisant la plateforme avancée 10x Visium, qui permet un profilage transcriptionnel in situ précis de l'expression génique complète au sein des tissus. Cette approche fournit des informations détaillées non seulement sur les niveaux d'expression génique, mais aussi sur l'emplacement précis où les gènes sont exprimés dans l'espace tissulaire. Cette procédure nous permet d'observer et de comparer directement les expressions géniques différentielles dans diverses régions fonctionnelles au sein des tissus. Ce faisant, elle offre un outil puissant pour l'exploration approfondie des fonctions tissulaires et des mécanismes de la maladie, amplifiant ainsi notre capacité à examiner les mécanismes de la santé et de la maladie.

10x Genomics

Étapes expérimentales de séquençage en transcriptomique spatiale

La découpe précise d'échantillons de tissus frais congelés est effectuée, suivie de la visualisation à l'aide de techniques d'imagerie avancées.

Les sections de tissu sont positionnées sur une lame spécialement conçue, recouverte de sondes de capture spécifiques à l'ARN. Après des étapes de fixation et de perméabilisation rigoureuses, l'ARNm à l'intérieur des cellules est entièrement libéré et spécifiquement lié aux sondes de capture, ce qui permet une capture précise des informations sur l'expression génique.

L'ARN capturé sert de modèle pour la synthèse précise de cDNA et la préparation de la bibliothèque de séquençage, garantissant l'exactitude et la fiabilité des analyses ultérieures.

Les bibliothèques de séquençage préparées subissent un séquençage efficace pour une capture complète des informations sur l'expression génique.

Grâce à l'analyse de visualisation des données, nous déterminons précisément les gènes qui sont exprimés, les quantifions et interprétons davantage leurs informations de positionnement spatial.

Préparation des échantillons

Il est impératif de mentionner une précaution cruciale dans le processus de préparation des échantillons, en particulier pour les échantillons de tissu. Il est conseillé d'éviter la congélation instantanée dans l'azote liquide, car le refroidissement rapide peut potentiellement nuire aux structures cellulaires. Au lieu de cela, l'utilisation de pentane incorporé avec OTC pour la congélation rapide des échantillons de tissu est officiellement recommandée par 10X Genomics. Au cours de l'application pratique, de nombreux chercheurs rencontrent fréquemment des difficultés lors de l'étape de préparation de la suspension durant les expériences sur cellules uniques. Malgré des tentatives répétées de traitement par digestion, obtenir une suspension de cellules uniques qui répond aux exigences pour l'utilisation de la machine reste ardu. Même si l'on procède à l'opération de la machine à contrecœur, il peut y avoir des risques de conditions cellulaires sous-optimales, de capture cellulaire insuffisante et de complications dues à un mélange multicellulaire. En comparaison, le flux de travail des expériences de transcriptomique spatiale est quelque peu simplifié. Sous la direction d'entreprises accomplies, après avoir effectué une congélation raisonnable des échantillons de tissu, les étapes suivantes de clarification des tissus, de coloration, de fixation, de clarification, de construction de bibliothèque, de séquençage et d'analyse, etc., peuvent toutes être confiées à des entreprises professionnelles. Cela pourrait faire gagner aux chercheurs un temps considérable.