Directives de Soumission d'Échantillons
Séquençage de l'Immunorépertoire à Cellule Unique pour la Recherche au Niveau des Clonotypes
Le séquençage scTCR/BCR est conçu pour montrer quelles séquences de récepteurs T ou B sont présentes dans des cellules immunitaires individuelles. Au lieu de mesurer la diversité des récepteurs immunitaires uniquement au niveau de la population globale, cette méthode maintient les informations sur les récepteurs liées aux cellules uniques. Cette connexion aide les chercheurs à étudier les clonotypes, l'appariement des chaînes, les clusters de cellules immunitaires et les signaux d'état cellulaire dans le même projet.
Pour les cellules T, le scTCR-seq peut aider à identifier les clonotypes de TCR, les séquences CDR3, l'utilisation des gènes V/J, les schémas d'expansion clonale et les informations sur les chaînes alpha/β appariées. Pour les cellules B, le scBCR-seq peut aider à profiler les clonotypes de BCR, l'appariement des chaînes lourdes/légères, les séquences CDR3, l'utilisation des gènes V(D)J et les schémas de lignée des cellules B.
Lorsqu'il est combiné avec l'expression génique à cellule unique, le scTCR/BCR-seq peut répondre à un ensemble de questions plus large. Vous pouvez demander quel clone s'est développé, à quel type ou état cellulaire appartient le clone, quels gènes marqueurs sont exprimés et comment les motifs de clonotype diffèrent entre les groupes.
Ce service peut répondre à des questions sur le répertoire immunitaire, telles que quels clonotypes de TCR ou de BCR sont étendus, quelles séquences CDR3 définissent des clones dominants, quels gènes V, D et J sont utilisés, et si les chaînes de récepteurs sont appariées au niveau de la cellule unique.
Les applications de recherche courantes incluent le profilage des lymphocytes infiltrant les tumeurs, les études d'expansion clonale des cellules T, la recherche sur le répertoire des cellules B et des anticorps, la recherche sur la réponse aux vaccins, le profilage de la réponse immunitaire liée aux infections, la recherche sur les maladies auto-immunes et inflammatoires, la recherche sur les thérapies cellulaires, la recherche sur la découverte d'anticorps et la comparaison des répertoires immunitaires à travers les tissus, les groupes ou les traitements.
Comment fonctionne le séquençage scTCR/BCR : de l'échantillonnage aux résultats du répertoire
Un projet scTCR/BCR-seq réussi dépend à la fois de la biologie de l'échantillon et de la qualité du flux de travail. Nous combinons des étapes de séquençage techniques avec des points de contrôle de service, afin que votre projet puisse passer de la suspension cellulaire à des résultats de clonotype interprétables avec un examen de qualité clair à chaque étape.
1. Conception du projet et révision des échantillons
Nous commençons par examiner votre question de recherche, le type d'échantillon, l'espèce, la population de cellules immunitaires ciblée et les groupes de comparaison. Cela nous aide à décider si votre projet est mieux servi par le scTCR-seq, le scBCR-seq ou un flux de travail intégré d'expression génique à cellule unique plus V(D)J.
Point de contrôle QC : ajustement du projet, type d'échantillon, récupération cellulaire attendue, population immunitaire cible et flux de travail sélectionné.
2. Préparation de suspension cellulaire unique et évaluation de la qualité des cellules
Le séquençage scTCR/BCR nécessite une suspension cellulaire unique propre. Les cellules doivent être bien dissociées, viables et exemptes de gros agrégats, de débris excessifs et d'inhibiteurs qui pourraient réduire la qualité de l'ADNc.
Point de contrôle QC : concentration cellulaire, viabilité, niveau de débris, agrégation, risque de doublet et adéquation de l'échantillon.
3. Capture et marquage de cellules uniques
Lors de la capture de cellules uniques, des cellules individuelles sont partitionnées avec des billes codées par code-barres. Chaque cellule reçoit un code-barres au niveau cellulaire qui relie ses données de transcriptome et ses séquences de récepteurs immunitaires à la même cellule.
Point de contrôle QC : plage de chargement des cellules cibles, qualité de la suspension, compatibilité de capture et risque de multiplet attendu.
4. Génération de cDNA et enrichissement V(D)J
Après la capture des cellules, la transcription inverse crée de l'ADNc avec codes-barres. Les régions V(D)J sont ensuite enrichies sélectivement à l'aide de primers d'amplification TCR ou BCR, en fonction de la conception du projet.
Point de contrôle QC : qualité de l'ADNc, performance d'amplification, concentration de la bibliothèque et distribution des fragments.
5. Séquençage et contrôle de la qualité des données
Les bibliothèques préparées sont séquencées pour générer des lectures pour l'analyse V(D)J et, lorsqu'elles sont sélectionnées, pour l'analyse de l'expression génique à cellule unique. Les signaux de contrôle de qualité importants incluent la qualité des lectures, l'attribution des codes-barres, le regroupement des lectures soutenu par les codes-barres, la complexité de la bibliothèque et le nombre de cellules utilisables avec des informations sur les récepteurs productifs.
Point de contrôle QC : qualité de lecture brute, qualité de code-barres, qualité de regroupement de lectures, qualité de bibliothèque V(D)J et récupération de cellules utilisables.
6. Traitement des données V(D)J et appel de clonotypes
Le flux de travail d'analyse V(D)J assemble des contigs de récepteurs, annote les segments V(D)J, identifie les régions CDR3, filtre les contigs productifs et regroupe les cellules en clonotypes. Pour les projets intégrés, les données de clonotypes peuvent être réintégrées dans des clusters d'expression génique à cellule unique.
Point de contrôle QC : taux de contig productif, attribution de clonotype, appariement de chaînes, cohérence des codes-barres cellulaires et qualité d'intégration.
7. Livraison du rapport et transfert de données
Nous livrons des données brutes et traitées, des résumés de contrôle qualité, des tableaux d'analyse, des visualisations, et un rapport de projet. Pour les projets sur mesure, nous pouvons également fournir des comparaisons de groupes supplémentaires, un support de visualisation, et des résultats de bioinformatique adaptés.
scTCR-seq, scBCR-seq ou scRNA-seq intégré + V(D)J : Lequel convient à votre étude ?
Différentes questions sur le répertoire immunitaire nécessitent des flux de travail différents. Nous vous aidons à sélectionner un flux de travail en fonction de votre question biologique, du type d'échantillon, de la population de cellules immunitaires et des besoins d'analyse en aval.
| Flux de travail | Question de meilleur ajustement | Échantillon principal axé sur | Résultats clés | Forces | Limitations à prendre en compte |
|---|---|---|---|---|---|
| Séquençage en vrac de TCR/BCR | Quelle est la diversité du répertoire des récepteurs immunitaires dans un échantillon ? | ADN ou ARN provenant de populations immunitaires en vrac | Séquences CDR3, utilisation des gènes V/J, diversité du répertoire | Utile pour le profilage d'un large répertoire à travers de nombreux échantillons. | Ne préserve pas le contexte récepteur à cellule unique-état cellulaire. |
| scTCR-seq | Quels clonotypes de cellules T sont présents au niveau des cellules uniques ? | Cellules T, PBMC, TIL, cellules T triées | Clonotypes TCR, CDR3, utilisation V/J, appariement alpha/β | Connecte l'identité TCR aux cellules individuelles. | Nécessite une suspension cellulaire unicellulaire de haute qualité. |
| scBCR-seq | Quels clonotypes liés aux cellules B ou aux anticorps sont présents ? | Cellules B, PBMC, cellules B triées, cellules B dérivées des tissus | Clonotypes BCR, appariement des chaînes lourdes/légères, CDR3, utilisation de V(D)J | Utile pour les études sur le répertoire des anticorps et la lignée des cellules B. | L'abondance des cellules B et la qualité de l'échantillon affectent la récupération. |
| scRNA-seq intégré + V(D)J | Quel est l'état cellulaire de chaque clonotype ? | Cellules immunitaires mixtes, PBMC, TIL, cellules immunitaires tissulaires | Clonotypes, clusters d'expression génique, superpositions UMAP, gènes marqueurs | L'identité du récepteur lie le phénotype et l'expression génique. | Besoins d'analyse plus complexe et d'interprétation de données plus avancée. |
| scTCR/BCR-seq avec bioinformatique personnalisée | Comment les clonotypes diffèrent-ils entre les groupes, les tissus ou les traitements ? | Échantillons immunitaires multi-groupes ou longitudinaux | Comparaisons de groupes, indicateurs de diversité, suivi des clones élargi | Aptitude solide pour des conceptions d'études complexes | Nécessite des métadonnées claires et un design d'étude. |
Choisissez scTCR-seq Quand
Votre projet se concentre sur la clonalité des cellules T, l'expansion des cellules T, les lymphocytes infiltrant les tumeurs, la réponse aux infections, la réponse aux vaccins, la recherche sur les maladies auto-immunes ou la recherche sur la thérapie cellulaire.
Choisissez scBCR-seq Quand
Votre projet se concentre sur la clonabilité des cellules B, la recherche sur le répertoire des anticorps, les schémas de lignée des cellules B, la réponse immunitaire humorale ou la découverte d'anticorps.
Choisissez scRNA-seq intégré + V(D)J Quand
Vous devez comprendre quels groupes de cellules contiennent des clonotypes étendus, quels gènes sont exprimés par ces clones et comment les états cellulaires diffèrent entre les groupes.
Résultats de la démo : Ce à quoi vous pouvez vous attendre d'un projet scTCR/BCR-seq
Un projet scTCR/BCR-seq peut générer plusieurs types de résultats. Les sorties exactes dépendent de votre échantillon, espèce, flux de travail, conception de séquençage et plan d'analyse. La structure de démonstration ci-dessous montre trois groupes de résultats courants qui sont souvent utiles pour l'interprétation et le rapport.
Fréquence des clonotypes et distribution des CDR3
Cette sortie vous aide à voir quels clones sont les plus abondants dans votre échantillon. Elle peut être présentée sous forme d'un histogramme de fréquence des clonotypes, d'un tableau de clonotypes classés ou d'un graphique de distribution des séquences CDR3.
Utilisation des gènes V(D)J et appariement des chaînes
Cette sortie vous aide à comprendre quels segments de gènes V, D et J sont utilisés et si l'appariement des chaînes de récepteurs est récupéré à travers des cellules uniques.
Superposition de clonotypes sur des clusters de cellules uniques
Pour des flux de travail intégrés, les informations sur les clonotypes peuvent être cartographiées sur des clusters d'expression génique à cellule unique pour montrer si des clones étendus sont enrichis dans des états cellulaires immunitaires spécifiques.
Analyse bioinformatique et livrables
scTCR/BCR-seq produit des données complexes sur le répertoire immunitaire. Nous traitons les données en résultats clairs qui vous aident à passer des fichiers de séquençage bruts à des résultats de clonotypes interprétables.
Analyse standard V(D)J
- Contrôle de la qualité des données brutes
- Traitement des codes-barres cellulaires
- Groupement de lecture pris en charge par code-barres
- Assemblage de séquences V(D)J
- Annotation de contig
- Filtrage de contigs productifs
- Identification de la séquence CDR3
- Analyse de l'utilisation des gènes V, D et J
- Appel de clonotype
- Analyse de l'abondance des clonotypes
- Métriques de diversité
- Résumé de l'appariement de chaînes
- Visualisation du répertoire
Analyse intégrée des cellules uniques
- Contrôle de qualité de l'expression génique à cellule unique
- Regroupement et annotation des cellules
- Analyse des gènes marqueurs
- Intégration de V(D)J et de l'expression génique
- Cartographie des clonotypes sur des clusters UMAP
- Analyse des marqueurs de clonage élargie
- Comparaison de groupes à travers des échantillons ou des conditions
- Interprétation de l'état des cellules immunitaires
Pour des projets plus complexes, nous pouvons adapter l'analyse à votre conception d'étude. L'analyse optionnelle peut inclure la comparaison de clonotypes publics et privés, le suivi clonale longitudinal, la comparaison entre les tumeurs et les tissus adjacents, la comparaison entre groupes de traitement, l'analyse de lignée d'anticorps, le soutien à la recherche sur les thérapies cellulaires, la préparation de figures au style de publication et la visualisation personnalisée.
| Livrable | Ce que cela montre | Pourquoi c'est important |
|---|---|---|
| Données de séquençage brutes | Fichiers FASTQ | Prend en charge la réanalyse en aval et le stockage des données. |
| Résumé du QC | Qualité de lecture, récupération de cellules, performance de la bibliothèque | Aide à évaluer la qualité du projet |
| Table des clonotypes | IDs de clonotype, comptes de cellules, fréquence | Affiche des clones étendus et partagés |
| table CDR3 | Séquences nucléotidiques et d'acides aminés CDR3 | Définit les régions liées à la spécificité des récepteurs |
| Table d'utilisation V(D)J | Utilisation des segments V, D et J | Montre la structure du répertoire |
| Résumé en chaîne jumelée | Appariement de chaînes TRA/TRB ou IGH/légères | Prend en charge l'interprétation des récepteurs à cellule unique. |
| Métriques de diversité | Mesures de diversité du répertoire et de clonalité | Aide à comparer des échantillons ou des groupes |
| Superposition de clonotypes UMAP | Clonotypes mappés aux clusters cellulaires | L'identité du récepteur immunitaire liée à l'état cellulaire |
| Rapport final | Méthodes, CQ, chiffres et notes d'interprétation | Fournit un résumé de projet structuré. |
Exigences d'échantillon pour le séquençage scTCR/BCR
L'entrée de haute qualité à cellule unique est l'un des facteurs les plus importants dans le séquençage scTCR/BCR. Les valeurs de planification ci-dessous suivent les recommandations de CD Genomics pour l'échantillonnage de séquençage à cellule unique et sont utilisées pour vous aider à préparer une suspension cellulaire propre et viable avant l'examen du projet.
| Type d'échantillon | Entrée recommandée | Concentration cellulaire | Viabilité | Notes de préparation clés | Flux de travail optimal |
|---|---|---|---|---|---|
| PBMCs | >1×105 cellules de haute qualité | 700–1200 cellules/μL | ≥85 % préféré | Préparez une suspension de cellules uniques avec peu de débris et un minimum de regroupement. Filtrez si des agrégats sont présents. | scTCR-seq, scBCR-seq ou profilage intégré |
| Cellules T triées | >1×105 cellules de haute qualité | 700–1200 cellules/μL | ≥85% préféré | Confirmez la pureté des cellules, leur viabilité, leur concentration et l'absence d'agrégats cellulaires visibles avant la soumission. | scTCR-seq |
| Cellules B triées | >1×105 cellules de haute qualité | 700–1200 cellules/μL | ≥85 % préféré | Confirmez la qualité de l'enrichissement et évitez les débris excessifs, les cellules mortes ou le transfert d'échantillons provenant du tampon de tri. | scBCR-seq |
| Lymphocytes infiltrant des tumeurs | >1×105 cellules immunitaires récupérées de haute qualité | 700–1200 cellules/μL | ≥85 % préféré | Dissociez doucement le tissu et retirez les débris ou les amas cellulaires. Un filtre avec une taille de pore ≤40 μm est recommandé si nécessaire. | scTCR-seq ou profilage intégré |
| Cellules immunitaires dissociées des tissus | >1×105 cellules de haute qualité après dissociation | 700–1200 cellules/μL | ≥85% préféré | Le diamètre des cellules cibles doit rester inférieur à 40 μm, et les échantillons doivent être exempts de grosses particules et de débris de dissociation. | Profilage intégré |
| Cellules immunitaires de souris | >1×105 cellules de haute qualité | 700–1200 cellules/μL | ≥85 % préféré | Préparez une suspension propre à partir de cellules immunitaires dérivées de la rate, du sang, des ganglions lymphatiques, de tumeurs ou de tissus après révision du projet. | scTCR-seq, scBCR-seq ou profilage intégré |
Plusieurs facteurs peuvent affecter la récupération des clonotypes et la qualité de l'expression génique. Une faible viabilité peut réduire la récupération des cellules utilisables. Les amas cellulaires augmentent le risque de multiplets. Un excès de débris peut réduire la qualité de capture. La dissociation des tissus peut altérer l'état des cellules immunitaires. Une faible abondance de cellules T ou B peut réduire la récupération des récepteurs. Des métadonnées faibles peuvent limiter l'interprétation au niveau des groupes.
Si votre échantillon est limité, fragile ou dérivé de tissu, contactez-nous avant la collecte ou la dissociation. Nous pouvons vous aider à examiner si l'enrichissement, le tri, le nettoyage de viabilité ou un autre flux de travail conviendrait mieux à votre étude.
Discutez de votre projetApplications de scTCR/BCR-seq dans la recherche immunitaire
scTCR/BCR-seq aide à relier l'identité des séquences de récepteurs au contexte des cellules immunitaires à travers des études en oncologie, immunologie, infection, vaccin, auto-immunité, thérapie cellulaire et découverte d'anticorps.
Recherche en immunologie tumorale et en immunothérapie
Le séquençage scTCR/BCR peut aider les chercheurs à étudier la clonalité des cellules immunitaires au sein des microenvironnements tumoraux. Pour les études sur les lymphocytes infiltrant les tumeurs, il peut montrer quels clonotypes de cellules T sont expandus et si ces clones sont liés à des états spécifiques des cellules immunitaires.
Recherche sur les vaccins et les infections
Les réponses immunitaires adaptatives impliquent souvent l'expansion de clones spécifiques de cellules T ou B. Le séquençage scTCR/BCR peut aider à comparer les motifs de clonotypes avant et après une stimulation immunitaire, à travers différents points temporels ou entre des groupes expérimentaux.
Recherche sur les maladies auto-immunes et inflammatoires
Dans la recherche sur les maladies auto-immunes et inflammatoires, le séquençage scTCR/BCR peut aider à étudier si certains clones immunitaires sont enrichis dans les tissus, les modèles de maladie ou les groupes de traitement.
Recherche en thérapie cellulaire et découverte d'anticorps
Pour la recherche en thérapie cellulaire, le scTCR-seq peut soutenir le suivi des clones de cellules T, la découverte de séquences de récepteurs et les workflows de priorisation des candidats. Pour la recherche sur la découverte d'anticorps, le scBCR-seq peut soutenir l'analyse des clonotypes de cellules B, l'appariement des chaînes lourdes/légères et les études de lignée d'anticorps.
Pourquoi choisir CD Genomics pour le séquençage scTCR/BCR ?
Nous soutenons le scTCR/BCR-seq en tant que flux de travail complet de projet, et pas seulement en tant que séquençage. Notre équipe vous aide à réfléchir à la pertinence des échantillons, au choix du flux de travail, à la conception du séquençage, aux besoins en bioinformatique et aux livrables finaux.
- Exécution de projet de bout en bout : Nous soutenons l'examen des échantillons et des projets, la sélection des flux de travail, la préparation des bibliothèques, le séquençage, le contrôle qualité, l'analyse des clonotypes, l'analyse intégrée de l'expression génique et la livraison des rapports.
- Expertise en cellules uniques et en répertoire immunitaire : Nous aidons à connecter le séquençage de cellules uniques, la biologie des récepteurs immunitaires et la bioinformatique afin que vos résultats soient plus faciles à comprendre et à utiliser.
- Support bioinformatique personnalisé : Nous pouvons aider à créer des graphiques de comparaison de groupes, des superpositions UMAP, des résumés de diversité, des tableaux de suivi des clonotypes et des figures prêtes pour la présentation.
- Livrables clairs : Nous organisons des données brutes, des tableaux traités, des résumés de contrôle qualité, des visualisations et du contenu de rapport en résultats pratiques pour les équipes de recherche.
Références
- Irac SE, Soon MSF, Borcherding N, et al. Analyse du répertoire immunitaire à cellule unique. Nature Methods. 2024;21:777–792.
- Perik-Zavodskii R, Perik-Zavodskaia O, Volynets M, Alrhmoun S, Sennikov S. TCRscape : un outil de profilage TCR multi-omique à cellule uniqueFrontières en bioinformatique. 2025;5:1641491.
- Mandel J, Gleason L, Joffe D, Bhatti S, Nikbakht N. Applications de l'immunoséquençage dans le lymphome cutané à cellules TFrontières en Immunologie. 2023;14:1300061.
- Rouet R, Jackson KJL, Langley DB, Christ D. Séquençage de nouvelle génération des répertoires d'affichage d'anticorpsFrontiers in Immunology. 2018;9:118.
Avertissement
CD Genomics fournit ce service uniquement à des fins de recherche. Ce service n'est pas destiné au diagnostic clinique, à l'orientation du traitement des patients, à la gestion des patients ou aux tests génétiques directs aux consommateurs.
Résultats de la démo
La fréquence des clonotypes et les séquences CDR3 aident à identifier les clones dominants de récepteurs T ou B dans un échantillon.
L'utilisation des gènes V(D)J et les résumés des chaînes appariées aident à décrire la structure des récepteurs et les motifs d'appariement des chaînes.
Les superpositions de clonotypes UMAP aident à relier les clones immunitaires étendus avec des clusters cellulaires et des états d'expression génique.
Questions Fréquemment Posées sur scTCR/BCR-seq
1. Qu'est-ce que le scTCR/BCR-seq ?
scTCR/BCR-seq est une méthode de séquençage unicellulaire utilisée pour profiler les séquences des récepteurs des cellules T et des récepteurs des cellules B à partir de cellules immunitaires individuelles. Elle aide à identifier les clonotypes, les séquences CDR3, l'utilisation des gènes V(D)J et l'appariement des chaînes de récepteurs.
2. Quelle est la différence entre le séquençage scTCR/BCR et le séquençage TCR/BCR en vrac ?
Le séquençage en vrac des TCR/BCR profile la diversité des récepteurs d'une population mixte de cellules. Le séquençage scTCR/BCR conserve le contexte des cellules uniques, ce qui signifie que les séquences de récepteurs peuvent être liées à des cellules individuelles, des chaînes appariées et des profils d'expression génique optionnels.
3. La séquençage scTCR/BCR peut-il être combiné avec le séquençage d'ARN à cellule unique ?
Oui. Le séquençage scTCR/BCR peut être combiné avec l'analyse de l'expression génique à cellule unique. Cela permet de cartographier les clonotypes sur des clusters de cellules immunitaires et des motifs de gènes marqueurs.
4. Quels échantillons peuvent être utilisés pour le séquençage scTCR/BCR ?
Les types d'échantillons courants comprennent les PBMC, les cellules T triées, les cellules B triées, les lymphocytes infiltrant les tumeurs, les cellules immunitaires dérivées de tissus dissociés et les échantillons de cellules immunitaires de souris. La qualité de l'échantillon, la viabilité et la concentration cellulaire doivent être examinées avant la soumission.
5. Quels résultats sont inclus dans un projet scTCR/BCR-seq ?
Les résultats typiques incluent des données de séquençage brutes, des résumés de contrôle de qualité, des tableaux de clonotypes, des séquences CDR3, l'utilisation des gènes V(D)J, des métriques de diversité, des résumés de chaînes appariées et des superpositions UMAP optionnelles avec intégration de l'expression génique.
6. La séquence scTCR/BCR peut-elle récupérer des chaînes de récepteurs appariées ?
scTCR/BCR-seq est conçu pour soutenir l'analyse des chaînes appariées, telle que l'appariement des chaînes TCR alpha/β ou l'appariement des chaînes lourdes/légères BCR. Le taux de récupération dépend de la qualité de l'échantillon, du type de cellule, de la qualité de la bibliothèque et des performances de séquençage.
7. Comment devrais-je choisir entre scTCR-seq et scBCR-seq ?
Choisissez scTCR-seq lorsque votre projet se concentre sur les clonotypes de cellules T, l'expansion des cellules T ou l'analyse des récepteurs des cellules T. Choisissez scBCR-seq lorsque votre projet se concentre sur les clonotypes de cellules B, le répertoire d'anticorps ou l'analyse des chaînes lourdes/légères. Choisissez le séquençage d'expression génique unicellulaire intégré avec séquençage V(D)J lorsque vous avez besoin d'informations sur l'identité des récepteurs et l'état des cellules ensemble.
Ai-je besoin d'une analyse bioinformatique sur mesure ?
La bioinformatique personnalisée est utile lorsque votre projet inclut plusieurs tissus, groupes, points temporels, traitements ou des données d'expression génique intégrées. Elle peut également être bénéfique lorsque vous avez besoin de visualisations spécifiques, de comparaisons de groupes ou de figures au style de publication.
Étude de cas : Profilage TCR multi-omique à cellule unique pour la découverte de clonotypes
Contexte
Le profilage immunitaire à cellule unique est précieux car la séquence du TCR à elle seule ne décrit pas complètement une cellule T. Un clonotype peut être amplifié, mais les chercheurs doivent également savoir si ce clone appartient à une population CD8-positive, s'il exprime des marqueurs d'activation et s'il apparaît après une stimulation immunitaire.
Dans l'étude publiée TCRscape : un outil de profilage TCR multi-omique à cellule uniqueLes auteurs ont développé un cadre d'analyse pour le profilage TCR multi-omique à cellule unique. L'étude a utilisé des cellules T CD8 positives collectées avant et après stimulation avec des antigènes HPV présentés par des cellules dendritiques. L'ensemble de données comprenait deux échantillons avant traitement et deux échantillons après traitement.
Méthodes
L'étude a introduit TCRscape, un outil Python open-source pour la découverte et la quantification des clonotypes TCR à haute résolution. La méthode a intégré des données de séquence TCR en longueur complète avec des profils d'expression génique et de protéines de surface.
Le flux de travail a importé des matrices d'expression et une matrice de répertoire de récepteurs immunitaires adaptatifs, des données d'expression génique normalisées, des étiquettes d'échantillons codées et des identifiants de clonotype, et a utilisé des informations sur les segments de gènes V(D)J pour améliorer la résolution au niveau du clonotype. Les séquences TCR productives ont été filtrées en fonction du soutien par le nombre de lectures, et les chaînes appariées ont été conservées pour l'analyse.
Les auteurs ont analysé les populations de cellules T alpha-bêta et gamma-delta et ont projeté des caractéristiques multimodales dans l'espace UMAP.
Résultats
L'étude a montré que les types CDR3 et les clonotypes TCR complets pouvaient être quantifiés à travers des cellules uniques. Dans la Figure 2, les auteurs ont visualisé la distribution des types CDR3 et la distribution des clonotypes dans le groupe post-traitement. Deux segments de type CDR3 mis en évidence comprenaient AGYSGNTPLV et SVVAHYTEAF.
Dans la Figure 3, les auteurs ont projeté les caractéristiques TCR et d'expression génique sur des graphiques UMAP. La figure comprenait le groupe expérimental, l'expression de CD8A, l'expression de CD4, le type de TCR, le nombre de cellules par clonotype TCR, l'expression d'IFNG, le fragment V de la chaîne alpha dominante, le fragment V de la chaîne β dominante et l'expression d'IL2RA.
Une observation clé était qu'un clonotype dominant est apparu dans le groupe post-traitement. Les auteurs ont identifié ce clonotype dominant comme étant le TCR alpha-β. Les mêmes cellules présentaient des caractéristiques positives pour CD8, IL2RA et IFNG, ce qui soutenait un état de cellule T activée après stimulation antigénique.
Figure 3 de TCRscape : un outil de profilage TCR multi-omique à cellule unique montre comment les données de clonotype TCR sont intégrées avec les caractéristiques d'expression génique à cellule unique pour visualiser l'identité des cellules immunitaires, le type de récepteur et les motifs de clonotype dominants.
La figure 3 montre comment les données de clonotype TCR peuvent être intégrées avec des caractéristiques d'expression génique à cellule unique pour visualiser l'identité des cellules immunitaires, le type de récepteur et les motifs de clonotype dominants.
Conclusion
Cette étude montre pourquoi le scTCR-seq devient plus utile lorsque les informations sur les clonotypes sont interprétées en conjonction avec le phénotype des cellules et le contexte d'expression génique. Pour les projets de répertoire immunitaire, la récupération de la séquence des récepteurs n'est qu'une partie de la question. La véritable valeur réside dans la connexion de l'identité des clonotypes avec l'état cellulaire, les différences entre groupes et la fonction biologique.
Publications connexes
Les publications suivantes sont liées à la recherche sur le répertoire immunitaire, le TCR, le BCR ou le séquençage immunitaire.
Journal : Gut
Année : 2025
Pertinence : Recherche liée à l'immunothérapie basée sur les TCR
Applications de l'immunoséquençage dans le lymphome cutané à cellules T
Journal : Frontières en Immunologie
Année : 2023
Pertinence : Application de séquençage du répertoire immunitaire associé
Séquençage de nouvelle génération des répertoires d'affichage d'anticorps
Journal : Frontiers in Immunologie
Année : 2018
Pertinence : Recherche liée au séquençage du répertoire des anticorps
Explorez les services connexes de CD Genomics qui peuvent soutenir votre projet de profilage immunitaire :
