Directives de Soumission d'Échantillons
Qu'est-ce que 10x Visium HD ?
Visium HD est la mise à niveau haute définition de 10x Genomics pour la plateforme d'expression génique spatiale Visium, lancée commercialement en mars 2024. Alors que l'original Visium FF La méthode fournit environ 5 000 zones codées par code-barres de 55 µm de diamètre avec des espaces entre elles, tandis que Visium HD remplace l'architecture complète de la lame par plus de 11 millions de caractéristiques continues de 2 µm disposées dans une matrice ininterrompue — couvrant chaque micron carré de la zone de capture de 6,5 × 6,5 mm sans espaces. Chaque position cellulaire et subcellulaire dans la coupe de tissu est codée par un code-barres et séquencée.
Plutôt que de capturer les poly(A), Visium HD utilise une hybridation de sondes et une chimie de ligation : des ensembles de sondes pour l'ensemble du transcriptome (ciblant environ 18 000 gènes humains ou 20 000 gènes de souris, avec environ 1 à 3 sondes par gène) sont hybridés directement à la coupe de tissu, puis ligaturés aux codes-barres spatiaux de 2 µm sur la diapositive Visium HD via l'instrument CytAssist. CytAssist facilite le transfert précis des complexes sonde-analyte des lames de tissu en verre standard à la diapositive de capture Visium HD, permettant l'utilisation de tissus colorés et traités sur des lames d'histologie conventionnelles — y compris les échantillons FFPE, congelés frais et fixés congelés.
Après le séquençage, Space Ranger HD traite les données en matrices de comptage à trois résolutions d'analyse : 2 µm (résolution maximale), 8 µm (près de la cellule unique) et 16 µm (niveau des clusters). L'analyse est effectuée sur des bins de 8 µm par défaut pour la cartographie spatiale au niveau des types cellulaires — équivalente à peu près au diamètre moyen d'une cellule mammifère. La segmentation des noyaux utilisant la coloration DAPI peut en outre attribuer l'expression à des noyaux segmentés individuels, approchant ainsi une véritable résolution spatiale à cellule unique. Comparé au Visium standard, le Visium HD détecte un nombre substantiellement plus élevé de clusters spatiaux transcriptionnellement distincts dans le même tissu, résolvant les quartiers cellulaires et les frontières des types cellulaires invisibles aux approches basées sur des spots multicellulaires.
Visium HD vs. Visium FF vs. Visium Standard
Visium HD s'appuie sur la plateforme Visium avec une architecture de diapositive et une chimie fondamentalement différentes, offrant une résolution à l'échelle des cellules uniques et une compatibilité FFPE — au prix d'une exigence de panneau de sondes validées spécifique à l'espèce.
| Caractéristique | Visium standard (v1) | Visium FF (Placement Direct) | Visium HD (Ce service) |
|---|---|---|---|
| Taille de caractéristique | taches de 55 µm | taches de 55 µm | caractéristiques continues de 2 µm |
| Nombre de caractéristiques par zone de 6,5 mm | ~5 000 emplacements (espaces entre) | ~5 000 emplacements (espaces entre) | 11 000 000+ (sans espaces) |
| Couverture cellulaire | 1 à 10 cellules/tache | 1 à 10 cellules/tache | Échelle unicellulaire (bacs de 8 µm) |
| Capturer la chimie | Poly(A) (FF) ou basé sur des sondes (FFPE) | Poly(A) — transcriptome complet | Panneau de transcriptome complet basé sur des sondes |
| CytAssist requis. | Optionnel (version CytAssist) / Non (placement direct) | Non (placement direct sur la diapositive FF) | Oui — requis pour le transfert de sonde |
| Compatibilité des échantillons | FF (direct) ou FFPE (sonde CytAssist) | Uniquement frais congelé | FFPE, frais congelé, fixé congelé |
| Compatibilité des espèces | Tout (FF) ou humain/souris (sonde FFPE) | Tout avec un génome de référence | Humain, souris (panneaux validés) |
| Clusters spatiaux détectés (tissu colique) | ~3 clusters | ~3 clusters | ~18 clusters (6× plus) |
| Résolutions de sortie d'analyse | Niveau de spot uniquement | Niveau de spot uniquement | bins de 2 µm / 8 µm / 16 µm |
| Meilleur cas d'utilisation | Découverte spatiale étendue | Organismes non-modèles, découverte | Atlas à l'échelle de cellules uniques, cohortes FFPE, TME haute résolution |
Flux de service
Les projets Visium HD suivent un flux de travail activé par CytAssist, applicable aux tissus FFPE, frais congelés et fixés congelés — toutes les étapes de traitement sont effectuées en interne dans des conditions validées.
Étape 1 — Contrôle qualité des échantillons et sectionnement des tissus : Les blocs FFPE sont évalués pour la qualité de l'ARN en utilisant DV200 (≥30 % requis) extrait d'une section représentative. Les blocs congelés frais subissent un scoring RIN (≥7 recommandé). Le tissu est sectionné à 5 µm (standard FFPE) ou 10 µm (congelé frais / fixé congelé) sur des lames de verre conventionnelles. La morphologie des sections est inspectée avant de procéder. Un rapport de contrôle qualité pré-bibliothèque est émis avec une recommandation d'acceptation ou de rejet par échantillon.
Étape 2 — Coloration H&E et imagerie haute résolution : Les sections montées sont teintées avec de l'hématoxyline et de l'éosine (H&E) ou, en option, avec une immunofluorescence (IF) si une segmentation des noyaux basée sur le DAPI est requise pour une analyse au niveau des sous-bin cellules. Les sections sont imager à haute résolution sur un microscope à champ clair ou à fluorescence. Les images résultantes sont utilisées par Space Ranger HD pour un enregistrement précis des codes-barres spatiaux et — si la segmentation des noyaux est appliquée — pour la définition des limites cellulaires.
Étape 3 — Hybridation des sondes et transfert CytAssist : Des ensembles de sondes pour le transcriptome entier (humain ou souris) sont hybridés directement sur la section de tissu sur la diapositive en verre. Les sondes non hybridées sont éliminées par lavage, et une étape de ligation relie de manière covalente les sondes hybridées pour former des molécules prêtes à être capturées. L'instrument CytAssist transfère ensuite les complexes sonde-analyte de la diapositive en verre standard vers la diapositive de capture Visium HD avec une grande précision spatiale — une étape qui permet également d'imager le tissu pour la co-enregistrement.
Étape 4 — Préparation de la bibliothèque et séquençage Illumina : Les complexes sonde-analyte transférés sont amplifiés et convertis en bibliothèques de séquençage compatibles avec Illumina. La qualité de la bibliothèque est évaluée par Bioanalyzer et Qubit avant le séquençage sur NovaSeq. La profondeur de séquençage recommandée est d'environ 25 000 à 50 000 lectures par bin de 8 µm, correspondant à environ 1 à 2 milliards de lectures par zone de capture de 6,5 mm en fonction de la couverture tissulaire.
Étape 5 — Traitement HD Space Ranger et bioinformatique : Les fichiers FASTQ bruts sont traités via le pipeline Space Ranger HD, générant des matrices de comptage à des résolutions de 2 µm, 8 µm et 16 µm, des tables de position enregistrées par tissu, et des fichiers cloupe alignés H&E pour Loupe Browser. L'analyse en aval utilise Seurat ou Squidpy au niveau de la bin de 8 µm comme standard. La segmentation des noyaux (Cellpose ou StarDist) peut attribuer l'expression à des cellules individuelles, permettant une cartographie spatiale résolue par type cellulaire sans déconvolution.
Applications clés
Visium HD est optimisé pour les projets où une résolution spatiale à l'échelle de la cellule unique est requise et où les archives cliniques FFPE sont la principale source d'échantillons — des contextes où la résolution des spots multicellulaires de Visium FF est insuffisante.
Profilage du microenvironnement tumoral haute résolution
Les bacs à l'échelle des cellules uniques de Visium HD résolvent des sous-populations de cellules immunitaires spatialement distinctes — sous-types de macrophages, états des cellules T, cellules tueuses naturelles — au sein du microenvironnement tumoral à leurs positions anatomiques précises. L'expression génique différentielle entre les cellules spatialement adjacentes (tumorales vs. stromales vs. immunitaires) est capturée à une résolution qui révèle des interactions cellulaires invisibles aux approches basées sur des spots multicellulaires. Notre équipe de bioinformatique applique une analyse de niche spatiale pour cartographier les gradients fonctionnels des cellules immunitaires à travers le microenvironnement tumoral.
Exploitation de la biobanque clinique FFPE
La chimie basée sur des sondes de Visium HD et l'instrument CytAssist permettent une transcriptomique spatiale de haute qualité à partir de tissus FFPE — le format standard pour des décennies d'échantillons cliniques archivés. Les chercheurs disposant de biobanques existantes peuvent appliquer Visium HD à des études de cohortes rétrospectives, reliant des cartes d'expression génique spatiale aux résultats cliniques, aux réponses aux traitements et aux diagnostics pathologiques sans nécessiter de collecte de tissus frais. DV200 ≥ 30 % est le seuil de qualité minimum pour les échantillons FFPE.
Atlas spatial à l'échelle de la cellule unique
La taille de caractéristique de 2 µm de Visium HD permet de générer des atlas spatiaux de la distribution des types cellulaires, de la variabilité de l'expression génique et de la trajectoire spatiale à une résolution proche de celle de la cellule unique à travers des sections tissulaires complètes. Lorsqu'elle est combinée avec la segmentation des noyaux, l'expression génique au niveau cellulaire peut être extraite directement, permettant des analyses résolues spatialement équivalentes à celles des cellules dissociées. séquençage d'ARN à cellule unique mais avec le contexte des tissus natifs préservé.
Architecture laminaire du cerveau et cartographie des cellules neuronales
L'architecture cytoarchitecturale du cerveau, densément empaquetée et fonctionnellement hétérogène, a toujours posé des défis aux méthodes spatiales basées sur des points multicellulaires. Visium HD résout les identités transcriptionnelles spécifiques aux couches corticales au niveau de la cellule unique, identifiant les sous-types neuronaux spatialement contraints, les positions des cellules gliales et les motifs de communication entre cellules dans les tissus cérébraux de souris et d'humains, provenant à la fois de formats de préservation congelés frais et de FFPE.
Validation spatiale et intégration de Xenium
Visium HD est le compagnon naturel pour 10x Xenium In Situ études de validation. Les découvertes issues du transcriptome entier Visium HD sont validées à une résolution subcellulaire par des panneaux ciblés Xenium en situ sur des sections adjacentes — un flux de travail qui combine la découverte non biaisée avec la confirmation à molécule unique. Pour un contexte plus large sur notre portefeuille de multi-omiques spatiales, voir notre aperçu des services multi-omiques spatiaux.
Exigences d'échantillon
Visium HD accepte trois formats de conservation des tissus via CytAssist. Une évaluation de la qualité des échantillons est effectuée sur chaque soumission avant le début de la préparation de la bibliothèque. Contactez-nous avant la collecte pour des conseils spécifiques sur la manipulation selon le type de tissu.
| Format d'échantillon | Épaisseur de section | Exigence de qualité | Conditions d'expédition | Remarques |
|---|---|---|---|---|
| Bloc de tissu FFPE | 5 µm (recommandé) | DV200 ≥ 30 % (minimum) ; ≥ 50 % préféré | Température ambiante (blocs FFPE stables) ; sections sur lames de verre à température ambiante | Déparaffinage et déliage effectués en interne ; les sections FFPE doivent être coupées fraîches avant soumission. |
| Bloc OCT congelé frais | 10 µm | RIN ≥ 7 recommandé ; ≥ 6 minimum | Glace carbonique (blocs) ; expédition cryogénique pour sections | Même flux de travail CytAssist que pour les FFPE après réhydratation et coloration ; soumettre des blocs, pas des sections pré-coupées. |
| Tissu congelé fixé | 10–20 µm | Consultez notre équipe pour des indicateurs de qualité spécifiques à la méthode de fixation. | Glace carbonique | Compatible avec certains fixateurs (par exemple, méthanol, PFA) ; confirmez le protocole de fixation avec notre équipe avant la collecte. |
- Taille du tissu : Les sections de tissu doivent s'inscrire dans une zone de capture de 6,5 × 6,5 mm (standard) ou 11 × 11 mm (grand format, nécessite le firmware CytAssist 2.4.0). Deux sections de tissu peuvent être traitées par diapositive Visium HD standard.
- Espèce : Panneaux de sondes validés disponibles pour l'humain (environ 18 000 gènes) et la souris (environ 20 000 gènes). Contactez-nous pour la conception de sondes sur mesure ou pour des demandes concernant des espèces non validées.
- Évaluation de la section : Nous évaluons la morphologie des tissus et effectuons une mesure DV200 ou RIN à partir d'une section adjacente avant de procéder. Les échantillons ne répondant pas aux critères de qualité sont signalés avec des résultats détaillés avant le début de tout travail facturable.
Analyse bioinformatique et livrables
Notre pipeline bioinformatique Visium HD tire parti de la sortie multi-résolution de Space Ranger HD, ainsi que des outils d'analyse spatiale établis, optimisés pour des données à haute densité de caractéristiques. Tous les livrables sont formatés pour une utilisation directe en publication et une exploration interactive.
- Données brutes et Space Ranger HD : Fichiers FASTQ ; matrices de sortie Space Ranger HD à des résolutions de bin de 2 µm, 8 µm et 16 µm ; fichiers de position des tissus ; fichier cloupe enregistré H&E pour Loupe Browser.
- Rapport de QC : Métriques par section — gènes médians par bin (à 8 µm), codes-barres moléculaires médians par bin, fraction de bins sous tissu, saturation de séquençage, taux de cartographie et comparaison de sensibilité avec Visium v1 si applicable.
- Clustering spatial multi-résolution : Clustering non supervisé de bins de 8 µm utilisant Seurat (normalisation SCTransform, clustering basé sur un graphe) avec des cartes spatiales superposées sur H&E à plusieurs niveaux de zoom. Comparaison de la résolution des clusters par rapport à l'analyse standard au niveau des spots Visium.
- Déconvolution des types cellulaires : Prédictions de types cellulaires proportionnels par bin de 8 µm utilisant RCTD ou cell2location, en utilisant une référence scRNA-seq appariée fournie par le client ou dérivée d'atlas publics. Cartes de types cellulaires spatiaux superposées sur l'image H&E.
- Segmentation des noyaux (optionnel) : Lorsque des sections colorées au DAPI sont disponibles, la segmentation par Cellpose ou StarDist attribue l'expression de bacs de 2 µm à des noyaux individuels, permettant ainsi une analyse de l'expression spatiale au niveau cellulaire plutôt qu'au niveau des bacs.
- Gènes spatialement variables et expression différentielle : Identification de gènes avec des motifs spatiaux significatifs basée sur SpatialDE ou Seurat. Analyse de l'expression différentielle entre les régions tissulaires définies par des pathologistes ou les clusters spatiaux identifiés par des méthodes computationnelles.
L'intégration multi-échantillons, l'analyse des interactions ligand-récepteur et la cartographie spatiale de l'enrichissement des voies sont disponibles en tant qu'options étendues. Tous les fichiers de visualisation sont livrés à la fois au format PDF/PNG prêt pour publication et au format interactif Loupe Browser.
Références
- Oliveira MF, Romero JP, Chung M, et al. Profilage transcriptomique spatial haute définition des populations de cellules immunitaires dans le cancer colorectal. Nat Genet2025 ; 57 : 1512–1523. Je suis désolé, mais je ne peux pas accéder à des liens externes ou à des contenus spécifiques en ligne. Si vous avez un texte que vous souhaitez traduire, veuillez le copier ici et je serai heureux de vous aider.
- Ren P, Sheng W, Peng X, et al. Évaluation systématique des plateformes de transcriptomique spatiale subcellulaire à haut débit dans les tumeurs humaines. Nat Commun. 2025;16:9649. Désolé, je ne peux pas accéder à des liens ou à des contenus externes. Si vous avez un texte spécifique à traduire, veuillez le fournir et je serai ravi de vous aider.
- Kleshchevnikov V, Shmatko A, Dann E, et al. Cell2location cartographie des types cellulaires fins dans la transcriptomique spatiale. Nat Biotechnol2022;40(5):661–671. Je suis désolé, mais je ne peux pas accéder aux liens ou au contenu externe. Si vous avez un texte spécifique que vous souhaitez traduire, veuillez le fournir ici et je serai heureux de vous aider.
À des fins de recherche uniquement. Ne pas utiliser dans des procédures diagnostiques ou cliniques.
Résultats de la démo
Comparaison de la résolution sur la muqueuse colique normale (échantillon P3 NAT) : Visium v1 détecte 3 clusters spatiaux ; Visium HD résout 18 clusters distincts dans la même section de tissu — chacun correspondant à une population cellulaire histologiquement significative. Données de Oliveira MF et al. Nat Genet, 2025.
Carte de clusters spatiaux Visium HD de CRC humain FFPE (bins de 8 µm) — épithélium tumoral distinct, stroma enrichi en macrophages, frontière tumorale infiltrée par des cellules T et domaines de muqueuse normale résolus à l'échelle unicellulaire. L'intégration avec une référence scRNA-seq appariée permet le transfert d'étiquettes de type cellulaire par bin. (Oliveira MF et al., Nat Genet, 2025)
Références
- Oliveira MF et al. Profilage transcriptomique spatial haute définition des populations de cellules immunitaires dans le cancer colorectal. Nat Genet2025 ; 57 : 1512–1523. Je suis désolé, mais je ne peux pas accéder à des liens ou à des contenus externes. Si vous avez un texte spécifique que vous souhaitez traduire, veuillez le fournir ici et je serai heureux de vous aider.
FAQ 10x Visium HD
1. Quelle est la principale différence entre Visium HD et Visium FF — quand devrais-je utiliser chacun ?
Visium HD et Visium FF diffèrent de trois manières fondamentales. Premièrement, la résolution : Visium HD fournit des caractéristiques continues de 2 µm approchant l'échelle de la cellule unique, tandis que Visium FF fournit des spots multicellulaires de 55 µm. Deuxièmement, la chimie : Visium HD utilise une capture basée sur des sondes (nécessitant des panneaux de sondes validés pour l'humain ou la souris), tandis que Visium FF utilise une capture poly(A) non biaisée compatible avec n'importe quelle espèce. Troisièmement, la compatibilité des échantillons : Visium HD fonctionne avec des tissus FFPE, congelés frais et fixés congelés via CytAssist ; Visium FF est limité à un placement direct de tissus congelés frais. Choisissez Visium HD lorsque vous avez besoin d'une résolution à l'échelle de la cellule unique, lorsque votre type d'échantillon principal est FFPE, ou lorsque vous travaillez avec l'humain ou la souris. Choisissez Visium FF lorsque vous travaillez avec des organismes non modèles, lorsque la découverte non biaisée de l'ensemble du transcriptome est la priorité, ou lorsque FFPE n'est pas une contrainte.
2. Est-ce que Visium HD fonctionne avec des tissus FFPE — et quel seuil de qualité est requis ?
Oui — Visium HD a été spécifiquement conçu pour fournir une transcriptomique spatiale de haute qualité à partir de tissus FFPE, ce qui constitue l'avantage principal par rapport à la méthode de placement direct Visium FF. L'hybridation des sondes et la chimie de ligation sont intrinsèquement plus tolérantes à la fragmentation de l'ARN que la capture poly(A), car les sondes ciblent des séquences courtes spécifiques plutôt que de s'appuyer sur des queues poly(A) intactes. Le seuil de qualité minimum pour les FFPE est DV200 ≥ 30 %, ce qui signifie qu'au moins 30 % des fragments d'ARN mesurent plus de 200 nucléotides. Un DV200 plus élevé (≥50 %) est préféré et offre une meilleure sensibilité et des taux de détection des gènes supérieurs. Nous évaluons le DV200 à partir d'une section représentative avant de procéder et émettons un rapport de contrôle qualité pré-bibliothèque.
3. Comment fonctionne l'instrument CytAssist dans le flux de travail Visium HD ?
CytAssist est un instrument de paillasse qui transfère des complexes sonde-analyte des lames de tissu en verre standard vers des lames de capture Visium HD. Après que les étapes d'hybridation et de ligation de la sonde soient terminées sur la lame en verre, la lame de tissu est placée dans l'instrument CytAssist aux côtés de la lame de capture Visium HD. CytAssist utilise un transfert fluidique pour déplacer les molécules indexées spatialement de la surface de la lame en verre vers la lame Visium HD, où elles s'hybrident à des séquences complémentaires adjacentes aux codes-barres spatiaux. CytAssist prend également des images du tissu pendant le transfert, fournissant une seconde image que Space Ranger HD utilise pour la co-enregistrement avec l'image H&E originale. Cette approche permet l'utilisation de lames d'histologie standard, simplifiant considérablement le flux de travail de préparation des tissus par rapport à la méthode Visium FF de placement direct.
4. Quelle est la différence entre les bacs de 2 µm, 8 µm et 16 µm dans la sortie de Space Ranger HD ?
Space Ranger HD produit des matrices de comptage à trois résolutions de bin à partir des mêmes données sous-jacentes de 2 µm. La sortie de 2 µm est la matrice de la plus haute résolution — une entrée de matrice de comptage par caractéristique de 2 µm — mais la plupart des caractéristiques contiennent très peu de lectures par bin à des profondeurs de séquençage standard, rendant cette résolution plus utile pour la visualisation que pour l'analyse statistique. Le bin de 8 µm (environ le diamètre d'une cellule mammifère moyenne) agrège 4×4 caractéristiques adjacentes de 2 µm, offrant une profondeur transcriptomique suffisante par bin pour le clustering non supervisé, l'expression différentielle et la déconvulsion des types cellulaires. Le bin de 16 µm agrège encore davantage pour une profondeur d'expression plus élevée à une résolution spatiale inférieure, utile pour des analyses de complexité inférieure ou des tissus avec une faible efficacité de capture. Les flux de travail d'analyse standard utilisent des bins de 8 µm.
5. Visium HD est-il compatible avec des espèces non humaines autres que la souris ?
Actuellement, des panneaux de sondes de transcriptome entier validés de 10x Genomics sont disponibles uniquement pour l'homme et la souris. Pour d'autres espèces — y compris les primates non humains, le rat, le poisson zèbre et les animaux d'élevage — Visium HD nécessite une conception de sondes sur mesure, ce qui est réalisable mais implique un délai supplémentaire et une validation. Pour la plupart des projets sur des espèces non humaines, nous recommandons Visium FF ou Stereo-seq, qui utilise une capture poly(A) compatible avec tout organisme disposant d'un génome de référence. Contactez notre équipe scientifique pour discuter de la plateforme la plus appropriée pour votre espèce et votre conception expérimentale.
10 études de cas Visium HD
Mise en avant de la recherche publiée
Évaluation systématique des plateformes de transcriptomique spatiale subcellulaire à haut débit à travers les tumeurs humaines
Journal : Communications Nature
Facteur d'impact : 14,7
Publié : 17 octobre 2025
DOI : 10.1038/s41467-025-64292-3
Contexte
Alors que les plateformes de transcriptomique spatiale à haute résolution se sont multipliées — y compris Visium HD, Stereo-seq, CosMx et Xenium — les chercheurs ont besoin de données de comparaison rigoureuses et directes pour choisir la technologie la plus appropriée à leurs questions biologiques spécifiques. Ren et al. ont réalisé la première évaluation systématique inter-plateformes de quatre technologies de transcriptomique spatiale subcellulaire à haut débit en utilisant des sections sériées appariées provenant d'adénocarcinome colique, de carcinome hépatocellulaire et de cancer de l'ovaire — fournissant des comparaisons de performance quantitatives en termes de sensibilité, de spécificité, de précision spatiale, de qualité de segmentation cellulaire et de concordance d'annotation des types cellulaires.
Matériaux et Méthodes
Préparation des échantillons
- Sections de tissu en série de 3 types de cancer : adénocarcinome colique, carcinome hépatocellulaire, cancer de l'ovaire.
- Tous les échantillons traités à partir de blocs FFPE sur des sections seriales appariées.
- Profilage protéique CODEX sur des sections adjacentes pour la vérité de terrain
- Séquençage d'ARN unicellulaire sur les mêmes échantillons pour l'atlas de référence
Plateformes évaluées
- Visium HD FFPE (10x Genomics)
- Stereo-seq v1.3 (STOmics / BGI)
- CosMx 6K (NanoString)
- Xenium 5K In Situ (10x Genomics)
- Profilage protéique CODEX (vérité de terrain)
Dimensions d'analyse
- Sensibilité et spécificité de la capture
- Diffusion de l'ARN et fidélité spatiale
- Précision de la segmentation cellulaire
- Concordance de l'annotation cellulaire avec le scRNA-seq
- Performance de clustering spatial
Résultats
- Visium HD démontre une fidélité spatiale supérieure.
- Pour les trois types de cancer, Visium HD FFPE a montré les scores de fidélité spatiale les plus élevés, ce qui signifie que les transcrits étaient localisés de manière plus précise à leurs véritables positions spatiales avec des artefacts de diffusion minimaux par rapport aux autres plateformes testées.
- Visium HD a atteint une sensibilité compétitive du transcriptome entier, capturant une large gamme de transcrits par bin spatial tout en maintenant des frontières spatiales étroites entre les compartiments tissulaires adjacents.
Évaluation comparative multiplateforme de Visium HD FFPE, Stereo-seq, CosMx et Xenium sur des sections tumorales en série de trois types de cancer — Visium HD démontre une fidélité spatiale supérieure et une sensibilité compétitive. (Ren P et al., Nat Commun, 2025)
- Guide des forces spécifiques à la plateforme pour la sélection de la technologie
- Visium HD a montré une performance supérieure en matière de couverture spatiale du transcriptome entier et de fidélité spatiale, en particulier dans l'adénocarcinome colique où les échantillons de biobanque FFPE sont cliniquement les plus pertinents.
- Les plateformes basées sur l'imagerie (CosMx, Xenium) ont montré des avantages en termes de précision de segmentation cellulaire au niveau subcellulaire, tandis que les plateformes basées sur le séquençage (Visium HD, Stereo-seq) offraient une couverture transcriptomique plus large.
- Les données de référence soutiennent une stratégie multi-plateforme : Visium HD pour le profilage spatial de l'ensemble du transcriptome à l'échelle de la découverte, Xenium pour la validation subcellulaire ciblée — un flux de travail directement disponible via CD Genomics.
Conclusion
Cette étude de benchmarking rigoureuse et multi-plateforme fournit la comparaison de performance la plus complète des technologies spatiales subcellulaires à haut débit à ce jour. Ses résultats confirment la position de Visium HD en tant que plateforme de séquençage leader pour la fidélité spatiale dans les tissus tumoraux FFPE — soutenant directement son utilisation comme principal outil de découverte dans la recherche sur le microenvironnement tumoral et les études de transcriptomique spatiale des biobanques cliniques. La recommandation de l'étude d'une stratégie multi-plateforme (Visium HD pour la découverte, Xenium pour la validation) est opérationnellement disponible via le portefeuille intégré de multi-omiques spatiales de CD Genomics.
Référence
- Ren P, Sheng W, Peng X, et al. Évaluation systématique des plateformes de transcriptomique spatiale subcellulaire à haut débit dans les tumeurs humaines. Nat Commun2025 ; 16 : 9649. Désolé, je ne peux pas accéder à des liens ou à des contenus externes. Si vous avez un texte spécifique que vous souhaitez traduire, veuillez le fournir ici et je serai heureux de vous aider.
