Directives de Soumission d'Échantillons
Qu'est-ce que le séquençage polyA ?
Le séquençage Poly(A) offre une fenêtre puissante sur le cycle de vie des molécules d'ARNm en mesurant précisément la longueur et la composition des queues poly(A) situées à l'extrémité 3' des transcrits. Ces queues jouent des rôles cruciaux dans :
- Stabilité de l'ARNm
Des queues poly(A) plus longues protègent souvent l'ARNm de la dégradation, prolongeant la durée de vie des transcrits dans la cellule. - Efficacité de la traduction
La longueur de la poly(A) influence l'efficacité de la traduction de l'ARNm en protéines. - Régulation de l'expression génique
Les variations de la longueur de la queue poly(A) reflètent des processus biologiques dynamiques, tels que le développement, les réponses au stress et les états pathologiques.
Les méthodes traditionnelles comme la LC-MS ou l'électrophorèse sur gel ne fournissent que des estimations moyennes de la longueur des poly(A). En revanche, les technologies basées sur le séquençage—including TAIL-seq et séquençage d'ARN direct—fournir une résolution de base et détecter des variations spécifiques aux transcrits et des modifications de l'extrémité 3'. Ce niveau de détail permet aux chercheurs de découvrir des mécanismes régulateurs à petite échelle et de soutenir des applications telles que le développement de thérapies à base d'ARNm et la découverte de biomarqueurs.
Services de séquençage polyA de CD Genomics
Chez CD Genomics, nous proposons des services de séquençage polyA complets conçus pour fournir des informations à haute résolution sur la biologie de l'ARNm. En utilisant des plateformes avancées, y compris TAIL-seq et le séquençage direct de l'ARN, nous permettons aux chercheurs de mesurer avec précision la longueur de la queue poly(A) et d'identifier les modifications à l'extrémité 3' à travers le transcriptome.
Nos services de séquençage polyA vous aident à :
✅ Quantifier les longueurs de queue poly(A) avec une précision nucléotidique.
Obtenez des mesures précises pour chaque transcript, en évitant les biais introduits par l'enrichissement en oligo(dT) ou l'amplification par PCR.
✅ Détecter les modifications et variantes de l'extrémité 3'
Révélez l'uridylation, la guanylation et d'autres ajouts non-adénine qui influencent la dégradation de l'ARNm ou l'efficacité de la traduction.
✅ Profil des sites d'alternative polyadénylation
Cartographier les sites poly(A) à l'échelle du génome pour comprendre la diversité des isoformes de transcrits et les dynamiques régulatrices.
✅ Soutenir le développement et le contrôle qualité des thérapies à base d'ARNm
Assurez l'intégrité de la queue poly(A) et l'uniformité de la longueur des produits d'ARNm transcrits in vitro (IVT), essentiels pour l'efficacité thérapeutique et la conformité réglementaire.
✅ Découvrir les mécanismes régulateurs dans la santé et la maladie
Explorez la dynamique de la queue poly(A) dans divers contextes biologiques, du développement embryonnaire au cancer et à la biologie des plantes.
Flux de travail
Spécifications du service
| Fonctionnalité | Détails |
|---|---|
| Type d'échantillon | ARN total (≥1–2 μg), haute intégrité (RIN >7 recommandé) |
| Qualité d'entrée | Traitée avec de la DNase, exempte d'inhibiteurs et de contaminants |
| Plage de longueur de la queue Poly(A) | Détectable de ~10 nucléotides à plus de 250 nucléotides |
| Plateformes de séquençage | Illumina (TAIL-seq), séquençage RNA direct Nanopore |
| Capacités de détection | Longueur de la queue poly(A), sites de polyadénylation alternatifs, modifications de l'extrémité 3' |
| Sortie de données | Fichiers FASTQ, rapports de longueur de queue poly(A), graphiques de visualisation |
| Analyse bioinformatique | Quantification de la longueur de la queue, analyse différentielle, perspectives spécifiques aux isoformes |
| Applications | Études de stabilité de l'ARNm, efficacité de la traduction, contrôle qualité des thérapies à base d'ARNm, profilage de la polyadénylation alternative, recherche sur les maladies |
| Type de service | Usage de recherche uniquement (RUO) |
Analyse bioinformatique
Points techniques saillants
CD Genomics combine des technologies de séquençage de pointe avec une bioinformatique rigoureuse pour fournir une analyse complète des queues polyA. Notre plateforme de séquençage polyA offre des atouts techniques uniques :
Mesure de la longueur de queue en haute résolution
- Atteindre une résolution à un nucléotide unique des longueurs de queue poly(A) pour des transcrits individuels.
- Distinguer les différences subtiles de longueur de queue qui corrèlent avec la stabilité de l'ARNm et l'efficacité de la traduction.
Détection des modifications de l'extrémité 3'
- Identifier l'uridylation, la guanylation et les ajouts mixtes non-adénine aux extrémités 3' de l'ARNm.
- Révéler de nouveaux signaux régulateurs affectant la dégradation de l'ARNm ou la répression translationnelle.
Pas de biais Oligo(dT)
- Évitez les biais introduits par l'enrichissement en oligo(dT), permettant une détection précise des courtes queues poly(A).
- Capture des queues poly(A) de pleine longueur sans artefacts de séquence.
Résolution au niveau de la transcription
- Cartographier les queues poly(A) directement sur des transcrits spécifiques.
- Analyse des dynamiques poly(A) spécifiques aux isoformes, essentielles pour les études de polyadénylation alternative.
Plateformes de séquençage avancées
TAIL-seq:
- Approche de séquençage en paires corrélant la longueur de la queue 3' avec l'identité des gènes.
- Idéal pour les études nécessitant un profilage précis de la longueur de la queue poly(A) et la détection de modifications.
Séquençage d'ARN direct:
- La technologie basée sur les nanopores lit des molécules d'ARN natives.
- Élimine les biais de PCR et de transcription inverse.
- Profile simultanément la longueur des poly(A) et les modifications de l'ARN.
Pipeline bioinformatique robuste
- Détection et quantification automatisées des longueurs de queue poly(A).
- Analyse différentielle entre les conditions expérimentales.
- Des sorties de visualisation telles que des histogrammes, des boîtes à moustaches et des nuages de points pour une interprétation intuitive des données.
Applications du séquençage polyA
Études sur la stabilité et la dégradation de l'ARNm
- Mesurer les longueurs des queues poly(A) pour inférer les demi-vies des transcrits et les cinétiques de dégradation.
- Identifier des transcrits subissant un renouvellement rapide ou présentant des profils d'expression stables.
Analyse de l'efficacité de la traduction
- Corréler la longueur de la queue poly(A) avec le chargement des ribosomes et les taux de production des protéines.
- Découvrez les mécanismes qui affinent l'expression génique au niveau post-transcriptionnel.
Profilage de la polyadénylation alternative
- Cartographier les sites poly(A) à l'échelle du génome pour étudier la diversité des isoformes de transcrits.
- Étudier comment les changements dans la polyadénylation affectent la régulation des gènes dans le développement, la réponse au stress et les maladies.
Développement thérapeutique de l'ARNm et contrôle de la qualité
- Évaluer la distribution de la longueur de la queue poly(A) dans les produits d'ARNm transcrits in vitro (IVT).
- Assurer la conformité avec les attentes réglementaires pour les thérapies et vaccins basés sur l'ARNm.
Recherche sur les maladies et découverte de biomarqueurs
- Explorez les changements dans la dynamique de la queue poly(A) associés au cancer, à la neurodégénérescence et à d'autres pathologies.
- Identifier des signatures poly(A) spécifiques aux transcrits comme biomarqueurs diagnostiques ou pronostiques potentiels.
Génomique des plantes et de l'agriculture
- Analyse les motifs de queue poly(A) spécifiques aux tissus dans les cultures et les plantes modèles.
- Étudier la dynamique de la queue poly(A) dans les réponses au stress, la croissance et les processus de développement.
En permettant une analyse précise au niveau des transcrits des queues poly(A), nos services aident les chercheurs à déchiffrer les couches réglementaires clés de l'expression génique et à faire progresser les découvertes dans plusieurs domaines scientifiques.
Livrables
✅ Données de séquençage brutes
- Fichiers FASTQ contenant des lectures de haute qualité pour une analyse ultérieure.
- Compatible avec les pipelines bioinformatiques standards.
✅ Profils de longueur de queue Poly(A)
- Rapports détaillés quantifiant les longueurs de la queue poly(A) à travers les transcrits.
- Graphiques de distribution pour visualiser la variabilité de la longueur de la queue et détecter des changements globaux.
✅ Aperçus sur la polyadénylation alternative
- Identification de plusieurs sites poly(A) au sein des gènes.
- Analyse de la longueur de la queue poly(A) spécifique aux isoformes pour les études de polyadénylation alternative.
✅ Détection de modification de l'extrémité 3'
- Rapports mettant en évidence des ajouts non-adénine (par exemple, uridylation, guanylation) aux extrémités 3' des transcrits.
- Aperçus sur les mécanismes réglementaires affectant la stabilité et la traduction de l'ARNm.
✅ Analyse différentielle entre les conditions
- Comparaison statistique des distributions de longueur de queue poly(A) entre les groupes expérimentaux.
- Identification des changements significatifs liés aux processus biologiques ou aux traitements.
✅ Sorties de visualisation des données
Graphiques prêts à être publiés, y compris :
- Histogrammes
- Boîtes à moustaches
- Diagrammes de dispersion
- Outils visuels pour soutenir l'interprétation et la présentation des données poly(A).
✅ Soutien en bioinformatique expert
- Assistance avec l'interprétation des données et des analyses personnalisées.
- Recommandations personnalisées pour des expériences de suivi.
Exigences d'échantillon
| Type d'échantillon | Exigence TAIL Iso-seq |
|---|---|
| ARN total | ≥ 1 μg |
| Tissu animal frais (poids sec) | ≥ 300 mg |
| Tissu végétal frais (poids sec) | ≥ 500 mg |
| Cellules cultivées fraîches | ≥ 1 × 10⁷ cellules |
| Sang entier frais | 4–5 ml |
| Microorganismes | ≥ 1 × 10⁷ cellules ou ≥ 500 mg |
FAQ
1. Quels types d'échantillons puis-je utiliser pour le séquençage polyA ?
Tout ARN total de haute qualité (RIN > 7, ≥1–2 µg) provenant de différentes espèces—y compris les animaux, les plantes et les microbes—est approprié. Aucun enrichissement en poly(A) n'est requis.
2. Pouvez-vous mesurer avec précision les courtes queues poly(A) ?
Oui. Contrairement aux méthodes basées sur l'oligo(dT), notre plateforme de séquençage polyA quantifie de manière fiable des queues aussi courtes que ~10 nucléotides.
3. Que m'indique l'analyse de l'APA (Polyadénylation Alternative, PAA) ?
L'APA révèle une utilisation différente des sites poly(A) au sein d'un gène, ce qui est essentiel pour comprendre la diversité des isoformes de transcrits, la régulation de la longueur de l'UTR 3' et son impact sur la stabilité de l'ARNm ou la production de protéines.
4. Pouvons-nous identifier des modifications à l'extrémité 3', comme l'uridylation ou la guanylation ?
Absolument. Notre méthode détecte les ajouts non-adénine à l'extrémité 3', offrant des informations sur la régulation de l'ARNm que les méthodes LC-MS ou par gel ne peuvent pas fournir.
5. L'analyse bioinformatique des données polyA est-elle incluse ?
Oui. Nous fournissons à la fois des rapports standard et personnalisés : distribution de la longueur des queues, cartographie des sites APA, analyse différentielle des poly(A) et consultation d'experts pour l'interprétation.
6. Ces services sont-ils adaptés aux diagnostics cliniques ?
Non. Notre service de séquençage polyA est destiné à Usage de recherche uniquement (RUO) et n'est pas destiné à des applications cliniques ou diagnostiques.
Titre : Nano3P-seq dévoile des insights sur l'expression des ARNm et la dynamique de la queue poly(A) grâce au séquençage par nanopores à capture d'extrémité
La polyadénylation—l'ajout de queues poly(A)—est un processus crucial qui façonne la maturation, la durée de vie et la stabilité de l'ARN. Au fur et à mesure que les organismes se développent, ces queues changent de longueur, influençant directement l'efficacité avec laquelle l'ARNm est traduit en protéines.
Dans une étude publiée dans Méthodes de la nature (Facteur d'Impact 36,1) en janvier 2023, des chercheurs ont introduit Nano3P-seq, une technique de pointe utilisant la plateforme de séquençage de Nanopore. Cette approche de capture terminale quantifie non seulement l'abondance de l'ARN à travers le transcriptome, mais dissèque également la composition et la dynamique de longueur des queues poly(A) - le tout sans nécessiter d'amplification PCR ni de ligature d'adaptateurs ARN.
Contrairement aux méthodes de séquençage traditionnelles, le Nano3P-seq utilise un mécanisme de commutation de modèle pour lire les molécules d'ARN à partir de leurs extrémités 3'. Ce design permet un profilage précis, que les transcrits portent ou non des queues poly(A). L'équipe a démontré que le Nano3P-seq estime efficacement les niveaux d'ARN et les longueurs de queue tout en capturant diverses espèces d'ARN, y compris les ARNm et les longs ARN non codants.
Fait frappant, l'étude a révélé que les queues poly(A) apparaissent même dans des régions inattendues, comme l'ARN ribosomal mitochondrial 16S dans des modèles de souris et de poisson zèbre. De plus, les données ont mis en évidence une régulation dynamique de la longueur des queues poly(A) pendant le développement embryonnaire des vertébrés, un facteur intimement lié à la dégradation et à la stabilité de l'ARNm.
Une capacité remarquable de Nano3P-seq est sa capacité à détecter des bases non-adénine intégrées dans les queues poly(A) lors de lectures de séquençage uniques. Ces insertions non-adénine, observées à différents stades de développement, éclairent de nouvelles couches régulatrices influençant l'expression des gènes chez les embryons vertébrés.
Les chercheurs et les développeurs de médicaments intéressés par la biologie de l'ARN disposent désormais d'un outil puissant pour explorer non seulement l'abondance des transcrits, mais aussi les modifications subtiles des queues qui pourraient contenir des indices sur les mécanismes de la maladie ou des cibles thérapeutiques.
Références
- Begik O, Diensthuber G, Liu H, et al. Nano3P-seq : analyse transcriptomique de l'expression génique et des dynamiques de la queue à l'aide du séquençage cDNA par nanopore avec capture de l'extrémité. Méthodes de la nature, 2023.
- Jia J, Lu W, Liu B, et al. Un atlas de l'ARN plein longueur des plantes révèle une régulation spécifique des tissus et conservée entre monocotylédones et dicotylédones de la longueur de la queue poly (A). Plantes de la nature, 2022.
