Service de microarray SNP

La génomique CD peut vous aider à analyser la variation génétique de manière efficace pour répondre à des besoins de recherche divers. En utilisant les plateformes de microarrays Affymetrix et Illumina, nous soutenons un traitement multiplex à haut débit pour répondre à des besoins de recherche variés, en fournissant des données de haute qualité à un coût par échantillon faible.

Qu'est-ce qu'un test de microarray SNP ?

Le microarray de polymorphisme nucléotidique unique (SNP) représente une technologie génomique sophistiquée et à haut débit, capable de détecter et d'analyser les polymorphismes nucléotidiques uniques à travers le génome humain. Les SNP constituent la forme de variation génétique la plus répandue parmi les individus, caractérisée par l'altération d'un seul nucléotide dans la séquence d'ADN. Ces petites altérations génomiques peuvent exercer une influence significative sur un large éventail de traits biologiques, englobant la susceptibilité aux maladies et la réponse pharmacogénomique.

Principes de détection par microarray SNP

• Composition de la puceLe microarray se compose principalement de brins de fibre optique et de nanomatériaux, tels que des billes de silicium, qui constituent les composants essentiels de la puce.
• Principes techniquesLa puce intègre de nombreuses sondes de séquence connues. Ces sondes s'hybrident avec des molécules d'ADN marquées par fluorescence provenant d'échantillons pour détecter les signaux d'hybridation. Ce processus facilite l'acquisition d'informations de séquence.

CD Genomics exploite une technologie de microarray SNP à la pointe de la technologie pour fournir des analyses génétiques précises et complètes. En utilisant des plateformes de microarray haute densité, CD Genomics offre des informations détaillées sur les variations génétiques, qui peuvent éclairer les bases moléculaires de divers phénotypes et conditions médicales. Cette technologie avancée facilite l'identification de loci génomiques critiques responsables de la prédisposition aux maladies et de la réponse thérapeutique, guidant potentiellement des stratégies préventives et des interventions médicales personnalisées.

Introduction au service de microarray SNP

Équipé de détection avancée des variantes et Génotypage SNP technologies, CD Genomics propose une suite de génotypage des services qui fournissent des données de haute qualité à des coûts par échantillon compétitifs. Les microarrays SNP sont un outil précieux pour les chercheurs, facilitant l'exploration des variants génétiques—y compris les SNP et les changements structurels significatifs—dans une gamme d'applications, de la découverte initiale au dépistage de routine.

Les microarrays de génotypage d'Affymetrix et d'Illumina sont connus pour leur performance fiable, ce qui les rend adaptés aux initiatives de médecine de précision, à la recherche clinique et translationnelle, à la pharmacologie, au dépistage des consommateurs et aux applications agricoles. En fonction de l'espèce et de la sélection spécifique des SNP, une gamme de stratégies de génotypage peut être employée pour répondre à divers besoins de recherche.

Tableau 1. Nos plateformes de génotypage SNP automatisées disponibles.

	Plateforme	Applications
	Instrument GeneTitan avec plaques de matrice Axiom	Les études sur les organismes modèles Génotypage agricole Analyse CarrierScan Génotypage de la diversité des souris
	Système GeneChip Scanner 3000 7G avec Affymetrix GeneChip	Recherche en médecine de précision La détection de tous les micro-organismes connus ADME
	Système Illumina iScan avec les puces Illumina BeadChips	GWAS études sur le contenu exonique études à l'échelle de la population CNV et LOH Génotypage agricole

Figure 1. Schéma de l'emplacement des gènes codant pour les HLA.

Avantages de notre service de microarray SNP

• Personnalisable, flexible et évolutif
• Taux d'appel élevé > 99 % et haute précision
• Rentable et à haut débit
• Haute résolution et précision
• Couverture étendue et flexibilité
• Délai d'exécution rapide
• Interprétation des données complète
• Identifie des SNP dans un ciblage ou à l'échelle du génome entier.
• En plus des SNP, d'autres différences génétiques, telles que les variations du nombre de copies, peuvent être mesurées.
• Applications dans la découverte et la validation de biomarqueurs, tests cliniques, GWASpharmacogénomique, criminalistique et discrimination raciale

Applications des microarrays SNP

• Recherche GénétiqueLes microarrays SNP offrent une vue détaillée des variations génétiques liées à des maladies et des traits spécifiques, faisant progresser notre connaissance des influences et des mécanismes génétiques.
• Médecine personnaliséeEn analysant les profils génétiques individuels, les microarrays SNP permettent des plans de traitement personnalisés, améliorant l'efficacité des médicaments et réduisant le risque de réactions indésirables aux médicaments.
• Génétique des populations et études évolutionnairesCes ensembles de données offrent des aperçus sur la diversité génétique et les changements évolutifs à travers différentes populations, aidant à retracer les schémas de migration et les développements évolutifs.
• Diagnostics cliniquesLes microarrays SNP sont essentiels pour diagnostiquer des conditions génétiques et évaluer les risques de maladies, facilitant ainsi l'intervention précoce et des stratégies de soins de santé sur mesure.
• Agriculture et Élevage AnimalDans l'agriculture, les microarrays SNP sont utilisés pour améliorer les traits souhaitables des cultures et du bétail, ce qui conduit à de meilleurs rendements et à une résistance accrue aux maladies.

Flux de travail des microarrays SNP

Le flux de travail général pour les microarrays SNP est décrit ci-dessous. Nous disposons de trois plateformes de génotypage bien reconnues (Tableau 1) pour l'identification à l'échelle du génome ou ciblée des SNP et des variations du nombre de copies de manière haut débit et abordable. Notre équipe d'experts hautement expérimentés met en œuvre la gestion de la qualité, suivant chaque procédure pour garantir des résultats fiables et impartiaux.

	Exigences d'échantillon ADN génomique ≥ 300 ng, quantité minimale : 100 ng, concentration ≥ 8 ng/µL Les échantillons d'ADN doivent avoir un rapport OD260/280 aussi proche que possible de 1,8 à 2,0. Tout l'ADN doit être traité avec de l'ARNase et ne doit montrer aucune dégradation ni contamination. Remarque : Les montants d'échantillons sont indiqués à titre de référence uniquement. Pour des informations détaillées, veuillez contactez-nous avec vos demandes personnalisées.
Cliquez	Génotypage SNP Une large gamme de puces d'ADN est disponible pour les humains, les plantes et les animaux, ou des panneaux de puces de génotypage personnalisés peuvent être créés pour répondre pleinement à vos besoins spécifiques. Instrument GeneTitan Scanner GeneChip Illumina iScan L'exactitude et la fiabilité des tests sont généralement supérieures à 99,5 %.
	Analyse bioinformatique Nous proposons plusieurs analyses bioinformatiques personnalisées : Identification des SNP GWAS Construction de carte de liaison Sélection génomique Analyse de la structure de la population Remarque : Les sorties de données et les contenus d'analyse recommandés affichés sont à titre de référence uniquement. Pour des informations détaillées, veuillez contactez-nous avec vos demandes personnalisées.

Pipeline d'analyse

Livrables

• Les données de séquençage originales
• Résultats expérimentaux
• Rapport d'analyse des données
• Détails dans Microarray SNP pour votre écriture (personnalisation)

Notre offre de services complets englobe l'ensemble du flux de travail, du contrôle qualité de l'ADN génomique à la détermination précise des génotypes. De plus, CD Genomics propose la possibilité de concevoir des microarrays personnalisés adaptés aux exigences spécifiques des projets. Pour toute demande d'informations supplémentaires ou spécifications, n'hésitez pas à contacter notre équipe.

Les résultats partiels sont affichés ci-dessous :

1. L'introduction des plateformes de génotypage Illumina et Affymetrix.

Tableau 1. Solutions de génotypage Affymetrix et Illumina.

2. Comment choisir la plateforme de génotypage la plus adaptée à mes besoins spécifiques ?

Le choix des stratégies de génotypage dépend de l'espèce, de l'objectif, du nombre de SNP par échantillon et du nombre d'échantillons. Pour différents cas, nous recommandons différents génotypage technologies.

1. Pour le génotypage SNP à l'échelle du génome, nous recommandons les Illumina BeadChips, les Affymetrix GeneChips ou NGS.

2. Pour le génotypage SNP à l'échelle des gènes, tel que le cartographie fine ou le haplotypage des régions candidates, nous recommandons les technologies NGS ou basées sur des puces.

3. Pour l'analyse des SNP individuels, nous recommandons des tests PCR en temps réel, Séquençage de Sanger, BeadChips Illumina, technologie Affymetrix, ou NGS.

3. Quelles sont les puces disponibles chez CD Genomics ?

Chez CD Genomics, nous proposons des puces prêtes à l'emploi ainsi que des puces sur mesure pour vos projets de génotypage SNP.

Tableau 2. Nos ensembles disponibles pour le génotypage SNP.

Identification des loci de traits quantitatifs pour la résistance à la hernie du colza dans Chou cultivé Avec l'utilisation de Brassica Microarray SNP

Journal : Frontières en science des plantes

Facteur d'impact : 4,1

Publié : 18 juin 2018

Contexte

La maladie des racines en massue, causée par Plasmodiophora brassicae, impacte sévèrement le chou en induisant des galles racinaires qui entravent l'absorption d'eau et de nutriments, conduisant à une croissance anormale. Le contrôle est difficile en raison de la persistance du pathogène dans le sol, rendant le développement de cultivars résistants essentiel. L'identification des loci de traits quantitatifs de résistance à la galle du chou (CR) dans les espèces de Brassica, y compris B. oleracea, est cruciale pour l'élevage de variétés résistantes. Des recherches récentes ont utilisé un microarray SNP Brassica 60K pour cartographier les QTL de résistance à la galle du chou dans une population F2 dérivée d'une lignée de chou résistante, aidant au développement de choux résistants à la galle du chou.

Matériaux et Méthodes

Résultats

1. Performance phénotypique des parents et des lignées F2

'GZ87' a montré une résistance complète à la pourriture des racines, tandis que '263' était très susceptible. Les lignées F2 ont montré une variabilité significative des traits, avec de fortes corrélations identifiées entre l'incidence de la maladie et certains traits comme le PCR et le NFR.

TABLEAU 1La performance phénotypique des traits associés à la résistance à la racine club dans les lignées parentales et la population F2 de Brassica oleracea.

TABLEAU 2Corrélation entre les traits associés à la résistance à la clubroot dans Chou sauvage.

2. Détection des SNP et construction de cartes génétiques

Sur 52 157 SNPs, 21 646 ont été alignés avec le génome de B. oleracea, avec la plus haute densité sur le chromosome C03. Une carte de liaison génétique a été construite avec 565 bins répartis sur neuf groupes de liaison, montrant un bon alignement entre les positions génétiques et physiques.

FIGURE 1. Le Chou cultivé carte de liaison génétique et loci de traits quantitatifs (QTL) pour l'incidence de la maladie (DIC), le nombre de racines fibreuses (NFR) et le P. brassicae contenu dans les racines (PCR).

3. QTL pour les traits associés à la résistance aux maladies

Des QTLs significatifs pour l'incidence de la maladie, le nombre de racines fibreuses et le contenu en Plasmodiophora brassicae ont été identifiés, avec des chevauchements trouvés entre plusieurs QTLs et de fortes valeurs de R2 pour certains intervalles sur les chromosomes C08 et C06.

FIGURE 2Scan des loci de caractères quantitatifs pour les traits associés à la résistance à la hernie du colza dans B. oleracea dans la première (rouge) et la deuxième réplication (verte).

4. Analyse comparative entre les loci CR

Certain QTL sur les chromosomes de B. oleracea étaient synteniques avec des loci de résistance connus dans B. rapa, bien que des régions clés sur les chromosomes C08 et C06 ne s'alignent pas avec les loci de résistance précédemment rapportés.

Conclusion

Les méthodes traditionnelles de QTL étaient moins efficaces, mais le microarray SNP Brassica 60K a permis un mappage précis des traits génétiques de B. oleracea. L'incidence des maladies et les traits racinaires ont été utilisés pour évaluer la résistance, révélant de nouveaux QTL et suggérant de nouveaux loci de résistance avec un chevauchement minimal avec les régions connues.

Référence

1. Peng L, Zhou L, Li Q, Wei D, Ren X, Song H, Mei J, Si J, Qian W. Identification des loci de caractères quantitatifs pour la résistance à la galle du chou dans Brassica oleracea à l'aide d'un microarray SNP de Brassica. Frontières en science des plantes2018, 18;9:822.