Directives de Soumission d'Échantillons
Introduction au séquençage ciblé par nanopore
Séquençage ciblé par nanopore permet aux chercheurs de concentrer leurs efforts de séquençage sur les parties les plus pertinentes du génome—qu'il s'agisse de gènes spécifiques, de régions d'une grande signification biologique ou de taxons microbiens rares—tout en évitant le séquençage inutile de l'ADN de fond.
Contrairement aux méthodes traditionnelles qui nécessitent Amplification par PCR ou capture par hybridationla technologie des nanopores offre des stratégies flexibles pour réaliser un séquençage ciblé :
Approches basées sur les amplicons Nanopore pour un profilage rentable des produits PCR
Séquençage ciblé par Cas9 pour un enrichissement précis des gènes liés aux maladies ou à la RAMR
Échantillonnage adaptatifune méthode unique basée sur un logiciel, qui enrichit ou appauvrit les fragments d'ADN lors du séquençage sans étapes supplémentaires en laboratoire
Cette flexibilité rend séquençage ciblé par nanopore particulièrement puissant pour des applications en oncologie, microbiologie, épigénétique et études évolutives.
Pourquoi choisir le séquençage ciblé Nanopore ?
Séquençage long sans biais
Le séquençage par nanopore prend en charge n'importe quelle longueur de lecture à partir de 50 pb à >4 Mo, offrant la possibilité de couvrir de grandes variantes structurelles, des éléments répétitifs et des régions riches en GC que les méthodes de séquençage à court terme ne parviennent pas à résoudre.
Préserver l'information épigénétique
Contrairement à l'enrichissement basé sur la PCR ou les sondes, le séquençage ciblé par nanopore analyse directement molécules d'ADN et d'ARN natifs, en conservant les signaux de méthylation et de modification des bases essentiels pour la recherche réglementaire et sur le cancer.
Enrichissement en temps réel
L'échantillonnage adaptatif permet aux chercheurs de surveiller la sortie des données pendant l'exécution, enrichissant ou appauvrissant les lectures d'intérêt en temps réel. Cela réduit le temps de réponse et garantit une utilisation efficace de la capacité de séquençage.
Flux de travail flexibles et rentables
Sans avoir besoin de panneaux de capture coûteux ou d'une optimisation extensive, le séquençage ciblé par nanopore offre un chemin plus rapide et plus évolutif vers les résultats par rapport aux méthodes traditionnelles.
| Fonctionnalité | Capture ciblée par nanopore | Génome entier par nanopore | Capture ciblée Illumina |
| Longueur de lecture | Longues lectures | Longues lectures | Lectures courtes |
| Variation | Variations structurelles complexes modifications épigénétiques |
variations du génome entier modifications épigénétiques |
SNVs/Indels |
| Séquençage en temps réel | Oui | Oui | Non |
| Biais d'amplification | Non | Non | Oui |
| Portabilité | Élevé | Élevé | Bas |
| Débit | Modéré | Modéré | Élevé |
| Coût | Modéré | Élevé | Modéré |
Nos forfaits de service de séquençage ciblé Nanopore
Chez CD Genomics, nous proposons des forfaits de services soigneusement conçus pour Séquençage ciblé par nanopore pour répondre à des exigences de recherche diverses. Chaque package relève de l'umbrella du séquençage ciblé — sélectionnant des régions génomiques spécifiques d'intérêt — mais diffère par ses méthodes, ses exigences d'entrée et les données fournies. Examinez les options ci-dessous et sélectionnez le package qui correspond le mieux à vos objectifs de projet, à la qualité de l'échantillon et à votre budget.
| Nom du paquet | Meilleur pour / Cas d'utilisation | Exigences d'entrée et d'échantillon | Ce qui est inclus | Avantages |
|---|---|---|---|---|
| Forfait d'Amplification de Base | Projets axés sur des mutations spécifiques de points chauds, petits panneaux géniques, codage par barres 16S / ITS, identification de marqueurs microbiens. | ADN ≥ 50–100 ng ; taille des fragments acceptable ≥ ~500-1000 pb ; cibles bien connues ; nombre modéré de loci. | Conception de primers PCR ; amplification PCR ; séquençage par nanopore des amplicons ; appel de SNV / petites indels ; rapport de contrôle qualité de base. | Coût faible ; délai d'exécution rapide ; bien adapté aux laboratoires avec un matériel d'échantillon limité ; grande profondeur sur peu de cibles. |
| Cas9 / Paquet Deep-Target | Panneaux géniques de taille moyenne à grande ; détection de variants structuraux ; régions difficiles ou répétitives ; préservation des caractéristiques de méthylation et épigénétiques. | ADN de haute qualité (≥ 200-500 ng), taille de fragment longue préférée (>10-20 kb) ; dégradation minimale ; pureté d'échantillon suffisante. | Conception d'ARN guide ; enrichissement médié par Cas9 ; séquençage nanopore à longues lectures ; appel de SNV + SV ; profilage de méthylation optionnel ; rapport détaillé. | Ciblage sans sonde de régions difficiles ; conserve les modifications de l'ADN natif ; capable de détecter de grandes insertions / délétions et des éléments mobiles. |
| Paquet d'échantillonnage adaptatif | Projets nécessitant de la flexibilité : changement des coordonnées cibles à la volée ; déplétion de l'ADN hôte / de fond ; cibles rares dans des échantillons mélangés. | ADN génomique de bonne qualité ; la quantité varie en fonction de la taille de la cible ; les exigences d'entrée dépendent de la proportion du génome ciblé ; fichier BED des coordonnées cibles fourni. | Configuration de l'échantillonnage adaptatif dans MinKNOW ; séquençage avec enrichissement ou déplétion sur appareil ; surveillance en temps réel ; analyse des SNV, SV, modifications de base ; statistiques de QC et de couverture. | Pas d'enrichissement en laboratoire humide supplémentaire ; mise en place rapide ; ciblage dynamique ; bon pour les échantillons environnementaux ou métagénomiques avec des problèmes d'ADN de fond. |
| Panneau complet + Multi-Omique Paquet | Test de nombreux gènes (par exemple, des panels de cancer héréditaire), intégration des données de mutation, de structure, de méthylation et d'haplotype ; grandes études nécessitant un ensemble complet de fonctionnalités. | Entrée élevée (≥ ~500 ng–1 µg selon les cibles) ; haute intégrité de l'ADN ; longs fragments fortement souhaitables ; contrôle de qualité de l'échantillon requis. | Enrichissement de panneau complet (via Cas9 ou conceptions de sondes hybrides) ; données de lecture longue ; appel de SNV / SV / indels ; méthylation de l'ADN / modifications épigénétiques ; phasage des haplotypes ; contrôle qualité complet / annotation ; rapport complet. | Données riches dans une expérience ; couvre tous les types de variantes + marques épigénétiques ; utile pour la génétique des maladies en profondeur, le cartographie des traits, la génomique fonctionnelle. |
Quel forfait devriez-vous choisir ?
- Si vos cibles sont peu nombreuses, bien caractérisées, et que vous avez besoin de résultats rapides → le Forfait Amplicon de base suffira souvent.
- Si les variants structurels, les répétitions ou les régions génomiques difficiles sont importants, choisissez le package Cas9 / Panel Deep-Target ou le Panel Complet + Multi-Omics.
- Si l'échantillon est mélangé / ADN de fond élevé / vous vous attendez à ajuster les cibles → L'échantillonnage adaptatif offre plus de flexibilité.
- Pour les projets nécessitant toutes les couches d'analyse (mutations + structure + méthylation + haplotypes), le Forfait Complet offre l'ensemble de données le plus complet.
Applications du séquençage ciblé par nanopore
Génomique du cancer
- Détecter des variants structurels tels que de grandes insertions, des délétions et des inversions avec une résolution des points de rupture.
- Profil des modifications épigénétiques (par exemple, hyperméthylation du promoteur MLH1 dans la recherche sur le syndrome de Lynch)
- Soutenez les panels de risque de cancer héréditaire avec plus de 250 gènes, y compris BRCA1/2.
- Activer le phasage des haplotypes pour l'évaluation des risques spécifiques aux allèles.
Résistance antimicrobienne (RAM)
- Suivre les ARGs tels que blaCTX-M et blaTEM avec Context-seq.
- Placer les gènes de résistance dans leur contexte génomique (plasmides, transposons)
- Étudier la transmission inter-espèces des gènes de résistance aux antibiotiques (ARG) entre les humains, les animaux et l'environnement.
Microbiome et Métagénomique
- Éliminer l'ADN hôte pour enrichir les génomes microbiens.
- Enrichir des taxons rares ou des gènes fonctionnels (nifH, amoA, ARGs) pour des études écologiques.
- Assembler des génomes microbiens presque complets à partir d'espèces de faible abondance.
Épigénétique et Régulation des Gènes
- Cibler les promoteurs, les amplificateurs ou les régions d'empreinte pour le profilage direct de la méthylation
- Étudier les éléments répétés tels que LINE-1 pour comprendre la stabilité du génome.
- Cartographier les motifs de méthylation spécifiques aux allèles dans le cancer ou la biologie du développement.
ADN ancien et criminalistique
- Maximiser l'utilisation d'échantillons dégradés ou limités
- Enrichir les génomes mitochondriaux, les loci de détermination du sexe ou les marqueurs d'espèces.
Biologie synthétique
- Vérifiez les chromosomes artificiels, les voies d'ingénierie ou les modifications CRISPR.
- Ciblez de grandes structures pour confirmer l'intégrité et les points d'insertion.
Notre flux de travail de séquençage ciblé Nanopore
Soumission d'échantillons et contrôle de qualité
- Accepter des échantillons de sang, de tissu, de cellules, d'organismes microscopiques et d'ADN ancien.
- Contrôle de la qualité de l'ADN : vérifications de la pureté, de l'intégrité et de la concentration.
Préparation de la bibliothèque
- Protocoles d'amplicon, basés sur Cas9, ou protocoles de ligation standard.
Séquençage par nanopore
- Débit évolutif sur GridION ou PromethION.
Surveillance en temps réel et échantillonnage adaptatif
- Sélection sur appareil pour la déplétion des cibles ou de l'hôte.
Analyse bioinformatique
- Appel de SNV/Indel, détection de SV, analyse de méthylation, phasage de haplotypes.
Livraison de rapport
- Ensemble de données complet, variantes annotées et résultats prêts pour publication.
Flux de travail du séquençage ciblé Nanopore de CD Genomics, de l'extraction d'ADN et de la définition de la cible à l'enrichissement, au séquençage à long terme et au rapport bioinformatique..
Analyse bioinformatique de séquençage ciblé par nanopore
Livrables
- Fichiers de séquençage bruts (FASTQ)
- Alignement (BAM) et appels de variants (VCF)
- Statistiques de couverture/enrichissement
- Rapports annotés avec SNVs, SVs, méthylation (PDF + Excel)
- Résumé graphiques (plots circos, cartes de variantes, pistes de méthylation)
Pourquoi s'associer avec CD Genomics ?
Années d'expertise dans le séquençage génomique sur les plateformes Illumina, PacBio et Nanopore
fiabilité de qualité CRO, approuvé par les entreprises pharmaceutiques, biotechnologiques et les institutions académiques
Conception de projet flexible: des cibles uniques aux panels géniques complets pour le cancer
Soutien bioinformatique completannotation des variants, cartographie de la méthylation, suivi des gènes AMR
Service de bout en bout: échantillonnage QC, séquençage, analyse de données, livraison via un portail de données sécurisé
Exigences d'échantillon
Types d'échantillons et entrées acceptables
| Type d'échantillon | Quantité/Entrée recommandée | Quantité/Entrée Minimum | Concentration minimale / Pureté | Notes sur l'intégrité / Manipulation |
|---|---|---|---|---|
| ADN génomique de haut poids moléculaire | ≥ 5 µg au total, concentration ≥ 20-50 ng/µL | ≥ 3 µg | OD 260/280 ≈ 1,8 ; OD 260/230 ≈ 2,0-2,2 ; traité avec de la RNase ; exempt de contamination visible par des protéines, du phénol ou des détergents. | Taille moyenne des fragments grande (idéalement ≥ 30 kb) ; dégradation minimale ; stocké dans un tampon tel que 10 mM Tris pH 8,0-8,4 ; expédié au frais (avec des packs de glace ou de la glace carbonique). |
| ADN microbien / environnemental | ≥ 500 ng | ≥ 300-500 ng | ≥ ~10 ng/µL ; haute pureté (sans inhibiteurs) | Si l'échantillon inclut un hôte ou des contaminants, envisagez l'épuisement de l'hôte ou le choix de chemins d'échantillonnage adaptatifs ; correctement congelé ou stabilisé pendant le transport. |
| Échantillons de tissus ou de cellules | Suffisamment d'échantillon pour obtenir de l'ADN de haut poids moléculaire (typiquement ≥ quelques µg) | Aussi haut que possible ; des échantillons dégradés ou à faible rendement peuvent compromettre les longues lectures. | Pureté identique à celle mentionnée ci-dessus ; ADN exempt de contaminants RNA/protéines ; dégradation minimale de l'ADN. | Préférer frais ou congelé rapidement ; éviter les cycles de congélation-dégel répétés ; pour les tissus, des tranches plus fines sont recommandées ; stockage et transport sur de la glace sèche ou de la glace bleue. |
Conditions de stockage, de tamponnage et d'expédition
- L'ADN peut être dans de l'eau sans RNase, un tampon TE ou un tampon Tris à 10 mM (pH 8,0-8,4). Évitez les tampons contenant des détergents, des tensioactifs ou une forte concentration d'EDTA qui pourraient interférer avec les étapes ultérieures.
- Pour l'ADN dans un tampon aqueux ou Tris/TE, expédiez avec des packs de glace ou de la glace carbonique pour le garder au frais. Pour l'ADN conservé dans de l'éthanol à 70 %, un envoi à température ambiante peut être acceptable.
- Étiquetez clairement les tubes d'échantillons : utilisez un marqueur permanent ; étiquetez à la fois le dessus et le côté ; les noms des échantillons sur les tubes doivent correspondre à ceux du formulaire de soumission. Utilisez des tubes robustes (1,5 mL recommandé) ou des plaques avec des couvercles scellés ; protégez contre les bris.
- Métriques de Contrôle de Qualité
- Pureté : OD260/280 proche de ~1,8 ; OD260/230 autour de 2,0-2,2. Intégrité de l'ADN : dégradation minimale ; évaluation visuelle sur gel ou par champ pulsé ou équivalent ; poids moléculaire élevé (distribution de taille biaisée vers de longs fragments).
- Concentration : mesurée de préférence par des méthodes fluorescentes (par exemple, Qubit) plutôt que seulement par absorbance UV ; assurer un apport suffisant pour le package choisi.
Formulaire de soumission, étiquetage et documentation
- Complétez le formulaire de soumission d'échantillon, en indiquant l'ID de l'échantillon, le type d'échantillon, la quantification et les métriques de contrôle qualité. L'ID de l'échantillon sur le formulaire doit correspondre exactement à l'étiquette sur le tube.
- Soumettez la version électronique des données de QC (par exemple, concentration, rapports OD, profil de taille des fragments) avec les échantillons physiques.
Vitrine des résultats de démonstration
Amélioration de la résolution taxonomique
Comparaison de la résolution de classification microbienne entre le séquençage d'amplicons à lecture courte et le séquençage à lecture longue par nanopore.
Exactitude du consensus avec suppression des erreurs
- Le polissage par consensus améliore la précision de détection des variants dans le séquençage ciblé par nanopore.
Analyse de la diversité communautaire
L'échantillonnage adaptatif améliore la détection de taxons microbiens rares en réduisant l'arrière-plan de l'ADN de l'hôte..
Résolution des variants structurels et des répétitions
L'enrichissement ciblé par Cas9 révèle des variants structurels et des expansions de répétitions avec résolution des points de rupture..
Aperçus épigénétiques issus de l'ADN natif
Détection directe de la méthylation de l'ADN lors du séquençage ciblé par nanopore de l'ADN natif.
Questions Fréquemment Posées (FAQ)
Q1 : Qu'est-ce que le séquençage ciblé par nanopore et en quoi diffère-t-il du séquençage du génome entier ?
Le séquençage ciblé par nanopore se concentre sur des régions génomiques spécifiques d'intérêt, telles que des gènes, des points chauds ou des points de rupture de variants structurels, plutôt que de séquencer l'ensemble du génome. Cette approche permet une couverture plus élevée de ces cibles, moins de gaspillage de données et la conservation de longues lectures et de modifications épigénétiques. Le séquençage du génome entier offre une couverture complète mais est plus coûteux et génère plus de données que nécessaire pour des études ciblées.
Q2 : Quelles sont les différentes méthodes ou "routes" pour réaliser un séquençage ciblé avec la technologie des nanopores ?
Il existe plusieurs approches : (1) le séquençage d'amplicons basé sur la PCR pour des cibles petites et bien définies ; (2) les panneaux de sondes ou de capture par hybridation (moins courants en nanopore mais disponibles via des conceptions personnalisées ou de tiers) ; (3) l'enrichissement CRISPR-Cas9, qui est sans amplification et adapté aux variants structurels et aux régions génomiques difficiles ; et (4) l'échantillonnage adaptatif, qui enrichit ou appauvrit les lectures en temps réel à l'aide de logiciels sans étapes supplémentaires en laboratoire humide.
Q3 : Quelle est la différence entre le séquençage d'amplicons par nanopore et les autres méthodes de séquençage ciblé ?
Le séquençage par amplicon est basé sur la PCR, économique et rapide, mais il peut introduire un biais d'amplification, manquer des régions riches en GC ou répétitives, et supprimer les informations de méthylation. L'enrichissement par Cas9 ou l'échantillonnage adaptatif évite la PCR, préserve la méthylation et capture la complexité structurelle sur de longues régions génomiques.
Q4 : Comment le séquençage ciblé par Cas9 à nanopore se compare-t-il à la capture hybride ?
L'enrichissement par Cas9 est plus rapide, plus simple et sans sonde, produisant des lectures longues qui résolvent mieux les répétitions et les variants structurels. La capture hybride est utile pour des panels larges, mais nécessite la conception de sondes, plus d'étapes, et peut ne pas capturer aussi efficacement des contextes structurels complexes.
Q5 : La séquençage ciblé par nanopore peut-il détecter des modifications épigénétiques telles que la méthylation de l'ADN ?
Oui. Lors de l'utilisation de méthodes sans amplification comme l'enrichissement Cas9 ou l'échantillonnage adaptatif, le séquençage par nanopore détecte directement les modifications de bases, y compris la méthylation, sans traitements chimiques supplémentaires ni préparation de bibliothèque.
Q6 : L'échantillonnage adaptatif peut-il être appliqué à l'ADN à faible apport ou dégradé ?
Oui, l'échantillonnage adaptatif fonctionne avec des bibliothèques de nanopores standard. Pour l'ADN fortement fragmenté ou à faible entrée, comme les échantillons FFPE ou anciens, des protocoles modifiés peuvent aider à améliorer les performances, bien que l'efficacité d'enrichissement dépende de la taille et de la qualité des fragments.
Q7 : Quelles sont les limitations ou les compromis du séquençage ciblé par nanopore par rapport aux méthodes de séquençage à courtes lectures ou basées sur la PCR ?
Le séquençage par nanopore peut avoir une précision de lecture unique inférieure à celle des plateformes à courtes lectures, bien que la couverture et le consensus améliorent les résultats. Les méthodes d'amplicon peuvent souffrir de biais PCR, tandis que l'efficacité de l'échantillonnage adaptatif dépend de la taille de la cible et de la longueur de l'ADN. En revanche, le séquençage par nanopore fournit de longues lectures, préserve la méthylation et résout les variants structurels et les répétitions que les approches à courtes lectures ou uniquement PCR ne peuvent pas.
Q8 : Quelle qualité d'échantillon et quel type d'entrée sont nécessaires pour obtenir des résultats de séquençage ciblé fiables ?
L'ADN de poids moléculaire élevé est préféré, avec une dégradation minimale, des rapports de pureté appropriés (OD 260/280 ~1,8 ; OD 260/230 ~2,0–2,2) et une concentration suffisante. Le séquençage d'amplicons tolère des intrants plus petits ou plus fragmentés, tandis que l'enrichissement Cas9 et l'échantillonnage adaptatif fonctionnent mieux avec des fragments d'ADN plus longs et des préparations de haute qualité.
Q9 : Quel dispositif de nanopore devrais-je choisir pour des projets de séquençage ciblé ?
Le choix de l'appareil dépend de l'échelle et de la complexité. MinION est adapté pour de petits panneaux ou des cibles individuelles, tandis que GridION ou PromethION sont recommandés pour des panneaux plus grands, plusieurs échantillons ou des projets nécessitant un débit plus élevé. Les options de multiplexage, le type de cellule de flux et les objectifs de longueur de lecture influencent également le choix de l'appareil.
Q10 : Comment l'échantillonnage adaptatif est-il mis en place et quel est son rôle dans le séquençage ciblé ?
L'échantillonnage adaptatif est configuré dans MinKNOW en fournissant des fichiers de référence et des coordonnées BED optionnelles pour les régions cibles. Pendant le séquençage, le logiciel évalue les débuts de lecture en temps réel, permettant aux lectures ciblées de continuer tout en rejetant les lectures hors cible pour libérer des pores. Cela permet un enrichissement ou une déplétion sans enrichissement supplémentaire en laboratoire humide, l'efficacité dépendant de la taille de la cible et de la qualité de l'ADN d'entrée.
Q11 : Combien de variants peuvent être détectés de manière fiable avec le séquençage ciblé par nanopore ?
Le séquençage ciblé par nanopore peut détecter des SNV, de petites indels, des variants structuraux tels que de grandes délétions ou inversions, des expansions de répétitions si les lectures les couvrent, et des haplotypes lorsque la couverture et la longueur des lectures le permettent. La sensibilité et la spécificité dépendent de la conception de la cible, de la profondeur de séquençage et de la qualité de l'ADN.
Q12 : Quels livrables en bioinformatique sont inclus dans un projet standard ?
Les livrables typiques incluent des lectures brutes (FASTQ), des alignements (BAM), des appels de variants (VCF pour les SNVs, indels, SVs), des statistiques de couverture et d'enrichissement, des fichiers de méthylation ou de modification de base optionnels, et des résumés graphiques tels que des cartes de variants ou des graphiques de variants structurels. Des rapports d'annotation liant les résultats aux gènes, variants connus ou voies métaboliques sont également fournis.
Étude de cas : Séquençage de nouvelle génération ciblé basé sur les nanopores des échantillons de tissu pour le diagnostic de la tuberculose (Gao, Yang, Wang, Guo & Zeng et al., 2024)
SourceWeiwei Gao, Chen Yang, Tianzhen Wang, Yicheng Guo, Yi Zeng (2024). Séquençage de nouvelle génération ciblé basé sur les nanopores des échantillons de tissu pour le diagnostic de la tuberculose. Frontières en microbiologie 15:1403619. DOI : 10.3389/fmicb.2024.1403619.
1. Contexte
Le diagnostic de la tuberculose (TB) dans les tissus (TB extrapulmonaire, EPTB) est difficile lorsque les expectorations ne sont pas disponibles. Les méthodes traditionnelles (coloration HE + AFB, HE + PCR, HE + IHC, Xpert MTB/RIF) présentent souvent une faible sensibilité avec les échantillons de tissu. Cette étude examine si le séquençage de nouvelle génération ciblé basé sur les nanopores (tNGS) peut améliorer la sensibilité et la spécificité diagnostiques dans les échantillons de tissu, y compris la détection d'une éventuelle résistance aux médicaments.
2. Méthodes
- Un total de 110 échantillons cliniques de tissus ont été collectés.
- L'essai tNGS ciblait Mycobacterium tuberculosis. Évalué par rapport à HE + coloration AFB, HE + PCR, HE + immunohistochimie (IHC avec anti-MPT64), et Xpert MTB/RIF.
- Inclut également la détection de la résistance aux médicaments chez les patients dont les échantillons ont montré une positivité.
3. Résultats
- tNGS a atteint une sensibilité de 88,2 % et une spécificité de 94,1 % dans les échantillons de tissu.
- Les méthodes de comparaison avaient une sensibilité nettement inférieure : HE + AFB (30,1 %), HE + PCR (49,5 %), HE + IHC (47,3 %), Xpert MTB/RIF (59,1 %). Les spécificités des comparateurs variaient de ~82 à 94 %.
- Analyse de la résistance aux médicaments : parmi 93 patients testés positifs à la tuberculose, 10 (≈10,75 %) présentaient une résistance potentielle aux médicaments identifiée par tNGS.
Figure 1. Sensibilité et spécificité de tNGS par rapport aux méthodes de diagnostic conventionnelles pour la tuberculose dans des échantillons de tissu (HE + AFB, HE + PCR, HE + IHC, Xpert MTB/RIF).
4. Conclusions
Le séquençage tNGS par nanopore sur des échantillons de tissu est nettement plus performant que l'histopathologie traditionnelle et les méthodes moléculaires pour diagnostiquer la tuberculose, y compris dans les tissus extrapulmonaires où la charge bactérienne est faible. Il fournit également des informations sur la résistance aux médicaments, ce qui en fait un outil précieux pour un diagnostic rapide et précis dans les milieux cliniques. L'étude soutient l'utilisation du tNGS comme complément aux diagnostics existants pour la tuberculose.
Références:
- Gao W, Yang C, Wang T, Guo Y, Zeng Y. Séquençage de nouvelle génération ciblé basé sur les nanopores des échantillons de tissu pour le diagnostic de la tuberculose. Front Microbiol. 2024 3 juil.;15:1403619. doi: 10.3389/fmicb.2024.1403619. PMID: 39027106; PMCID: PMC11256091.
- Yang C, Gao W, Guo Y, Zeng Y. Séquençage de nouvelle génération ciblé basé sur les nanopores (tNGS) : une technologie polyvalente spécialisée dans la détection d'échantillons cliniques à faible charge bactérienne.PLoS One. 27 mai 2025; 20(5): e0324003. doi: 10.1371/journal.pone.0324003. PMID: 40424288 ; PMCID: PMC12111578.
