Directives de Soumission d'Échantillons
Qu'est-ce que le DRUG-seq ?
DRUG-seq, ou séquençage de perturbation numérique de l'ARN des gènes, est une technologie de séquençage de l'ARN à la pointe qui permet le criblage de médicaments à haut débit et des études approfondies des mécanismes d'action. Contrairement aux méthodes de séquençage de l'ARN traditionnelles qui nécessitent de grandes quantités de matériel de départ et des étapes complexes d'extraction de l'ARN, DRUG-seq fournit un profilage transcriptomique complet directement à partir de lysats cellulaires, d'organoïdes ou de tranches de tissu, même lorsque les quantités d'échantillons sont extrêmement limitées.
Avec le DRUG-seq, les chercheurs peuvent analyser des centaines à des milliers de traitements médicamenteux ou de perturbations génétiques en parallèle, découvrant des signatures d'expression génique, identifiant de nouveaux biomarqueurs et révélant des voies complexes impactées par des composés thérapeutiques. Que ce soit pour la découverte de médicaments, les tests de toxicité ou le développement de la médecine personnalisée, le DRUG-seq offre l'évolutivité, la rapidité et la précision nécessaires dans la recherche moderne.
Nos forfaits de service DRUG-seq
Chez CD Genomics, nous comprenons que chaque projet de recherche est unique. C'est pourquoi nos services Drug-seq sont proposés sous forme de forfaits flexibles et modulaires conçus pour s'adapter à vos objectifs scientifiques, à votre budget et à vos contraintes d'échantillons.
Séquençage DRUG standard
- Séquençage RNA-seq 3' axé sur la quantification de l'expression génique
- Adapté au criblage de grandes bibliothèques de composés
- Prend en charge les formats de plaques de 96 ou 384 puits.
- Solution rentable pour des besoins à haut débit
- Applications :
- Études sur le mécanisme d'action (MOA)
- Dépistage phénotypique
- Évaluations de toxicité
DRUG-seq2
- Entrée ultra-faible à partir de seulement 1 000 cellules
- Parfait pour les organoïdes, les biopsies tissulaires ou les échantillons cliniques rares.
- Flux de travail direct à partir du lysat - aucune extraction d'ARN requise
- Offre une sensibilité supérieure et des délais d'exécution plus rapides.
- Applications variées :
- Traçage de l'origine tissulaire des tumeurs
- Découverte de biomarqueurs
- Aperçus sur la médecine personnalisée
DRUG-seq en longueur complète
- Couverture complète et exhaustive du procès-verbal
- Détecte les variants d'épissage, les transcrits de fusion et les réponses aux médicaments spécifiques aux isoformes.
- Recommandé pour les projets nécessitant des insights moléculaires plus approfondis.
- Une profondeur de séquençage plus élevée (5 à 20 millions de lectures par échantillon) garantit des résultats robustes.
- Idéal pour :
- Analyse du splicing alternatif
- Exploration détaillée de la MOA
- Systèmes biologiques complexes et études d'organoïdes
Pourquoi choisir nos services CRO DRUG-seq ?
- Aucune extraction d'ARN requise
Rationalisez votre flux de travail et préservez l'intégrité des échantillons avec une préparation de bibliothèque directement à partir du lysat. - Entrée d'échantillon ultra-basse
Analyse des échantillons rares ou précieux — y compris des organoïdes uniques ou de petites sections de tissu — avec aussi peu que 1 000 cellules. - Solutions évolutives à haut débit
Filtrer des centaines ou des milliers de composés simultanément, réduisant ainsi le temps et les coûts pour des études à grande échelle. - Délais d'exécution rapides
Recevez des données de haute qualité en aussi peu que 10 jours ouvrables pour le DRUG-seq standard, et trois semaines pour la transcriptomique complète. - Contrôle de qualité de niveau réglementaire
Nous maintenons des normes de contrôle qualité rigoureuses pour garantir la fiabilité et la reproductibilité de vos résultats. - Expertise en bioinformatique dédiée
Nos bioinformaticiens proposent à la fois des analyses standard et des solutions sur mesure adaptées à vos besoins expérimentaux. - Opérations aux États-Unis et internationales
Avec des installations aux États-Unis et des partenariats dans le monde entier, nous offrons un soutien mondial et un service local.
Applications clés des services DRUG-seq
Études sur le Mécanisme d'Action (MOA) des Médicaments
- Identifier comment les médicaments impactent les voies d'expression génique.
- Révéler les effets hors cible et les mécanismes secondaires
- Comparer les profils transcriptionnels à travers les bibliothèques de composés.
Profilage de perturbation CRISPR
- Étudier les effets combinés des modifications génétiques et des traitements médicamenteux.
- Identifier des interactions synergiques ou antagonistes au niveau transcriptomique.
- Accélérer la recherche en génomique fonctionnelle pour la validation des cibles médicamenteuses.
Traçage de l'origine tissulaire des tumeurs
- Utiliser des signatures transcriptomiques pour classer les tumeurs par origine.
- Informer les stratégies diagnostiques et les décisions de traitement personnalisées.
- Analyser des échantillons de biopsie rares avec des protocoles à ultra faible entrée.
Découverte de biomarqueurs
- Détecter des marqueurs moléculaires prédictifs de la réponse au médicament
- Soutenir le développement de la médecine personnalisée et des thérapies ciblées.
- Intégrer des données transcriptomiques dans des flux de travail multi-omiques
Optimisation des organoïdes et des cultures cellulaires
- Optimiser les conditions de croissance pour des modèles cellulaires complexes.
- Identifier des composés qui favorisent la viabilité ou la différenciation des organoïdes.
- Améliorer la reproductibilité et la traductibilité des études in vitro
Des services CRO DRUG-seq allant du criblage à haut débit aux percées en médecine de précision, nous donnons à vos projets d'analyse de séquençage de médicaments une évolutivité et une profondeur inégalées.
Spécifications techniques
| Spécification | Détails |
|---|---|
| Formats pris en charge | plaques à 96 puits plaques de 384 puits Plaques de 1536 puits (pour des études à grande échelle) |
| Extraction d'ARN | Non requis – flux de travail directement à partir du lysat |
| Plateformes de séquençage | Illumina et Nanopore |
| Profondeur de séquençage (Standard / DRUG-seq2) | ~1 million lectures par échantillon (typique) |
| Profondeur de séquençage (DRUG-seq pleine longueur) | 5 à 20 millions de lectures par échantillon pour une couverture complète |
| Livrables de données | Fichiers FASTQ Rapports d'alignement Matrices de comptage de gènes Analyse avancée optionnelle |
Flux de travail du service DRUG-seq
Étape 1 – Préparation de l'échantillon
- Préparez des cellules, des organoïdes ou des lysats de tissus conformément à nos directives de soumission détaillées.
- Aucune extraction d'ARN requise - passez directement des lysats cellulaires.
Étape 2 – Envoi d'échantillons
- Expédiez des plaques congelées ou des lysats à notre centre de service désigné.
- Notre équipe est disponible pour conseiller sur les conditions d'emballage et d'expédition appropriées.
Étape 3 – Préparation de la bibliothèque
- Attribuez des codes-barres uniques à chaque échantillon.
- Construisez des bibliothèques de séquençage en utilisant nos protocoles optimisés DRUG-seq ou Full-Length DRUG-seq.
Étape 4 – Point de contrôle de la qualité
- Évaluer la qualité de la bibliothèque avec des essais Qubit, un analyseur de fragments et un séquençage peu profond.
- Rapport des résultats de QC pour approbation du client avant le séquençage approfondi.
Étape 5 – Séquençage profond
- Réalisez un séquençage à haut débit sur Illumina NovaSeq ou d'autres plateformes compatibles.
- Profondeur de séquençage adaptée à vos objectifs expérimentaux.
Étape 6 – Analyse des données et reporting
- Alignez les lectures sur le génome de votre choix.
- Générez des matrices de comptage de gènes, des rapports de contrôle qualité et des analyses d'expression génique différentielle optionnelles.
Étape 7 – Livraison des données
Livrez toutes les données en toute sécurité, y compris :
- Fichiers FASTQ
- Résumés d'alignement
- Matrices de comptage de gènes
- Analyses personnalisées optionnelles
De la préparation initiale des échantillons à l'analyse bioinformatique complète, CD Genomics propose un flux de travail fiable et transparent qui place vos délais de recherche en premier.
Analyse bioinformatique
Exigences d'échantillon
| Forfait de service | Entrée cellulaire recommandée (par puits) | Notes |
|---|---|---|
| Séquençage DRUG standard | 2 000 – 20 000 cellules | Adapté aux criblages de composés à grande échelle. |
| DRUG-seq2 | Aussi peu que 1 000 cellules | Idéal pour les organoïdes, les biopsies tissulaires ou les échantillons cliniques rares. |
| DRUG-seq en pleine longueur (96 puits) | 5 000 – 25 000 cellules | Minimum ~80 000 cellules au total par pool recommandé pour une qualité optimale. |
| DRUG-seq en pleine longueur (384 puits) | 2 000 – 10 000 cellules | Identique à ce qui précède |
| Type d'échantillon | Cellules, organoïdes, lysats de tissus | Contactez-nous pour des recommandations de gestion. |
Chaleur d'expression génique
Graphique PCA
Diagramme de volcan
Graphique à barres d'enrichissement des voies
Traçage des isoformes / Splicing (Uniquement DRUG-seq en pleine longueur)
FAQs
1. Quel est le nombre minimum de cellules requis pour le DRUG-seq ?
Pour le DRUG-seq standard, nous recommandons de commencer avec au moins 2 000 à 20 000 cellules par puits. Cependant, notre service DRUG-seq2 peut fonctionner avec aussi peu que 1 000 cellules par puits, ce qui le rend idéal pour des échantillons limités ou précieux tels que des organoïdes ou des sections de tissu.
2. L'extraction d'ARN est-elle nécessaire avant le séquençage ?
Non. L'un des principaux avantages du DRUG-seq est qu'il ne nécessite pas d'extraction d'ARN. Les bibliothèques sont préparées directement à partir de lysats cellulaires, ce qui simplifie les flux de travail et préserve l'intégrité de l'ARN.
3. Le DRUG-seq peut-il analyser des échantillons d'organoïdes ?
Absolument. Nos services DRUG-seq et DRUG-seq2 sont très compatibles avec les modèles d'organoïdes et d'autres systèmes cellulaires 3D complexes, même avec des quantités d'entrée ultra-faibles.
4. Quel est le délai d'exécution typique pour les services DRUG-seq ?
Pour les projets DRUG-seq standard, les données peuvent être livrées en aussi peu que 10 jours ouvrables. Les projets DRUG-seq Full-Length, qui incluent une analyse transcriptomique plus complète, nécessitent généralement environ trois semaines.
5. Quels types de données reçois-je de DRUG-seq ?
Les livrables standard comprennent :
- Données de séquençage FASTQ brutes
- Rapports d'alignement
- Matrices de comptage de gènes
- Rapports d'analyse différentielle d'expression génique et de voies optionnels
6. Quelle profondeur de séquençage est recommandée pour les projets DRUG-seq ?
- DRUG-seq / DRUG-seq2 standard : environ 1 Go par puits est recommandé pour un profilage fiable de l'expression génique.
- DRUG-seq en longueur complète : 5 à 20 millions de lectures par échantillon sont recommandés pour une couverture transcriptomique complète et une analyse des isoformes.
7. Le temps de lyse cellulaire affecte-t-il la qualité de l'ADNc ?
Oui. Des temps de lyse excessivement longs peuvent entraîner des Dégradation de l'ARN et entraîner une proportion plus élevée de petits fragments dans la bibliothèque cDNA. Suivez toujours les temps d'incubation recommandés pour garantir des données de haute qualité.
8. Comment DRUG-seq identifie-t-il des échantillons individuels dans des séquençages en pool ?
Chaque puits est étiqueté de manière unique à l'aide d'un bien code-barres et un code-barres moléculaire lors de la synthèse d'ADNc. Après le regroupement et le séquençage, les pipelines bioinformatiques utilisent ces codes-barres pour démultiplexer les données avec précision, restaurant les profils d'expression génique pour chaque échantillon.
9. Le même code-barres de puits et code-barres moléculaire peuvent-ils être réutilisés pour plusieurs expériences ?
Non. Chaque combinaison de code-barres moléculaires est destinée à usage unique uniquement pour prévenir la contamination croisée entre les échantillons. Manipulez toujours les codes-barres conformément aux instructions du protocole, y compris le dégel sur glace et le mélange approprié.
10. Pour quelles applications DRUG-seq est-il adapté ?
- Études sur le mécanisme d'action des médicaments
- Profilage de perturbation CRISPR
- Traçage de l'origine des tissus tumoraux
- Découverte de biomarqueurs
- Dépistage de toxicité
- Optimisation du modèle organoïde
11. Pouvez-vous fournir une analyse bioinformatique personnalisée ?
Oui. Notre équipe de bioinformatique propose des solutions d'analyse de données à la fois standardisées et entièrement personnalisées pour correspondre à vos objectifs scientifiques.
12. DRUG-seq est-il rentable pour de grands dépistages ?
Oui. La capacité de multiplexage élevée de DRUG-seq réduit considérablement les coûts par échantillon, en faisant un excellent choix pour le criblage de composés à haut débit et les projets de transcriptomique à grande échelle.
Étude de cas : Profilage MoA à haut débit de 433 composés utilisant DRUG-seq
Ye, C. et al."DRUG-seq pour le profilage transcriptomique miniaturisé à haut débit dans la découverte de médicaments." Nature Communications 9, 4307 (2018).
Méthode et approche technique
- Multiplexage à haute capacité : Utilisation de la plateforme DRUG-seq en formats de 384 et 1536 puits, permettant le profilage simultané de 433 composés à travers 8 niveaux de dose.
- Étiquetage par code-barres + UMI : Étiquetage précoce par code-barres lors de la transcription inverse, regroupement des échantillons après la RT, éliminant le besoin d'extraction individuelle d'ARN.
- Profondeur de séquençage : Utilisation de 1 à 2 millions de lectures par puits - suffisant pour quantifier environ 11 000 gènes par échantillon, contre environ 17 000 avec le séquençage d'ARN en vrac, le tout à environ 1 % du coût.
📈Résultats Clés
- Clustering basé sur les mécanismes :
L'analyse t-SNE des données DRUG-seq a regroupé les composés selon leur mécanisme d'action partagé, distinguant même les inhibiteurs ciblant la même protéine. - Sensibilité dose-réponse :
Les changements d'expression génique étaient clairement dépendants de la dose, correspondant au comportement attendu du composé à travers plusieurs familles cibles. - Comparaison entre CRISPR et composé :
Démontré que DRUG-seq peut différencier les résultats transcriptionnels d'un knockout génique médié par CRISPR par rapport à l'inhibition pharmacologique de la même cible.
🧠Conclusion et Impact
- Évolutivité et rentabilité :
Profilage à haut débit à travers des centaines de composés avec un coût par échantillon minimal (~2–4 $). - Riche compréhension mécaniste :
Le regroupement robuste des mécanismes d'action valide les signatures transcriptionnelles, permettant la détection des effets hors cible et la validation des cibles. - Compatibilité d'essai flexible :
Applicabilité démontrée dans les contextes de perturbation chimique et génétique, faisant de DRUG-seq un outil polyvalent pour les pipelines de découverte de médicaments.
Figure : Regroupement Mécanique DRUG-seq
Graphique t-SNE montrant le regroupement des échantillons traités par des composés. Chaque point représente une combinaison de composé et de dose, codée par couleur selon le mécanisme d'action (par exemple, inhibiteurs de CDK, modulateurs épigénétiques). Les clusters reflètent un regroupement fonctionnel (Fig. 3a dans Ye et al. 2018).
