Directives de Soumission d'Échantillons
Transcriptomique spatiale Stereo-seq pour le cartographie tissulaire haute résolution
Stereo-seq est une approche de transcriptomique spatiale utilisée pour cartographier l'expression génique à travers des sections de tissu tout en conservant les informations de localisation spatiale. Au lieu de dissocier le tissu et de perdre son architecture d'origine, Stereo-seq permet aux chercheurs d'étudier où les transcrits sont détectés, comment les motifs d'expression changent à travers les régions du tissu et comment les signaux moléculaires se rapportent à la morphologie.
Ce service est particulièrement adapté lorsque la localisation est centrale à votre question. Votre projet peut nécessiter de comparer des régions tumorales, de cartographier des structures de développement, d'étudier l'architecture cérébrale, d'examiner l'organisation des tissus immunitaires, de construire des atlas d'organes ou de replacer des états cellulaires définis par scRNA-seq dans l'espace tissulaire. Dans ces études, le contexte spatial n'est pas simplement une couche supplémentaire. Il est souvent la clé pour interpréter la biologie.
Ce que le Stereo-seq peut aider à révéler
- Quels gènes montrent une expression spécifique à une région dans une coupe de tissu ?
- Comment les clusters spatiaux ou les domaines tissulaires sont-ils organisés ?
- Quels gènes marqueurs définissent différentes régions spatiales ?
- Comment l'architecture des tissus et les motifs d'expression génique s'alignent-ils ?
- Où les populations cellulaires inférées sont-elles réparties dans le tissu ?
- Comment les régions spatiales diffèrent-elles entre les groupes, les conditions ou les stades de développement ?
- Les états cellulaires de l'ARN sc peuvent-ils être recontextualisés dans le tissu ?
Lorsque les chercheurs utilisent le Stereo-seq
Les chercheurs viennent souvent vers nous lorsque le séquençage RNA standard, le scRNA-seq ou l'imagerie seule ne peuvent pas répondre à une question spatiale. Les cas d'utilisation courants incluent la recherche sur le microenvironnement tumoral, la biologie du développement, la cartographie des embryons, les études sur le cerveau et les neurosciences, la construction d'atlas d'organes, les études sur le microenvironnement immunitaire, la cartographie des tissus végétaux, la recherche sur les organismes modèles et la planification multi-omiques spatiales.
Pourquoi le contexte spatial est important au-delà de la scRNA-seq et de l'histologie
De nombreuses questions en biologie des tissus ne peuvent pas être résolues uniquement par les valeurs d'expression. L'emplacement est important. Un modèle d'expression génique peut sembler clair dans une matrice, mais sa signification dépend souvent de l'endroit où il apparaît dans le tissu, de la région à laquelle il appartient et des structures voisines qui l'entourent.
scRNA-seq perd la structure tissulaire
Le séquençage d'ARN à cellule unique est puissant pour identifier les états cellulaires et les programmes transcriptionnels. Cependant, la dissociation des tissus supprime les relations spatiales originales entre les cellules. Le Stereo-seq peut compléter le scRNA-seq en réintégrant la localisation spatiale dans l'analyse.
L'histologie et l'IHC sont limitées par des marqueurs.
L'histologie et la coloration basée sur des marqueurs fournissent des informations précieuses sur la morphologie des tissus, mais elles ne fournissent généralement pas d'informations sur l'expression à l'échelle du transcriptome dans l'ensemble de la section tissulaire.
Stereo-seq relie l'expression génique et l'architecture tissulaire.
Stereo-seq génère des données d'expression indexées spatialement, aidant votre équipe à examiner des cartes d'expression spatiale, des domaines tissulaires, des gènes marqueurs et des visualisations intégrées.
Comment fonctionne le Stereo-seq : de l'examen des tissus aux cartes d'expression spatiale
Un projet Stereo-seq réussi commence avant que la coupe de tissu n'entre dans le flux de travail spatial. La qualité du tissu, la préservation, l'orientation de la coupe, la morphologie, la qualité de l'ARN et les objectifs de recherche influencent tous les données finales. Nous examinons ces détails avec vous avant la configuration du projet afin que le flux de travail corresponde à votre question biologique.
1. Conception du projet et révision des tissus
Nous commençons par examiner votre type de tissu, espèce, méthode de conservation, région d'intérêt, groupes biologiques et objectifs d'analyse. Nous discutons également de la nécessité pour votre projet d'un clustering spatial, d'une cartographie de gènes marqueurs, d'une intégration de scRNA-seq, d'une comparaison multi-échantillons ou d'une visualisation personnalisée.
Point de contrôle QC : type de tissu, méthode de préservation, groupes de projet, région d'intérêt, objectif de résolution spatiale et plan d'analyse.
2. Préparation des tissus et révision de la qualité des sections
Le Stereo-seq dépend fortement de la qualité des sections de tissu. Des échantillons congelés frais ou intégrés dans de l'OCT peuvent être appropriés, en fonction du type de tissu et de la conception du projet. La morphologie du tissu, la qualité de congélation, l'intégrité des sections, la préservation de l'ARN et l'orientation des régions doivent être examinées avant de poursuivre le projet.
Point de contrôle QC : intégrité des tissus, qualité de congélation, morphologie, risque de préservation de l'ARN, orientation des sections et adéquation de la région.
3. Imagerie tissulaire et capture spatiale
La coupe de tissu est imagée puis traitée pour la capture de transcrits spatiaux. L'array de capture spatiale relie les transcrits capturés à des coordonnées, permettant de cartographier l'expression génique par rapport à la position du tissu.
Point de contrôle QC : couverture tissulaire, qualité d'imagerie, zone de capture spatiale, alignement tissu-à-array, et visibilité de la région.
4. Préparation de la bibliothèque et séquençage
Après la capture spatiale, les transcriptions capturées sont converties en bibliothèques de séquençage. Le séquençage génère des lectures qui sont traitées en une matrice d'expression spatiale. Chaque valeur d'expression est liée à une coordonnée, ce qui permet de visualiser l'expression génique à travers la section de tissu.
Point de contrôle QC : qualité de la bibliothèque, sortie de séquençage, qualité de lecture, performance des codes-barres spatiaux et profil de détection des gènes.
5. Contrôle de qualité des données spatiales et alignement des coordonnées
Après le séquençage, nous traitons les données pour générer des sorties d'expression spatiale. Nous examinons la qualité des lectures, la performance de mappage, la détection des gènes, la couverture tissulaire, la cohérence des coordonnées et l'alignement des images.
Point de contrôle QC : qualité de la matrice d'expression, cartographie des coordonnées, enregistrement d'image, couverture tissulaire, distribution des gènes détectés et métadonnées d'échantillon.
6. Bioinformatique spatiale et livraison de rapports
Nous analysons des clusters spatiaux, des domaines tissulaires, des gènes marqueurs, des motifs d'expression au niveau régional et une intégration scRNA-seq optionnelle. À la livraison, vous recevez des données brutes et traitées, des résumés de contrôle qualité, des cartes spatiales, des tableaux, des figures et un rapport de projet.
Stereo-seq vs scRNA-seq, Visium HD, Visium FF, Xenium et Histologie
Différentes questions basées sur les tissus nécessitent différentes méthodes. Le Stereo-seq est puissant lorsque l'objectif est de réaliser une cartographie de l'expression génique spatiale à haute résolution à travers des sections de tissu, mais ce n'est pas la seule option spatiale. Nous vous aidons à choisir l'approche qui convient le mieux à votre type d'échantillon, à l'état du tissu, à vos besoins en résolution et à vos objectifs d'analyse en aval.
| Dimension | Stereo-seq | 10x Visium HD | 10x Visium FF | 10x Xenium In Situ | scARN-seq | Histologie / IHC |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Objectif principal | Transcriptionomique spatiale à haute résolution à l'échelle tissulaire | Profilage spatial haute résolution dans l'écosystème de flux de travail 10x | Transcriptomique spatiale pour des projets compatibles avec les FFPE | Analyse de panel RNA in situ ciblée avec segmentation cellulaire | Découverte d'états cellulaires à partir de cellules dissociées | Revue de la morphologie tissulaire et des marqueurs sélectionnés |
| Contexte tissulaire | Préservé | Préservé | Préservé | Préservé | Perdu après dissociation | Préservé |
| Portée moléculaire | Expression spatiale à l'échelle du transcriptome | Expression génique spatiale dépendante de la plateforme | Expression génique spatiale dépendante de la plateforme | Panneau génique ciblé | Expression unicellulaire à l'échelle du transcriptome | Limité par des marqueurs |
| Sortie spatiale | Coordonnées, cartes d'expression, clusters, domaines spatiaux | Coordonnées, cartes d'expression, caractéristiques spatiales | Coordonnées et sorties spatiales compatibles avec le FFPE | Cartes génétiques in situ et résultats segmentés au niveau cellulaire | Groupes cellulaires et profils d'expression génique | Images de tissus et motifs de coloration des marqueurs |
| Question de meilleur ajustement | Où se situent les programmes d'expression génique dans les régions tissulaires ? | Comment puis-je réaliser un profilage spatial haute résolution dans un flux de travail 10x ? | Comment puis-je étudier spatialement des tissus FFPE archivés ? | Où sont situés les transcriptions sélectionnées en haute résolution ? | Quels états cellulaires sont présents dans un échantillon de tissu ? | À quoi ressemble le tissu et où se trouvent les marqueurs sélectionnés ? |
| intégration de scRNA-seq | Utile pour l'annotation informée par des références | Utile | Utile | Utile pour une interprétation ciblée | Peut servir de référence. | Pas à l'échelle du transcriptome. |
| Limitation clé | La qualité des tissus et l'interprétation des données nécessitent une planification minutieuse. | Les contraintes de la plateforme et des échantillons doivent être examinées. | La qualité de l'ARN FFPE et la conception de l'essai sont importantes. | Les limites du panel ciblé restreignent l'étendue de la découverte. | L'organisation spatiale est supprimée. | La largeur moléculaire est limitée. |
| Utilisateur le plus adapté | Atlas des tissus, hétérogénéité tumorale, développement, cerveau, projets de cartographie immunitaire et organique. | Les chercheurs préférant un flux de travail spatial haute résolution 10x | Des chercheurs travaillant avec du matériel tissulaire FFPE | Les chercheurs se sont concentrés sur des panneaux de marqueurs ciblés in situ. | Les chercheurs construisent des références d'état cellulaire. | Chercheurs ayant besoin de confirmation de morphologie ou de marqueurs sélectionnés |
Comment nous vous aidons à choisir la bonne stratégie spatiale
Choisir Stereo-seq lorsque vous avez besoin d'une cartographie de l'expression génique à haute résolution à l'échelle des tissus et d'une large découverte transcriptomique à travers les régions tissulaires.
Choisir Service de transcriptomique spatiale HD Visium 10x lorsque vous préférez un flux de travail spatial haute résolution 10x.
Choisir Service de transcriptomique spatiale 10x Visium FF lorsque la compatibilité des tissus FFPE est une exigence principale du projet.
Choisir Service In Situ 10x Xenium lorsque les panneaux géniques ciblés in situ et la segmentation cellulaire sont plus importants que la découverte large.
Choisir Services de séquençage multi-omiques spatiaux quand la transcriptomique devrait être combinée avec des couches spatiales ou omiques supplémentaires.
Analyse bioinformatique et livrables
Les projets Stereo-seq génèrent des données spatiales complexes. Nous traitons ces données en résultats clairs afin que votre équipe puisse examiner les motifs d'expression, la structure spatiale, les marqueurs génétiques et les annotations intégrées.
Analyse standard de la transcriptomique spatiale
- Contrôle de qualité des données de séquençage brutes
- Traitement des codes-barres spatiaux
- Génération de matrice d'expression spatiale
- Alignement d'image et de coordonnées
- Revue de la couverture tissulaire
- Évaluation de la distribution des gènes et des lectures détectées
- Clustering spatial
- Détection dans le domaine spatial
- Analyse des gènes marqueurs
- Comparaison d'expression au niveau régional
- Visualisation de l'expression génique spatiale
Analyse spatiale intégrée
Pour les projets avec des données supplémentaires ou des questions personnalisées, nous pouvons étendre l'analyse avec l'intégration de références scRNA-seq, la distribution des types cellulaires inférée, l'analyse des niches spatiales ou des quartiers, la comparaison multi-échantillons, la comparaison des régions au niveau du groupe, l'enrichissement des voies ou des GO, la comparaison des régions tumeur-stroma-immune, l'annotation tissulaire personnalisée et la visualisation spatiale personnalisée.
| Livrable | Ce que cela montre | Pourquoi c'est important |
|---|---|---|
| Données de séquençage brutes | Sortie de séquençage originale | Prend en charge le stockage des données et la réanalyse en aval. |
| Matrice d'expression spatiale | Comptes de gènes liés aux coordonnées spatiales | Données fondamentales pour l'analyse de la transcriptomique spatiale |
| Image de tissu | Morphologie et contexte de section | Aide à relier l'expression génique à l'architecture tissulaire. |
| Fichier de coordonnées spatiales | Informations de localisation pour les valeurs d'expression | Active la cartographie spatiale et la visualisation. |
| Résumé de QC | Qualité de lecture, cartographie, gènes détectés, couverture tissulaire et métriques de traitement | Aide à évaluer la qualité des données |
| Carte de regroupement spatial | Régions tissulaires regroupées par similarité d'expression | Révèle l'organisation spatiale |
| Résultats dans le domaine spatial | Modèles d'expression au niveau régional | Soutient l'interprétation biologique de la structure des tissus |
| Table des gènes marqueurs | Gènes enrichis dans des clusters ou des régions | Aide à définir les caractéristiques moléculaires des régions tissulaires. |
| sorties d'intégration scRNA-seq | Distribution de type cellulaire ou d'état cellulaire informée par référence | Connecte les informations unicellulaires à l'espace tissulaire. |
| Rapport final | Méthodes, CQ, chiffres, tableaux et notes d'interprétation | Fournit un résumé de projet structuré. |
Exigences d'échantillon pour le Stereo-seq
Les exigences d'échantillon dépendent du type de tissu, de la méthode de préservation, du format de section, de la morphologie tissulaire, de la qualité de l'ARN et du flux de travail spatial sélectionné. Nous confirmons le plan final avant la soumission de l'échantillon car les besoins en sections de tissu peuvent varier selon le projet.
Le tableau ci-dessous conserve les valeurs spécifiques aux sections Stereo-seq en statut de révision de projet. Les attentes générales en matière d'intégrité de l'ARN sont incluses uniquement comme points de référence pratiques pour les projets de transcriptomique, tandis que les dimensions des sections de tissu, le format des lames, l'épaisseur des sections et la zone de capture doivent être confirmés avant la soumission.
| Type d'échantillon | Préservation | Format recommandé | Exigences de section | Qualité des tissus / ARN | Notes d'imagerie / Morphologie | Expédition | Flux de travail optimal | Notes |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Tissu frais congelé | Frais congelé | Bloc de tissu ou coupe préparée | Confirmer avant soumission | Préserver la qualité de l'ARN ; référence générale en transcriptomique : RIN ≥7 | La région d'intérêt et l'orientation des tissus doivent être claires. | Glace carbonique | Stereo-seq | Évitez les cycles répétés de gel-dégel. |
| Tissu intégré OCT | Tissu congelé intégré dans OCT | Bloc ou section | Confirmer avant soumission | Confirmer avant soumission | La qualité OCT et la morphologie des sections doivent être examinées. | Glace carbonique | Stereo-seq | Le format approprié dépend du tissu et du plan de section. |
| Tissu tumoral | Congelé frais ou intégré dans OCT | Bloc de tissu ou section | Confirmer avant soumission | La nécrose et les régions de faible qualité doivent être examinées. | Les régions tumorales, stromales, immunitaires et de frontière peuvent nécessiter une sélection minutieuse. | Glace carbonique | Stereo-seq ou analyse spatiale intégrée | L'annotation régionale améliore l'interprétation. |
| Tissu cérébral | Frais congelé ou intégré dans la résine OCT | Bloc de tissu ou coupe | Confirmer avant soumission | Confirmer avant soumission | L'orientation anatomique est importante. | Glace carbonique | Stereo-seq | Utile pour la cartographie des régions et des couches |
| Tissu embryonnaire ou tissulaire d'organe | Frais congelé ou intégré dans OCT | Section entière ou région sélectionnée | Confirmer avant soumission | Confirmer avant soumission | Le stade de développement et l'orientation doivent être documentés. | Glace carbonique | Stereo-seq | Les métadonnées sont importantes pour la comparaison des étapes. |
| Tissu végétal | Préparation fraîche congelée ou optimisée | Bloc de tissu ou coupe | Confirmer avant soumission | Confirmer avant soumission | L'autofluorescence, la structure de la paroi cellulaire et la manipulation des tissus doivent être examinées. | Confirmer avant soumission | Stereo-seq avec révision personnalisée | Le soutien de référence peut affecter la profondeur de l'analyse. |
| Données spatiales fournies par le client | Fichiers de données | Matrice d'expression, coordonnées, images et métadonnées | Non applicable | Non applicable | Les fichiers d'image et de coordonnées doivent être complets. | Transfert de données sécurisé | Réanalyse personnalisée | Les fichiers de référence et les métadonnées de groupe sont requis. |
Si vous n'êtes pas sûr que votre échantillon soit adapté, contactez-nous avant la collecte ou la section. Un examen précoce aide à réduire le risque d'échantillon évitable et rend le plan d'analyse ultérieur plus clair.
Discutez de votre projetApplications de Stereo-seq en biologie spatiale
Stereo-seq soutient les études de biologie des tissus où l'expression génique doit être interprétée en tenant compte de la localisation spatiale, de la structure des tissus et du contexte au niveau des régions.
Microenvironnement tumoral et hétérogénéité tissulaire
Le Stereo-seq peut aider les chercheurs à cartographier l'expression spécifique à des régions à travers les tissus tumoraux, les zones stromales, les régions riches en immunité, les frontières invasives et les niches tissulaires.
Biologie du développement et cartographie des embryons
Les études développementales nécessitent souvent un contexte spatial car l'expression génique varie selon les régions anatomiques et les structures de développement.
Recherche sur le cerveau, les neurosciences et l'atlas des organes
Les projets d'atlas du cerveau et des organes bénéficient de cartes d'expression génique spatiale qui préservent l'architecture des tissus.
Recherche en immunologie et en tissu inflammatoire
Le Stereo-seq peut aider à examiner les régions enrichies en immunité, les niches inflammatoires, les frontières tissulaires et les motifs d'expression génique au niveau des régions.
Biologie spatiale des plantes et des organismes modèles
Le Stereo-seq peut soutenir la cartographie spatiale des couches tissulaires, des structures de développement et de l'expression génique spécifique à des régions lorsque les ressources de préparation d'échantillons et d'annotation sont adéquates.
Pourquoi choisir CD Genomics pour le Stereo-seq ?
Nous soutenons Stereo-seq en tant que workflow complet de transcriptomique spatiale, pas seulement comme une course de séquençage. Notre équipe vous aide à réfléchir à la compatibilité des tissus, au choix du workflow, à la qualité des données spatiales, à la stratégie bioinformatique et aux livrables finaux.
- Support de transcriptomique spatiale de bout en bout : Nous soutenons la révision des tissus, la planification des sections, le soutien au flux de travail de capture spatiale, le séquençage, le contrôle qualité, le regroupement spatial, l'analyse des domaines spatiaux, le cartographie des gènes marqueurs et la livraison des rapports.
- Bioinformatique spatiale personnalisée : Nous aidons à traiter les matrices d'expression spatiale, à aligner les coordonnées, à détecter les clusters spatiaux, à cartographier les gènes marqueurs, à comparer les régions tissulaires et à intégrer les références scRNA-seq lorsque cela est approprié.
- Intégration avec les données multi-omiques spatiales et les données unicellulaires : Nous pouvons aider à connecter les résultats de Stereo-seq avec des références unicellulaires, des stratégies multi-omiques spatiales ou des plateformes spatiales connexes.
- Livrables clairs pour les équipes de recherche : Nous organisons les résultats en données brutes, matrices traitées, résumés de contrôle qualité, cartes spatiales, tableaux de marqueurs, visualisations intégrées et rapports d'analyse finaux.
Résultats de la démo : À quoi peuvent ressembler les données Stereo-seq
Les données de Stereo-seq peuvent être livrées sous forme de cartes spatiales, de matrices d'expression, de résultats de clusters, de tableaux de gènes marqueurs et de rapports visuels intégrés. Les résultats exacts dépendent de la qualité de l'échantillon, du type de tissu, de la conception du projet et des objectifs d'analyse.
Expression génique spatiale et carte des régions tissulaires
Une vue d'expression génique spatiale montre où des gènes sélectionnés sont détectés à travers la coupe de tissu. Dans un rapport typique, cela peut inclure une image de tissu associée à des superpositions d'expression, aidant votre équipe à voir si les gènes marqueurs se localisent à des régions, couches, frontières ou niches spécifiques du tissu.
- Cartes d'expression génique spatiale
- Visualisation de marqueurs spécifiques à la région
- Superposition d'images de tissus
- Vues d'expression basées sur les coordonnées
- Comparaison d'expression au niveau régional
Clustering spatial et carte thermique des gènes marqueurs
Le regroupement spatial regroupe les emplacements tissulaires avec des motifs d'expression similaires. L'analyse des gènes marqueurs aide ensuite à définir les caractéristiques moléculaires de chaque cluster spatial ou domaine tissulaire.
- Carte des clusters spatiaux
- Annotation du domaine spatial
- Table des gènes marqueurs
- Chaleur des gènes marqueurs
- Comparaison d'expression au niveau des clusters
Intégration de scRNA-seq et distribution de types cellulaires inférée
Lorsqu'une référence scRNA-seq appropriée est disponible, les données spatiales peuvent être intégrées avec des profils unicellulaires pour inférer où les types de cellules ou les états cellulaires sont enrichis.
- Carte de distribution des types cellulaires informée par référence
- Enrichissement des états cellulaires par région tissulaire
- Vue de niche spatiale ou de quartier
- Interprétation intégrée UMAP-vers-espace
- Comparaison de distribution multi-échantillons
Questions Fréquemment Posées sur le Service Stereo-seq
1. Qu'est-ce que le Stereo-seq ?
Le Stereo-seq est une approche de transcriptomique spatiale utilisée pour cartographier l'expression génique à travers des sections de tissu tout en préservant les coordonnées spatiales. Cela aide les chercheurs à étudier où les gènes sont exprimés et comment les motifs d'expression se rapportent à la structure des tissus.
2. En quoi le Stereo-seq est-il différent du scRNA-seq ?
Les profils de scRNA-seq des cellules dissociées sont utiles pour identifier les états cellulaires, mais ils suppriment la localisation tissulaire. Le Stereo-seq préserve l'information spatiale, permettant de cartographier l'expression génique à travers les régions tissulaires.
3. En quoi le Stereo-seq est-il différent du 10x Visium HD ?
Stereo-seq et 10x Visium HD sont tous deux des approches de transcriptomique spatiale, mais ils diffèrent par la conception de la plateforme, le flux de travail et l'adéquation au projet. CD Genomics peut vous aider à choisir entre Stereo-seq et Service de transcriptomique spatiale HD Visium 10x basé sur le type de tissu, les objectifs de résolution et les besoins d'analyse.
4. En quoi le Stereo-seq est-il différent du Xenium ?
Le Stereo-seq est utilisé pour la découverte en transcriptomique spatiale à travers des sections de tissu. Service In Situ Xenium 10x est plus adapté lorsque le projet se concentre sur des panels géniques in situ ciblés et la segmentation cellulaire. Le meilleur choix dépend de vos besoins en matière de découverte large ou de cartographie in situ ciblée.
5. Quels échantillons de tissu sont adaptés pour le Stereo-seq ?
Les tissus frais congelés, les tissus inclus dans de l'OCT, les tissus tumoraux, les tissus cérébraux, les tissus d'embryon ou d'organe, les tissus végétaux et les tissus d'organismes modèles peuvent être considérés. La pertinence finale dépend de la qualité des tissus, de la méthode de préservation, du format des sections et des objectifs du projet.
6. La méthode Stereo-seq peut-elle être intégrée aux données de scRNA-seq ?
Oui. Lorsqu'une référence scRNA-seq appropriée est disponible, les données Stereo-seq peuvent être intégrées avec des profils unicellulaires pour soutenir la cartographie des types cellulaires ou des états cellulaires informée par la référence dans l'espace tissulaire.
7. Quels livrables sont inclus ?
Les livrables typiques incluent des données de séquençage brutes, des matrices d'expression spatiale, des images de tissus, des fichiers de coordonnées, des résumés de contrôle qualité, des cartes de clusters spatiaux, des tableaux de gènes marqueurs, des cartes d'expression génique, des résultats d'analyse intégrée et un rapport final.
8. La méthode Stereo-seq peut-elle identifier des types cellulaires ?
Le Stereo-seq peut soutenir l'annotation des types cellulaires ou des états cellulaires informée par des références lorsque des données de référence appropriées sont disponibles. Ces annotations doivent être interprétées en tenant compte de la qualité de référence, du contexte tissulaire et des preuves des marqueurs.
9. Quelles sont les principales limitations de l'interprétation de la transcriptomique spatiale ?
Les principales limitations incluent la qualité des tissus, la préparation des sections, la préservation de l'ARN, l'adéquation de la résolution spatiale, la disponibilité des références, la complexité des données et l'incertitude dans l'annotation des types cellulaires lorsque les ensembles de données de référence sont incomplets.
10. CD Genomics peut-il analyser des données de transcriptomique spatiale fournies par les clients ?
Oui. Nous pouvons examiner les données de transcriptomique spatiale fournies par le client lorsque les matrices d'expression, les coordonnées, les images de tissus, les métadonnées et les fichiers de référence sont disponibles.
Étude de cas : Stereo-seq pour la construction d'un atlas spatial de l'organogenèse murine
Contexte
L'organogenèse chez la souris est un processus hautement spatial. Au cours du développement, les tissus se forment grâce à des changements coordonnés dans l'expression génique, la distribution des états cellulaires, la structure anatomique et l'organisation régionale. Le profilage transcriptomique standard peut mesurer l'expression génique, mais il ne préserve pas l'emplacement de ces programmes d'expression dans l'embryon. Une approche de transcriptomique spatiale est donc précieuse pour construire des atlas de développement qui relient les motifs moléculaires aux structures anatomiques.
L'étude Atlas transcriptomique spatiotemporel de l'organogenèse chez la souris utilisant des matrices à motifs de nanoballes d'ADN utilisé des matrices en motifs de nanoballes d'ADN pour construire un atlas transcriptomique spatiotemporel de l'organogenèse chez la souris. Cet article est un exemple fort dans la littérature publique pour le Stereo-seq car il démontre directement le cartographie de l'expression génique spatiale à l'échelle des tissus dans un système de développement.
Méthodes
L'étude a utilisé une stratégie de matrice en nanoballes d'ADN pour capturer des informations transcriptomiques avec des coordonnées spatiales. Des sections d'embryons de souris ont été traitées afin que l'expression génique puisse être attribuée à des emplacements spatiaux dans les tissus en développement. Le flux de travail a relié la capture spatiale, le séquençage, le contexte tissulaire basé sur l'image, la cartographie de l'expression génique et l'analyse computationnelle.
La figure 1 de l'article présente le design de l'étude et un aperçu de la technologie. Elle illustre comment des informations transcriptomiques indexées spatialement peuvent être générées à partir de sections de tissus et utilisées pour construire des cartes spatiales à travers l'organogenèse murine.
Résultats
L'étude a généré des cartes transcriptomiques spatiales qui ont conservé des informations de localisation à l'échelle des tissus tout au long de l'organogenèse chez la souris. Ces cartes ont montré que les motifs d'expression génique pouvaient être liés à des structures anatomiques et à des régions de développement plutôt que d'être analysés comme une matrice d'expression sans localisation.
- Les cartes d'expression génique spatiale préservaient l'organisation tissulaire de l'embryon.
- Des motifs d'expression spécifiques à la région pourraient être attribués aux structures en développement.
- Des données spatialement résolues ont soutenu l'interprétation au niveau de l'atlas tout au long de l'organogenèse.
- La stratégie de l'array en nanoballes d'ADN a permis une cartographie transcriptomique spatiale à grande échelle avec un haut niveau de détail spatial.
- La figure 1 montre la conception globale de l'étude Stereo-seq et le flux de travail de l'atlas spatial, reliant la structure tissulaire à l'expression à l'échelle du transcriptome.
Figure 1 de Atlas transcriptomique spatiotemporel de l'organogenèse murine utilisant des matrices à motifs de nanoballes d'ADN montre la conception de l'étude Stereo-seq et le flux de travail de l'atlas spatial reliant la structure tissulaire à l'expression à l'échelle du transcriptome.
Conclusion
Cette étude montre comment le Stereo-seq peut soutenir la transcriptomique spatiale à haute résolution pour de grands systèmes tissulaires en développement. Pour les chercheurs planifiant des atlas tissulaires, la biologie du développement, la cartographie des organes ou des études d'expression spécifiques à des régions, la valeur clé ne réside pas seulement dans la génération de données. La valeur provient de la connexion de la préparation des tissus, de la capture spatiale, du séquençage, de l'analyse consciente des coordonnées et des résultats visuels interprétables dans un seul flux de travail de projet.
