Séquençage de l'exome entier

CD Genomics propose depuis quelques années un service de séquençage de tout l'exome flexible et abordable. Nous utilisons la plateforme de séquençage Illumina HiSeq pour obtenir les informations sur les variations génétiques de manière plus efficace.

L'introduction du séquençage de l'exome complet

Le génome humain comprend environ 3×10^neuf des bases, et contient environ 180 000 régions codantes (exome), représentant environ 1,7 % d'un génome humain. On estime que 85 % des mutations causant des maladies se produisent dans l'exome. Pour cette raison, le séquençage de l'exome entier a le potentiel de révéler un rendement plus élevé de variants pertinents à un coût bien inférieur à séquençage du génome entierLe séquençage de l'exome entier est considéré comme une méthode efficace et puissante pour identifier les variantes génétiques qui affectent les phénotypes héréditaires, y compris les mutations causant des maladies importantes et les variations naturelles qui peuvent être utilisées pour améliorer les cultures et le bétail.

Le séquençage de l'exome entier utilise la technologie de capture de l'exome pour enrichir les exons, puis séquence ces régions de manière à haut débit. Plus précisément, les échantillons d'ADN sont d'abord fragmentés et des sondes oligonucleotidiques biotinylées (appâts) sont utilisées pour s'hybrider sélectivement à l'exome dans le génome. Des billes de streptavidine magnétiques sont ensuite utilisées pour se lier aux sondes biotinylées. La portion non ciblée du génome est ensuite lavée, et la PCR est utilisée pour enrichir l'échantillon en ADN provenant de la région cible. Par la suite, l'échantillon est séquencé par la plateforme Illumina HiSeq. Cette stratégie peut entraîner une amélioration allant jusqu'à 100 fois de la couverture génique pour le génome humain. Les données de séquençage validées sont ensuite utilisées pour l'analyse des variants et les déclarations cliniques.

Nos solutions de séquençage de l'exome

Chez CD Genomics, nous proposons des solutions sur mesure. Séquençage de l'exome services pour Humain/Souris et Animal/Plante génomes, fournissant une détection précise des variantes et des solutions rentables.

Explorez notre Services de séquençage de l'exome humain/souris ou Options de séquençage de l'exome animal/plante pour trouver la solution parfaite pour votre recherche. Cette solution concise vous aide à sélectionner le service de séquençage d'exome approprié à vos besoins de recherche.

Avantages du séquençage de l'exome complet

• Coût réduit et large disponibilité
• Couverture de séquence augmentée (au-dessus de 120X)
• Détection de variantes de polymorphisme nucléotidique unitaire (SNP) codantes aussi sensibles que séquençage du génome complet
• Un ensemble de données plus petit pour une analyse plus rapide et plus facile par rapport au séquençage du génome entier.
• Applications médicales et agricoles

Flux de travail de séquençage de l'exome entier

CD Genomics utilise le système Illumina HiSeq pour fournir un séquençage complet de l'exome rapide et précis ainsi qu'une analyse bioinformatique. Notre équipe d'experts hautement expérimentés met en œuvre la gestion de la qualité, suivant chaque procédure pour garantir des résultats fiables et impartiaux. Le flux de travail général pour le séquençage complet de l'exome est décrit ci-dessous.

Spécifications de service

	Exigences d'échantillon ADN génomique ≥ 500 ng, Quantité minimale : 100 ng, Concentration ≥ 10 ng/μl, OD260/280 = 1,8 ~ 2,0. Nous acceptons également des cellules cultivées, du sang, des tissus, des échantillons FFPE (fixés au formol et inclus dans la paraffine) et d'autres échantillons. Tous les échantillons sont validés pour la pureté et la quantité d'ADN. Solution de préparation de bibliothèque et d'enrichissement d'exome économique utilisant les kits TruSeq DNA Exome, Agilent SureSelect ou NimbleGen SeqCap. Remarque : Les montants d'échantillons sont indiqués à titre de référence uniquement. Pour des informations détaillées, veuillez contactez-nous avec vos demandes personnalisées.
Cliquez	Séquençage Plateforme HiSeq PE150, MGI DNBSEQ-T7/DNBSEQ-G400. Couverture de séquençage standard ≥ 50X ; échantillon de cancer ≥ 100X. Plus de SNPs peuvent être obtenus en augmentant la couverture.
	Analyse bioinformatique Nous proposons des analyses bioinformatiques personnalisées, y compris : Contrôle de la qualité des données brutes Alignement avec le génome de référence Appel SNP/InDel et statistiques Appel et statistiques des SNP/InDel somatiques Annotation Analyse avancée : troubles monogéniques, troubles complexes/multifactorielles et cancer. Remarque : Les sorties de données et les contenus d'analyse recommandés affichés sont à titre de référence uniquement. Pour des informations détaillées, veuillez contactez-nous avec vos demandes personnalisées.

Pipeline d'analyse

Livrables

• Les données de séquençage originales
• Résultats expérimentaux
• Rapport d'analyse des données
• Détails sur le séquençage de l'exome entier pour votre rédaction (personnalisation)

CD Genomics propose un package complet de séquençage de tout l'exome, incluant la standardisation des échantillons, la capture de l'exome, la construction de bibliothèques, le séquençage profond, le contrôle de qualité des données brutes et l'analyse bioinformatique. Nous pouvons adapter ce processus à vos intérêts de recherche. Si vous avez des exigences supplémentaires ou des questions, n'hésitez pas à nous contacter.

Référence :

1. Warr A, Robert C, Hume D, et al. Séquençage de l'exome : perspectives actuelles et futures. G3 : Gènes, Génomes, Génétique, 2015, 5(8) : 1543-1550.

1. Quelles sont les applications du séquençage de l'exome entier ?

Le génome humain contient environ 180 000 régions codantes (exome), représentant environ 1,7 % du génome humain. On estime que 85 % des mutations causant des maladies se produisent dans l'exome. Par conséquent, le séquençage de l'exome entier est un contributeur potentiel à la compréhension des maladies humaines. Le séquençage de l'exome entier est un outil rentable et puissant, particulièrement adapté pour des tailles d'échantillons plus importantes et une couverture élevée. Le séquençage de l'exome entier est principalement utilisé pour enquêter sur la cause génétique des maladies mendéliennes et des maladies courantes telles que le cancer et le diabète.

Figure 1. Application du séquençage de l'exome entier dans une maladie complexe.

2. Quelles variations le séquençage de l'exome entier peut-il détecter ?

Le séquençage de l'exome entier peut détecter des SNP, des InDels et peut-être des variations du nombre de copies (CNV).

3. Comment puis-je déterminer la profondeur de séquençage ?

La profondeur de séquençage est un facteur important pour séquençage à haut débitUn article publié dans la revue Genomics & Informatics a révélé que la profondeur de séquençage du séquençage de l'exome entier peut affecter les taux de découverte des variations. En résumé, le nombre de SNPs délétères et d'InDels détectés dans les régions codantes n'augmentait que faiblement à des profondeurs supérieures à 120×. En d'autres termes, une profondeur de séquençage de 120× peut être considérée comme raisonnable lors de l'utilisation de la technique de séquençage par capture d'exome pour identifier des variations significatives dans les études diagnostiques.

4. Quels sont les inconvénients du séquençage de l'exome complet ?

Le séquençage de l'exome entier se caractérise par un coût réduit, une couverture de séquence accrue, ainsi qu'une identification sensible et spécifique. Néanmoins, le séquençage de l'exome entier ne peut pas détecter les variants structurels et a une vue limitée, c'est-à-dire uniquement des régions codantes. Tous les cibles ne sont pas capturées (environ 80 %), et il est difficile de capturer les régions riches en GC.

Référence :

1. Kyung Kim, et al. Effet de la profondeur de séquençage de l'exome de nouvelle génération pour la découverte de variants diagnostiques. Génomique et Informatique2015, juin ; 13(2) : 31–39.

Première mutation de type missense en dehors du domaine lipase de SERAC1 affectant le trafic intracellulaire du cholestérol.

Journal : Neurogénétique

Facteur d'impact : 3,269

Publié en ligne : 7 octobre 2015

Résumé

Le syndrome MEGDEL est une erreur métabolique congénitale rare. Ce syndrome a été associé à des mutations dans le gène contenant le site actif de sérine 1 (SERAC1). Les auteurs ont rapporté une nouvelle mutation homozygote dans le gène SERAC1 par séquençage de l'exome entier chez CD Genomics. Il s'agit de la première mutation de type missense en dehors du domaine lipase-sérine de la protéine qui affecte le transport intracellulaire du cholestérol.

Résultats

1. Mutations dans le gène SERAC1

À ce jour, 19 mutations du gène SERAC1 ont été identifiées chez des patients atteints du syndrome MEGDEL (Tableau 1). Seules trois sont des mutations non-sens qui sont localisées dans le domaine lipase. La p.D224G est la première mutation non-sens en dehors du domaine lipase.

2. Mutation non-sens (p. D224G)

En utilisant le séquençage de l'exome entier, les auteurs ont identifié une nouvelle mutation pathogène homozygote dans le gène SERAC1. Cette mutation de type missense a changé un acide aspartique en glycine (Figure 1d). Le rôle pathogène de p.D224G est soutenu par une analyse in silico, la conservation du résidu d'acide aminé mutant (Figure 1d) et l'accumulation de cholestérol (Figure 1e).

Figure 1. La position de la mutation D224 dans diverses espèces (d). Le trafic intracellulaire du cholestérol dans les fibroblastes dérivés d'individus en bonne santé et des patients atteints de SERAC1. U1866A est un inhibiteur du trafic du cholestérol.

Référence :

1. Rodríguez-García M E, et al. Première mutation de type missense en dehors du domaine lipase de SERAC1 affectant le transport intracellulaire du cholestérol. Neurogénétique, 2016, 17(1) : 51-56.