Directives de Soumission d'Échantillons
Nos capacités en séquençage d'ARNm IVT
Nos capacités en séquençage d'ARNm IVT
- Analyse complète de l'ARNm
Notre service de séquençage d'ARNm IVT fournit une analyse détaillée de vos échantillons d'ARNm, couvrant les facteurs clés essentiels pour une évaluation précise et des insights de recherche. - Intégrité de l'ARNm : Nous veillons à ce que l'ARNm soit intact, exempt de produits de dégradation et qu'il maintienne son intégrité structurelle.
- Séquençage complet : En séquençant la longueur totale de l'ARNm, nous offrons une vue complète de sa séquence, y compris des régions critiques telles que la coiffe 5' et la queue poly(A) 3'. Cela garantit qu'aucune donnée n'est omise dans l'analyse.
- Longueur de la queue poly(A) : La queue poly(A) influence la stabilité et la traduction de l'ARNm. Nous fournissons des mesures précises pour évaluer la qualité fonctionnelle de l'ARNm.
- Identité de séquence : Notre service garantit que l'ARNm correspond à la séquence attendue, confirmant que le processus de transcription a généré la bonne molécule d'ARN.
- Détection de contamination : Nous vérifions la présence de contaminants tels que l'ADN plasmidique, l'ARNr ou d'autres séquences d'ARN indésirables, garantissant que votre échantillon d'ARNm est pur et adapté aux applications en aval.
Personnalisation selon vos besoins
Nous comprenons que chaque projet de recherche a des besoins uniques. Notre Solutions de séquençage d'ARNm IVT peut être personnalisé pour prendre en charge diverses applications :
- Développement de vaccins à ARNm : Assurez la qualité de votre candidat vaccin à ARNm avec une analyse détaillée de l'intégrité de la séquence et de la queue poly(A).
- Recherche sur les thérapies par ARN : Évaluez la qualité et la fonctionnalité de l'ARNm thérapeutique, en veillant à ce que vos traitements à base d'ARN soient efficaces et sûrs.
- Études d'expression génique : Obtenez des données fiables pour l'analyse des transcrits dans la recherche sur l'expression génique, en étudiant la régulation de l'ARN et l'épissage.
Nous adaptons nos services pour répondre aux exigences spécifiques de votre projet, en vous fournissant les données les plus pertinentes et exploitables.
Notre package de technologie de séquençage d'ARNm IVT
Notre Séquençage d'ARNm IVT le service tire parti des dernières avancées en matière de technologie de séquençage et d'analyse computationnelle. Ce package complet offre une solution intégrale pour évaluer la qualité des échantillons d'ARNm, en se concentrant sur la précision du séquençage, la détection de contamination et l'analyse fonctionnelle. Voici un aperçu des principaux composants de notre package technologique :
| Composant | Description |
|---|---|
| Purification d'ARNm IVT | Purification de haute qualité pour éliminer les contaminants tels que l'ADN plasmidique et l'ARNr, garantissant que seul l'ARNm intact est analysé pour un séquençage précis. |
| Plateformes de séquençage | - Oxford NanoporeSéquençage à lecture longue pour l'analyse de l'ARNm complet. - IlluminaSéquençage à courte lecture de haute précision pour une analyse complète de l'ARNm. |
| Analyse bioinformatique | Analyse experte des données de séquençage, y compris : - Vérification de l'intégrité de l'ARNm et de l'identité de la séquence - Détection des contaminants (ARNr, ADN plasmidique) - Analyse de la longueur de la queue Poly(A) |
| Avantage technologique | L'utilisation combinée de plateformes avancées de séquençage à longues et courtes lectures garantit l'analyse d'ARNm la plus fiable et détaillée, soutenue par un support bioinformatique d'experts pour des résultats exploitables. |
Flux de travail de séquençage de l'ARNm IVT
Notre flux de travail de séquençage d'ARNm IVT est conçu pour fournir une solution intégrée et complète pour l'analyse de la qualité de l'ARNm. Chaque étape est optimisée pour garantir que vous receviez les données les plus précises et fiables pour vos besoins de recherche.
- Préparation des échantillons
Haute qualité ARNm IVT Les échantillons sont préparés pour le séquençage. Cette étape consiste à recevoir des ARNm purifiés ou des clones d'ADNc de votre laboratoire, en s'assurant que les échantillons sont exempts de contaminants qui pourraient affecter le processus de séquençage. - Séquençage
Utiliser Illumina et Plateformes de séquençage Oxford NanoporeLes échantillons d'ARNm préparés sont séquencés. Le processus de séquençage fournit des données de haute précision, permettant une analyse détaillée de l'ensemble du transcrit d'ARNm, y compris la coiffe 5' et la queue poly(A). - Analyse bioinformatique
Après le séquençage, notre équipe de bioinformatique effectue une analyse complète des données. Cela inclut :- Évaluation de l'intégrité de l'ARNm : Vérification que l'ARNm est intact et exempt de dégradation.
- Vérification de l'identité de la séquence : Confirmer que l'ARNm correspond à la séquence attendue.
- Détection de contamination : Identification de tout contaminant potentiel, tel que l'ARNr ou l'ADN plasmidique.
- Livrables
Vous recevrez un rapport détaillé qui comprend :- Métriques de qualité de l'ARNm : intégrité de la séquence, longueur de la queue poly(A) et niveaux de contamination.
- Résultats de séquençage : Fichiers de données complets, y compris les fichiers d'alignement et les graphiques de couverture, pour une analyse approfondie.
Plateformes de séquençage
Technologies Oxford Nanopore
Oxford Nanopore est un leader dans séquençage à lecture longue la technologie, ce qui la rend idéale pour le séquençage de l'ARNm. Contrairement aux technologies de séquençage à courtes lectures, la plateforme à longues lectures d'Oxford Nanopore permet le séquençage de molécules d'ARNm de pleine longueur, capturant des éléments clés tels que :
- La région de la coiffe 5'
- La séquence codante
- La queue poly(A) 3'
Cette capacité est particulièrement importante pour obtenir une représentation complète et précise de la séquence d'ARNm. Le séquençage à longues lectures fournit des informations plus approfondies sur l'intégrité de l'ARNm, les éléments fonctionnels et les variantes d'épissage potentielles.
Avantages clés:
- Séquençage complet de l'ARNm
- Haute précision pour l'analyse de l'intégrité de l'ARNm
- Idéal pour détecter la longueur de la queue poly(A) et les caractéristiques de séquence.
Séquençage Illumina
Illumina est connu pour son séquençage à haut débit et à courtes lectures des capacités, offrant une haute précision et sensibilité dans le séquençage. Cette plateforme est largement utilisée pour le séquençage d'ARN à grande échelle et est bien adaptée pour :
- Séquençage à haute couverture des transcrits d'ARNm
- Génération de données à grande échelle pour les études d'expression génique
Fournir des données fiables pour analyse quantitative des niveaux d'ARNm dans plusieurs échantillons
Pourquoi nous utilisons les deux plateformes
En combinant Oxford Nanopore et Illumina plateformes, nous veillons à ce que votre Séquençage d'ARNm IVT les résultats sont aussi précis et complets que possible :
- Oxford Nanopore propose un séquençage en longueur complète et des insights plus profonds sur la structure de l'ARNm.
- Illumina fournit des données de haute qualité avec une couverture élevée pour une analyse approfondie de l'expression génique.
Ceci approche multiplateforme garantit que nous vous fournissons à la fois la profondeur et l'étendue des données nécessaires à la recherche avancée sur les ARNm, y compris la détection des variants de séquence, des éléments fonctionnels et de la contamination.
Analyse bioinformatique
À CD Genomicsnous fournissons une solution complète analyse bioinformatique dans le cadre de notre Séquençage d'ARNm IVT service. Notre équipe d'experts utilise des outils informatiques avancés pour s'assurer que vous recevez des informations détaillées et significatives de vos données de séquençage. Cette analyse est cruciale pour prendre des décisions éclairées dans votre recherche et optimiser davantage le développement de votre ARN messager.
- Contrôle de qualité
- Intégrité de la séquence : Nous évaluons l'intégrité de l'ARNm en vérifiant toute dégradation ou erreur dans la séquence. Cela garantit que l'ARNm est intact et reflète fidèlement le transcrit prévu.
- Longueur de la queue poly(A) : Nous mesurons avec précision la longueur de la queue poly(A), qui est essentielle pour la stabilité de l'ARNm et l'efficacité de la traduction.
- Alignement au Référence
- Alignement de lecture : Notre analyse consiste à aligner les lectures de séquençage sur un génome ou un transcriptome de référence pour confirmer l'identité de la séquence. Cette étape garantit que votre séquence d'ARNm correspond au design attendu et identifie toute variation ou erreur de séquence.
- Détection de contamination
- Identification des contaminants : Nous identifions et quantifions tous les contaminants (par exemple, l'ARNr, l'ADN plasmidique ou d'autres espèces d'ARN) qui pourraient compromettre la qualité des données. Cette étape est essentielle pour garantir la pureté de votre échantillon d'ARNm.
- Filtrage des données : Les contaminants sont éliminés de l'ensemble de données, garantissant que seules les séquences d'ARNm pertinentes sont incluses dans l'analyse.
- Analyse fonctionnelle
- Analyse de l'expression génique : Nous fournissons une analyse détaillée des niveaux d'expression génique, ce qui est essentiel pour étudier la transcription et la régulation de l'ARNm.
- Détection des variantes d'épissage : Nous analysons les données de séquençage à la recherche de potentielles variantes d'épissage, qui pourraient impacter la fonctionnalité de l'ARNm. Cette étape est cruciale pour comprendre comment l'épissage alternatif pourrait influencer le rôle de l'ARNm dans diverses applications.
Nous comprenons que chaque projet de recherche a des besoins uniques. Notre équipe de bioinformatique travaille en étroite collaboration avec vous pour adapter l'analyse à vos objectifs spécifiques, garantissant que les résultats sont pertinents et exploitables pour votre recherche.
Pourquoi choisir CD Genomics pour le séquençage d'ARNm IVT ?
- Expertise et InnovationPlus d'une décennie d'expérience en séquençage d'ARN et en analyse d'ARNm.
- Technologie avancéeApproche multiplateforme utilisant Illumina et Oxford Nanopore pour un séquençage complet.
- Solutions sur mesureServices personnalisés pour les vaccins à ARNm, les thérapies par ARN et la recherche sur l'expression génique.
- Fiabilité et qualitéDes données de haute qualité, reproductibles, avec un contrôle qualité strict.
- Livraison à tempsDes délais d'exécution rapides pour respecter vos échéances de recherche.
Exigences d'échantillon
| Type d'échantillon | Description | Méthodes préférées | Exigences de quantité | Stockage et expédition |
|---|---|---|---|---|
| ARNm purifié | Exempt de contaminants tels que l'ADN génomique et l'ARNr. | Sélection PolyA ou déplétion d'ARNr pour la purification. | 500 ng à 1 µg par échantillon. | Conservez à -80°C, expédiez sur de la glace carbonique ou avec des packs de froid. |
| Clones d'ADNc | ADN plasmidique de haute qualité avec cDNA complet du gène d'intérêt. | Assurez-vous d'une préparation de plasmides de haute qualité pour la synthèse IVT. | Au moins 100 ng d'ADN plasmidique. | Conservez à -80°C, expédiez sur de la glace carbonique ou avec des packs de froid. |
| Échantillon de condition | Les échantillons doivent être intacts et exempts de dégradation. | Évitez la contamination par les RNases pour préserver l'intégrité de l'ARN. | N/A | Les échantillons doivent rester congelés pendant l'expédition. |
Livrables
- Rapport sur la séquence d'ARNm : Inclut l'intégrité, la longueur de la queue poly(A) et les niveaux de contamination.
- Fichiers de données brutes : fichiers FastQ, fichiers d'alignement et graphiques de couverture.
- Analyse bioinformatique : Inclut l'alignement de séquences, la détection de contamination et l'analyse fonctionnelle.
- Visualisation des données : Graphiques interactifs pour une interprétation facile des résultats.
Dans le cadre des résultats de la démonstration, nous fournissons :
Graphiques de couverture de séquençageReprésentations visuelles des données de séquençage, montrant l'uniformité de la couverture et l'intégrité.
Analyse de la longueur de la queue Poly(A): Graphiques détaillés montrant une mesure précise de la queue poly(A).
Rapports de contaminationDes rapports clairs mettant en évidence les contaminants dans l'échantillon, avec des suggestions pour la purification.
FAQ
Qu'est-ce que le séquençage d'ARNm IVT ?
Séquençage d'ARNm IVT est une méthode utilisée pour analyser la séquence et la qualité des molécules d'ARNm synthétisées in vitro. Elle permet l'étude complète de l'intégrité de l'ARNm, de la longueur de la queue poly(A), de l'identité de la séquence et des niveaux de contamination, ce qui est essentiel pour le développement de vaccins à ARN messager, les thérapies par ARN et la recherche sur l'expression génique.
Pourquoi l'analyse de la qualité des vaccins à ARNm est-elle importante ?
Assurer la qualité et l'intégrité de l'ARNm est crucial pour l'efficacité et la sécurité des vaccins à ARNm. Le séquençage de l'ARNm IVT fournit des informations détaillées sur la séquence de l'ARNm, son intégrité structurelle et les niveaux de contamination, aidant les chercheurs à identifier les problèmes potentiels avant de passer aux étapes suivantes du développement du vaccin.
Comment fonctionne la synthèse d'ARNm par IVT ?
Dans Synthèse d'ARNm IVT, ADNc est transcrit en ARNm à l'aide d'un système de transcription in vitro (IVT). L'ARNm résultant est purifié puis analysé par séquençage pour évaluer sa qualité. Ce processus est essentiel pour produire un ARNm de haute qualité qui répond aux spécifications requises pour les applications de recherche et thérapeutiques.
Quels types d'échantillons puis-je soumettre pour le séquençage ?
Nous acceptons les deux. ARNm purifié et clones d'ADNc pour le séquençage. L'ARNm purifié doit être exempt de contaminants tels que l'ARNr et l'ADN génomique, tandis que les clones d'ADNc doivent être de haute qualité et contenir des transcrits complets du gène d'intérêt. Référez-vous à notre Exigences d'échantillon section pour des instructions plus détaillées.
Combien de temps faut-il pour obtenir des résultats de séquençage mRNA IVT ?
Le délai de traitement pour Séquençage d'ARNm IVT peut varier en fonction de la complexité de l'échantillon et de l'analyse requise. En moyenne, vous pouvez vous attendre à des résultats dans un délai de plusieurs semaines après avoir reçu vos échantillons. Nous fournissons également des mises à jour tout au long du processus pour garantir la transparence et une communication rapide.
Fournissez-vous une analyse bioinformatique avec les données de séquençage ?
Oui, notre analyse bioinformatique est une partie intégrante de le Séquençage d'ARNm IVT service. Nous fournissons une analyse de données complète, y compris l'alignement sur un génome de référence, la vérification de l'intégrité de l'ARNm, l'analyse de la queue poly(A), la détection de contamination et l'analyse fonctionnelle, le tout inclus dans le rapport final.
Que faire si j'ai besoin des données plus tôt ?
Si vous avez besoin d'un délai d'exécution plus rapide, nous proposons services accélérésVeuillez contacter notre équipe de support client avant de soumettre vos échantillons pour discuter des options et des prix pour un traitement plus rapide.
Pouvez-vous m'aider avec la conception expérimentale de mon projet ?
Bien que nous soyons spécialisés dans le séquençage et l'analyse bioinformatique, notre équipe peut fournir des conseils sur les meilleures pratiques pour synthèse d'ARNm, purificationet mise en place expérimentale pour garantir que vos échantillons sont optimisés pour le séquençage.
Vos services sont-ils adaptés aux projets à grande échelle ?
Absolument ! Nos plateformes de séquençage sont capables de gérer séquençage à haut débit pour des projets à grande échelle, en veillant à ce que nous puissions soutenir à la fois des petites et des grandes équipes de recherche ou des entreprises pharmaceutiques.
Fournissez-vous des données dans un format facile à utiliser ?
Oui ! Nous fournissons toutes les données de séquençage dans formats de fichiers standardisés tel que FastQ et BAM pour une intégration transparente avec d'autres outils d'analyse. Nos rapports sont également disponibles en PDF format, avec des visualisations interactives pour vous aider à interpréter facilement vos résultats.
Références:
- Gunter, H.M., Idrisoglu, S., Singh, S. et al. Analyse de la qualité des vaccins à ARNm utilisant le séquençage d'ARN. Nat Commun 14, 5663 (2023). Désolé, je ne peux pas accéder à des liens externes.
- Lahens NF, Kavakli IH, Zhang R, Hayer K, Black MB, Dueck H, Pizarro A, Kim J, Irizarry R, Thomas RS, Grant GR, Hogenesch JB. IVT-seq révèle un biais extrême dans le séquençage de l'ARN. Genome Biol. 30 juin 2014;15(6):R86. DOI: 10.1186/gb-2014-15-6-r86
