Services de séquençage PacBio SMRT — Précision des longues lectures sans compromis

La seule plateforme de séquençage long qui offre à la fois une résolution à molécule unique et une précision QV ≥30. Le service de séquençage PacBio HiFi de CD Genomics vous fournit des génomes complets, des isoformes de pleine longueur et une méthylation 5mC à l'échelle du génome — le tout à partir d'une seule course.

Qu'est-ce qui rend le HiFi différent ?:

  • Chaque lecture est un consensus — chaque molécule séquencée 3 fois ou plus pour une précision QV ≥30.
  • Une course, deux types de données — variantes ET méthylation, pas de préparation supplémentaire.
  • Isoformes complètes véritables — de la TSS à la queue polyA dans une seule lecture, pas une estimation d'assemblage.
Directives de Soumission d'Échantillons
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PacBio HiFi sequencing — accuracy without compromise

HiFi Lectures Livrent

  • Longueur de lecture : ~15–20 kb
  • Précision : QV ≥30 (≥99,9 %)
  • méthylation 5mC simultanément
  • Isoformes de pleine longueur, sans assemblage

À utiliser uniquement pour la recherche. Pas pour des procédures de diagnostic.

Table des matières

    Pourquoi PacBio HiFi — Précision que les courtes lectures et d'autres longues lectures ne peuvent égaler

    Si vous travaillez avec des données Illumina, vous connaissez le compromis : une haute précision par base, mais des lectures trop courtes pour couvrir les répétitions ou résoudre les isoformes. Si vous avez exploré le séquençage par nanopore, vous avez gagné en longueur — mais au prix d'une précision brute. PacBio HiFi est la seule plateforme qui élimine ce compromis.

    Que se passe-t-il à l'intérieur d'un ZMW ?

    Le séquençage PacBio à molécule unique en temps réel (SMRT) se déroule à l'intérieur de guides d'ondes à mode zéro — des chambres d'observation à l'échelle nanométrique où une seule ADN polymérase incorpore des nucléotides fluorescents un par un. Contrairement au séquençage par nanopore (qui déduit les bases à partir du courant ionique) ou à Illumina (qui construit des lectures à partir de clusters de fragments identiques), le SMRT observe une seule molécule en temps réel.

    La différence HiFi : Les adaptateurs SMRTbell circulent chaque molécule d'ADN. La polymérase lit ensuite autour du cercle plusieurs fois. Ces passages multiples sont combinés en une seule lecture consensuelle HiFi, vous offrant à la fois la longueur d'une longue lecture et la précision de plusieurs observations indépendantes.

    PacBio HiFi sequencing: ZMW, circular consensus, and kinetic methylation detectionPacBio SMRTbell → ZMW → consensus circulaire → lecture HiFi avec QV ≥30

    Trois capacités que vous obtenez d'une seule cellule SMRT.

    • QV ≥30 longues lectures (~15–20 kb) — suffisamment précis pour l'appel de variants, assez long pour l'assemblage et le phasage.
    • Méthylation simultanée de 5mC — La cinétique de la polymérase révèle des bases modifiées lors de la même course. Pas de bisulfite. Pas de bibliothèque séparée.
    • Isoformes de pleine longueur sans assemblage — Iso-Seq/Kinnex capture chaque transcript depuis le site de début de transcription jusqu'à la queue polyA en tant que lecture unique. L'isoforme est mesurée, pas reconstruite.

    Là où le HiFi surpasse les alternatives

    • vs lectures courtes Illumina: Répétitions de spans, SVs et isoformes complètes. Assemble des génomes complets au lieu de contigs fragmentés.
    • vs lectures longues NanoporePrécision QV ≥30 pour les molécules uniques sans polissage. Détection de la méthylation intégrée, non ajoutée ultérieurement.
    • vs exécuter plusieurs expériencesUne cellule SMRT vous fournit des variants + méthylation + isoformes. Pas de flux de travail parallèles à coordonner.

    Nos services de séquençage PacBio SMRT

    Chaque service ci-dessous fonctionne sur la même plateforme HiFi : même précision, même capacité de méthylation, même qualité de données.

    PacBio SMRT service categories

    1

    Séquençage de novo du génome entier

    Assemblage de génomes sans référence pour les génomes microbiaux, végétaux, animaux et humains. Les lectures HiFi couvrent les répétitions et fournissent des assemblages contigus avec une complétude BUSCO >90%.

    Meilleur pour : Séquençage d'organismes novateurs, projets de pan-génome, finition T2T.

    2

    Séquençage du génome humain complet

    WGS humain basé sur HiFi pour une détection complète des variants — SNVs, indels, SVs et haplotypes phasés à partir d'un seul ensemble de données.

    Meilleur pour : Maladie rare, découverte de SV, pharmacogénomique, études de population.

    3

    Génome complet de novo de plante/animal

    Assemblages multi-plateformes (HiFi + Hi-C + RNA-seq) pour des génomes complexes, y compris les polyploïdes et les grands génomes répétitifs.

    Meilleur pour : Génomes larges, espèces polyploïdes, agri-génomique, biologie évolutive.

    4

    Séquençage Telomère-à-Télomère (T2T)

    Assemblages chromosomiques à l'échelle sans lacunes utilisant des lectures HiFi + ONT ultra-longues. Capture les centromères, les télomères et les duplications segmentaires.

    Meilleur pour : Génomes de référence, biologie des centromères, achèvement de l'assemblage complet.

    5

    Séquençage de transcriptome complet (Iso-Seq / Kinnex)

    Catalogues d'isoformes complets du TSS à la polyA. Résoudre les variants d'épissage, les gènes de fusion et l'APA — sans ambiguïté d'assemblage à court terme.

    Meilleur pour : Découverte d'isoformes, épissage alternatif, détection de fusions, annotation de transcrits.

    6

    Séquençage d'amplification en longueur complète de 16S/18S/ITS

    Résolution taxonomique au niveau des espèces avec des amplicons d'ARNr de longueur complète. Précis au niveau de la souche là où les courts amplicons s'arrêtent au genre.

    Meilleur pour : Écologie microbienne, échantillons environnementaux, identification au niveau des souches.

    7

    Séquençage métagénomique à lecture longue

    HiFi métagénomique pour la récupération de MAG, l'annotation fonctionnelle et le profilage communautaire au niveau des souches. Méthodes PacBio ou Nanopore disponibles.

    Meilleur pour : Communautés complexes, regroupement MAG, découverte de gènes fonctionnels.

    8

    Séquençage CiFi  |  Séquençage de bibliothèque préfabriquée  |  Analyse de Longs Amplicons (LAA)

    Flux de travail spécialisés : CiFi pour l'analyse des variantes par phases, Bibliothèque préfabriquée pour les bibliothèques SMRTbell préparées par le client, LAA pour la résolution ciblée des haplotypes.

    Où PacBio HiFi apporte le plus de valeur

    Voici les domaines de recherche où les longues lectures HiFi résolvent des problèmes que les courtes lectures ou les longues lectures de moindre précision ne peuvent pas. Chaque application correspond au bon service PacBio.

    Assemblage et finition de génomes de novo

    Les répétitions de spans et les régions complexes produisent des assemblages complets et contigus. Combinez HiFi avec Hi-C pour des échafaudages à l'échelle des chromosomes.

    Services recommandés : WGS de novo, séquençage T2T, WGS végétal/animal.

    Détection des variants structurels et des réarrangements

    Identifier des insertions, des délétions, des inversions et des translocations de grande taille avec une résolution au niveau des points de rupture.

    Services recommandés : WGS humain, WGS de novo.

    Phasage des haplotypes et analyse spécifique des allèles

    Les lectures HiFi longues préservent le lien entre des variantes éloignées — génèrent des assemblages résolus en haplotypes et des appels de variantes.

    Services recommandés : WGS humain, séquençage CiFi, LAA.

    Transcriptomique complète (isoformes et fusions)

    Capturez des catalogues d'isoformes complets depuis le TSS jusqu'à la queue polyA — sans conjectures d'assemblage computationnel.

    Services recommandés : Séquençage de transcrits complets Iso-Seq/Kinnex.

    Méthylation de l'ADN (5mC) — simultanément avec le séquençage

    Profils de 5mC à l'échelle du génome issus de la cinétique SMRT — sans conversion au bisulfite. Une course = variants + méthylation.

    Services recommandés : Tout service WGS (méthylation extraite de données HiFi standard).

    Microbiome et métagénomique

    Longueur complète 16S/18S/ITS pour la taxonomie au niveau des espèces. Métagénomique HiFi pour la récupération de MAG et le profilage fonctionnel.

    Services recommandés : Amplicon complet, métagénomique à longues lectures.

    Séquençage ciblé et validation

    Couverture approfondie de loci spécifiques pour le phasage des variants, l'analyse des expansions de répétition et la caractérisation spécifique des allèles.

    Services recommandés : LAA, séquençage CiFi, bibliothèque préfabriquée.

    Pan-génome et génomique des populations

    Construire des références de pan-génome complètes avec des assemblages HiFi capturant des variations structurelles (SV) à travers les populations.

    Services recommandés : WGS de novo, séquençage T2T, WGS végétal/animal.

    Ce que vous recevrez — Des données prêtes pour la publication

    Chaque projet est livré avec les données brutes, les résultats traités et la documentation nécessaires pour passer directement à l'analyse — et directement dans votre manuscrit.

    Catégorie de donnéesCe que vous obtenezPourquoi c'est important
    Lectures HiFiFASTQ/BAM, QV ≥30, étiquettes de contrôle qualité par lecturePrêt pour l'assemblage, l'alignement ou l'appel de variants — aucune étape de polissage nécessaire.
    Sous-lectures (BAM)Lectures de polymérase brutes avec informations cinétiquesPermet la réanalyse de la méthylation et l'ajustement personnalisé des paramètres CCS.
    Rapport de QCRendement, longueur de lecture N50, distribution des scores Q, passages CCS, équilibre des codes-barresPreuves transparentes que votre course a atteint les objectifs convenus
    AssembléeFASTA/GFA, N50/NG50, complétude BUSCOGénome prêt à être publié avec des statistiques attendues par les examinateurs
    VariantesVCF avec SNV/indel/SV, phasé lorsque applicableVariantes phasées à partir de longues lectures — aucune imputation statistique nécessaire
    MéthylationbedMethyl/TSV, résumés DMR, pistes à l'échelle du génomeAppels de 5mC provenant de la même course que vos variants — aucune préparation supplémentaire.
    IsoformesCatalogue des isoformes GTF/GFF3, tableaux d'expression, liste des fusionsModèles d'isoformes complets, chacun soutenu par des lectures en longueur complète.
    Mémo de projetProtocole, détails du kit/chimie, versions du logiciel, paramètres d'exécutionTout ce dont un évaluateur a besoin pour évaluer votre section sur les méthodes.

    Comment fonctionne votre projet — Le flux de travail PacBio SMRT

    • Échantillonnage et contrôle qualité: Qubit + spectrophotométrie. gADN : A260/280 1,8–2,0, longueur modale ≥30 kb. ARN : RIN ≥8 pour Iso-Seq.
    • Préparation de bibliothèque SMRTbell: Ligation d'adaptateurs, sélection de taille par application. Concaténation Kinnex pour Iso-Seq multiplexé. Adaptateurs barcodés pour le regroupement d'échantillons.
    • Séquençage cellulaire SMRTSystèmes Sequel II/IIe ou Revio. Temps d'exécution de 10 à 30 heures selon le rendement cible et le type de cellule SMRT (8M ou 25M).
    • CCS → Génération HiFiLes sous-lectures de chaque ZMW sont traitées par l'algorithme CCS. Les lectures HiFi nécessitent ≥3 passages complets et atteignent le seuil QV ≥30.
    • Analyse et contrôle qualité: Assemblage, appel de variants, détection de méthylation ou analyse d'isoformes selon le service choisi. QC post-analyse avec taux de cartographie et métriques de couverture.
    • Livraison: Dossiers de données structurées, mémo complet du projet, rapport de contrôle qualité et présentation des résultats optionnelle avec notre équipe de bioinformatique.

    PacBio SMRT sequencing workflow overview

    Exigences d'échantillon

    ServiceMontant et IntégritéPuretéExpéditionRemarques
    WGS (Microbien)≥1 μg d'ADNg, ≥30 kbA260/280 1,8–2,0−20 °C
    WGS (Plante/Animal)≥3–5 μg d'ADNg HMW, ≥30 kbA260/280 1,8–2,0 ; A260/230 ≥2,0−20 °CEmbouts à large ouverture, sans vortex.
    WGS (Humain)≥1–3 μg d'ADNg, ≥30 kbA260/280 1,8–2,0−20 °C
    Génome T2T≥3–5 μg d'ADNg HMW, ≥50 kbA260/280 1,8–2,0−20 °CMinimiser tous les cisaillements
    Iso-Seq / Kinnex≥500 ng–1 μg d'ARN total, RIN ≥8A260/280 ~2,0 ; A260/230 ≥2,0−80 °C (glace carbonique)DNase si nécessaire
    Amplicon 16S/18S/ITS≥50–200 ng d'amplicons regroupésPas de dimères d'amorçage4 °CFournir des informations de base
    Métagénomique≥500 ng–1 μg d'ADNgA260/280 1,8–2,0−20 °CRemarque sur l'épuisement des hôtes
    CiFi / LAA≥1–2 μg d'ADNg HMW / ≥100 ng d'ampliconsPar application−20 °C / 4 °CFournir des régions cibles
    Bibliothèque Préfabriquée≥50 ng bibliothèque SMRTbellRapport de contrôle qualité requis−20 °CNous effectuons un contrôle qualité à l'arrivée.
    • GénéralÉvitez le phénol, l'héparine, l'EDTA, les polysaccharides. Minimisez les cycles de congélation-dégel. Contactez-nous pour des échantillons FFPE ou à faible entrée.

    Bioinformatique — Des lectures HiFi à l'insight biologique

    Chaque projet inclut des bioinformatiques standard. Les analyses avancées sont adaptées à votre question de recherche spécifique.

    • CCS et démultiplexage: Sous-lecture → Génération HiFi avec filtrage QV. Démux par échantillon avec contrôle de qualité des codes-barres.
    • Assemblage De Novohifiasm ou hicanu pour des assemblages au niveau des contigs. Évaluation de la complétude BUSCO. Échafaudage Hi-C optionnel pour des assemblages à l'échelle des chromosomes.
    • Appel de variantesDeepVariant / pbsv pour SNV/indel/SV. Phasage basé sur Whatshap utilisant des lectures HiFi pour des VCF résolus par haplotype.
    • 5mC Méthylation: outils pb-CpG pour l'appel de 5mC par site. Détection de DMR. Analyse de méthylation spécifique à un motif. Pistes à l'échelle du génome.
    • Analyse des isoformesPipeline Iso-Seq pour la découverte d'isoformes, la quantification, la détection de fusions et la polyadénylation alternative.
    • MétagénomiqueClassification taxonomique, binning MAG, annotation fonctionnelle (KEGG, COG, CAZy).

    PacBio bioinformatics analysis pipeline overview

    Qualité et Conception de l'Étude

    • Répliques≥2 réplicats biologiques par condition. Standards de spike-in disponibles pour la quantification.
    • Couverture: 30–60× HiFi pour l'assemblage de novo. Modélisation de couverture personnalisée pour la détection de variants et Iso-Seq basée sur vos cibles.
    • Portes QCRendement HiFi, lecture N50 de la polymérase, nombre de passes CCS et fraction ciblée — tout a été convenu avant le début de votre analyse.
    • Qualité de l'ADN: HMW gDNA longueur modale ≥30 kb. Nous vérifions l'intégrité avant la préparation de la bibliothèque et vous alertons si l'entrée est inférieure au seuil.

    Quality control metrics for PacBio HiFi sequencing

    PacBio HiFi vs Nanopore vs Illumina

    Choisir la bonne plateforme pour votre projet ? Voici comment elles se comparent sur les dimensions qui comptent pour les résultats de recherche.

    Ce qui comptePacBio HiFiNanopore (ONT)Illumina
    Précision de lecture (molécule unique)QV ≥30 (≥99,9%)Amélioration ; dépendant de la profondeur≥99,9 %
    Longueur de lecture~15–20 ko HiFi ; sous-lectures plus longuesJusqu'à la classe Mb2×300 pb max
    Détection de la méthylation5mC de la cinétique — même course, pas de bisulfite5mC/6mA du signal ; ARN directPas natif
    Résolution des isoformesLectures complètes, sans assemblage nécessaireLongueur complète mais précision de base inférieureDépendant de l'assemblage (fragmenté)
    Meilleur cas d'utilisationAssemblages + variantes + méthylation à partir d'un ensemble de donnéesPortée ultra-longue ; travail sensible au temps ou sur le terrainCohortes de SNV/indel profondes

    Guide de décision rapide

    • Besoin de la plus haute précision en lecture longue. pour les assemblages et les variantes : choisir PacBio HiFi.
    • Besoin des molécules les plus longues. (télomères, répétitions massives) : ajouter Nanopore Ultra-Long.
    • Besoin de méthylation + variants d'une seule expérience. PacBio HiFi — pas de bisulfite, pas de préparation supplémentaire.
    • Cohortes importantes de SNV/indel: Illumina pour la profondeur ; ajoutez HiFi pour les SV et le phasage.
    • Conceptions hybridesHiFi + lecture courte ou HiFi + ONT équilibre précision, exhaustivité et coût.

    La performance réelle dépend de la qualité de l'échantillon, de la préparation de la bibliothèque, de la profondeur de séquençage et du pipeline d'analyse.

    Pourquoi choisir CD Genomics pour le séquençage PacBio SMRT ?

    Vous avez le choix entre plusieurs fournisseurs de services PacBio. Voici ce que nous faisons différemment.

    • Une course, plus de donnéesNos workflows HiFi sont conçus pour maximiser ce que vous obtenez de chaque cellule SMRT : variants, méthylation et métriques d'assemblage à partir d'une seule expérience.
    • QC que vous pouvez publierChaque projet comprend un rapport QC détaillé avec les métriques attendues par les réviseurs. Pas de boîtes noires.
    • Analyse qui correspond à votre questionNous adaptons la bioinformatique à vos objectifs de recherche — ce n'est pas un pipeline universel.
    • Orientation multiplateformeLorsque le HiFi seul n'est pas optimal, nous vous le dirons — et nous vous proposerons un design hybride qui vous fera économiser de l'argent et du temps.
    • Basé sur des procédures opérationnelles standard, pas ad hoc.Chaque étape — réception, préparation de la bibliothèque, séquençage, CCS, analyse — suit une procédure opérationnelle standard (SOP) documentée avec des critères d'acceptation définis.
    • Soutien à la publicationBesoin d'aide pour un paragraphe sur les méthodes, la préparation de figures ou une réponse aux examinateurs ? Nous avons déjà fait cela auparavant.
    • Pas de verrouillage d'instrumentNous utilisons les systèmes PacBio Sequel II/IIe et Revio. Vous obtenez le bon format de cellule SMRT pour la taille de votre projet : 8M ou 25M.

    Résultats de la démo

    PacBio HiFi read Q-score distribution showing median QV ≥30

    Distribution du Q-Score HiFi Read — médiane QV ≥30 sur tous les passages

    PacBio HiFi read length distribution with N50 ~15–20 kb

    Distribution de la longueur de lecture HiFi — N50 généralement de 15 à 20 kb par cellule SMRT

    Genome assembly metrics: N50, NG50, BUSCO completeness

    Métriques d'assemblage De Novo — N50 des contigs, N50 des échafaudages et complétude BUSCO

    FAQ sur le séquençage SMRT de PacBio

    1. Qu'est-ce qui rend PacBio HiFi différent des autres séquençages à longues lectures ?

    HiFi est la seule technologie de lecture longue qui offre une précision QV ≥30 au niveau de la molécule unique. Cela est réalisé grâce au séquençage par consensus circulaire : chaque molécule est lue plusieurs fois et les passages sont combinés. En revanche, les lectures brutes de nanopore ont une précision par base inférieure et nécessitent généralement des étapes de consensus ou de polissage. HiFi détecte également la méthylation 5mC à partir de la cinétique de la polymérase dans la même course, sans chimie supplémentaire requise.

    2. Comment la précision de HiFi se compare-t-elle à celle d'Illumina ?

    Les lectures HiFi correspondent à la précision par base d'Illumina (≥99,9 %) tout en étant 50 à 100 fois plus longues. Cela signifie que vous pouvez appeler des SNV avec la même confiance que les lectures courtes — mais aussi détecter des variants structurels, phaser des haplotypes et assembler des génomes sans lacunes. HiFi n'est pas un compromis entre précision et longueur ; il vous offre les deux.

    3. Puis-je détecter la méthylation à partir de ma course PacBio ?

    Oui — et vous n'avez rien de plus à faire. Les polymérases PacBio ralentissent aux bases méthylées, produisant des signatures cinétiques que le basecaller interprète comme des appels de 5mC. Ces appels sont générés lors de l'analyse CCS standard. Pas de conversion au bisulfite, pas de bibliothèque séparée, pas de course de séquençage parallèle. Vous obtenez des variantes et de la méthylation à partir d'une seule cellule SMRT.

    4. Qu'est-ce que l'Iso-Seq et quand devrais-je l'utiliser plutôt que le séquençage d'ARN à courtes lectures ?

    Iso-Seq (maintenant également disponible sous le nom de Kinnex pour un débit plus élevé) séquence des molécules d'ADNc en longueur complète depuis le site de départ de la transcription jusqu'à la queue polyA en lectures uniques. Utilisez-le lorsque vous devez identifier des structures d'isoformes complètes, détecter des transcrits de fusion ou quantifier l'utilisation des isoformes — des tâches où le séquençage RNA-seq à courte lecture fait des suppositions sur l'assemblage des isoformes. Kinnex concatène plusieurs transcrits par lecture, augmentant le débit par cellule SMRT d'environ 5 fois.

    5. Combien d'ADN ai-je besoin ?

    WGS standard : ≥1–5 μg d'ADNg HMW à une longueur modale ≥30 kb. Projets T2T : ≥3–5 μg à ≥50 kb. Iso-Seq : ≥500 ng–1 μg d'ARN total avec un RIN ≥8. Des entrées plus faibles peuvent être possibles — contactez-nous avec vos contraintes d'échantillon.

    6. Combien de temps dure un projet ?

    Les délais de projet dépendent de la préparation de la bibliothèque, de la configuration du séquençage et de l'étendue de la bioinformatique. Nous fournissons un calendrier détaillé lors de la consultation de projet en fonction de vos exigences spécifiques.

    7. Quels instruments utilisez-vous ?

    Systèmes PacBio Sequel II/IIe et Revio, formats SMRT Cell 8M et 25M. Tous les séquençages sont surveillés par des techniciens expérimentés avec des contrôles qualité basés sur des procédures opérationnelles standard (SOP).

    8. Puis-je envoyer mes propres bibliothèques SMRTbell ?

    Oui. Notre service de séquençage de bibliothèques préfabriquées accepte les bibliothèques préparées par les clients. Nous effectuons un contrôle qualité à l'arrivée, chargeons sur la cellule SMRT appropriée et livrons des données CCS ainsi que des bio-informatique en option.

    9. En quoi cela diffère-t-il des services PacBio que je peux obtenir ailleurs ?

    Trois différences : (1) Nous optimisons chaque cellule SMRT pour plusieurs types de données — vous obtenez des variants, de la méthylation et des métriques d'assemblage à partir de la même course. (2) Chaque projet inclut un rapport de contrôle qualité prêt à être publié avec des métriques que les examinateurs attendent. (3) Nous fournissons des conseils inter-plateformes — si un design hybride HiFi + ONT ou HiFi + Illumina servirait mieux votre question, nous le recommanderons.

    Étude de cas — Analyse de la résolution des isoformes de la dégradation médiée par les nonsense mRNA

    Recherche Publiée

    Découverte du paysage cinétique à résolution isoforme de la dégradation des ARNm médiée par des codons stop avec EZbakR

    Méthodes : PacBio Iso-Seq | Publié : 2025 |  PMC11952489

    Contexte

    La dégradation des ARNm médiée par les nonsense (NMD) est une voie de contrôle de qualité qui élimine les ARNm contenant des codons de terminaison prématurés. Bien que les cibles NMD au niveau global soient connues, la dynamique NMD au niveau des isoformes — quelles variantes d'épissage spécifiques sont ciblées et à quelle vitesse elles se dégradent — reste mal comprise car le séquençage d'ARN à lecture courte ne peut pas résoudre les isoformes de pleine longueur.

    Matériaux et Méthodes

    Conception expérimentale

    • Marquage métabolique (EZbakR)
    • Échantillonnage dans le temps
    • Réplicats biologiques

    Séquençage

    • PacBio Iso-Seq
    • cDNA complet
    • Concaténation Kinnex

    Analyse

    • Découverte d'isoformes
    • Modélisation cinétique
    • Taux de désintégration différentiels

    Résultats

    1. Ciblage NMD spécifique aux isoformes
      • Un seul gène produit à la fois des isoformes sensibles à la NMD et des isoformes résistantes à la NMD en fonction du splicing alternatif.
      • La modélisation cinétique à résolution d'isoformes a révélé une hiérarchie des taux de dégradation invisible aux méthodes de séquençage d'ARN en vrac.
    2. Paysage cinétique de la NMD

      Kinetic landscape of isoform-resolution NMD decay rates

    3. Quantification du taux de dégradation spécifique des transcrits
      • EZbakR + Iso-Seq a permis la mesure directe des demi-vies des isoformes.
      • Mécanismes d'évasion de la NMD identifiés au niveau des isoformes qui ne peuvent pas être détectés par une analyse au niveau des gènes.

    Isoform-specific NMD targeting and decay kinetics

    Conclusion

    Cette étude démontre que la méthode Iso-Seq à longueur complète de PacBio permet des études cinétiques à résolution d'isoformes impossibles avec le séquençage d'ARN à lecture courte. Pour les chercheurs étudiant l'épissage alternatif, la régulation post-transcriptionnelle ou l'expression génique au niveau des isoformes, l'Iso-Seq offre la résolution moléculaire nécessaire pour poser des questions mécanistiques — et obtenir des réponses au niveau des isoformes de transcrits individuels.

    Référence

    1. Découverte du paysage cinétique à résolution isoforme de la dégradation des ARNm médiée par des codons stop avec EZbakR. PMC11952489, 2025. Désolé, je ne peux pas accéder à des sites externes. Si vous avez un texte spécifique que vous souhaitez traduire, veuillez le fournir ici et je me ferai un plaisir de vous aider.

    Publications connexes

    Voici des publications de chercheurs qui ont utilisé nos services de séquençage PacBio SMRT ou des plateformes connexes :

    La première assemblage et annotation de génome de haute qualité de Lantana camara, une plante ornementale importante et une espèce envahissante majeure.

    Journal : Avancées en horticulture

    Année : 2024

    DOI : 10.1007/s44281-024-00043-6

    Séquence génomique complète de l'actinomycète dégradant la lignocellulose Streptomyces albus CAS922

    Journal : Annonces de ressources en microbiologie

    Année : 2020

    DOI : 10.1128/mra.00227-20

    Une assemblage de génome à l'échelle des chromosomes et résolu par haplotypes de mûrier tétraploïde (Rubus L. sous-genre Rubus)

    Journal : Recherche en horticulture

    Année : 2025

    DOI : 10.1093/hr/uhaf052

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    Production of a Bacteriocin Like Protein PEG 446 from Clostridium tyrobutyricum NRRL B-67062

    Probiotics and Antimicrobial Proteins | 2024

    https://doi.org/10.1007/s12602-023-10211-1

    Streptomyces buecherae sp. nov., an actinomycete isolated from multiple bat species

    Antonie Van Leeuwenhoek | 2020

    https://doi.org/10.1007/s10482-020-01493-4

    Bacterial communities of Cassiopea in the Florida Keys share major bacterial taxa with coral microbiomes

    bioRxiv | 2024

    https://doi.org/10.1101/2024.01.30.577655

    Untangling the Role of Pathobionts from Bacteroides Species in Inflammatory Bowel Diseases

    bioRxiv | 2023

    https://doi.org/10.1101/2023.10.29.564605

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