Directives de Soumission d'Échantillons
Pourquoi le séquençage de l'exome complet chez l'humain et la souris ?
Séquençage de l'exome complet (WES) se concentre sur les régions codantes (exons) du génome, qui ne représentent que 1 à 2 % du génome humain ou murin, mais contiennent plus de 85 % des variants liés aux maladies connus. En séquençant sélectivement uniquement ces régions à forte valeur, le séquençage de l'exome (WES) offre une alternative rentable à séquençage du génome entier (SGE) sans sacrifier le pouvoir de découverte pour la plupart des mutations fonctionnelles.
Que vous étudiiez des troubles héréditaires rares, des mutations tumorales ou que vous développiez des modèles de maladies chez des souris, séquençage de l'exome offre une profonde compréhension des changements de codage des protéines qui entraînent des phénotypes et des pathologies.
Principaux avantages du séquençage de l'exome :
- Efficace et haute résolution : Localise les variants de nucléotides uniques (SNVs), les insertions/délétions (InDels) et les variations du nombre de copies (CNVs) dans toutes les régions codantes des protéines.
- Alternative rentable au WGS : Fournit des données exploitables à une fraction du coût et du volume de données.
- Idéal pour la recherche sur les maladies humaines et les modèles murins : permet la génomique comparative, le dépistage des mutations et des perspectives translationnelles entre les espèces.
- Flexible pour les besoins de recherche : prend en charge la découverte de variants germinaux et somatiques, les études de population et l'analyse fonctionnelle ciblée.
- Annotation des variantes améliorée : S'appuie sur des bases de données complètes telles que RefSeq, ClinVar, CCDS et GENCODE.
Chez CD Genomics, nous offrons à la fois Séquençage de l'exome entier humain/souris et Séquençage de l'exome complet des plantes/animaux, avec des options de profondeur, de plateforme et d'analyse personnalisables pour répondre à vos objectifs de recherche spécifiques.
Nos services de séquençage de l'exome humain et murin
Service de séquençage de l'exome humain
Notre Séquençage de l'exome complet humain est basé sur GRCh38 et capture jusqu'à 99,9 % des régions codantes connues à travers les bases de données RefSeq, MANE, CCDS et ClinVar. Choisissez entre standard ou axé sur les maladies. Panneaux d'exome humain:
- Panneau central : Optimisé pour une couverture exonique élevée et un rendement de données efficace.
- Panneau de maladies héréditaires : Ajoute des sites pathogènes ClinVar, de l'ADNmt et des structures de sondes CNV à haute densité.
- Panneau de cancer : Comprend plus de 600 gènes associés aux tumeurs, des régions de fusion, des loci HLA et des marqueurs MSI.
Nous prenons en charge des profondeurs de séquençage flexibles (100X–200X) avec des options pour des échantillons FFPE, sanguins ou tissulaires.
Service de séquençage de l'exome de souris
Notre Séquençage de l'exome complet de la souris utilise une technologie propriétaire Panneau d'exome de souris conçu à partir du génome mm39, couvrant plus de 38 Mb de régions CDS avec une grande uniformité de capture. Cela permet un séquençage efficace à faible entrée avec une excellente profondeur (100X+) en utilisant seulement 8 Go de données.
- Utilisez notre plateforme de souris pour :
- Études phénotype-génotype
- Validation de souris transgéniques et knockout
- Analyse des modèles de maladies précliniques
Panneaux de séquençage de l'exome humain et murin chez CD Genomics
| Espèce | Nom du service | Régions cibles | Taille de données recommandée | Notes |
|---|---|---|---|---|
| Humain | Séquençage de l'exome humain – Panneau principal | ~34,4 Mo de séquences codantes (CDS, GRCh38) | ≥8 Go @100X | Optimisé pour la couverture et l'efficacité |
| Humain | Séquençage de l'exome humain – Panneau hérité | CDS + sites pathogènes (ClinVar, ADNmt, régions CNV) | ≥11 Go @100X | Détection améliorée des SNV/InDel/CNV |
| Humain | Séquençage de l'exome humain – Panneau tumoral | CDS + 641 gènes cancéreux, fusions, MSI, loci HLA | ≥20 Go @200X | Prend en charge TMB, MSI, détection de fusions |
| Souris | Séquençage de l'exome de souris – Panneau standard | ~38 Mb régions codantes (basé sur mm39) | ≥8 Go @100X | Adapté à la cartographie phénotype-génotype |
Plateformes technologiques pour le séquençage de l'exome
Chez CD Genomics, nous proposons un séquençage d'exome complet en utilisant à la fois des plateformes de lecture courte et de lecture longue pour répondre aux diverses exigences des projets en recherche sur les maladies, découverte de médicaments et génomique fonctionnelle.
Plateformes prises en charge
- Illumina NovaSeq et NextSeq
Séquençage à lecture courte standard de l'industrie pour des applications à haute profondeur et à haut débit.
Idéal pour détecter les variants de nucléotides uniques (SNVs) et les petites insertions/délétions (InDels) dans les régions codantes. - MGI DNBSEQ
Une alternative économique à Illumina, offrant une précision et une uniformité de couverture comparables.
Adapté aux projets d'exome de souris nécessitant une évolutivité et un délai d'exécution rapide. - Nanopore PromethION
Plateforme de séquençage à lecture longue capable de capturer des exons étendus, des événements de fusion et des variants structurels complexes.
Utile pour caractériser les isoformes d'épissage, les fusions de gènes et les exons riches en GC difficiles à cartographier. - PacBio Revio / Sequel IIe (lectures HiFi)
Permet des lectures longues à haute fidélité (HiFi) pour un phasage précis au niveau des exons, la détection des CNV et l'assemblage de novo dans des régions ciblées.
Particulièrement bénéfique pour capturer des transcriptions complètes et résoudre les répétitions dans des modèles humains et murins.
Longueurs de lecture et couverture
| Plateforme | Longueur de lecture typique | Profondeur recommandée | Notes d'application |
|---|---|---|---|
| NovaSeq / DNBSEQ | PE150 | 100–200X | Découverte de variantes d'exome standard |
| PromethION | 5–20 Ko | 20–40X | Variantes structurelles, phasage, isoformes rares |
| PacBio HiFi | 10–25 Ko | 30–50X | Résolution CNV, limites d'exon propres |
Stratégies de capture de l'exome
- Capture basée sur l'hybridation
Ensembles de sondes optimisés conçus pour enrichir les séquences codantes des génomes humain et murin.
Options de panneaux personnalisés disponibles sur demande pour des ensembles de gènes de maladies ciblées ou des régions orthologues. - Flux de travail sans amplicon
Pour les échantillons dégradés ou FFPE, nous utilisons une fragmentation enzymatique et des protocoles à faible entrée pour garantir des performances robustes.
Flux de travail
Analyse de données
Notre pipeline de bioinformatique fournit des appels de variants à haute confiance et une interprétation complète pour les exomes humains et murins. Chaque ensemble de données est analysé à l'aide d'algorithmes de référence pour garantir la détection fiable de variants cliniquement et fonctionnellement pertinents.
Ce qui est inclus dans notre analyse des données d'exome :
- Contrôle de la qualité des lectures de séquençage brutes (score Phred, découpage des adaptateurs, filtrage de la contamination)
- Alignement au génome de référence (GRCh38 pour l'humain, GRCm39 pour la souris) en utilisant BWA-MEM
- Marquage des duplicatas et recalibrage de la qualité de base avec les meilleures pratiques GATK
- Appel de variants (SNVs et petits InDels) en utilisant GATK HaplotypeCaller
- Annotation fonctionnelle avec Ensembl VEP et ClinVar/OMIM/gnomAD
- Filtrage des variantes rares basé sur des seuils de fréquence allélique
- Prédiction de pathogénicité à l'aide d'outils comme SIFT, PolyPhen-2, MutationTaster
- Appel de CNV (pour des échantillons à haute couverture) utilisant CNVkit ou XHMM
- Échantillons de tumeur (facultatif) : analyse MSI/TMB et identification des mutations somatiques
Processus technique
Processus Technique Avancé
Avantages de nos services de séquençage de l'exome
Nos services de séquençage de l'exome sont optimisés pour la précision, la flexibilité et la compatibilité inter-espèces. Que vous étudiiez des maladies rares, le cancer ou la génomique fonctionnelle dans des modèles murins, nous fournissons des données de haute qualité - rapidement.
Expertise en double espèce
Panneaux d'exome validés pour l'homme et la souris couvrant >99 % des régions codantes (RefSeq, MANE, CCDS).
Plateformes flexibles
Illumina, MGI pour les lectures courtes ; Nanopore, PacBio pour les longues lectures et les régions complexes.
Cibles personnalisables
Ajoutez des échafaudages HLA, CNV, le génome mitochondrial ou des régions spécifiques à des maladies.
Haute Uniformité et Sensibilité
Excellente couverture au niveau des exons avec un faible taux de perte et une haute efficacité de capture.
Faible entrée et compatible FFPE
Optimisé pour des échantillons difficiles avec aussi peu que 50 ng d'ADN d'entrée.
Pipeline bioinformatique complet
Inclut la détection des SNV, InDel, CNV, et une analyse MSI/TMB optionnelle.
Exigences d'échantillon
| Application | Type d'échantillon | Quantité recommandée | Quantité minimale | Concentration minimale |
|---|---|---|---|---|
| Séquençage de l'exome entier humain/souris | ADN génomique | ≥ 500 ng | 100 ng | 10 ng/μL |
| Séquençage d'exome sans PCR | ADN génomique | ≥ 1 µg | 500 ng | 20 ng/μL |
| Exome FFPE (ADN dégradé) | ADN FFPE | ≥ 500 ng | - | Fragment > 1000 pb |
Remarque : Les concentrations doivent être déterminées par fluorométrie (Qubit, PicoGreen). Si vous utilisez la spectrophotométrie (par exemple, NanoDrop), doublez les valeurs de concentration.
Nous acceptons une large gamme de types d'échantillons et proposons des services d'extraction sur demande.
| Type d'échantillon | Quantité | Condition d'expédition |
|---|---|---|
| Cellules | 1×10⁶ | Glace carbonique |
| Tissu frais congelé | 10 mg | Glace carbonique |
| Diapositives FFPE | ≥4 diapositives (≥150 mm²) | Température ambiante / Glace bleue |
| Sang (tube EDTA) | 2 à 4 mL | Glace bleue / Glace carbonique |
| Plasma / Sérum | 10 mL | Glace carbonique |
| Salive | 1 mL | Glace carbonique / Glace bleue |
| Féces / Sol | 100 mg | Glace carbonique / Température ambiante |
| Ecouvillons | 2 tubes / échantillon | Température ambiante |
| Eau | 50 mL | Température ambiante |
Pas sûr que votre échantillon soit éligible ? Contactez-nous pour une consultation gratuite et un soutien à l'extraction.
Ce que vous recevrez
- Les livrables sont adaptés en fonction de la portée de votre projet :
- Fichiers de données brutes (FASTQ)
- Fichiers d'alignement (BAM) et fichiers de variation (VCF)
- Rapports statistiques et d'annotation (PDF + Excel)
- Résultats de l'analyse graphique
- Documentation du projet et guide d'utilisation
Questions Fréquemment Posées (FAQ)
Q1 : Pourquoi choisir le séquençage de l'exome complet plutôt que le séquençage du génome complet ?
A : Le séquençage de l'exome entier (WES) se concentre sur environ 1 à 2 % du génome qui code pour des protéines, mais capture environ 85 % des mutations responsables de maladies. C'est une solution rentable lorsque votre cible de recherche implique des variations fonctionnelles au niveau des gènes.
Q2 : Quelle est la différence entre vos services de séquençage de l'exome humain et de l'exome de souris ?
A : Les deux services incluent la capture par sondes des régions codantes des protéines (CDS), le séquençage à haut débit et l'interprétation des variants. Panneau d'exome humain est aligné sur GRCh38 et inclut l'annotation ClinVar, tandis que le Panneau d'exome de souris cibles GRCm39 et soutient les études de modèles de maladies.
Q3 : Quelle profondeur de couverture recommandez-vous pour le séquençage de l'exome humain ou de la souris ?
A : Nous recommandons 100X–150X pour les études de lignées germinales et ≥200X pour les échantillons tumoraux/FFPE. Pour séquençage de l'exome entier de la sourisUne couverture plus approfondie peut être nécessaire pour les modèles mosaïques ou chimériques.
Q4 : Soutenez-vous le séquençage de l'exome à longues lectures utilisant Nanopore ou PacBio SMRT ?
A : Oui. Pour certaines applications nécessitant la détection de variants structurels ou des régions hautement répétitives, nous proposons capture d'exome à lecture longue utilisant des plateformes Nanopore ou SMRT. Veuillez nous contacter pour des protocoles personnalisés.
Q5 : Comment garantissez-vous l'exactitude des variants dans des échantillons FFPE ou à faible entrée ?
A : Nous utilisons des kits de préparation de bibliothèque optimisés avec des UMI (identifiants moléculaires uniques), des panneaux de capture adaptés aux FFPE et des pipelines bioinformatiques sur mesure pour améliorer la sensibilité et réduire les artefacts.
Q6 : Puis-je soumettre des bibliothèques d'exome pré-enrichies uniquement pour le séquençage ?
A : Oui. Nous acceptons à la fois l'ADN génomique brut et les bibliothèques pré-capturées. Veuillez nous contacter pour les exigences de contrôle qualité des bibliothèques.
Q7 : Quels livrables recevrai-je après l'analyse ?
A : Vous recevrez des données brutes (FASTQ), des fichiers alignés (BAM), des appels de variants (VCF), des listes de variants annotées (Excel) et des rapports optionnels sur les CNV ou les voies.
Q8 : Comment choisir entre le séquençage de l'exome complet et le séquençage du génome complet ?
A : Choisir séquençage du génome complet si votre étude nécessite l'analyse de variantes non codantes, de variations structurelles ou d'éléments régulateurs intergéniques. Pour la découverte de mutations au niveau des gènes, séquençage de l'exome entier humain offre une profondeur supérieure à un coût inférieur.
Mise en avant de la publication client
Étude de cas : Exome intégré et cartographie optique dans le carcinome rénal à cellules claires
Titre : Cartographie optique du génome et de l'épigénome du carcinome rénal à cellules claires
Journal : Cancer NAR
Publié : 4 mars 2025
DOI : 10.1093/narcan/zcaf008
Contexte
Le carcinome rénal à cellules claires (ccRCC) est la forme la plus courante de cancer du rein, souvent déclenchée par des événements génomiques complexes tels que la perte du chromosome 3p et l'inactivation du gène VHL. Cependant, les facteurs épigénétiques — y compris la méthylation et l'hydroxyméthylation de l'ADN — jouent également des rôles critiques dans la progression tumorale. Capturer les deux types de variations dans un seul flux de travail est un défi avec les méthodes de séquençage traditionnelles.
Objectifs du projet
- Caractérisation hybride : Combinez le séquençage d'exome à lecture courte avec le cartographie optique du génome pour détecter à la fois les mutations codantes et les variations structurelles à grande échelle (SVs).
- Profilage épigénétique : Mesurer les changements de méthylation à une seule molécule (5mC) et d'hydroxyméthylation (5hmC) dans les tissus tumoraux par rapport aux tissus normaux.
- Aperçu clinique : Lier les altérations génétiques et épigénétiques aux changements fonctionnels des gènes pour la pathogénie du ccRCC.
Services de CD Genomics
1. Séquençage de l'exome
- Échantillons : Tumeur et tissu normal adjacent apparié
- Plateforme : Séquençage du génome humain entier – Panneau de base (Illumina PE150, ~100 × couverture)
- Analyse : Appel de variants basé sur GATK (SNV/InDel) avec annotation ciblée de VHL, PBRM1, SETD2 et d'autres gènes moteurs épigénétiques.
2. Cartographie optique du génome/épigénome
(Ce composant a été réalisé par l'équipe de recherche)
- Détection des variants structurels avec une résolution à molécule unique
- Profilage de méthylation à molécule unique utilisant des molécules d'ADN marquées
3. Analyse Intégrée
- Validation croisée des variants détectés par exome avec les résultats de nombre de copies et de structures issus du mapping optique.
- Profilage épigénomique comparatif des niveaux de 5mC et de 5hmC dans des suppresseurs de tumeurs clés
Principales conclusions
Événements génétiques et épigénétiques co-occurrents
- Identification d'une délétion 3p englobant VHL et PBRM1 confirmée par cartographie optique.
- Le séquençage de l'exome a détecté des mutations non synonymes dans SETD2 et BAP1 cohérentes à travers les deux stades tumoraux.
Dysrégulation épigénétique
- Réduction globale de 5hmC dans la tumeur par rapport au tissu normal.
- Des motifs d'hypométhylation/hyperméthylation dans les régions promotrices/amplificatrices de VHL, PRCC et PBRM1 étaient corrélés à une expression réduite.
Aperçus sur la génomique fonctionnelle
- Des données combinées ont révélé des voies métaboliques et d'hypoxie perturbées qui contribuent à la progression du ccRCC.
Ce panneau montre la carte des variants structurels du chromosome 3p (tumeur vs contrôle), affichant clairement la délétion 3p détectée par le biais du mapping génomique optique.
Implications
- Profilage complet : La combinaison du séquençage de l'exome avec le mapping optique du génome permet une couverture totale, des mutations ponctuelles aux grandes modifications structurelles.
- Perspectives cliniques améliorées : Les marqueurs épigénétiques (5hmC/5mC) offrent des couches supplémentaires de biologie tumorale auparavant cachées aux approches uniquement basées sur le séquençage de nouvelle génération (NGS).
- Approche stratégique dans la recherche sur le cancer : Cette méthode à double modalité aborde efficacement pourquoi le séquençage de l'exome entier à lui seul pourrait manquer des altérations critiques dans des cancers comme le ccRCC.
Pourquoi cela compte pour vous
Ce cas souligne le pouvoir de l'intégration. Séquençage de l'exome humain (pour les SNVs et les InDels) avec cartographie structurelle et épigénétique à longue portée pour déchiffrer complètement les génomes du cancer. Chez CD Genomics, nous pouvons vous aider à mettre en œuvre de telles stratégies intégratives—tirant parti à la fois de panneaux d'exome et plateformes de longs articles comme Nanopore ou PacBio, complété par des partenariats en cartographie génomique optique.
Voici quelques publications qui ont été publiées avec succès en utilisant nos services ou d'autres services connexes :
Un assemblage de novo des séquences de jeux de données génomiques de la mouche de la racine de betterave sucrière. Tétanops myopaeformis, TmSBRM_v1.0
Journal : Données en bref
Année : 2024
Identification des ARN circulaires régulant la prolifération des cardiomyocytes dans les cœurs de porcelets nouveau-nés
Journal : JCI Insight
Année : 2024
Les combinaisons de bactériophages sont efficaces contre les bactéries multirésistantes. Pseudomonas aeruginosa et améliorer la sensibilité aux antibiotiques carbapénèmes
Journal : Virus
Année : 2024
Séquence génomique, gènes de résistance aux antibiotiques et plasmides dans un variant monophasique de Salmonella typhimurium isolé du porc de détail
Journal : Annonces de ressources en microbiologie
Année : 2024
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