Directives de Soumission d'Échantillons
Pourquoi choisir nos services de Ribo-seq
Conçu pour les scientifiques. CD Genomics propose le Ribo-seq avec une résolution au niveau des codons, combinant des méthodes de laboratoire optimisées et un pipeline d'analyse Ribo-seq transparent pour des résultats reproductibles.
- Contrôle qualité conscient de la traduction : périodicité 3-nt, décalages du site P, métagène de début/fin, concordance des répliques.
- Livraison flexible : de bout en bout ou uniquement analyse à partir de RPFs purifiés/FASTQ bruts.
- Analytique approfondie : TE et traduction différentielle, uORF/sORF, blocage, utilisation des codons, GO/KEGG.
- Conception prête pour TE : Séquençage d'ARN apparié optionnel pour une efficacité de traduction robuste.
- Flux de travail de laboratoire optimisé : Inhibiteur → RNase → épuisement de l'ARNr → PAGE.
- Entrées larges : cellules, tissus, bactéries ou RPF ; espèces non modèles par revue.
- Sorties prêtes à être publiées : Figures propres (PNG/SVG), tableaux (CSV/TSV), rapport concis.
- Traçable et sécurisé : journaux de commandes versionnés, métadonnées complètes, gestion basée sur des procédures opérationnelles standard (SOP).
- Soutien expert : Un scientifique consulte sur la conception, les étapes de contrôle qualité et les options de pipeline d'analyse ribo-seq.
Introduction à la technologie — Ce que mesure le profilage des ribosomes (Ribo-seq)
Le profilage des ribosomes (Ribo-seq) capture des fragments protégés par les ribosomes pour quantifier la traduction active. Notre service de Ribo-seq combine l'exécution en laboratoire humide avec une expertise en Ribo-seq. analyse de données dans un pipeline d'analyse ribo-seq validé.
Les ribosomes sont stabilisés sur l'ARNm. L'ARN non protégé est digéré par l'ARNase. Des fragments de ~28 à 30 nt (RPFs) sont purifiés, convertis en bibliothèques et séquencés. Des empreintes résolues en position révèlent l'initiation, la dynamique d'élongation, les pauses et le comportement de terminaison.
Pourquoi le Ribo-seq est important
- Distingue les changements transcriptionnels du contrôle translationnel en utilisant l'efficacité de la traduction (TE).
- Cartographie des sites d'initiation et des uORFs/sORFs avec un appel de P-site conscient du cadre.
- Détecte les blocages des ribosomes ou les signaux de décalage de cadre le long des régions codantes.
- Liaison des résultats aux voies via l'enrichissement GO/KEGG.
Flux de travail principal (laboratoire → analyse)
1. Stabilisation de la traduction → Digestion par RNase → Élimination de l'ARNr → Sélection de taille par PAGE.
2. Préparation de la bibliothèque → séquençage à lecture courte.
3. Analyse Ribo-seq : alignement, attribution du site P, contrôle de qualité de la périodicité de 3 nt, TE et traduction différentielle, uORF/sORF, blocage, utilisation des codons, enrichissement.
Pipeline d'analyse Ribo-seq
Notre pipeline d'analyse ribo-seq combine un workflow de laboratoire humide standardisé avec des étapes d'analyse ribo-seq transparentes. Chaque étape est traçable et soumise à des contrôles de qualité.
Flux de travail en laboratoire humide
1. Stabiliser la traduction — geler les ribosomes sur l'ARNm.
2. Digestion par RNase — éliminer l'ARN non protégé ; conserver les RPFs (~28–30 nt).
3. Élimination de l'ARNr et PAGE — réduire le transport d'ARNr ; sélectionner les cibles par taille.
4. Construction de la bibliothèque — ligation des adaptateurs, transcription inverse, PCR.
5. Séquençage — plateformes à courtes lectures ; profondeur adaptée aux objectifs.
Traitement des données (ribo-seq) analyse de données)
1. QC de lecture brute — filtrage des adaptateurs/qualité ; distribution de la longueur.
2. Alignement — cartographie génomique/transcriptomique ; supprimer les lectures d'ARNr/ARNt.
3. Attribution du site P — décalages sensibles au cadre pour le positionnement des codons.
4. Périodicité 3-nt — les profils de métagène start/stop vérifient la traduction.
5. Quantification — comptage des gènes/ORF/uORF ; normalisation.
6. Comparaisons — TE avec RNA-seq apparié ; traduction différentielle/TE.
7. Modules avancés — uORF/sORF, cartes de stagnation, utilisation des codons, GO/KEGG.
Stratégie de recherche Ribo-seq
Menu d'analyse — Choisir et étendre
Sélectionnez les modules dont vous avez besoin ; les sorties s'intègrent avec le package ci-dessus.
Analyses d'intégration Ribo-seq et multi-omiques
Ribo quantitatif
- Comptes de gènes/ORF, normalisation, traduction différentielle.
- Répliquer l'examen de corrélation et des valeurs aberrantes.
Niveau de séquence
- Métagène P-site ; distribution du cadre de 3 nt.
- découverte d'uORF/sORF avec coordonnées.
Cross-omiques (avec RNA-seq)
- Estimation de l'efficacité de traduction (TE) et TE différentiel.
- Ensembles d'ARNm-RPF concordants/discordants.
Interprétation avancée
- Cartes de blocage des ribosomes ; motifs d'utilisation des codons.
- Enrichissement GO/KEGG pour relier la biologie.
Pour les livrables, voir Ce que vous recevrez.
Qualité et Conception de l'Étude
Plan pour un Ribo-seq reproductible avec des critères d'acceptation clairs et une traçabilité complète.
Conception expérimentale
- Définir les contrastes ; inclure ≥3 réplicats biologiques par groupe lorsque cela est faisable.
- Ajoutez l'ARN-seq apparié lorsque le TE est un critère principal.
Critères d'acceptation (QC sensible à la traduction)
- Forte périodicité 3-nt et décalages P-site corrects.
- Distribution attendue de la longueur des RPF et taux de cartographie robustes.
- Faibles fractions de rRNA/tRNA résiduelles.
- Concordance élevée des répliques ; examen formel des valeurs aberrantes.
Traçabilité et audit
- Le registre de suivi répertorie les instruments, les lots de matériel et les paramètres clés.
- Journaux de commandes versionnés pour chaque étape d'analyse ; métadonnées conservées avec les résultats.
Contrôles de profondeur et de risque
- Augmenter la profondeur pour uORF/sORF ou un blocage à petite échelle.
- Si la périodicité est faible, affinez les décalages et réévaluez les images.
- ARNr élevé : ajuster les SOP de déplétion et de sélection de taille.
Consultez-nous pour des espèces non-modèles ou des conceptions à faible input.
Ce que vous recevrez
Un ensemble complet, prêt à être publié, conçu pour une interprétation rapide.
Fichiers de données
- FASTQ ; BAM/indices sur demande.
- Compter les tables (gènes/ORFs/uORFs/sORFs, CSV/TSV).
- Métadonnées : paramètres de l'instrument, notes de course, manifeste d'échantillons.
Pack QC
- Qualité de lecture, cartographie, résidus d'ARNr/ARNt, modes de longueur des RPF.
- Graphiques de métagène P-site et de périodicité 3-nt.
- Répliquer la carte thermique de corrélation et les indicateurs de valeurs aberrantes.
Analyses livrées
- TE et TE différentiel ; traduction différentielle par gène/ORF.
- découverte d'uORF/sORF, points de blocage, profils d'utilisation des codons.
- Enrichissement fonctionnel : termes et voies GO/KEGG.
Rapport et soutien
- PDF concis et notes d'interprétation avec des figures.
- Figures modifiables (PNG/SVG) et tableaux (CSV/TSV).
Modules recommandés
- Séquençage mRNA/long-RNA apparié pour un TE robuste.
- Génomes/annotations personnalisés pour des organismes non-modèles.
- Biostatistiques avancées et amélioration des figures.
Exigences d'échantillon
| Type d'échantillon | Entrée minimale | Préféré / Remarques |
|---|---|---|
| Cellules | ≥ 4 × 10^7 cellules | Faible entrée par révision : ≥ 1 × 10^7 |
| Tissu (animal/plante) | ≥ 400 mg | ~3 g préféré ; faible apport selon l'examen : ≥ 50 mg |
| Bactéries | ≥ 4 × 10^7 cellules | — |
| RPFs purifiés | ≥ 200 ng/µL, ≥ 10 µL au total | Fragments protégés par les ribosomes purifiés |
Applications et cas d'utilisation — Résultats que vous pouvez attendre
Utilisez le Ribo-seq lorsque les niveaux d'ARN ne sont pas suffisants. Notre service de ribo-seq et notre pipeline d'analyse de ribo-seq transforment les empreintes en décisions - rapidement, de manière vérifiable et prêtes à l'action.
Mécanisme d'action des médicaments
- Identifier des réponses au traitement au niveau de la traduction à l'aide de l'analyse des données de ribo-seq.
- Lectures : décalages TE, changements d'initiation, points chauds de pause, impact sur la voie.
Validation des cibles et biomarqueurs
- Lier les changements de TE à la production de protéines pour la priorisation.
- Rapports : tableaux TE classés, preuves uORF/sORF, résumés GO/KEGG.
Évaluation de la résistance et des effets hors cible
- Détecter la réorganisation de la traduction sous stress ou lors d'un traitement chronique.
- Lectures : traduction différentielle, cartes de décrochage, motifs d'utilisation des codons.
Recherche immunitaire
- Quantifiez comment les modifications de l'ARN influencent le TE régulateur et l'expansion clonale.
- Lectures : métagène P-site de début/fin, panneaux TE axés sur les régulateurs.
Virologie
- Mesurer le décalage de cadre et la pause dans les polyprotéines virales à la résolution des codons.
- Lectures : occupation au niveau de l'ORF, couverture du locus de décalage de cadre, différentiels de TE.
Plantes et agriculture
- Résoudre la régulation médiée par uORF sous stress et découvrir des marqueurs robustes.
- Lectures : listes d'appels uORF, contrastes TE entre traitements ou génotypes.
Distribution de la qualité de séquençage
Distribution A/T/G/C
Analyse de corrélation entre les échantillons
Résultats statistiques de l'annotation GO
Classification KEGG
Analyse du site P
Efficacité de traduction différentielle (TE) - Distribution des gènes
Réponses rapides pour les chercheurs
1. Qu'est-ce que le Ribo-seq mesure par rapport à l'ARN-seq ?
Le profilage des ribosomes (Ribo-seq) séquence des fragments protégés par les ribosomes de ~28 à 30 nt pour quantifier la traduction active et l'efficacité de la traduction (TE). L'RNA-seq mesure l'abondance des transcrits ; utilisez les deux pour séparer la transcription de la traduction.
2. Qu'est-ce qu'un ORF et que peut détecter le Ribo-seq ?
Un cadre de lecture ouvert (CRO) s'étend d'un codon de départ (souvent AUG) à un codon d'arrêt (UAA/UAG/UGA). Le Ribo-seq peut révéler des CRO dans l'ARNm et détecter la traduction à partir de loci lncRNA ou circRNA (y compris les uORFs/sORFs).
3. Quel est le protocole pour le profilage des ribosomes ?
Stabiliser les ribosomes sur l'ARNm → lyser et appliquer de l'ARNase pour éliminer l'ARN non protégé → enrichir les RPF (par exemple, gradient de saccharose ou PAGE) → construire des bibliothèques et séquencer → exécuter le pipeline d'analyse ribo-seq (alignement, attribution du site P, contrôle de qualité de la périodicité de 3 nt, TE/traduction différentielle, uORF/sORF, voies).
4. Que vais-je recevoir du service de ribo-seq ?
FASTQ (BAM sur demande), QC (périodicité de 3 nt, métagène P-site, cartographie), tableaux/figures d'analyse (TE, traduction différentielle, uORF/sORF, blocage, GO/KEGG), et un rapport concis.
5. Ai-je besoin d'un séquençage d'ARN apparié pour les TE ?
Recommandé. Correspondant. RNA-seq permet une estimation robuste de l'TE et clarifie si les changements sont transcriptionnels ou translationnels.
6. Qu'est-ce qui prouve la qualité de la bibliothèque dans l'analyse du ribo-seq ?
Clarté de la périodicité 3-nt, corrections des décalages du site P, distribution de longueur des RPF attendue, bons taux de cartographie et forte corrélation entre les réplicats.
7. Quelles sont les principales limitations du Ribo-seq ?
L'ARNr résiduel peut réduire le nombre de lectures exploitables ; les empreintes sont courtes, compliquant l'appel des ORF ; l'TE infère la production de protéines plutôt que de la mesurer directement ; les protocoles typiques nécessitent un matériel d'entrée substantiel.
8. Quels intrants et espèces sont pris en charge ?
Cellules, tissus, bactéries ou RPFs purifiés. Humain/souris/rat par défaut ; autres sous réserve d'examen de faisabilité. Voir les exigences d'échantillon pour les entrées minimales.
9. Pouvez-vous exécuter des pipelines uniquement d'analyse ou personnalisés ?
Oui. Nous acceptons des RPFs purifiés ou des données brutes et exécutons un pipeline d'analyse ribo-seq transparent et modulaire adapté à votre étude.
Mise en avant de la publication client
Le Ribo-seq révèle des changements dans l'efficacité de la traduction en cas de perturbation de Pol III/tRNA.
Journal: PLOS Biologie (2024).
Auteurs: Yasir Malik ; Yavuz Kulaberoglu ; Shajahan Anver ; et al.
1) Contexte
Les tRNAs sont essentiels pour le décodage de l'ARNm lors de la traduction. Les auteurs se sont demandé si une réduction partielle de l'ARN polymérase III (Pol III) — qui produit des tRNAs — modifie la traduction et la santé des organismes à travers les espèces (vers, mouches, souris). Ils rapportent une perturbation conservée des tRNAs et une amélioration de la résilience protéostatique, avec des bénéfices pour la santé en fin de vie et la durée de vie.
2) Méthodes
- Conception : Réduire la fonction de Pol III génétiquement ou par RNAi chez des organismes modèles ; évaluer la traduction et la résilience au stress.
- Ribo-seq & RNA-seq (Drosophila) : Préparation d'échantillons et séquençage réalisés par CD Genomics ; digestion par RNase I ; kit de bibliothèque d'ARN petit NEBNext ; Illumina HiSeq X10. L'analyse a utilisé FastQC, Cutadapt, RiboToolkit, Salmon et DESeq2 pour calculer la traduction différentielle et l'efficacité de traduction (TE). Données déposées dans GEO (GSE232724).
3) Résultats
- Couverture à l'échelle du génome : Les empreintes Ribo-seq ont été cartographiées sur plus de 19 000 ORFs chez les mouches, malgré le transport d'ARNr attendu typique de Drosophila.
- Remodelage des TE : L'intégration de Ribo-seq avec RNA-seq a identifié plus de 400 mARN avec un TE modifié chez les mutants Pol III par rapport au type sauvage à 10 % de FDR.
- Lien mécaniste : Modélisation des changements de décodage spécifiques aux codons prévus à partir de pools de tRNA décalés ; des essais expérimentaux ont confirmé les changements de traduction et une résilience protéostatique accrue à travers les espèces.
4) Conclusions
Le Ribo-seq a révélé un reprogrammation au niveau du système de la traduction lorsque la biogenèse des tRNA est perturbée. La combinaison du Ribo-seq avec l'RNA-seq a permis des lectures basées sur le TE qui reliaient le décodage moléculaire à la résilience et à la longévité au niveau de l'organisme, illustrant comment le profilage des ribosomes soutient les études sur les mécanismes d'action.
Changements prévus et observés dans la traduction lors de l'inhibition partielle de Pol III chez les vers, les mouches et les souris.
Voici quelques publications qui ont été publiées avec succès en utilisant nos services ou d'autres services connexes :
La perturbation de la biogenèse des tRNA renforce la résilience protéostatique, améliore la santé à un âge avancé et favorise la longévité.
Journal : Plos Biologie
Année : 2024
Les virus tumoraux à ADN circulaire produisent des ARN circulaires.
Journal : Actes de l'Académie nationale des sciences
Année : 2018
L'immunisation répétée avec un adjuvant liposomal contenant de l'ATRA transdifférencie les cellules Th17 en un phénotype semblable à Tr1.
Journal : Journal d'Autoimmunité
Année : 2024
Le rôle de la variante d'histone H2A.Z.1 dans la mémoire, la transcription et l'épissage alternatif est médié par la modification des lysines.
Journal : Neuropsychopharmacologie
Année : 2024
La perte de FAK réduit la phosphorylation de l'ERK induite par BRAFV600E pour promouvoir la souche intestinale et la formation de tumeurs cécales.
Journal : Elife
Année : 2023
Identification des ARN circulaires régulant la prolifération des cardiomyocytes dans les cœurs de porcelets néonatals
Journal : JCI Insight
Année : 2024
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