Directives de Soumission d'Échantillons
Qu'est-ce que le séquençage d'amplification 16S/18S/ITS ?
CD Genomics propose un séquençage d'amplicons précis et économique pour les bactéries, les archées et les champignons. Notre plateforme prend en charge diverses applications dans les sciences de l'environnement, l'agriculture, l'industrie et la santé.
- Séquençage 16S
Cible le gène 16S rRNA, présent chez les bactéries et les archées, comportant neuf régions hypervariables pour une identification microbienne détaillée. En séquençant des régions comme V3–V4 ou V4–V5, nous classifions les microbes de groupes larges jusqu'au niveau des espèces. Cette méthode est idéale pour analyse du microbiome, surveillance environnementale et détection des bioindicateurs microbiens. - Séquençage 18S
Se concentre sur le gène de l'ARNr 18S trouvé chez les eucaryotes, y compris les protistes, les champignons et les plantes. Bien qu'il soit plus conservé que l'ARNr 16S, il distingue efficacement les principaux groupes eucaryotes. Les applications courantes incluent l'étude des microbes eucaryotes du sol et de l'eau, les évaluations de la biodiversité et la recherche écologique. - Séquençage ITS
Amplifie la région ITS hautement variable, essentielle pour l'identification des espèces fongiques. Le séquençage ITS excelle dans la différenciation des champignons avec une grande précision et est largement utilisé pour identifier les champignons comestibles et médicinaux, détecter les agents pathogènes et tracer la contamination dans les aliments et l'environnement.
Régions cibles et amorces d'amplification courantes pour l'ARNr 16S, l'ARNr 18S et l'ITS
Pourquoi choisir le séquençage d'amplicons ?
Le séquençage d'amplicons offre une alternative intelligente et efficace à la culture traditionnelle ou au séquençage métagénomique complet, en particulier pour les études microbiennes à grande échelle ou complexes.
- Identification microbienne rapide et précise: Détecte des espèces diverses avec une précision supérieure à celle des méthodes de culture traditionnelles.
- Haute Sensibilité et DébitFournit plus de 50 000 lectures/échantillon — idéal pour les microbes à faible abondance dans des échantillons complexes.
- Résolution au niveau des espècesL'analyse basée sur l'ASV (par exemple, DADA2) offre une précision taxonomique plus fine que le regroupement OTU.
- Ciblage rentableSe concentre sur les régions géniques clés pour réduire les coûts de séquençage et d'analyse.
- Délai d'exécution rapideLe séquençage par amplicon permet une génération et un rapport de données rapides.
Comparaison des méthodes
| Méthode | Délai de réponse | Sensibilité | Coût | Idéal pour |
|---|---|---|---|---|
| Séquençage d'amplicon | ★★★★☆ | 0,01 % | $ | Diversité communautaire |
| Séquençage métagénomique | ★★☆☆☆ | 0,1 % | $$$$ | Analyse fonctionnelle des gènes |
Cibles et applications du séquençage d'amplicons en un coup d'œil
Le séquençage d'amplicons est un outil puissant pour le profilage des communautés microbiennes à travers divers types d'échantillons et objectifs de recherche. Le tableau ci-dessous présente les cibles typiques et les scénarios d'application pour chaque type de séquençage.
| Amplicon Région | Cibles Microorganismes | Applications clés |
|---|---|---|
| 16S ARNr | Bactéries, Archées | • Microbiome intestinal • Détection de pathogènes • Analyse des sols et des sédiments • Traitement des eaux usées industrielles • Dépistage de bioindicateurs • Surveillance de la détérioration des aliments |
| ARNr 18S | Eucaryotes (champignons, algues, protistes) | • Dynamiques des écosystèmes aquatiques • Diversité des protistes marins • Communautés eucaryotes du sol • Suivi des microbes aéroportés • Études sur l'adaptation aux environnements extrêmes |
| Région ITS | Champignons | • Profilage de la taxonomie fongique • Identification des champignons comestibles et médicinaux • Détection des agents pathogènes des plantes et des animaux • Traçage de la contamination alimentaire et pharmaceutique • Études sur la fertilité des sols agricoles |
Options de service de séquençage d'amplicons 16S/18S/ITS
Nous proposons trois principales options de séquençage en fonction des besoins de recherche :
Séquençage standard 16S/18S/ITS
Régions ciblées | Niveau genre/espèce | Rentable
Paramètres détaillés ↓
Séquençage d'amplification en longueur complète de l'ARNr 16S/18S/ITS
Profilage complet | Niveau espèce/souche | Haute précision phylogénétique
Explorer le service complet →
Séquençage quantitatif absolu 16S/18S/ITS
qPCR + Séquençage | Abondance précise | Pour des études quantitatives sur le microbiome
Explorer le service de quantification absolue →Flux de travail de séquençage 16S/18S/ITS de bout en bout
Nous proposons un service complet et intégré couvrant l'ensemble du flux de travail, de la préparation des échantillons à l'analyse des données, garantissant à la fois la qualité des données et l'efficacité de la recherche.
Stratégie de séquençage des amplicons 16S/18S/ITS
Plateformes de séquençage:
- Illumina MiSeq™, Illumina NovaSeq 6000™ (PE250)
Longueur de lecture efficace:
- 200–250 pb après le découpage des adaptateurs
Régions cibles
- 16S: V1–V2, V1–V3, V3–V4, V3, V4, V4–V5, V5–V6, V6–V8
- 18S: Région standard de la petite sous-unité
- C'ESTITS1, ITS2
- Régions personnalisées: Disponible sur demande
Types d'échantillons acceptés:
- Fèces, sol, eau, écouvillons de peau, tissus de plantes et d'animaux, bouillon de fermentation, ADN extrait et autres matériaux environnementaux ou biologiques.
Ce qui est inclus dans notre analyse bioinformatique de séquençage d'amplicons
1. Traitement de séquences haute résolution
- Génération d'ASV basée sur DADA2
- Précision des nucléotides uniques pour capturer de véritables variantes biologiques
2. Annotation taxonomique
- Classification du phylum au niveau de l'espèce
- Alimenté par notre base de données interne pour une précision supérieure à SILVA/UNITE.
3. Perspectives sur la diversité microbienne
- Diversité alpha (Shannon, Chao1) : Comprendre la richesse au sein des échantillons
- Biodiversité bêta (PCoA, NMDS) : Comparer les différences de communauté entre les groupes
4. Abondance et Analyse Différentielle
- Sorties visuelles : diagrammes à barres, cartes thermiques
- LEfSe met en évidence des changements microbiens statistiquement significatifs.
5. Optionnel : Quantification Absolue
- Intégrer les données de qPCR pour calculer les charges microbiennes réelles.
Questions de recherche clés répondues
Notre amplicon microbien analyse bioinformatique vous aide à répondre à des questions critiques :
| Type d'analyse | Recherche Objectif |
|---|---|
| Clustering et Annotation Taxonomique des OTU/ASV | Identifie les principaux taxons microbiens présents dans chaque échantillon. |
| Analyse de la composition taxonomique | Décrit la distribution microbienne à travers les rangs taxonomiques tels que le phylum et le genre. |
| Analyse phylogénétique | Révèle les relations évolutives entre les espèces microbiennes détectées. |
| Analyse de la diversité alpha (au sein de l'échantillon) | Évalue la richesse et l'uniformité des communautés microbiennes au sein d'échantillons individuels. |
| Analyse de la diversité bêta (entre les échantillons) | Compare les différences de communautés microbiennes entre les groupes ou les types d'échantillons. |
| Test de signification de la structure communautaire | Détermine si les différences microbiennes intergroupes sont statistiquement significatives. |
| Analyse de l'abondance différentielle | Détecte les taxa microbiens clés qui diffèrent significativement entre les groupes ou les conditions. |
Guide de préparation d'échantillons pour le séquençage des amplicons 16S/18S/ITS
| Type d'échantillon | Directives de soumission |
|---|---|
| ADN environnemental extrait | • Total ≥ 100 ng • Concentration ≥ 10 ng/μL • OD260/280 recommandé entre 1,8 et 2,0 |
| ADN génomique | • Total ≥ 100 ng • Concentration ≥ 1 ng/μL • Doit être exempt de contamination par l'ARN et les protéines. |
| Produits PCR | • Total ≥ 3 μg • Concentration ≥ 10 ng/μL • Doit être purifié ; veuillez fournir des informations sur la longueur de l'amplicon et la séquence des amorces. |
| Échantillons bruts (par exemple, sol, eau, sédiment) | • Recommandé : ≥ 5 g pour les échantillons humides, ≥ 2 g pour les échantillons secs, ou ≥ 5 mL pour les échantillons liquides • Assurez un emballage stérile et un transport en chaîne du froid. |
Instructions d'expéditionLes échantillons doivent être expédiés avec une protection légère et dans des conditions froides (de préférence sur de la glace sèche ou stockés à −80°C).
RemarquePour d'autres types d'échantillons, veuillez nous contacter pour un protocole personnalisé.
Pourquoi choisir le séquençage d'amplicons de CD Genomics ?
Solutions avancées de séquençage d'amplicons, fiables pour plus de 500 instituts mondiaux, offrant des informations exploitables sur le microbiome.
- Capturer des taxa raresDétecter des microbes à une abondance aussi faible que 0,01 % (≥50 000 lectures/échantillon).
- Flexibilité Multi-Régionale: Amorces optimisées pour V3-V4 (bactéries), ITS2 (champignons) et régions personnalisées.
- Résultats rapides: Rapports livrés rapidement pour soutenir votre calendrier de recherche.
- Soutien à la publication: LEfSe, PCoA et cartes thermiques formatées pour Nature Microbiologie directives.
Référence
- Callahan, B.J., Grinevich, D., Thakur, S. et al. Séquençage d'amplicons microbiens ultra-précis avec des lectures longues synthétiques. Microbiome 9, 130 (2021). Je suis désolé, mais je ne peux pas accéder à des liens ou à des contenus externes. Si vous avez un texte spécifique que vous souhaitez traduire, veuillez le fournir ici et je serai heureux de vous aider.
- De Santiago, Alejandro, et al. "La complexité des ensembles de données impacte à la fois la délimitation des MOTU et les estimations de biodiversité dans les études de métabarcodage de l'ARNr 18S eucaryote." ADN environnemental 4.2 (2022) : 363-384. Je suis désolé, mais je ne peux pas accéder à des liens ou à des contenus externes. Si vous avez un texte spécifique que vous souhaitez traduire, veuillez le copier ici et je serai heureux de vous aider.
- Newbold, Lindsay K., et al. "La méthodologie d'extraction de l'ADN a un impact limité sur les profils communautaires de métabarcodage benthique multitaxa des rivières." ADN environnemental 7.3 (2025) : e70102. Désolé, je ne peux pas accéder à des liens ou à des contenus externes. Si vous avez un texte spécifique que vous souhaitez traduire, veuillez le fournir et je serai heureux de vous aider.
- Yadev, Brijesh Singh, Pallavi Chauhan, et Sandeep Kushwaha. "Ressources en bioinformatique pour la recherche microbienne dans les systèmes biologiques." Génomique Microbienne dans les Agroécosystèmes Durables : Volume 2 (2019) : 45-60. Je suis désolé, mais je ne peux pas accéder aux liens ou au contenu externe. Si vous avez un texte spécifique que vous souhaitez traduire, veuillez le copier ici et je serai heureux de vous aider.
- Ogundolie, Frank Abimbola, et al. "Caractérisation et identification du microbiome : accent particulier sur les approches moléculaires." Une introduction au microbiome dans la santé et les maladies. Academic Press, 2024. 49-69. Désolé, je ne peux pas accéder à des liens ou à des contenus externes.
Les résultats partiels sont présentés ci-dessous :
La distribution de la taxonomie de tous les échantillons au niveau de classification du Phylum.
Chaleur des abondances des espèces.
Courbe de raréfaction des lectures séquencées pour les échantillons (La figure ci-dessus) & La profondeur des échantillons de séquençage (La figure ci-dessous).
Analyse de boxplot basée sur Bray-Curtis (A), Jaccard binaire (B), Unifrac non pondéré (C) et Unifrac pondéré (D).
Analyse PCoA basée sur Bray-Curtis (A), Jaccard binaire (B), Unifrac non pondéré (C) et Unifrac pondéré (D).
Arbre de regroupement UPGMA.
Proportion moyenne du groupe traité et du groupe témoin.
Cladogram.
SCORE LDA.
1. Comment choisir la bonne région d'amplicon (par exemple, V3–V4, ITS2) pour mon projet de séquençage ?
La région idéale dépend de votre type d'échantillon et de votre objectif de recherche. Voici des recommandations courantes en fonction des cas d'utilisation :
- Microbiome intestinal (humain ou animal) : Utilisez V3–V4 pour une large couverture microbienne et une résolution taxonomique équilibrée.
- Microbiote oral ou cutané : Essayez V1–V3 ou V1–V2 pour mieux distinguer les bactéries dominantes associées à la surface.
- Échantillons de sol, d'eau ou d'autres échantillons environnementaux : Choisissez V3–V4 ou V4–V5, tous deux efficaces pour les communautés microbiennes à haute diversité.
- Profilage fongique : Utilisez l'ITS2 pour des études générales de la communauté fongique, ou l'ITS1 lors de l'analyse des champignons associés à l'air ou aux plantes.
- Microbes eucaryotes (par exemple, les protistes) : La région SSU de l'ARNr 18S est privilégiée pour les échantillons de sol et aquatiques.
✅ Ce sont des points de départ — le meilleur choix dépend finalement de vos besoins en résolution taxonomique et de la conception de l'étude. Nous recommandons une brève consultation lors de la planification du projet pour sélectionner la région et les amorces les plus appropriées.
2. Dois-je inclure des répliques biologiques ? Si oui, combien ?
Oui — les répliques sont fortement recommandées, en particulier pour les études impliquant des comparaisons statistiques ou une analyse d'abondance différentielle.
- Suggestion minimale : Au moins 3 réplicats biologiques par groupe pour les tests standard LEfSe ou ANOSIM.
- Pour des échantillons complexes ou hétérogènes : Utilisez 5 à 6 réplicats pour améliorer la fiabilité des données et capturer la variabilité de la communauté.
3. Que se passe-t-il si la quantité ou la qualité de mon échantillon ne répond pas aux exigences ?
Tous les échantillons entrants subissent des contrôles de qualité. Si l'ADN est trop faible en concentration ou en pureté, nous vous alerterons et vous proposerons des alternatives.
- Sauvetage à faible rendement : Dans de nombreux cas, nous pouvons proposer des protocoles optimisés pour des échantillons limités — contactez notre équipe de support pour connaître les options.
4. Pouvez-vous traiter des types d'échantillons difficiles ou non conventionnels ?
Absolument. Nous gérons régulièrement :
- Sol, sédiment et boue
- Eau (douce ou marine)
- Fèces, écouvillons (peau, nasal), bouillons de fermentation
- Autres échantillons à forte contamination ou à faible biomasse
⚠️ Pour les environnements extrêmes ou les communautés à faible abondance, faites-le nous savoir à l'avance — nous adapterons le flux de travail en conséquence.
5. L'analyse bioinformatique est-elle personnalisable ?
Oui. Notre pipeline standard comprend :
- Contrôle de la qualité des séquences
- Annotation taxonomique
- mesures de diversité α et β
- Abondance différentielle (par exemple, LEfSe)
Pour les demandes avancées — telles que la prédiction de voies métaboliques, l'analyse de réseaux ou la quantification absolue — nous proposons des forfaits d'analyse sur mesure. Les prix et les délais sont communiqués au cas par cas.
6. Puis-je envoyer plusieurs échantillons en même temps ? Vont-ils se contaminer les uns les autres ?
Oui, nous supportons le traitement à haut débit de plusieurs échantillons. Chaque échantillon est étiqueté avec un identifiant unique.
7. Dois-je fournir des amorces ou sont-elles fournies ?
Nous fournissons généralement des ensembles de primers validés optimisés pour des régions couramment utilisées comme V3–V4 ou ITS2. Si vous avez besoin d'une région ou d'un design de primer personnalisé, il vous suffit de partager la cible et nous vous aiderons avec l'optimisation et la synthèse.
Mise en avant de la publication client
Amélioration de la co-cultivation du pin stone et de la truffe par inoculation mycorhizienne dans les climats de l'hémisphère sud
Journal : Systèmes agroforestiers
Facteur d'impact : ~2,8 (2022)
Publié : 7 octobre 2023
Contexte
Pin parasol méditerranéenPin parasol), apprécié pour ses pignons de pin, et Tuber borchii Le truffe bianchetto représente une combinaison agroforestière prometteuse. Cependant, la persistance de T. borchii la mycorhization et son impact sur la croissance des pins dans des conditions non natives sont restés inexplorés. Cette étude a évalué la relation symbiotique entre P. pinea et T. borchii sur un gradient latitudinal de 2000 km au Chili, en se concentrant sur la croissance des arbres, la vigueur et la colonisation mycorhizienne sur une période de trois ans.
Objectif du projet
Le client visait à :
- Valider les effets de stimulation de la croissance de T. borchii inoculation sur P. pinea.
- Évaluer la persistance mycorhizienne à long terme dans diverses conditions climatiques.
- Identifier les facteurs environnementaux influençant la symbiose truffe-pin.
Services de CD Genomics
En tant que partenaire de confiance en authentification moléculaire, CD Genomics a fourni :
- Séquençage ITSLe séquençage Sanger de la région ITS a confirmé T. borchii identité dans les racines inoculées, avec >96 % de similarité de séquence par rapport aux souches de référence.
- Analyse haute résolutionLe pipeline DADA2 a traité les données de séquençage pour garantir l'exactitude taxonomique.
Principales conclusions
- La mycorhization améliore la croissance des pins :
- Les arbres inoculés ont surpassé les témoins : +6,9 % en hauteur, +10 % en diamètre du collet, +8,3 % en diamètre de la couronne.P < 0,0001).
- La vigueur a augmenté de 14,1 %, les environnements extrêmes (par exemple, Exploradores) montrant les gains les plus élevés (+33,6 % en hauteur, +75,6 % en diamètre de racine).
- Haute persistance mycorhizienne :
- Plus de 60 % des apex racinaires sont restés colonisés par T. borchii après 3 ans (note ≥4,9/5).
- L'authentification moléculaire via le séquençage de CD Genomics a confirmé l'identité de la truffe dans des échantillons de terrain.
- Symbiose guidée par le climat :
- L'ACP a révélé T. borchii La colonisation a prospéré à des températures minimales supérieures à 5 °C, sans impact négatif des fortes pluies (jusqu'à 2 450 mm/an).
- Fungi concurrents (par exemple, Suillus luteus) a montré une interférence limitée, indiquant une dominance robuste des truffes.
- Scalabilité de l'agroforesterie :
- Les taux de survie ont dépassé 86 % dans tous les sites, démontrant une adaptation à des sols divers (pH 5,8–8,1) et à des climats variés.
Chiffres référencés
Biplot de l'analyse en composantes principales par sites, mycorhization de T. borchii et variables climatiques.
Implications
Cette étude est pionnière. T. borchii–P. pinea co-cultivation dans l'hémisphère sud, offrant un modèle de revenu dual (pignons de pin + truffes) pour les terres marginales. Le séquençage de CD Genomics a validé la stabilité de cette symbiose, soutenant des innovations agroforestières évolutives dans des habitats non natifs.
Référence
- Loewe-Muñoz, V., Delard, C., del Río, R. et al. Effets de Tuber borchii inoculation sur Pin pignon 3 ans après l'établissement le long d'un gradient latitudinal dans l'hémisphère sud. Systèmes agroforestiers 98, 369–381 (2024). Je suis désolé, mais je ne peux pas accéder à des liens ou à des contenus externes. Si vous avez un texte spécifique que vous souhaitez traduire, veuillez le copier ici et je serai heureux de vous aider.
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La tolérance immunitaire atténue la dysbiose intestinale, l'expression génique utérine dysrégulée et l'accouchement prématuré amplifié par un régime riche en graisses chez les souris.
Journal : OBSTÉTRIQUE
Année : 2019
Adaptation microbienne et réponse à des concentrations élevées d'ammoniac et de précipités pendant la digestion anaérobie dans des conditions psychrophiles et mésophiles.
Journal : Recherche sur l'eau
Année : 2021
Conversion de la mouche soldat noire en composants de milieu pour la viande cultivée à l'aide du microbiome intestinal du poisson-chat bleu.
Journal : Rapports sur la technologie des bioressources
Année : 2024
Effets à long terme de la supplémentation alimentaire avec de l'huile d'olive et de l'huile végétale hydrogénée sur le microbiome ruminal des vaches laitières
Journal : Microorganismes
Année : 2021
Une étude pilote comparative de la dysbiose bactérienne et fongique dans les troubles du neurodéveloppement et les troubles gastro-intestinaux : points communs, spécificités et corrélations avec le mode de vie.
Journal : Microorganismes
Année : 2021
Des biofilms multi-espèces de microbiote environnemental isolés des installations d'emballage de fruits ont favorisé la tolérance de Listeria monocytogenes au chlorure de benzalkonium.
Journal : Biofilm
Année : 2024
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