Directives de Soumission d'Échantillons
Qu'est-ce que l'analyse multi-omique ?
Analyse multi-omique est une approche de biologie des systèmes qui intègre plusieurs couches moléculaires—génomique, transcriptomique, épigénomique, protéomique, et métabolomique—pour générer une vue d'ensemble des mécanismes biologiques. Contrairement aux études de mono-omique qui se concentrent sur un seul domaine moléculaire, multi-omiques capture les interactions entre les gènes, les transcrits, les protéines et les métabolites, permettant une modélisation plus précise de la fonction biologique, de la progression de la maladie et de la réponse thérapeutique.
Que vous découvriez des circuits réglementaires dans le cancer, que vous optimisiez des traits de culture ou que vous profiliez des interactions hôte-microbe, l'analyse des données multi-omiques offre une compréhension plus profonde et plus reproductible du système.
Avantages clés des approches multi-omiques :
- Décode des interactions complexes au-delà des limites de l'uni-omique.
- Valide les résultats à travers les couches biologiques pour une précision améliorée.
- Permet la découverte de biomarqueurs multimodaux et de signatures de voies.
- Offre une haute sensibilité pour détecter des cibles critiques à faible abondance.
- Soutient à la fois la recherche basée sur des hypothèses et la recherche exploratoire.
Pourquoi la multi-omique transforme la bioscience moderne
L'intégration de données omiques diversifiées est devenue essentielle tant dans les milieux académiques qu'industriels. De découverte biomédicale à génomique agricole et sciences de l'environnement, intégration multi-omiques permet des conclusions de recherche plus précises, accélérant l'innovation et réduisant le risque de développement.
Recherche biomédicale et développement de médicaments
- Identifier des facteurs spécifiques à la maladie à travers les couches génomiques, transcriptomiques et épigénomiques.
- Prédire les cibles thérapeutiques et les mécanismes de résistance
- Suivre la réponse au traitement et la modulation immunitaire à l'aide d'omics longitudinaux
Études sur les plantes, le microbiome et l'environnement
- Améliorer la tolérance au stress et les traits de rendement grâce à un élevage guidé par l'omics
- Dévoiler les interactions sol–plante–microbiome en utilisant l'intégration des amplicons et de la métabolomique
Surveiller les polluants environnementaux grâce à un profilage biomoléculaire multi-niveaux.
Stratégies d'intégration multi-omiques
Transcriptomique + Métabolomique
Cette stratégie à double couche relie l'expression génique aux changements métaboliques en aval, offrant à la fois des perspectives causales et phénotypiques. Idéal pour :
- Études sur la croissance et le développement
- Profilage de la réponse immunitaire
- Recherche sur la résistance au stress
- Découverte de biomarqueurs dans les maladies chroniques
Transcriptomique + Protéomique
Explorez l'ensemble de la cascade de régulation des gènes en analysant l'expression des ARNm et des protéines ensemble. Cette approche capture à la fois l'activité transcriptionnelle et la modulation post-transcriptionnelle, révélant des événements régulateurs cachés.
- Révéler les goulets d'étranglement de la traduction et les voies compensatoires.
- Comparer les corrélations gène-protéine sous stress ou maladie.
- Améliorer la validation des biomarqueurs avec des preuves au niveau des protéines
Épigénomique + Transcriptomique + Génomique
Cette approche tri-omique offre une vue panoramique de la régulation génétique, reliant les variantes de séquence, les modifications épigénétiques (comme la méthylation de l'ADN et les marques d'histones) et l'expression génique en aval.
- Cartographier les régions régulatrices contrôlant l'activation des gènes.
- Caractériser les sous-types de cancer et les stades de développement.
- Identifier des variants liés à des maladies dans les régions non codantes.
Outils populaires :
WGBS, RRBS, ChIP-seq, RNA-seq, et séquençage du génome entier (SGE)
Séquençage d'amplicons + Métabolomique
Conçu spécialement pour les études sur le microbiome, cette combinaison révèle comment les populations microbiennes influencent le métabolisme de l'hôte ou de l'environnement.
- Étudier la modulation du microbiome intestinal des voies immunitaires de l'hôte.
- Suivre les communautés microbiennes du sol responsables du cycle de l'azote.
- Identifier des métabolites microbiens corrélés à des états pathologiques.
Exemple de cas d'utilisation :
Liaison Séquençage de l'ARNr 16S de la flore intestinale avec des changements métabolomiques dans la production d'acides gras à chaîne courte.
Chaque projet est soutenu par une équipe de bioinformatique dédiée qui vous aidera à :
- Sélectionner des combinaisons omiques optimales
- Concevez une étude qui soutient à la fois la découverte et la validation.
- Intégrer des données publiques (par exemple, TCGA, GEO) pour améliorer l'interprétabilité.
Bioinformatique et analyse de données personnalisées
Des données multi-omiques brutes à l'insight biologique
Chez CD Genomics, nous reconnaissons que le séquençage n'est que la première étape. La véritable valeur de analyse multi-omique se trouve dans le interprétation des données—traduire des téraoctets d'informations brutes en significations biologiques exploitables. C'est là que notre solutions bioinformatiques personnalisées Entrez.
Notre équipe d'experts—composée de biologistes moléculaires, de statisticiens et de scientifiques des données—travaille main dans la main avec vous pour adapter chaque étape analytique, garantissant votre analyse de données multi-omiques s'aligne avec votre hypothèse biologique, votre conception d'étude et vos objectifs de publication.
Pourquoi la bioinformatique personnalisée est importante
Les workflows standardisés peuvent négliger des événements réglementaires subtils ou des interactions à l'échelle du système. CD Genomics propose des pipelines entièrement personnalisés pour :
- Intégrer des ensembles de données hétérogènes (par exemple, RNA-seq + ChIP-seq + LC-MS)
- Aligner les données omiques avec des bases de données publiques (TCGA, GEO, ENCODE)
- Construire des réseaux régulatoires et métaboliques
- Découvrir des gènes pilotes, des interrupteurs épigénétiques et des cibles thérapeutiques.
- Corréler les signatures moléculaires avec les phénotypes cliniques ou la réponse au traitement.
Notre approche équilibre la pertinence biologique et la rigueur statistique, fournissant des résultats qui sont reproductibles, éclairants et prêts pour une évaluation par les pairs.
Capacités analytiques fondamentales
| Type d'analyse | Livrables clés |
|---|---|
| Expression différentielle / Abondance | Graphiques en volcan, cartes de chaleur, tableaux de variations de fold |
| Intégration Multi-Omique | MOFA, matrices de corrélation, analyse de clusters |
| Enrichissement des voies et GO | KEGG, Reactome, STRING, GSEA |
| Construction de réseau | Réseaux de gènes TF, cartes d'interaction des protéines |
| Méthylation et Profilage Épigénétique | DMRs, cartes d'accessibilité de la chromatine (ATAC-seq) |
| Découverte de biomarqueurs | Marqueurs prédictifs liés à la maladie, aux traits ou à la réponse |
| Extraction de données publiques | Réannotation et co-analyse des données GEO/TCGA |
| Cartographie des associations cliniques | Analyse de survie, infiltration immunitaire, évaluation des risques |
Flux de travail
Pourquoi choisir CD Genomics ?
Un partenaire de confiance pour la découverte multi-omique
Infrastructure technologique avancée
- Plateformes de séquençage : Illumina NovaSeq, PacBio Sequel II, MGI DNBSEQ et Oxford Nanopore.
- Prêt pour le multi-omique : Du WGS et RNA-seq au ChIP-seq, ATAC-seq, LC-MS/MS et RRBS
- Automatisation et Débit : Capacité à volume élevé pour des études omiques à grande échelle
Équipe d'experts en bioinformatique et biologie des systèmes
- Spécialistes interfonctionnels en oncologie, microbiologie, sciences des plantes et science des données.
- Pipelines personnalisés pour l'intégration de données multi-omiques, l'exploration de bases de données publiques (TCGA, GEO) et l'interprétation des voies.
- Rapport de qualité publication avec visualisations et analyses réglementaires
Écosystème de services flexible et de bout en bout
- Soutien pour des projets de mono-omique et de multi-omique à toutes les étapes.
- Flux de travail tout-en-un : QC des échantillons → préparation de la bibliothèque → séquençage → QC des données → intégration → rapport
- Co-développement de stratégies de données pour de nouvelles cibles, recherche translationnelle et planification de publications.
Interprétation des données à fort impact
- Incorporez des métadonnées cliniques, des contrôles expérimentaux et des corrélations phénotypiques.
- Utilisation d'outils avancés : MOFA, DESeq2, STRING, KEGG, Cytoscape et algorithmes d'apprentissage automatique.
- Des indicateurs de qualité normalisés et des cadres de reproductibilité intégrés dans chaque projet.
Soutien axé sur les chercheurs
- Des chefs de projet bilingues et des consultants titulaires d'un doctorat disponibles tout au long du projet.
- Assistance à la préparation de manuscrits SCI, à la soumission d'articles et aux réponses aux évaluations par les pairs.
- Partenariats à long terme avec des CRO, des laboratoires académiques et des innovateurs pharmaceutiques.
Vitrine d'affiches téléchargeables
RNA-seq, ATAC-seq et criblage CRISPR
Alimenter la recherche sur les cellules T CAR grâce à la multi-omique
Découvrez comment les données transcriptomiques, épigénomiques et de dépistage fonctionnel intégrées révèlent les mécanismes de l'épuisement des cellules T.
Intégration de ChIP-seq et RNA-seq
Mécanismes de décodage dans les cellules souches du cancer du pancréas
Explore comment le profilage dual-omique identifie les régulateurs épigénétiques et les changements transcriptionnels dans les populations de CSC.
Exigences d'échantillon
Processus rationalisé. Résultats de haute qualité.
Nous acceptons les types d'échantillons suivants pour les projets multi-omiques :
- Génomique : ADN génomique (≥1 μg, OD260/280 = 1,8–2,0)
- Transcriptionomique : ARN total (≥2 μg, RIN ≥7)
- Épigénomique : extraits d'ADN ou de chromatine de haute qualité
- Protéomique : Lysats de cellules/tissus ou protéines purifiées (≥100 μg)
- Métabolomique : Biofluides, tissus, pellets microbiens (flash-congelés, ≥100 mg ou 200 μL)
Veuillez consulter notre équipe technique pour les exigences spécifiques aux espèces ou les formats personnalisés.
FAQs : Service Multi-Omics
Q1 : Quels types d'omics peuvent être intégrés dans un même projet ?
Nous soutenons des combinaisons flexibles de génomique, transcriptomique, épigénomique, protéomique et métabolomique. Vous pouvez choisir 2 à 5 couches en fonction de votre question biologique et de vos objectifs de projet.
Q2 : Puis-je fournir mes propres données de séquençage pour l'intégration ?
Oui. Nous acceptons des ensembles de données externes dans des formats standards et pouvons les intégrer avec des données omiques nouvellement générées ou des bases de données publiques (par exemple, TCGA, GEO) dans le cadre d'un plan d'analyse personnalisé.
Q3 : Quels types de questions de recherche la multi-omique peut-elle aider à répondre ?
L'analyse multi-omique est idéale pour découvrir les mécanismes régulateurs, identifier des biomarqueurs, profiler les sous-types de maladies, comprendre les réponses au stress ou immunitaires, et cartographier les interactions hôte-microbiome.
Q4 : Quels livrables vais-je recevoir ?
Vous recevrez un rapport complet avec des tableaux de données annotés, des graphiques interactifs, des diagrammes de voies, des cartes de réseau et des figures visuelles prêtes pour publication. Les fichiers de données brutes et traitées sont inclus.
Q5 : Comment garantissez-vous la qualité et la reproductibilité des données ?
Nous appliquons un contrôle qualité rigoureux à chaque étape : évaluation des échantillons, séquençage, prétraitement des données et modélisation statistique. La validation croisée à travers les couches omiques améliore la fiabilité et réduit le bruit.
Q6 : Pouvez-vous aider à la préparation de manuscrits ou à l'analyse en aval ?
Oui. Nous offrons un soutien optionnel pour la rédaction de manuscrits, le formatage des figures et les réponses aux évaluations par les pairs. Nous proposons également des services d'exploration de données et d'interprétation étendus sur demande.
Q7 : Comment devrais-je commencer un projet multi-omique ?
Contactez-nous simplement avec vos objectifs de projet et les types d'échantillons disponibles. Notre équipe scientifique vous aidera à concevoir la stratégie omique optimale et vous guidera dans la soumission des échantillons et la planification du flux de travail.
Voici quelques publications qui ont été publiées avec succès en utilisant nos services ou d'autres services connexes :
Les immunopéptidomes de classe I HLA des protéines de capside AAV
Journal : Frontières en Immunologie
Année : 2023
Séquence génomique complète de la souche SD-VA1 de Bifidobacterium adolescentis
Journal : Annonces de ressources en microbiologie
Année : 2020
Caractérisation de Salmonella à partir de porc de détail en utilisant le séquençage du génome entier
Journal : Frontières en Microbiologie
Année : 2022
La méthylation de l'ADN prédit la recombinaison chez le riz en utilisant le séquençage bisulfite de tout le génome.
Journal : Journal de la biologie intégrative des plantes
Année : 2023
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