Séquençage de bibliothèque préfabriquée

L'introduction de la séquençage de bibliothèque préfabriquée

CD Genomics accepte les bibliothèques préparées par les clients pour le séquençage. Vous pouvez soumettre les bibliothèques pour un test de QC complet et utiliser notre service de séquençage uniquement. Nous fournissons les plateformes de séquençage les plus avancées et puissantes avec différentes capacités et longueurs de lecture pour s'adapter à n'importe quelle échelle de projet, budget et délai. Notre bibliothèque QC garantit une génération de clusters optimale et un rendement maximal de données pour chaque course. Différents échantillons peuvent être multiplexés et séquencés ensemble tant qu'ils ont la même longueur de lecture. Notre équipe hautement expérimentée offre des consultations sur les meilleurs séquenceurs pour différents objectifs de recherche. Nous proposons également un ajout gratuit de PhiX, le démultiplexage (FASTQ) et le transfert de données via FTP.

Le séquençage de bibliothèques préfabriquées est un séquençage à haut débit technique utilisée pour l'analyse systématique du génome, du transcriptome ou d'autres séquences d'acides nucléiques d'échantillons biologiques. Elle implique la préparation des acides nucléiques de l'échantillon en bibliothèques, suivie du séquençage à l'aide de séquenceurs à haut débit, générant ainsi une vaste quantité de données de séquence pour une analyse ultérieure. Les bibliothèques préfabriquées consistent à fragmenter les acides nucléiques de l'échantillon avant le séquençage, et à travers une série de réactions biochimiques, à incorporer des séquences d'adaptateurs compatibles avec la plateforme de séquençage, les rendant adaptées aux séquenceurs à haut débit.

Si vous souhaitez en savoir plus sur le séquençage de bibliothèques préfabriquées, vous pouvez consulter notre article "L'introduction et le flux de travail du séquençage de bibliothèques préfabriquées."

Avantages du séquençage de bibliothèques préfabriquées

• Haut débit : Capable de générer une grande quantité de données de séquence dans un court laps de temps.
• Polyvalence : Applicable à divers types d'échantillons d'acides nucléiques (ADN, ARN, etc.).
• Flexibilité : Permet la recherche à différents niveaux tels que génomique, transcriptomique, épigénomique, etc.
• Précision : Séquençage à haut débit la technologie présente une grande précision et une large couverture.
• Expertise Fiable : Une équipe compétente vous accompagne à chaque étape du traitement des échantillons.
• Délai d'exécution rapide : Offre le délai d'exécution le plus rapide pour le traitement des échantillons, permettant une progression plus rapide du contrôle qualité à la diffusion des données et accélérant les délais de projet.

Application de séquençage de bibliothèques préfabriquées

• Génomique Recherche
• Transcriptomique Recherche
• Recherche en épigénétique
• Recherche en microbiomique
• Recherche en oncologie
• Recherche sur les maladies rares
• Recherche agricole et de reproduction
• … et plus encore

Flux de travail de séquençage de bibliothèque préfabriquée

La méthode d'inspection de la qualité des tailles et des concentrations de la bibliothèque est Qubit, bioanalyseur Agilent.

Spécifications de service

Exigences d'échantillon

Remarque : Les montants d'échantillons sont indiqués à titre de référence uniquement. Pour des informations détaillées, veuillez contactez-nous avec vos demandes personnalisées.

Stratégie de séquençage

Séquençage Illumina :

Séquençage Pacbio

Analyse bioinformatique

• Contrôle de la qualité des données
• Prétraitement des données
• Alignement
• Assemblée
• Détection de variantes
• Analyse de l'expression génique
• Annotation fonctionnelle
• … et plus encore

Remarque : Les sorties de données et les contenus d'analyse recommandés affichés sont à titre de référence uniquement. Pour des informations détaillées, veuillez contactez-nous avec vos demandes personnalisées.

Pipeline d'analyse

Livrables

• Les données de séquençage originales
• Résultats expérimentaux
• Rapport d'analyse des données
• Détails dans la séquence de bibliothèque préfabriquée pour votre écriture (personnalisation)

1. Quels types d'échantillons peuvent être utilisés pour le séquençage de bibliothèques préfabriquées ?

Pour le séquençage de bibliothèques préfabriquées, divers types d'échantillons sont utilisés, englobant :

• ADN génomique : Utilisé pour séquençage du génome entier (SGE) ou séquençage ciblé applications.
• ARN : Utilisé dans le séquençage du transcriptomeRNA-seq), englobant l'ARN total, l'ARNm et les petits ARN.
• cDNA : Utilisé pour le séquençage de l'ARN transcrit inverse dans des contextes spécifiques.

2. Comment la qualité de la bibliothèque préfabriquée est-elle évaluée ?

La qualité de la bibliothèque préfabriquée est évaluée par :

• Distribution de taille : Analyse de la distribution des tailles de fragments à l'aide d'un instrument tel que l'Agilent Bioanalyzer ou le TapeStation.
• Mesure de concentration : Quantification de la concentration de la bibliothèque à l'aide d'un fluoromètre Qubit ou d'une PCR quantitative (qPCR).
• Métriques de contrôle de qualité : Vérification des dimères d'adaptateurs, de la contamination et de la qualité globale à l'aide d'outils comme FastQC pour les données de séquençage brutes.

3. À quoi fait référence l'uniformité de la production des bibliothèques ?

Lors du séquençage, le volume de données de sortie des bibliothèques dans le même couloir reste uniforme par rapport à la quantité d'entrée de bibliothèque. Par exemple, en mélangeant 5 bibliothèques et en obtenant un total de 50 Go de données, il ne devrait pas y avoir de scénario où une bibliothèque produit 30 Go de données tandis qu'une autre n'en produit que 5 Go ; chaque bibliothèque devrait idéalement contribuer également à hauteur de 10 Go.

4. La séquençage de bibliothèques préfabriquées peut-il être utilisé pour l'analyse unicellulaire ?

Certainement, le séquençage de bibliothèques préfabriquées peut être réutilisé pour l'analyse des cellules uniques. Des techniques comme le séquençage d'ARN à cellule unique (scRNA-seq) impliquent l'isolement de cellules individuelles, la transcription inverse de l'ARN en cDNA, et la création de bibliothèques de séquençage à partir du cDNA de cellule unique résultant. Cette méthodologie permet d'explorer l'expression génique au niveau des cellules uniques, révélant des informations sur l'hétérogénéité cellulaire et la fonction.

Paysage des mutations somatiques dans 560 séquences de génome entier de cancer du sein

Journal : Nature

Facteur d'impact : 64,8001

Publié : 2 mai 2016

Contexte

La théorie mutationnelle du cancer postule que des altérations spécifiques de la séquence d'ADN, appelées mutations "conductrices", confèrent des avantages prolifératifs aux cellules, favorisant l'émergence de populations cellulaires malignes. Ces mutations peuvent résulter de divers mécanismes, englobant l'exposition à des mutagènes, des erreurs dans les mécanismes de réparation de l'ADN et des inexactitudes lors de la réplication de l'ADN. Les progrès technologiques, allant de l'analyse du caryotype à la haute capacité de traitement. Séquençage de l'ADN, a considérablement amélioré la délimitation des mutations associées au cancer. Néanmoins, l'attention prédominante a été dirigée vers les régions codantes des protéines, laissant des questions cruciales sans réponse concernant les mutations dans les régions non codantes et les processus mutagènes intrinsèques sous-jacents au cancer du sein. Pour combler ces lacunes dans les connaissances, nous avons mené une analyse approfondie de séquences de génome entier à partir de 560 cas de cancer du sein, s'efforçant d'obtenir une élucidation complète des mutations somatiques dans ce contexte.

Méthodes

Résultats

Les génomes complets de 560 cancers du sein et de tissus non néoplasiques appariés ont été séquencés, détectant de nombreuses mutations somatiques. En combinant des données provenant de diverses sources, de nouveaux gènes cancéreux ont été identifiés et des mutations conductrices ont été définies. Les réarrangements génomiques et les changements du nombre de copies ont également contribué à l'identification des mutations conductrices, TP53, PIK3CA et MYC étant parmi les gènes les plus fréquemment mutés.

Fig 1. Cohorte et catalogue des mutations somatiques dans 560 cancers du sein.

Nous avons exploré les mutations somatiques non codantes et identifié des mutations récurrentes dans le promoteur de PLEKHS1 liées aux signatures mutationnelles 2 et 13. Des mutations analogues ont été notées dans les promoteurs de TBC1D12 et WDR74, suggérant une hypermutabilité potentielle. De plus, des mutations ont été détectées dans les ARN non codants longs MALAT1 et NEAT1, bien que leur signification en tant que mutations conductrices reste incertaine.

Fig 2. Analyses non codantes des génomes du cancer du sein.

Conclusion

Des progrès vers une compréhension complète de la génétique du cancer du sein sont en cours, révélant de multiples signatures mutationnelles et impliquant de nombreux gènes cancéreux. Cependant, la rareté des gènes de fusion à action dominante et des mutations conductrices non codantes suggère des complexités supplémentaires. Pourtant, de nombreuses questions demeurent, y compris l'identification de gènes cancéreux supplémentaires et les rôles des virus ou des microbes. Une exploration plus approfondie des séquences génomiques complètes des patients atteints de cancer du sein est nécessaire pour élucider pleinement le paysage mutationnel somatique de la maladie.

Référence :

1. Nik-Zainal S, Davies H, Staaf J, et al. Paysage des mutations somatiques dans 560 séquences de génomes entiers de cancer du sein. Nature, 2016, 534(7605) : 47-54.