Directives de Soumission d'Échantillons
Transformez l'ADNcf plasmatique en preuves de recherche multicouches.
L'ADN libre circulant est une population d'ADN en courts fragments libérée dans le sang et d'autres biofluides. Dans les contextes de recherche, l'ADN libre circulant peut transporter des informations génomiques, épigénomiques, fragmentaires et contextuelles de l'échantillon. Cela le rend utile lorsque les équipes ont besoin de preuves moléculaires à partir d'échantillons de plasma ou d'autres biofluides, en particulier lorsque l'échantillonnage tissulaire est limité ou que des échantillons répétés sont importants.
Notre plateforme de détection et d'analyse de cfDNA est conçue pour vous aider à passer de la planification des échantillons à des résultats interprétables. Nous aidons votre équipe à choisir la bonne méthode d'analyse, à appliquer un contrôle qualité spécifique au cfDNA, à générer des données de séquençage et à organiser les résultats dans un rapport que votre équipe de R&D peut réellement utiliser.
Pourquoi l'ADNcf est plus qu'un simple signal de mutation
De nombreuses équipes pensent d'abord au cfDNA comme à la détection de mutations de ctDNA. C'est un cas d'utilisation important, mais le cfDNA peut fournir des preuves de recherche plus larges.
Selon le projet, l'ADNcf peut être utilisé pour étudier :
- SNVs et indels
- Changements du nombre de copies
- Modèles de méthylation
- Distribution de la taille des fragments
- Motifs de fin de fragment
- Empreintes liées aux nucléosomes
- Changements de signal longitudinaux
- Preuves liées aux vecteurs ou aux sites d'intégration
- Recherche de déconvolution d'origine tissulaire ou de type cellulaire
Cette vision élargie est importante pour la découverte de biomarqueurs en oncologie, la recherche translationnelle, la recherche sur la sécurité des thérapies géniques et cellulaires, les études précliniques et l'analyse d'échantillons en série.
Où cette plateforme s'inscrit-elle dans la recherche translationnelle et en thérapie génique et cellulaire ?
Une plateforme cfDNA est particulièrement utile lorsque votre projet nécessite des informations moléculaires à partir du plasma ou d'autres biofluides, lorsque l'échantillonnage tissulaire est difficile, ou lorsque plusieurs points temporels doivent être comparés dans un cadre d'analyse cohérent.
Nous soutenons des questions de recherche telles que :
- Quelles caractéristiques de l'ADNc circulant diffèrent entre les groupes d'étude ?
- Les signaux de mutation ou de CNV sont-ils détectables dans des échantillons de plasma en série ?
- Les motifs de méthylation suggèrent-ils des changements d'origine tissulaire ou de type cellulaire ?
- Les caractéristiques fragmentomiques sont-elles utiles pour la comparaison d'échantillons ?
- La cfDNA plasmatique peut-elle soutenir le suivi longitudinal préclinique ?
- Une analyse liée aux vecteurs est-elle nécessaire pour la recherche sur la CGT ou la thérapie génique ?
Pour un contexte de recherche sur la biopsie liquide plus large, notre Solutions de biopsie liquide la page fournit des informations supplémentaires sur le service.
Ce que nous pouvons détecter et analyser à partir de l'ADNc
L'analyse de l'ADN circulant fonctionne mieux lorsque la plateforme est modulaire. Certaines études nécessitent la détection de mutations ciblées. D'autres ont besoin d'un séquençage génomique à faible couverture pour les CNV ou la fragmentomique. Certaines requièrent un profilage de méthylation ou une comparaison d'échantillons en série. Les projets de CGT peuvent également nécessiter une analyse liée aux vecteurs.
Nous aidons votre équipe à sélectionner la couche d'analyse qui correspond à la question de recherche au lieu de forcer chaque projet dans le même flux de travail.
Détection des mutations et des petites variantes
Le séquençage cfDNA ciblé peut soutenir la recherche axée sur des gènes connus, des hotspots ou des régions génomiques personnalisées. Il est particulièrement utile lorsque la question de recherche implique des SNV, des indels, des variants sélectionnés ou des régions de biomarqueurs définies.
- Tables de variantes
- Lire les résumés de support
- Estimations de la fraction allélique lorsque cela est applicable.
- Résumés de couverture
- Aperçu des variants au niveau de l'échantillon
- Notes de rapport pour l'interprétation de la recherche
Cette approche est bien adaptée lorsque votre équipe connaît déjà les régions génomiques qui importent.
Analyse du nombre de copies et du signal à l'échelle du génome
Des approches génomiques à large bande passante, telles que le WGS, peuvent être utilisées lorsque la question de recherche implique des CNV, des CNA, un déséquilibre génomique large ou une analyse cfDNA multi-caractéristiques.
- Graphiques de CNV ou CNA à l'échelle du génome
- Tableaux de nombres de copies au niveau des segments
- Résumé des signaux au niveau des chromosomes
- Notes de contrôle qualité sur la couverture et le bruit
- Intégration avec la fragmentomique lorsque cela est approprié.
Le WGS à faible passage peut également soutenir la fragmentomique cfDNA lorsque l'étude est conçue autour de caractéristiques fragmentaires à l'échelle du génome.
Recherche sur la méthylation et l'origine tissulaire
Le profilage de la méthylation de l'ADN circulant (cfDNA) peut aider les chercheurs à étudier les motifs épigénétiques, les signaux d'origine tissulaire ou la déconvulsion des types cellulaires dans des contextes de recherche. Cela peut être utile lorsque la variation de séquence à elle seule ne fournit pas suffisamment de contexte biologique.
- Tableaux de signaux de méthylation
- Résultats de méthylation différentielle lorsque cela est applicable
- Matrices de caractéristiques pour la modélisation en aval
- Résultats de recherche sur la déconvolution d'origine tissulaire ou de type cellulaire lorsqu'ils sont soutenus par la conception.
- Résumé visuel des motifs de méthylation
Fragmentomique et caractéristiques liées aux nucléosomes
La fragmentomique de cfDNA examine les propriétés des fragments de cfDNA plutôt que seulement leur séquence. Ces caractéristiques peuvent inclure la longueur des fragments, les rapports de fragments courts à longs, les motifs d'extrémité, les modèles de points de rupture, les empreintes liées aux nucléosomes et les modèles de fragmentation à l'échelle du génome.
CD Genomics fournit Service de Fragmentomique cfDNA par Séquençage WGS à Faible Couverture pour des projets où les caractéristiques au niveau des fragments sont centrales.
- Distribution de la taille des fragments
- Rapports de longueur de fragment
- Motifs de fin
- Caractéristiques de l'empreinte liées aux nucléosomes
- Résumés de fragmentation à l'échelle du génome
- Matrices de caractéristiques pour l'analyse en aval
Suivi longitudinal et comparaison d'échantillons en série
De nombreuses études sur l'ADN circulant (cfDNA) deviennent plus informatives lorsque plusieurs points temporels sont inclus. Des échantillons de plasma sériels peuvent aider les chercheurs à comparer les variations de signal au fil du temps, entre différentes conditions ou entre des groupes d'étude.
- Tables de caractéristiques au niveau des points temporels
- Graphiques de tendance des variantes ou des CNV
- Résumé des tendances en méthylation ou en fragmentomique
- Visualisation de la distance entre échantillons
- Cartes thermiques longitudinales
- Notes d'interprétation de la recherche
Nous n'interprétons pas de manière excessive les données cfDNA en série. Notre objectif est d'organiser clairement les tendances moléculaires afin que votre équipe puisse décider quels modèles méritent un examen plus approfondi.
Applications de recherche liées aux vecteurs et à l'intégration des sites
Pour la CGT, la thérapie génique ou la recherche sur la thérapie cellulaire in vivo, l'ADNc peut soutenir des questions spécialisées liées aux séquences dérivées des vecteurs, aux preuves de jonction vecteur-génome ou à la recherche sur les sites d'intégration.
Ceci est un module de la plateforme, pas la plateforme entière.
- Détection de séquences liées aux vecteurs
- Revue des jonctions vecteur-génome
- Cartographie des sites d'intégration où cela est techniquement supporté.
- Analyse de la tendance de l'abondance clonale
- Comparaison longitudinale entre des échantillons de plasma
- Rapports de recherche pour les discussions sur l'évaluation de la sécurité
Ce module ne doit être sélectionné que lorsque la question de recherche nécessite des preuves liées aux vecteurs.
Notre avantage de capacité de plateforme pour les projets cfDNA
Les projets de cfDNA sont techniquement sensibles. La manipulation des échantillons, le rendement en cfDNA, le biais de bibliothèque, la stratégie des codes-barres moléculaires, la profondeur de séquençage et le prétraitement bioinformatique peuvent tous influencer l'interprétation. Nous vous aidons à planifier ces détails avant le début de la génération de données, car le meilleur rapport commence par le bon design d'étude.
Planification en laboratoire humide spécifique à l'ADNcf
Le cfDNA est souvent de faible quantité et fragmenté. Il peut également être affecté par l'hémolyse, la contamination par l'ADN génomique, les conditions de séparation du plasma, le stockage et l'historique de congélation-dégel.
- Revue du type d'échantillon
- Considérations pour la préparation du plasma
- stratégie d'extraction de cfDNA
- Revue de faisabilité des entrées
- Contrôle de la taille des fragments
- vérification de la contamination par l'ADNg
- Sélection de la stratégie de bibliothèque
- Examen des métadonnées échantillon
L'objectif est simple : réduire la variabilité évitable avant le début du séquençage.
Stratégie NGS adaptée à la question de recherche
Il n'existe pas de test cfDNA unique qui réponde à toutes les questions. Un panel ciblé, un séquençage génomique à faible couverture, un flux de travail de méthylation, un design de fragmentomics ou un module spécialisé peuvent être appropriés en fonction du projet.
- Question ciblée vs question à l'échelle du génome
- Mutation vs caractéristique épigénétique
- Conception à un seul point dans le temps vs conception longitudinale
- Oncologie vs CGT vs recherche préclinique
- Biomarqueur connu vs question de découverte
- Besoin d'une analyse de consensus prenant en compte les codes-barres moléculaires
- Sorties de rapport requises
Cela aide à garder le projet concentré et évite de dépenser des échantillons ou un budget sur des couches de données qui ne répondront pas à la question principale.
Bioinformatique qui transforme les lectures de cfDNA en preuves examinables
Les données de séquençage de cfDNA nécessitent un traitement minutieux. Les pipelines génériques de l'ADN tissulaire peuvent ne pas traiter pleinement les biais spécifiques au cfDNA, les caractéristiques des fragments, le signal à faible entrée ou la comparaison d'échantillons en série.
- Revue de l'alignement et de la couverture
- génération de consensus prenant en compte les codes-barres moléculaires lorsque cela est applicable
- Appel de variantes ou analyse de CNV/CNA
- Traitement du signal de méthylation
- Extraction de caractéristiques en fragmentomique
- Comparaison longitudinale
- Analyse spécialisée liée aux vecteurs
- Notes de QC et d'interprétation
Nous structurons les résultats de manière à ce que les scientifiques et les bioinformaticiens puissent examiner les preuves derrière les chiffres.
Portée flexible sans surdimensionner l'étude
Une plateforme large ne signifie pas que chaque projet a besoin de chaque module. Nous vous aidons à éviter une complexité inutile tout en maintenant l'étude suffisamment solide pour répondre à la question de recherche.
- Utilisez le séquençage cfDNA ciblé pour des variants ou des régions définis.
- Utilisez le WGS passe-bas pour CNV/CNA ou fragmentomique.
- Utilisez le profilage de méthylation pour la recherche épigénétique ou d'origine tissulaire.
- Utilisez la fragmentomique lorsque les caractéristiques au niveau des fragments sont importantes.
- Utilisez un design longitudinal lorsque des échantillons en série constituent le cœur de l'étude.
- Ajoutez une analyse liée aux vecteurs uniquement lorsque la question de recherche l'exige.
Flux de détection de cfDNA avec points de contrôle de qualité
Notre flux de travail suit l'échantillon depuis la conception de l'étude jusqu'au rapport final. Chaque étape comprend un point de contrôle de qualité car les données cfDNA sont fortement influencées par la manipulation pré-analytique, la stratégie de bibliothèque, la qualité du séquençage et les choix d'analyse.
Étape 1 — Revue de la conception de l'étude et de la portée de l'essai : Nous commençons par examiner la question biologique et décider quels modules de cfDNA sont appropriés. Nous pouvons demander la source de l'échantillon, le modèle de maladie ou le contexte de recherche, le type de plasma ou de biofluide, le design à un seul point temporel ou longitudinal, les régions ciblées ou les besoins d'analyse à l'échelle du génome, les objectifs de méthylation ou de fragmentomique, les exigences de recherche liées à la CGT ou aux vecteurs, la disponibilité de tissus appariés ou de normales appariées, et le format des données existantes si une réanalyse est demandée. Point de contrôle QC : Nous confirmons que la stratégie d'analyse correspond à la question de recherche et au type d'échantillon disponible.
Étape 2 — Prélèvement d'échantillons de plasma / biofluides et extraction de l'ADNc. Les échantillons de plasma ou d'autres biofluides sont examinés avant l'extraction. Si du sang total est soumis pour la préparation de plasma, le type de tube de collecte et les conditions de traitement doivent être examinés à l'avance. L'extraction de l'ADNcf se concentre sur la récupération de courts fragments d'ADN tout en réduisant la contamination par l'ADN génomique de haut poids moléculaire. Point de contrôle QC : Nous examinons l'état de l'échantillon, le volume, le risque d'hémolyse, la faisabilité d'extraction et la complétude des métadonnées.
Étape 3 — QC de l'ADNc et sélection de la stratégie de bibliothèque : Après l'extraction, la qualité de l'ADNcf est examinée avant la construction de la bibliothèque. La distribution de la taille des fragments, le rendement et le risque de contamination par l'ADNg peuvent affecter les performances en aval. La conception de la bibliothèque dépend du module d'analyse, y compris le séquençage ciblé de l'ADNcf, le WGS à faible couverture, le profilage de la méthylation, la fragmentomique, l'analyse des variants tenant compte des codes-barres moléculaires, ou l'analyse spécialisée liée aux vecteurs. Point de contrôle QC : Nous vérifions si la qualité et l'entrée de l'ADNc libre circulant (cfDNA) sont adaptées à la stratégie de bibliothèque choisie.
Étape 4 — Séquençage et contrôle qualité des données primaires : Le séquençage génère les données brutes utilisées pour l'analyse en aval. Le contrôle de qualité peut inclure la qualité des lectures, le taux de cartographie, le niveau de duplication, le profil de couverture, le taux sur cible lorsque cela est applicable, la structure de la famille de codes-barres moléculaires lorsque cela est applicable, et la révision de l'identité de l'échantillon. Point de contrôle QC : Nous évaluons si les données de séquençage sont adaptées au module d'analyse prévu.
Étape 5 — Analyse bioinformatique et livraison du rapport : La bioinformatique convertit les données de séquençage de cfDNA en résultats exploitables. L'analyse peut inclure la détection de variants, l'analyse des CNV/CNA, le profilage de méthylation, l'extraction de caractéristiques fragmentaires, la comparaison longitudinale ou une analyse spécialisée liée aux vecteurs. Le rapport final organise les méthodes, les résultats de contrôle qualité, les tableaux de caractéristiques, les figures et les notes d'interprétation. Votre équipe reçoit à la fois les résultats des données et un résumé structuré pour l'examen de la R&D. Point de contrôle QC : Avant la livraison, nous vérifions la cohérence des métadonnées, des résumés de contrôle qualité, des tableaux de résultats, des figures et de l'interprétation finale.
Exigences d'échantillon pour les projets de détection de cfDNA
Les exigences d'échantillon dépendent du type d'essai, de la conception du projet, de la source de biofluide et du rendement attendu en cfDNA. Les exigences finales doivent être confirmées après l'examen du projet.
| Type d'échantillon | Entrée recommandée | Conteneur de collecte | Expédition | Points de contrôle QC | Remarques |
|---|---|---|---|---|---|
| cfDNA plasmatique | Entrée confirmée après révision du projet. | tube compatible avec l'ADNcf ou aliquote de plasma | Chaîne du froid ou glace carbonique comme conseillé. | rendement de cfDNA, taille des fragments, contamination par l'ADN génomique (gDNA) | Fournir le modèle de maladie, le point temporel et le module d'essai prévu. |
| Sang total pour la préparation de plasma | Volume de collecte confirmé après examen du projet | Tube de stabilisation EDTA ou cfDNA comme conseillé. | La condition dépend du type de tube et du plan de traitement. | Hémolyse, temps de traitement, qualité de séparation du plasma | Utilisez lorsque le soutien à la préparation du plasma est nécessaire. |
| Plasma de modèle animal | Entrée confirmée après révision du projet. | Spécifique au projet | Chaîne du froid ou glace carbonique comme conseillé | Volume plasmatique, rendement cfDNA, taille des fragments | Utile pour les études longitudinales précliniques |
| Autres biofluides | Faisabilité confirmée après examen de l'échantillon. | Spécifique au projet | Comme conseillé | récupération de cfDNA, risque d'inhibiteur, compatibilité de la matrice d'échantillon | Inclure uniquement après examen de la faisabilité technique. |
| Données de séquençage existantes | FASTQ/BAM plus métadonnées | Fichiers numériques | Transfert de fichiers sécurisé | Intégrité des fichiers, exhaustivité des métadonnées, compatibilité des références | Utile pour la réanalyse ou les avis d'experts en bioinformatique. |
Pour les projets d'échantillonnage en série, la cohérence est essentielle. Les différences dans le type de tube, le temps de traitement, le stockage, la méthode d'extraction et la stratégie de séquençage peuvent créer des effets de lot qui compliquent l'interprétation.
Analyse bioinformatique et livrables
La partie "analyse" d'une plateforme cfDNA n'est pas optionnelle. La valeur du projet dépend de la manière dont les données de séquençage sont transformées en résultats structurés et examinables.
Livrables minimums
- Fichiers de séquençage bruts
- Résumé de l'AC et de la bibliothèque des échantillons
- Résumé de la taille / qualité des fragments de cfDNA
- Résumé de l'alignement et de la couverture
- Tableaux de résultats spécifiques à l'essai
- Table des variantes lorsque cela est applicable
- Résumé CNV/CNA lorsque applicable
- Profil de méthylation lorsque cela est applicable
- Table des caractéristiques de fragmentomique lorsque cela est applicable.
- Graphiques de comparaison longitudinale lorsque cela est applicable
- Rapport final avec méthodes, contrôle qualité, résultats et notes d'interprétation.
Options supplémentaires par question de recherche
- analyse de consensus prenant en compte les codes-barres moléculaires
- Soutien à la conception de panneaux ciblés
- Fragmentomique WGS à faible fréquence
- Profilage de méthylation
- Recherche de déconvolution par tissu d'origine ou type cellulaire
- Analyse CNV/CNA
- Analyse des tendances longitudinales
- Module lié aux vecteurs ou module de site d'intégration
- Tissu apparié ou comparaison normale appariée
- Soutien pour le panel de biomarqueurs personnalisé
- Matrice de données prête pour la modélisation multi-fonctionnelle
Comment les résultats sont organisés pour la revue R&D
Nous organisons les résultats de cfDNA autour de la question à laquelle votre équipe doit répondre.
- Les projets axés sur les variantes reçoivent des tableaux de variantes, des résumés de couverture et des notes de confiance.
- Les projets CNV/CNA reçoivent des graphiques à l'échelle du génome et des tableaux au niveau des segments.
- Les projets de méthylation reçoivent des profils de méthylation, des matrices de caractéristiques ou des résultats de déconvolution lorsque cela est pris en charge.
- Les projets de fragmentomique reçoivent des sorties liées à la longueur des fragments, au motif d'extrémité, aux nucléosomes ou à plusieurs caractéristiques.
- Les projets longitudinaux reçoivent des graphiques de tendance au niveau des points de temps et des résumés de comparaison d'échantillons.
- Les projets liés aux vecteurs reçoivent des tableaux de preuves spécifiques aux modules lorsqu'ils sont techniquement soutenus.
Nous évitons les affirmations non étayées. Le rapport est rédigé pour soutenir l'interprétation de la recherche et la planification du suivi.
Choisir la bonne stratégie cfDNA : panel ciblé, WGS à faible couverture, méthylation, fragmentomique ou analyse spécialisée.
Un projet cfDNA solide commence par le choix du bon test. La meilleure stratégie dépend du type de caractéristique, de la quantité d'échantillons, de l'objectif de recherche et de la profondeur d'analyse requise.
| Stratégie | Question biologique répondue | Meilleur type d'échantillon | Forces | Limitations | Livrables typiques |
|---|---|---|---|---|---|
| Séquençage cfDNA ciblé | Des variantes connues ou des régions sélectionnées sont-elles détectables ? | cfDNA plasmatique | Axé, efficace, compatible avec les questions de biomarqueurs définies. | Limité à certaines régions | Table des variantes, résumé de la couverture, fraction allélique le cas échéant. |
| Filtre passe-bas WGS | Les caractéristiques CNV/CNA à l'échelle du génome ou de fragmentomique sont-elles informatives ? | cfDNA plasmatique | Vue à l'échelle du génome, prend en charge les CNV et les caractéristiques au niveau des fragments. | Résolution inférieure pour les petites variantes | Graphiques CNV/CNA, caractéristiques de fragmentomique |
| profilage de la méthylation de l'ADN circulant | Les motifs de méthylation suggèrent-ils des signaux épigénétiques ou d'origine tissulaire ? | cfDNA plasmatique | Capture des informations épigénétiques | Nécessite un workflow de méthylation approprié et une stratégie de référence. | Matrice de méthylation, tableau DMR, sorties de déconvolution le cas échéant. |
| fragmentomique de cfDNA | Les caractéristiques de la taille des fragments, du motif de terminaison ou liées aux nucléosomes sont-elles informatives ? | Données cfDNA plasmatique / WGS à faible couverture | Ajoute une couche de fonctionnalités au-delà des variantes de séquence. | Sensible aux choix de bibliothèque et de prétraitement | Taille de fragment, motif, empreinte, matrice de caractéristiques |
| Panneau ctDNA standard | Les variants associés à l'oncologie sont-ils présents dans un panel prédéfini ? | cfDNA plasmatique | Approche biomarqueur en oncologie ciblée | Pas conçu pour des recherches cfDNA multi-fonctionnelles étendues. | Rapport du panel, résumé des variantes |
| Analyse de l'ADN tissulaire | Quel est le contexte génomique spécifique aux tissus ? | ADN tissulaire | Preuves tissulaires locales | Biopsie liquide non sérielle | Variante, CNV, méthylation ou autres résultats basés sur les tissus |
| Analyse de l'ADN gDNA / ADN cellulaire | Qu'est-ce qui est présent dans un produit cellulaire ou un échantillon cellulaire ? | ADN cellulaire | Utile pour des preuves génomiques au niveau du produit. | Surveillance cfDNA non basée sur le sang | Résultats génomiques au niveau du produit |
| Module d'intégration spécialisé | Des preuves de jonction vecteur-génome sont-elles nécessaires ? | Échantillons de cfDNA ou d'ADN dépendants du projet | Soutient les questions de recherche liées à la CGT/vector. | Pas nécessaire pour la plupart des projets cfDNA. | Table d'intégration du site, preuves de jonction, analyse des tendances lorsque cela est soutenu. |
Règles de sélection par question de recherche
- Utilisez le séquençage cfDNA ciblé lorsque des variants connus ou des régions génomiques définies sont la question centrale.
- Utilisez WGS à faible passage lorsque des CNV/CNA à l'échelle du génome ou de la fragmentomique sont nécessaires.
- Utilisez le profilage de méthylation lorsque l'origine tissulaire ou la découverte de biomarqueurs épigénétiques est importante.
- Utilisez la fragmentomique lorsque la taille des fragments, le motif de terminaison, l'empreinte des nucléosomes ou la modélisation multi-caractéristiques sont importants.
- Utilisez un design longitudinal lorsque des échantillons de plasma en série sont centraux au projet.
- Utilisez l'analyse des sites d'intégration liés aux vecteurs uniquement lorsque la question de recherche implique des preuves de jonction vecteur-génome.
- Utilisez l'analyse de l'ADN tissulaire ou cellulaire lorsque le contexte tissulaire local ou des preuves génomiques au niveau du produit sont nécessaires.
- Évitez de surdimensionner une plateforme multi-modules si la question du projet peut être résolue avec un essai ciblé.
Applications en oncologie, CGT, thérapie génique et recherche translationnelle
La plateforme de détection et d'analyse de l'ADNcf peut soutenir un large éventail de programmes de recherche. Nous adaptons la stratégie d'analyse à la question biologique plutôt que de forcer chaque projet dans le même flux de travail.
Découverte de biomarqueurs en oncologie
Le cfDNA peut soutenir la recherche sur les variants associés aux tumeurs, les signaux CNV/CNA, les motifs de méthylation, la fragmentomique ou la découverte de biomarqueurs multi-caractéristiques. La plateforme peut être adaptée pour des régions cibles définies ou des flux de travail orientés vers la découverte plus larges.
Recherche sur la méthylation et l'origine tissulaire
Le profilage de la méthylation peut soutenir la recherche sur l'origine des tissus et la déconvulsion des types cellulaires lorsque l'essai et la stratégie de référence sont appropriés. Cela peut être utile lorsque la variation génomique à elle seule ne fournit pas suffisamment de contexte biologique.
Fragmentomique de cfDNA et modélisation multi-caractéristiques
La fragmentomique peut ajouter une couche d'information supplémentaire au séquençage de l'ADNcf. La taille des fragments, le motif des extrémités, les empreintes liées aux nucléosomes et les motifs de fragmentation à l'échelle du génome peuvent soutenir des modèles de recherche multi-fonctionnels.
CGT, thérapie génique et recherche liée aux vecteurs
Pour la CGT et la recherche sur la thérapie génique, l'ADNcf peut être évalué dans le cadre d'une stratégie de recherche sur la sécurité plus large. Des analyses spécialisées liées aux vecteurs peuvent être ajoutées lorsque le projet implique des séquences dérivées de vecteurs, des jonctions vecteur-génome, des recherches sur les sites d'intégration ou des questions de tendances clonales longitudinales.
Études précliniques et d'échantillons longitudinaux
Les modèles animaux et les études sérielles de plasma peuvent bénéficier de flux de travail cfDNA cohérents. Les conceptions longitudinales permettent aux équipes de comparer les caractéristiques moléculaires à travers les points temporels, les conditions de traitement ou les groupes d'étude.
La plateforme est particulièrement utile lorsqu'un projet nécessite un traitement d'échantillons répétable, des règles d'analyse stables et des tendances rapportables sur plusieurs échantillons.
Références
- Un cadre standardisé pour l'extraction robuste de caractéristiques fragmentomiques à partir de données de séquençage d'ADN libre de cellules.
- Évaluation systématique des méthodes de déconvolution des types cellulaires basées sur la méthylation pour l'ADN libre de cellules plasmatiques.
- Biopsies liquides de cancer par séquençage de l'ADN libre de cellules avec Oxford Nanopore Technologies : de la recherche fondamentale aux applications cliniques.
- Profils de méthylation de molécules uniques d'ADN libre dans le cancer par séquençage à nanopores
- Biopsie liquide basée sur l'ADN et l'ARN circulants
- Fragmentomique des acides nucléiques sans cellules : une fenêtre non invasive sur les épigénomes cellulaires
Résultats de la démo : Ce que votre rapport cfDNA peut inclure
Le rapport final devrait faciliter l'inspection et la discussion des données cfDNA. Les résultats de démonstration varient selon le module d'essai, mais les exemples suivants montrent les types de résumés visuels que nous pouvons préparer.
Tableau de bord des variantes et des résumés de nombre de copies
Un tableau de bord des variantes/CNV peut combiner des résultats de variantes ciblées avec des résumés de signaux à l'échelle du génome ou au niveau des segments.
Les résultats typiques peuvent inclure un tableau SNV/indel, un résumé de la couverture, une vue de la fraction allélique lorsque cela est applicable, un graphique CNV/CNA du génome, des notes de contrôle qualité au niveau de l'échantillon, et des indicateurs de confiance ou de révision.
Cela donne à votre équipe un aperçu rapide des résultats moléculaires et des preuves qui les sous-tendent.
Profil des caractéristiques de méthylation / fragmentomique
Les projets de méthylation et de fragmentomique nécessitent souvent des résumés au niveau des caractéristiques plutôt qu'un tableau de résultats unique.
Les résultats typiques peuvent inclure une matrice de caractéristiques de méthylation, un résumé de méthylation différentielle le cas échéant, une distribution de taille des fragments, des graphiques de rapport de longueur des fragments, un tableau de caractéristiques de motifs d'extrémité, une visualisation des caractéristiques liées aux nucléosomes, et une matrice prête pour la modélisation multi-caractéristiques.
Ces résultats aident à organiser les données cfDNA riches en fonctionnalités en motifs qui peuvent être examinés et comparés.
Vue de surveillance longitudinale de l'ADNcf
Pour les échantillons en série, les résultats peuvent être organisés par point temporel.
Les résultats typiques peuvent inclure des tendances de caractéristiques au niveau des points temporels, des graphiques de trajectoire de variantes ou de CNV, des cartes thermiques de tendances de méthylation ou de fragmentomique, des graphiques de distance entre échantillons, des résumés de comparaison entre groupes d'étude, et des notes sur les effets de lot ou la cohérence des échantillons.
Ces résultats de démonstration sont conçus pour aider votre équipe à examiner les modèles, et non pour tirer des conclusions cliniques non étayées.
FAQ : Planification d'un projet de détection et d'analyse de cfDNA
1. Cette plateforme est-elle uniquement destinée à la détection des mutations ctDNA ?
Non. La détection de mutations est un module. Nous pouvons également prendre en charge l'analyse CNV/CNA, le profilage de méthylation, la fragmentomique, la comparaison longitudinale et des applications de recherche spécialisées liées aux vecteurs lorsque cela est techniquement approprié.
2. Que peut-on analyser à partir de l'ADNcf en plus des mutations ?
Selon la conception de l'essai, l'ADNc circulant (cfDNA) peut être analysé pour des changements de nombre de copies, des motifs de méthylation, la distribution de la taille des fragments, des motifs terminaux, des caractéristiques liées aux nucléosomes, des signaux d'origine tissulaire, des tendances longitudinales et des preuves liées aux vecteurs.
3. Quand devrions-nous choisir le séquençage ciblé de cfDNA ?
Choisissez le séquençage ciblé lorsque le projet se concentre sur des variants connus, des gènes sélectionnés, des hotspots ou des régions génomiques personnalisées. C'est le mieux lorsque la question est définie et ne nécessite pas d'analyse des caractéristiques à l'échelle du génome.
4. Quand devrions-nous choisir un WGS passe-bas ?
Choisissez WGS à faible passage lorsque les caractéristiques CNV/CNA ou fragmentomics à l'échelle du génome sont importantes. C'est particulièrement utile lorsque votre équipe souhaite un signal cfDNA plus large au-delà d'un panel ciblé prédéfini.
5. Qu'est-ce que la fragmentomique de l'ADN circulant (cfDNA) ?
La fragmentomique de l'ADNc circulant (cfDNA) étudie les propriétés des fragments de cfDNA, telles que la longueur des fragments, les motifs d'extrémité, le positionnement génomique et les motifs liés aux nucléosomes. Elle ajoute une couche de caractéristiques au-delà de la détection des mutations.
6. Quand le profilage de la méthylation de l'ADN circulant est-il utile ?
Le profilage de la méthylation est utile lorsque la question de recherche implique des motifs épigénétiques, l'inférence d'origine tissulaire ou la déconvolution des types cellulaires. Il doit être choisi lorsque les informations sur la méthylation soutiennent directement l'objectif de l'étude.
7. Les échantillons de plasma sériels peuvent-ils être comparés ?
Oui. Des échantillons de plasma en série peuvent être comparés lorsque la collecte, le traitement, la stratégie de bibliothèque et les règles d'analyse sont maintenus constants. L'analyse longitudinale peut montrer comment les caractéristiques sélectionnées de l'ADNcf changent au fil du temps.
8. La plateforme peut-elle soutenir la recherche liée à la CGT ou aux vecteurs ?
Oui, lorsque la conception du projet le permet. Une analyse liée aux vecteurs ou au site d'intégration peut être ajoutée en tant que module spécialisé pour la CGT, la thérapie génique ou la recherche sur la thérapie cellulaire in vivo. Cela n'est pas nécessaire pour la plupart des projets généraux sur l'ADNcf.
9. Quels types d'échantillons peuvent être utilisés ?
Les entrées courantes comprennent l'ADN circulant libre dans le plasma (cfDNA), le sang total pour la préparation du plasma, le plasma de modèles animaux, d'autres biofluides sélectionnés après examen de faisabilité, et des données de séquençage existantes pour réanalyse.
10. Quels résultats de bioinformatique sont inclus ?
Les sorties peuvent inclure des fichiers FASTQ, des fichiers BAM ou CRAM le cas échéant, des fichiers VCF le cas échéant, des tableaux CNV/CNA, des matrices de méthylation, des matrices de caractéristiques de fragmentomics, des rapports de contrôle qualité, des graphiques et un rapport final au format PDF.
Exemple de cas soutenu par la littérature : Extraction robuste des caractéristiques fragmentomiques de l'ADNc libre circulant (cfDNA)
Point de recherche publié
Un cadre standardisé pour l'extraction robuste de caractéristiques fragmentomiques à partir de données de séquençage d'ADN libre circulant.
Journal : Biologie du génome
Publié : 2025
Désolé, je ne peux pas traduire sans un texte source. Veuillez fournir le texte à traduire. Un cadre standardisé pour l'extraction robuste de caractéristiques fragmentomiques à partir de données de séquençage d'ADN libre circulant.
Ce cas est basé sur un article de Genome Biology de 2025 qui a développé un cadre standardisé pour l'extraction des caractéristiques fragmentomiques de l'ADNcf. Il est inclus car il soutient directement la nécessité d'un contrôle de qualité spécifique à l'ADNcf, de prétraitement, d'extraction de caractéristiques et de rapport transparent.
Contexte
La fragmentomique cfDNA peut fournir des signaux de recherche au-delà des variants de séquence. Cependant, les caractéristiques fragmentomiques sont sensibles à la préparation de la bibliothèque, au prétraitement, à l'alignement, à la coupe et à la définition des caractéristiques. Un pipeline de séquençage générique peut ne pas bien capturer ces problèmes.
Wang et ses collègues ont abordé ce problème en développant un cadre standardisé pour l'extraction robuste des caractéristiques fragmentomiques de l'ADNcf à partir des données de séquençage.
Méthodes
L'étude a comparé les caractéristiques de l'ADNc libre dérivées du séquençage de génome entier de dix donneurs sains. Elle a évalué neuf kits de bibliothèque et dix méthodes de traitement des données. Les auteurs ont ensuite validé le comportement des caractéristiques à travers 1182 échantillons de plasma provenant d'études publiées.
Le document a présenté le Trim Align Pipeline pour le prétraitement spécifique à l'ADNcf et le package R cfDNAPro pour le calcul et la visualisation des caractéristiques.
Figure 1 dans Un cadre standardisé pour l'extraction robuste de caractéristiques fragmentomiques à partir des données de séquençage de l'ADN libre circulant. montre un aperçu de l'étude, y compris l'extraction de cfDNA plasmatique, la préparation de la bibliothèque, le séquençage du génome entier (WGS), le prétraitement, l'extraction des caractéristiques et la visualisation.
Résultats
L'étude a montré que les choix de bibliothèque et de traitement des données peuvent affecter la quantification des caractéristiques du cfDNA. Elle a également présenté les utilitaires cfDNAPro pour extraire et visualiser les caractéristiques fragmentomiques, y compris la longueur des fragments, le motif de fin de fragment, l'aberration du nombre de copies et les caractéristiques SNV.
Les auteurs ont validé le comportement des caractéristiques sur 1182 échantillons de plasma, soutenant la valeur d'un prétraitement standardisé et d'une extraction de caractéristiques transparente dans l'analyse de l'ADNc.
La figure 1 de Wang et al. montre un aperçu de l'étude, y compris l'extraction de cfDNA plasmatique, la préparation de la bibliothèque, le séquençage génomique complet (WGS), le prétraitement, l'extraction des caractéristiques et la visualisation.
Conclusion
Cette étude soutient un principe fondamental de notre plateforme de détection et d'analyse de l'ADNcf : les données d'ADNcf nécessitent un contrôle de qualité spécifique à l'ADNcf, un prétraitement, une extraction de caractéristiques, une visualisation et un reporting. Pour les équipes de R&D, cela est important car de petites différences dans la manipulation des échantillons, la construction de bibliothèques ou les méthodes d'analyse peuvent modifier l'interprétation des caractéristiques de l'ADNcf.
Référence
Ce service est destiné à un usage de recherche uniquement (RUO). Il n'est pas destiné à un diagnostic clinique, à la sélection de traitements ou à des décisions de gestion directe des patients.
