Plateforme Cloud de Bioinformatique

Plateforme Cloud de Bioinformatique pour l'Analyse et la Visualisation des Données Omics

Téléchargez des données omiques traitées, explorez des flux de travail d'analyse guidée et générez des figures prêtes pour publication grâce à une plateforme interactive basée sur le cloud.

Des tâches de visualisation rapides à l'expansion d'analyses pilotées par le flux de travail, la plateforme CD Genomics aide les chercheurs, les équipes de bioinformatique et les clients de services à transformer les données en résultats plus clairs et plus exploitables.

Lancer la plateforme Demander une démo

Analyse et visualisation basées sur le cloud

Sorties interactives et personnalisables

Élargissement de la bibliothèque d'outils et des flux de travail

Aperçu Modules Pourquoi nous Cas d'utilisation Comment ça fonctionne Entrées et sorties Exemples Retour d'information Publications Sécurité FAQ

Lancement

Aperçu

Qu'est-ce que la plateforme Cloud de bioinformatique CD Genomics ?

La plateforme Cloud Bioinformatique de CD Genomics est un environnement basé sur le cloud pour l'analyse, la visualisation et la présentation des données omiques. Elle est conçue pour soutenir les tâches de recherche en aval courantes telles que l'exploration des données d'expression, la visualisation comparative, l'interprétation des enrichissements, l'analyse des chevauchements et la génération de figures prêtes pour les rapports.

Cette plateforme commence par une visualisation pratique et une analyse guidée en aval. En même temps, elle est structurée pour s'étendre progressivement en un écosystème de flux de travail omique plus large au fil du temps. Les utilisateurs peuvent commencer avec les outils interactifs actuels, puis évoluer vers un soutien de flux de travail plus large à mesure que des modules supplémentaires sont développés.

Pour les équipes qui souhaitent plus qu'une simple création de graphiques en libre-service, la plateforme sert également de passerelle vers le support bioinformatique de CD Genomics. Les utilisateurs peuvent commencer par une exploration des données en ligne, puis passer à une interprétation personnalisée, des conseils sur les flux de travail ou une analyse de projet plus large si nécessaire.

Définition
Une plateforme de bioinformatique dans le cloud est un environnement accessible via le cloud qui prend en charge la gestion, l'analyse, la visualisation des données structurées et la livraison des résultats pour les flux de travail de recherche biologique. Dans cette plateforme, l'accent est actuellement mis sur la visualisation des omiques en aval, l'exploration guidée des résultats et la génération de rapports prêts à l'emploi.

Capacités actuelles

Outils de visualisation et modules d'analyse disponibles

La plateforme Cloud Bioinformatique de CD Genomics comprend actuellement un ensemble croissant d'outils de visualisation et de modules d'analyse en aval pour des tâches de recherche omique courantes, avec des flux de travail supplémentaires en cours de développement continu.

Expression et Visualisation d'Échantillon

ACP
Carte thermique
Diagramme de corrélation
Diagramme de dispersion de corrélation
Diagramme en boîte
Diagramme en ligne
Histogramme
Diagramme de densité
Graphique de densité en crête

Visualisation différentielle et comparative

Graphique en volcan

Enrichissement fonctionnel et visualisation d'annotation

Visualisation GO
Diagramme à bulles
Diagramme en soleil
Visualisation de PICRUSt

Analyse des chevauchements et des ensembles

Diagramme de Venn
Diagramme UpSet

Modules supplémentaires

Covplot (le nommage destiné au public peut être davantage standardisé)

Conçu pour s'étendre

Ces modules offrent un point de départ pratique pour l'exploration des données en aval et la génération de figures, tandis que la plateforme continue de s'étendre vers des flux de travail omiques plus larges et des capacités d'analyse guidée.

Explorez les services d'analyse de données NGS.

Valeur de la plateforme

Pourquoi choisir la plateforme Cloud Bioinformatique de CD Genomics ?

Cette plateforme est conçue pour aider les équipes de recherche à avancer plus rapidement, à communiquer les résultats plus clairement et à passer des tâches de visualisation à un soutien analytique plus large.

Plus rapide de données à l'insight

De nombreuses équipes ont déjà des tableaux traités mais passent encore un temps inutile à les transformer en visuels prêts pour les rapports. La plateforme réduit les étapes de traçage répétitives et raccourcit la distance entre les données et l'interprétation.

Conçu pour des résultats omiques réels

La plateforme est alignée avec la manière dont les projets en aval sont réellement gérés, y compris les matrices d'expression, les fichiers de métadonnées, les tableaux d'expression différentielle, les résultats d'enrichissement et les fichiers de résultats basés sur le chevauchement.

Interactif et personnalisable

Les utilisateurs peuvent ajuster les annotations, la logique de regroupement, les paramètres visuels, les seuils et les paramètres d'affichage pour créer des résultats qui s'adaptent mieux à l'examen interne, à la rédaction de rapports ou à la préparation de manuscrits.

Soutenu par l'expertise de CD Genomics

Ce n'est pas seulement une interface de visualisation en libre-service. Elle prend également en charge une transition pratique vers une assistance spécifique au projet, une interprétation et un soutien plus large aux flux de travail de l'équipe CD Genomics.

Conçu pour évoluer avec vos projets

Commencez par les modules de visualisation actuels et utilisez la plateforme comme point d'entrée dans un environnement cloud plus large pour l'analyse omique et le soutien aux projets.

Conçu pour la communication de recherche

Les résultats sont destinés à soutenir les présentations de projet, les discussions internes et la préparation de manuscrits, et pas seulement à la création de figures isolées.

Cas d'utilisation

Ce que vous pouvez faire sur la plateforme

La plateforme est organisée autour des objectifs de recherche plutôt que seulement autour des noms d'outils, ce qui facilite la connexion des besoins du projet avec la bonne visualisation ou le bon chemin d'analyse en aval.

Analyse de l'expression et au niveau des échantillons

Explorez la structure d'échantillon, identifiez les motifs de regroupement, évaluez la variation d'expression et visualisez les résultats basés sur des matrices. L'ACP, les cartes thermiques, les résultats basés sur la corrélation et les graphiques de distribution soutiennent l'interprétation précoce et la révision interne du projet.

Visualisation différentielle et comparative

Affichez les tendances d'expression différentielle, visualisez les changements significatifs et comparez les motifs de résultats entre les groupes en utilisant des diagrammes en volcan et des vues comparatives associées.

Enrichissement fonctionnel et interprétation de l'annotation

Visualisez les résultats d'enrichissement GO et connexes pour comparer les catégories, résumer les thèmes biologiques et communiquer l'interprétation de manière plus intuitive.

Analyse des chevauchements et des ensembles

Utilisez des diagrammes de Venn et des graphiques UpSet pour résumer les caractéristiques communes et uniques entre les groupes, les ensembles de données ou les conditions analytiques.

Visualisation du microbiome et du profilage fonctionnel

Les résultats sélectionnés liés au profilage fonctionnel orienté vers le microbiome peuvent être visualisés et interprétés à travers des modules dédiés, avec la possibilité d'un soutien en aval plus large à mesure que la plateforme évolue.

Plus de modules en développement

La plateforme s'élargit continuellement avec des modules de visualisation supplémentaires, des workflows d'analyse guidée et un support spécifique aux cas d'utilisation en omique.

Flux de travail

Comment ça fonctionne

La plateforme est conçue pour réduire les frictions lors des tâches de visualisation en aval courantes tout en laissant de la place pour des workflows plus guidés et des étapes suivantes soutenues par des experts.

Étape 1

Téléchargez vos données.

Importez des fichiers pris en charge tels que des matrices d'expression, des fichiers de métadonnées, des tables de résultats d'enrichissement, des résultats comparatifs et d'autres sorties structurées en aval.

Étape 2

Choisissez un flux de travail ou un module.

Sélectionnez l'outil ou le module qui correspond le mieux à votre objectif de projet, que cet objectif soit l'exploration d'expressions, l'analyse de chevauchement, la revue comparative ou la visualisation d'enrichissement.

Étape 3

Personnalisez et examinez les résultats.

Ajustez les options de regroupement, les annotations, les seuils, les styles visuels, les palettes de couleurs et d'autres paramètres pour améliorer la lisibilité et la pertinence biologique.

Étape 4

Exporter ou étendre

Téléchargez des chiffres prêts pour le rapport et des résultats, ou continuez avec un support personnalisé de CD Genomics si votre projet nécessite une interprétation plus large ou une assistance dans le flux de travail.

Résumé du flux de travail : Importer → Sélectionner → Personnaliser → Exporter / Étendre
Cette structure prend en charge à la fois les besoins de visualisation rapide et un transfert plus fluide vers une analyse soutenue par des experts lorsque cela est nécessaire.

Entrées et sorties

Entrées prises en charge et sorties typiques

Une force de la plateforme est qu'elle est construite autour des types de fichiers avec lesquels les équipes de recherche travaillent déjà lors de l'analyse en aval.

Données d'entrée typiques

Fichiers de matrice d'expression
Exemples de fichiers d'annotation / de métadonnées
Tableaux des résultats d'expression différentielle
Fichiers de résultats d'enrichissement fonctionnel
Tableaux de comparaison de groupes
Tableaux de chevauchement des fonctionnalités
Sorties de profilage fonctionnel sélectionnées
Autres fichiers de résultats omiques structurés en aval

Types de sortie typiques

Figures prêtes pour publication
Graphiques et diagrammes téléchargeables
Résumé visuels pour révisions internes et présentations
Tables de sortie structurées
Livrables visuels prêts à l'analyse
Support d'interprétation optionnel via les services de CD Genomics

Besoin d'aide pour préparer vos entrées ?
CD Genomics peut soutenir le formatage des entrées, la préparation des résultats et l'orientation des flux de travail en aval pour des projets sélectionnés. Voir aussi Analyse des données de transcriptomique et Analyse des données épigénomiques pour une couverture plus large soutenue par des services.

Public

Pour qui cette plateforme est-elle destinée

Chercheurs

Pour les scientifiques qui ont besoin de visualiser des données omiques traitées de manière efficace sans recréer chaque figure à partir de zéro.

Biologistes et équipes expérimentales

Pour les utilisateurs qui souhaitent une méthode plus simple pour examiner les motifs d'expression, comparer des groupes et préparer des résultats visuels clairs pour les discussions de projet.

Équipes de soutien en bioinformatique

Pour les groupes qui ont besoin d'un environnement pratique pour le traçage standardisé, la révision exploratoire et la communication visuelle des résultats analytiques.

Clients de service de CD Genomics

Pour les clients qui souhaitent étendre les résultats d'analyse livrés à des visualisations supplémentaires, une interprétation exploratoire ou un examen de suivi.

Utilisateurs de projet collaboratif

Pour les équipes intéressées par l'utilisation d'une plateforme évolutive, une couverture de flux de travail plus large et la discussion des options de support spécifiques aux projets.

Utilisateurs de la biologie unicellulaire et des omiques avancées

Pour des projets qui peuvent commencer par la visualisation et s'étendre par la suite à un soutien analytique plus large tel que Analyse des données omiques à cellule unique.

Croissance

Un écosystème de flux de travail et de visualisation en pleine croissance

La plateforme actuelle prend déjà en charge un ensemble utile de tâches de visualisation en aval et d'analyse exploratoire. Cependant, elle n'est pas destinée à rester limitée à la liste actuelle des modules.

Actuellement disponible

Outils de visualisation principaux
Personnalisation interactive de la sortie
Exploration pratique des résultats en aval
Utilisation guidée pour des scénarios de tracé courants

En constante expansion

Flux de travail omiques supplémentaires
Plus de chemins d'analyse guidés
Modules d'interprétation des résultats plus larges
Intégration améliorée avec un soutien basé sur des projets

La plateforme est destinée à évoluer d'un point de départ centré sur la visualisation vers un environnement plus large basé sur le cloud pour l'analyse des données omiques et le soutien aux projets.

Exemples

Exemples de résultats et scénarios d'utilisation de la recherche

Cette section peut être renforcée ultérieurement avec de véritables captures d'écran de la plateforme, des exemples de sorties téléchargeables et des exemples de rapports spécifiques à des cas d'utilisation.

Exemple de carte thermique ou d'ACP

Échantillonnage de regroupement et structure d'expression

Utilisation typique : examiner les données de transcriptomique avant une interprétation plus approfondie ou préparer des visuels pour des discussions de projet internes.

Exemple de bulle volcanique ou GO

Interprétation différentielle et d'enrichissement

Utilisation typique : visualiser les résultats d'enrichissement ou les tendances d'expression différentielle pour les brouillons de manuscrits et les supports de présentation.

Exemple de résumé de Venn / UpSet

Résumé comparatif et analyse de chevauchement

Utilisation typique : comparer le chevauchement des gènes ou des caractéristiques entre les conditions et créer des figures résumées prêtes à être communiquées à partir de tableaux traités.

Ressources supplémentaires
Pour les matériaux de soutien et le contenu adjacent à la plateforme, les utilisateurs peuvent également parcourir le centre de téléchargement.

Différenciation

Pourquoi la plateforme CD Genomics est différente

Support de plateforme + service

Les utilisateurs peuvent passer de la visualisation en libre-service à une analyse personnalisée soutenue par des experts lorsque cela est nécessaire.

Construit autour des besoins de recherche en aval

La plateforme est alignée sur la manière dont les résultats omiques traités sont interprétés, comparés et communiqués dans de réels environnements de recherche.

Conçu pour une communication prête pour les rapports

Les résultats sont destinés à soutenir les présentations, les revues de projet et la préparation de manuscrits.

Élargir au-delà des modules d'aujourd'hui

La plateforme est en cours de développement en tant que plateforme cloud de bioinformatique évolutive plutôt qu'un utilitaire de traçage fixe et ponctuel.

Flexible pour des tâches rapides et des projets plus importants.

Les utilisateurs peuvent commencer avec un besoin de génération de figures unique, puis évoluer vers un soutien plus large lorsque les exigences du projet augmentent.

Utile maintenant, plus large plus tard

Le module actuel offre une valeur immédiate, tandis que la feuille de route de la plateforme soutient une profondeur de flux de travail future et un écosystème de projet plus solide.

Retour des utilisateurs

Ce que les utilisateurs disent de la plateforme

De la préparation de figures plus rapide à un examen de projet plus fluide, les utilisateurs apprécient la plateforme pour sa praticité, sa flexibilité et sa facilité d'utilisation.

"Facile à utiliser et très utile pour préparer les chiffres plus rapidement."

— Emily Carter, chercheuse sur le projet RNA-seq

"La plateforme était particulièrement utile lors de la révision. Nous pouvions comparer les résultats, ajuster les paramètres de visualisation et générer des figures plus claires sans reconstruire le flux de travail à chaque fois."

— Daniel Brooks, chercheur en biologie moléculaire

"Ce qui nous a frappés, c'est la manière dont la plateforme s'intégrait dans un travail concret en aval. Nous pouvions commencer par une visualisation en libre-service, examiner les résultats en interne, puis passer à un soutien analytique plus approfondi lorsque le projet nécessitait plus qu'un simple traçage standard."

— Alex Morgan, analyste de données omiques

Résultats de recherche

Publications sélectionnées provenant de projets soutenus par la bioinformatique

Les publications ci-dessous mettent en avant des résultats de recherche représentatifs associés à des projets impliquant des analyses liées à la bioinformatique, une interprétation en aval ou un soutien axé sur les données de CD Genomics.

Une méthode efficace pour préparer des bibliothèques de cDNA barcodées à partir de callus de plantes pour le séquençage à longues lectures.

Méthodes et Protocoles · 2023 · Support connexe : Bioinformatique

Voir la publication

La consommation d'extrait cultivé de Lentinula edodes atténue la dérégulation immunitaire à long terme induite par la dysbiose du microbiote intestinal à un âge précoce.

Scientific Reports · 2025 · Support connexe : Analyse bioinformatique du microbiome

Voir la publication

Du sol au vin : Influence des couvertures végétales sur les communautés microbiennes et les dynamiques fermentaires dans le Cabernet Sauvignon

Microorganismes · 2025 · Support connexe : Séquençage de génome complet ; Analyse bioinformatique

Voir la publication

Des résultats de recherche supplémentaires liés au séquençage et au soutien des données en aval sont disponibles sur demande.

Confiance et accès

Sécurité, Gestion des données et Accès à la plateforme

La plateforme est destinée à un usage de recherche pratique et à une gestion des résultats consciente des projets.

Gestion sécurisée des données de projet téléchargées
Processus d'accès et de support définis
Utilisation des données consciente du projet
Un langage clair sur la conservation et la suppression doit être fourni lors du déploiement en production.
Accès à la plateforme basée sur le cloud
Options de soutien élargi basées sur la discussion

Contrôle qualité et gestion des données
La visualisation basée sur une plateforme n'a de sens que lorsque la structure des entrées, l'interprétation des résultats et le formatage des sorties sont gérés de manière cohérente. Le contrôle qualité pratique dans ce contexte inclut l'appariement des fichiers d'entrée, la sélection des modules en fonction du type de données, la révision des paramètres et les vérifications des sorties avant l'exportation ou le reporting.

Commencer

Besoin d'un moyen plus rapide pour transformer les résultats omiques traités en visualisations claires ?

Utilisez la plateforme pour une visualisation rapide aujourd'hui, et évoluez vers une analyse guidée ou des workflows soutenus par des experts à mesure que votre projet se développe.

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FAQ

Questions Fréquemment Posées

Quel type de données puis-je télécharger sur la plateforme ?

La plateforme est actuellement orientée vers des résultats omiques en aval structurés tels que des matrices d'expression, des fichiers de métadonnées, des tableaux d'expression différentielle, des résultats d'enrichissement, des fichiers de chevauchement de caractéristiques et des résultats de profilage fonctionnel sélectionnés.

Cette plateforme est-elle adaptée aux utilisateurs non-programmeurs ?

Oui. La plateforme est conçue pour réduire le besoin de scripts étendus pour les tâches de visualisation en aval courantes, tout en permettant toujours la personnalisation des paramètres.

Quels types de figures et de résultats sont actuellement pris en charge ?

Les modules actuels incluent l'ACP, les cartes de chaleur, les graphiques basés sur la corrélation, les diagrammes en boîte, les graphiques de densité, les histogrammes, les graphiques linéaires, les graphiques en volcan, la visualisation liée aux GO, les graphiques à bulles, les graphiques en soleil, les diagrammes de Venn, les graphiques UpSet, la visualisation PICRUSt et les résultats en aval associés.

Des flux de travail supplémentaires sont-ils en cours de développement ?

Oui. La plateforme est en cours d'expansion avec des modules de visualisation supplémentaires, des workflows d'analyse guidée et un support élargi pour les cas d'utilisation en omique.

Puis-je utiliser la plateforme en conjonction avec les services d'analyse de CD Genomics ?

Oui. La plateforme peut servir de point d'entrée en libre-service, et les utilisateurs peuvent s'étendre vers une analyse spécifique à un projet plus large grâce aux services de bioinformatique de CD Genomics.

Comment les données téléchargées sont-elles traitées ?

Les données de projet téléchargées doivent être traitées dans le cadre d'utilisation à des fins de recherche de la plateforme et conformément aux pratiques d'accès et de traitement des données définies par la plateforme. Le déploiement en production doit clairement indiquer les politiques de conservation et de suppression.

Puis-je demander une démonstration avant une utilisation complète ?

Oui. Une démonstration ou une introduction guidée peut être demandée auprès de CD Genomics.

Un soutien d'expert est-il disponible pour des besoins d'analyse spécifiques au projet ?

Oui. Les utilisateurs peuvent contacter l'équipe de CD Genomics pour des analyses en aval plus approfondies, des interprétations ou un support lié aux flux de travail.

La plateforme peut-elle prendre en charge à la fois une visualisation rapide et une analyse plus large basée sur les flux de travail ?

C'est le modèle prévu. Les utilisateurs peuvent commencer par des tâches spécifiques de génération de figures et évoluer vers un soutien plus large à mesure que les fonctionnalités de la plateforme s'élargissent.

Des options de déploiement personnalisées ou étendues sont-elles disponibles ?

Des discussions spécifiques au projet peuvent être possibles en fonction de l'étendue de la plateforme et des besoins de support.

Références

Références sélectionnées

Gehlenborg, Nils, et al. "Visualisation des données omiques pour la biologie des systèmes." Méthodes de la nature, vol. 7, no. 3 Suppl, 2010, pp. S56–S68.
Nguyen, Hieu, et al. "Interprétation des données omiques avec l'analyse d'enrichissement des voies." Tendances en Génétique, 2023.
"Du banc aux octets : Un guide pratique pour l'analyse des données de séquençage d'ARN." Frontières en génétique, 2025.
"Algorithmes et outils pour l'intégration omique basée sur les données afin d'atteindre des insights biologiques multilayers : une revue narrative." Journal de Médecine Translationnelle, 2025.
"Une enquête sur les méthodes statistiques pour l'analyse des données de microbiome." Frontières en mathématiques appliquées et en statistiques, 2022.

Commencez ici

Commencez par la visualisation aujourd'hui et évoluez au fur et à mesure que votre projet se développe.

Utilisez dès maintenant la plateforme cloud de bioinformatique CD Genomics pour la visualisation interactive des données omiques, et étendez-vous vers des flux de travail guidés ou une analyse de projet soutenue par des experts lorsque vous en avez besoin.

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