Service de microarray CGH

CD Genomics propose des services de microarray CGH pour de nombreuses espèces, y compris l'humain, la souris, le rat et le poulet, avec des arrays CGH personnalisés disponibles pour d'autres espèces.

Leur CGH par microarray permet un dépistage complet du génome avec une haute résolution, facilitant la détection d'imbalances de nombre de copies précédemment indétectables telles que les délétions et les duplications. En s'appuyant sur des procédures validées et des protocoles optimisés, ainsi que sur un scan par microarray haute résolution et un logiciel d'analyse sophistiqué, CD Genomics garantit une qualité de données supérieure et des délais de traitement rapides.

Introduction des microarrays CGH

La hybridation génomique comparative (CGH) par microarray est un outil de cytogénétique moléculaire de pointe conçu pour cartographier et quantifier les variations du nombre de copies d'ADN dans tout le génome. Cette technique avancée est cruciale pour détecter les anomalies chromosomiques liées à un large éventail de troubles génétiques et de maladies malignes.

Principes de la microarray CGH

Le microarray CGH fonctionne sur le principe de l'hybridation génomique comparative. Cela implique de marquer des échantillons d'ADN provenant de deux sources : l'un d'un spécimen de test, tel que l'ADN tumoral, et l'autre d'un échantillon de référence, généralement un tissu normal, avec des colorants fluorescents distincts. Ces échantillons d'ADN marqués sont ensuite hybridés sur une puce microarray qui est dotée d'une grille de sondes d'ADN représentant diverses régions génomiques.

Le processus commence par le marquage de l'ADN extrait des échantillons de test et de référence. Les ADN marqués sont combinés et appliqués au microarray, où chaque sonde interagit avec sa séquence d'ADN correspondante dans l'échantillon. Le microarray est ensuite scanné pour mesurer l'intensité des signaux fluorescents. En comparant la fluorescence de l'échantillon de test à celle de la référence, les chercheurs peuvent déterminer des gains ou des pertes dans des régions chromosomiques spécifiques.

L'array CGH offre une vue à haute résolution des changements chromosomiques, surpassant de manière significative le caryotypage traditionnel tant en sensibilité qu'en résolution. Bien que le caryotypage soit efficace pour détecter des aberrations chromosomiques à grande échelle, l'array CGH peut identifier des altérations submicroscopiques, telles que des microdélétions et des microduplications. Cette précision est essentielle pour diagnostiquer des conditions génétiques complexes et des cancers qui pourraient échapper aux méthodes de diagnostic traditionnelles.

Que teste le CGH Microarray ?

Le microarray CGH est principalement utilisé pour détecter des déséquilibres génomiques, y compris :

• Variations du nombre de copies (CNC)Ce sont des suppressions ou des duplications de segments d'ADN qui peuvent contribuer à des troubles génétiques. Les CNV peuvent être classés en microdélétions et microduplications, avec des tailles allant de quelques kilobases à plusieurs mégabases.
• Réarrangements chromosomiquesCette technique peut identifier des variations structurelles à travers le génome, englobant des délétions, des duplications et des réarrangements complexes.
• Déséquilibres génomiquesLe microarray CGH est efficace pour détecter les déséquilibres associés à diverses conditions, y compris les cancers, les syndromes génétiques et les anomalies congénitales.

Cependant, il est important de noter que malgré ses capacités complètes, le microarray CGH ne peut pas détecter les réarrangements chromosomiques équilibrés tels que les translocations ou les inversions, qui ne modifient pas le nombre total de copies d'ADN mais peuvent néanmoins avoir un impact sur la fonction des gènes.

Avantages du service de microarray CGH

• Haute résolution et sensibilitéDétecte des déséquilibres chromosomiques aussi petits que 10 kilobases, dépassant la résolution du caryotypage traditionnel.
• Couverture Génomique ComplèteAnalyse l'ensemble du génome pour identifier des déséquilibres précédemment non détectés et de nouveaux CNV.
• Délai d'exécution plus rapide: Fournit des résultats plus rapides en analysant simultanément des milliers de régions génomiques.
• Détection améliorée des aberrations submicroscopiquesIdentifie de petits changements chromosomiques souvent manqués par d'autres méthodes.
• Besoin réduit de prétraitement des échantillonsMinimise les risques de contamination avec une préparation d'échantillon moins extensive.

Flux de travail des microarrays CGH

Le flux de travail des microarrays CGH comprend plusieurs étapes critiques. Dans un premier temps, de l'ADN génomique de haute qualité est extrait d'échantillons biologiques et marqué avec des colorants fluorescents, généralement Cy3 pour l'échantillon expérimental et Cy5 pour l'échantillon de référence. Cet ADN marqué est ensuite hybridé sur une puce microarray CGH à haute densité, qui se compose d'une grille de sondes d'ADN.

Après le processus d'hybridation, les matrices sont lavées pour éliminer l'ADN lié de manière non spécifique. L'étape suivante consiste à scanner les matrices avec un scanner haute résolution pour détecter les signaux fluorescents. Un logiciel spécialisé est ensuite utilisé pour analyser ces signaux, déterminant le nombre de copies relatif des régions génomiques. En comparant l'échantillon expérimental à l'échantillon de référence, les zones de gain ou de perte génomique sont identifiées.

Spécifications du service

	Exigences d'échantillon ADN génomique : Volume 3-5μg, concentration ≥50 ng/µL Sang : 2~3ml Les échantillons d'ADN doivent avoir un rapport OD260/280 aussi proche que possible de 1,8 à 2,0. Tout l'ADN doit être traité avec de l'ARNase et ne doit montrer aucune dégradation ni contamination. Remarque : Les montants d'échantillons sont indiqués à titre de référence uniquement. Pour des informations détaillées, veuillez contactez-nous avec vos demandes personnalisées.
Cliquez	Stratégie de séquençage Diverses puces : 1×1M, 2 x 105K, 8x60K, et Services personnalisés
	Analyse bioinformatique Nous proposons plusieurs analyses bioinformatiques personnalisées : Normalisation Correction de fond Segmentation des données Identification des CNV Remarque : Les sorties de données et les contenus d'analyse recommandés affichés sont à titre de référence uniquement. Pour des informations détaillées, veuillez contactez-nous avec vos demandes personnalisées.

Recommandations et service personnalisé

Tableau 1 Microarrays CGH Agilent

Pipeline d'analyse

Livrables

• Données brutes
• Analyse de segmentation basée sur le paquet de copies d'ADN
• Fichier GFF de segmentation
• Fichier GFF d'annotation du génome

CD Genomics peut également vous aider à créer votre propre microarray CGH personnalisé. Nous sommes prêts à vous aider avec vos besoins en matière de microarray, que ce soit un design standard ou quelque chose de plus créatif. Les services de microarray CGH proposés par CD Genomics offrent une approche à la pointe de la technologie pour l'analyse génomique, alliant haute résolution, couverture complète et délais d'exécution rapides pour répondre aux besoins des applications de recherche.

Pour plus de détails, n'hésitez pas à nous contacter pour toute question en remplissant un demande de devis.

Des résultats partiels sont affichés ci-dessous :

Diagram des résultats de détection de CNV

1. Quelle est la différence entre le microarray CGH et microarray SNP?

Le microarray CGH se concentre sur la détection des CNV et des déséquilibres génomiques en comparant les signaux fluorescents des échantillons expérimentaux et de référence. En revanche, le microarray SNP détecte les polymorphismes nucléotidiques uniques et peut identifier à la fois les CNV et les déséquilibres spécifiques des allèles.

2. La microarray CGH peut-elle détecter des réarrangements chromosomiques équilibrés ?

Non, le microarray CGH ne peut pas détecter les réarrangements chromosomiques équilibrés tels que les translocations ou les inversions. Pour identifier ces types de changements chromosomiques, des techniques supplémentaires comme le caryotypage spectral ou l'hybridation in situ par fluorescence (FISH) sont nécessaires.

3. Quelle est la fiabilité des microarrays CGH pour une utilisation clinique ?

Le microarray CGH est très fiable pour détecter les déséquilibres génomiques et est largement utilisé dans les milieux cliniques. Sa haute résolution et sa couverture complète en font un outil précieux pour diagnostiquer les troubles génétiques.

4. Quelles sont les limitations des microarrays CGH ?

Les principales limitations des microarrays CGH incluent leur incapacité à détecter les réarrangements chromosomiques équilibrés et le potentiel d'identification de CNV d'importance clinique incertaine. L'interprétation de certains CNV peut nécessiter une validation supplémentaire.

L'utilisation des puces CGH pour identifier les variations du nombre de copies chez les enfants atteints de troubles du spectre autistique

Journal : Sciences du Cerveau

Facteur d'impact : 3,333

Publié : 22 mai 2024

Contexte

Le trouble du spectre autistique (TSA) est un trouble neurodéveloppemental courant affectant l'interaction sociale, la communication et le comportement, avec une prévalence plus élevée chez les hommes. Il est généralement diagnostiqué entre 2 et 4 ans. Le TSA coexiste souvent avec des conditions telles que les déficiences intellectuelles et l'épilepsie. Les facteurs génétiques, y compris des syndromes comme le syndrome de l'X fragile, jouent un rôle significatif, les variations du nombre de copies (CNC) contribuant à environ 10 % des cas. Le microarray CGH est un outil efficace pour détecter ces variations génétiques, offrant une résolution et une précision supérieures à celles du caryotypage traditionnel.

Matériaux et Méthodes

Résultats

Les variants ont été classés selon les directives ACMG en pathogènes, probablement pathogènes, VUS, probablement bénins et bénins. Dans 14 des 180 patients (7,8 %), neuf variants pathogènes et six variants probablement pathogènes ont été trouvés. Il y avait également 20 VUS et cinq variants probablement bénins. Les variants pathogènes étaient plus fréquents chez les hommes et comprenaient des délétions et des duplications allant de 284 pb à 4,04 Mb. Chez les patients présentant un ASD isolé, deux variants pathogènes et un variant probablement pathogène ont été identifiés, tandis que ceux avec des caractéristiques supplémentaires avaient plus de variants pathogènes. Les diagnostics parentaux ont révélé que de nombreux variants étaient de novo, bien que certains aient été hérités. L'étude a utilisé un microarray spécialisé qui a détecté plus d'imbalances que les microarrays standard. Les variants identifiés incluent plusieurs associés à des syndromes connus et à l'ASD, tandis que certains VUS nécessitent des investigations supplémentaires.

Figure 1. Le nombre de variants identifiés dans chaque catégorie de pathogénicité chez les patients présentant un ASD isolé (a) et un ASD avec des caractéristiques cliniques supplémentaires (b).

Tableau 1. Une liste détaillée des variants pathogènes et probablement pathogènes, y compris le résultat aCGH, la taille du CNV, l'hérédité (si connue), le sexe et le phénotype clinique.

Conclusion

Les microarrays standard peuvent manquer de résolution pour une évaluation précise de l'ASD, donc les recherches futures devraient utiliser des outils à haute résolution et combiner le séquençage de tout l'exome avec l'analyse des CNV. Le rapport des VUS reste crucial alors que leur signification est clarifiée, aidant à comprendre les corrélations génotype-phénotype dans l'ASD.

Référence:

1. Kucińska A, Hawuła W, Rutkowska L, et al. L'utilisation des puces CGH pour identifier les variations du nombre de copies chez les enfants atteints de troubles du spectre autistique. Sciences du cerveau2024 Mar 13;14(3):273.