Séquençage V(D)J et CITE-Seq à cellule unique : Intégration du profilage du répertoire immunitaire et des multi-omiques à la résolution de cellule unique

Une seule gouttelette dans une puce Chromium 10x peut désormais capturer quatre couches d'informations d'une seule cellule : le transcriptome complet, les séquences TCR ou BCR appariées, l'abondance des protéines de surface pour des dizaines de marqueurs, et la spécificité de liaison aux antigènes — le tout indexé au même code-barres cellulaire. Cette convergence de modalités, rendue possible par l'intégration du séquençage V(D)J et du CITE-Seq (Indexation Cellulaire des Transcriptomes et des Épitopes par Séquençage) dans la plateforme de Profilage Immunitaire à Cellules Unique de 10x Genomics, a transformé la manière dont les immunologistes interrogent l'immunité adaptative. Une cellule T n'est plus définie uniquement par son transcriptome — elle est définie par le clonotype qu'elle exprime, les récepteurs de cytokines à sa surface, les facteurs de transcription dans son noyau, et, lorsque le BEAM (Cartographie des Antigènes Activée par Code-Barres) est superposé, le complexe peptide-MHC qu'elle reconnaît. Ce guide couvre les flux de travail V(D)J et CITE-Seq, de la préparation des échantillons et de la conception des panneaux à l'intégration des données et à l'interprétation biologique.

Figure 1 : Flux de travail multimodal V(D)J + CITE-Seq — De la suspension de cellules uniques à une sortie de données en quatre couches

Séquençage V(D)J — Décodage du répertoire immunitaire adaptatif

Le système immunitaire adaptatif stocke sa mémoire dans l'ADN. Au cours du développement des lymphocytes, les cellules T et B subissent une recombinaison V(D)J — un processus de recombinaison somatique spécifique au site qui assemble des segments de gènes variables (V), de diversité (D) et de jonction (J) en un gène de récepteur d'antigène fonctionnel. La diversité combinatoire générée par ce processus, amplifiée par la diversification des jonctions (déletion de nucléotides et addition de nucléotides N aux jonctions de segments), produit un répertoire théorique dépassant 10^15 récepteurs uniques, éclipsant les environ 10^12 lymphocytes présents dans le corps humain. Le séquençage V(D)J à cellule unique capture cette diversité cellule par cellule, préservant l'appariement natif des chaînes de récepteurs que le séquençage de répertoire en vrac brouille de manière irréversible.

Le flux de travail de profilage immunitaire unicellulaire 10x Genomics Chromium, utilisant la chimie 5' v2 ou v3, enrichit les transcrits V(D)J de pleine longueur via des amorces d'enrichissement ciblé qui se lient aux régions constantes des transcrits TCR et BCR. Dans chaque GEM (perle de gel en émulsion), l'ARNm et les transcrits V(D)J provenant de la même cellule sont capturés par la même perle de gel, partageant un code-barres cellulaire 10x commun. Après la transcription inverse, la bibliothèque V(D)J est enrichie par PCR en utilisant des amorces spécifiques aux régions constantes des chaînes TCR α/β ou BCR lourdes/légères. La bibliothèque résultante produit des séquences de récepteurs appariées et de pleine longueur — les deux chaînes provenant de la même cellule, préservant l'appariement natif α-β ou lourd-léger qui détermine la spécificité antigénique. Le séquençage à 5 000 paires de lectures par cellule est généralement suffisant pour une assemblage de clonotypes confiant, bien qu'un séquençage plus profond (10 000 à 25 000 lectures par cellule) améliore la détection des clonotypes rares et l'appel de mutation somatique dans les séquences BCR.

Les indicateurs clés dérivés d'un jeu de données V(D)J à cellule unique inclure la fréquence des clonotypes (quelle fraction de cellules exprime chaque récepteur unique), l'expansion clonale (quels clonotypes sont enrichis au-dessus de la ligne de base naïve), la diversité du répertoire (entropie de Shannon ou indice de Simpson inverse mesurant l'uniformité de la distribution des clonotypes), et la charge de mutation somatique (pour les BCR, le nombre de substitutions nucléotidiques par rapport à la lignée germinale, qui corrèle avec la maturation de l'affinité). Pour les cellules T, la région déterminante de la complémentarité 3 (CDR3) — la partie la plus variable du récepteur au niveau de la jonction V(D)J — est le principal déterminant de la reconnaissance antigénique, et la distribution de la longueur de CDR3 et la composition en acides aminés sont des métriques standard au niveau du répertoire utilisées pour comparer les états immunitaires à travers les conditions.

Figure 2 : Assemblage de clonotypes TCR et BCR — Capture de chaînes appariées, identification des CDR3 et détection de l'expansion clonale

CITE-Seq — La protéomique de surface rencontre la transcriptomique

Les profils transcriptionnels à eux seuls ne peuvent pas résoudre complètement l'identité des cellules immunitaires. Une cellule T mémoire effectrice CD8+ et une cellule T épuisée CD8+ partagent des programmes transcriptionnels mais diffèrent dans l'expression des protéines de surface de manière fonctionnellement décisive — les niveaux de protéines PD-1, TIM-3 et LAG-3 définissent mieux l'épuisement que leurs transcrits, qui sont soumis à une régulation post-transcriptionnelle. CITE-Seq comble cette lacune en utilisant des anticorps conjugués à des oligonucleotides — commercialisés sous le nom de TotalSeq par BioLegend — qui portent un code-barres ADN au lieu d'un fluorophore. Les cellules sont colorées avec un cocktail d'anticorps TotalSeq avant d'être encapsulées dans la puce 10x Chromium. Dans chaque GEM, à la fois l'ARNm polyadénylé et les oligos dérivés des anticorps (ADT) sont capturés et rétro-transcrits, produisant deux bibliothèques distinctes à partir des mêmes cellules uniques : une bibliothèque d'expression génique (GEX) et une bibliothèque ADT.

L'avantage pratique est que la détection des protéines de surface via les ADTs n'est pas contrainte par les mêmes limitations techniques que l'immunophénotypage basé sur les transcrits. Les transcrits faiblement exprimés, tels que ceux codant pour CD25 (IL2RA) ou CD127 (IL7R), peuvent ne produire qu'une poignée d'UMIs par cellule — près de la limite de détection stochastique — tandis que le signal ADT correspondant provenant de la protéine de surface est souvent de 10 à 100 fois plus élevé en rapport signal-bruit. Les panneaux TotalSeq pré-titrés couvrant de 30 à 200 marqueurs sont désormais standards, y compris le panneau TotalSeq Human TBNK largement adopté (CD3, CD4, CD8, CD11c, CD14, CD16, CD19, CD45, CD56) et le cocktail TotalSeq Universal. Pour les projets nécessitant Profilage immunitaire à cellule unique basé sur 10x GenomicsL'approche standard consiste à combiner un panel TotalSeq-C (compatible avec la chimie 5') avec le flux de travail d'enrichissement V(D)J, produisant trois couches de données — transcriptome, répertoire immunitaire et protéome de surface — à partir de chaque cellule.

Le Cell Hashing est une application complémentaire de la même technologie d'anticorps oligo-conjugués. En colorant chaque échantillon avec un anticorps oligonucleotide de hashtag unique (HTO) ciblant des marqueurs de surface exprimés de manière ubiquitaire tels que CD298 ou β2-microglobuline, plusieurs échantillons peuvent être regroupés dans une seule voie 10x et démultiplexés de manière computationnelle. Les protocoles actuels prennent en charge le multiplexage de jusqu'à 12 à 14 échantillons étiquetés par hashtag dans une seule voie 10x avec un taux de récupération équilibré, réduisant le coût de préparation de bibliothèque par échantillon et éliminant les effets de lot entre les échantillons analysés dans la même voie — une considération critique pour les études vaccinales longitudinales ou le suivi de l'immunothérapie à plusieurs points temporels. Pour les études de profilage immunitaire multi-échantillons, analyse de données unicellulaires qui intègre le démultiplexage HTO avec l'assemblage de clonotypes et la normalisation des ADT garantit que le répertoire et le protéome de surface de chaque cellule sont correctement attribués à son échantillon d'origine avant l'interprétation biologique en aval.

Figure 3 : Mécanisme de codage des caractéristiques CITE-Seq — Coloration des anticorps TotalSeq, capture GEM et construction de la bibliothèque ADT

BEAM — Ajouter une spécificité antigénique à l'image multimodale

L'avancée la plus significative récente dans le profilage immunitaire à cellule unique est le BEAM (Cartographie des Antigènes Activée par Code-barres), qui ajoute une quatrième couche — la spécificité antigénique — à l'empilement existant V(D)J + GEX + ADT. Le BEAM utilise des antigènes conjugués à des codes-barres de caractéristiques : pour les cellules T (BEAM-T), des monomères peptide-MHC marqués par fluorescence chargés avec le peptide d'intérêt sont conjugués à des dextramères codés par ADN ; pour les cellules B (BEAM-Ab), la protéine antigénique est directement conjuguée. Les cellules spécifiques à un antigène sont enrichies par tri par flux avant encapsulation, et le code-barres BEAM est capturé aux côtés des bibliothèques V(D)J, GEX et ADT au sein du même GEM.

Le pipeline multi Cell Ranger, disponible à partir de la version 7.1 et affiné jusqu'à la version 8.0 en 2025, traite simultanément les quatre types de bibliothèques. L'algorithme de spécificité des antigènes utilise un modèle de distribution bêta pour évaluer chaque code-barres de cellule : (1 − beta.cdf(0.925, Antigen_UMI + 1, Control_UMI + 3)) × 100, produisant un score d'environ 0 à 100 qui sépare les cellules liant des antigènes de l'arrière-plan. Le score ne mesure pas l'affinité de liaison — il évalue si le récepteur de la cellule s'associe à l'antigène au-dessus de l'arrière-plan du contrôle négatif — mais lorsqu'il est combiné avec des séquences TCR/BCR appariées, il lie directement un clonotype à son antigène cognat. Cette capacité est particulièrement puissante en immuno-oncologie, où l'identification des séquences TCR spécifiques qui reconnaissent un néoantigène tumoral permet le développement de thérapies TCR-T cellulaires ingénieries.

les limitations actuelles de BEAM méritent d'être notées. Il est incompatible avec la chimie GEM-X v3 et nécessite le test 5' v2 hérité. Les 16 codes-barres de conjugués BEAM disponibles limitent les panneaux d'antigènes multiplexés. Et parce que les cellules spécifiques aux antigènes doivent être enrichies par tri par flux, le nombre de cellules d'entrée et la stratégie de tri doivent être optimisés pour chaque antigène d'intérêt — une considération pratique qui affecte la conception expérimentale dès le départ. Pour les chercheurs qui ont besoin de cartographie de spécificité antigénique sans construire l'ensemble du flux de travail BEAM en interne, Services de profilage immunitaire unicellulaire 10x Cela inclut le traitement des échantillons BEAM, l'enrichissement par tri de flux et le scoring de spécificité antigénique, fournissant un pipeline de bout en bout allant des cellules triées aux paires clonotype-antigène annotées.

Outils d'analyse pour le profilage immunitaire multimodal

L'écosystème computationnel pour l'analyse intégrée de V(D)J et de CITE-Seq a considérablement mûri durant la période 2025-2026. Le pipeline multi Cell Ranger est le point de départ, gérant l'alignement (STAR pour GEX, un algorithme d'assemblage personnalisé pour V(D)J), le regroupement de clonotypes, le scoring de spécificité antigénique et la génération de matrices de comptage d'ADT. Loupe V(D)J Browser v5.2 prend en charge l'exploration interactive des clonotypes colorés par des scores de spécificité antigénique, la visualisation des paires de chaînes et l'analyse agrégée à travers plusieurs bibliothèques BEAM — rendant possible la comparaison des clonotypes spécifiques aux antigènes à travers différents points temporels ou compartiments tissulaires sans ouvrir une ligne de commande.

Pour l'analyse programmatique, le package R scRepertoire fournit un cadre compatible avec Seurat pour la visualisation des clonotypes, y compris le suivi de l'expansion clonale, le chevauchement clonale entre les conditions et le calcul des métriques de diversité. Le package prend en charge le chargement direct des sorties Cell Ranger V(D)J et s'intègre avec l'objet standard Seurat par correspondance de codes-barres — les données de clonotypes sont stockées sous forme de colonnes de métadonnées, et des fonctions telles que clonalQuant, clonalDiversity et clonalOverlap produisent des visualisations prêtes pour publication avec un code minimal. Le package Python Dandelion (v0.5.7, janvier 2026) intègre l'analyse BCR/TCR avec Scanpy et prend en charge l'analyse de clonotypes basée sur des trajectoires, l'appel de mutations somatiques et la reconstruction de commutation d'isotypes à partir de séquences BCR. MiXCR v4.7 prend en charge l'assemblage V(D)J à cellule unique et l'analyse de répertoire à partir de données 10x Chromium avec des préréglages dédiés pour le profilage immunitaire à chaînes appariées, couvrant l'ensemble du flux de travail — assemblage V(D)J, normalisation des comptes ADT et clustering conjoint — à partir d'une seule invocation en ligne de commande. Pour les chercheurs nécessitant soutien bioinformatique personnalisé pour le profilage immunitaireLa capacité d'intégrer les données de clonotype, de transcriptome et de protéines de surface au sein d'un cadre analytique unifié est essentielle pour extraire un sens biologique des matrices de comptage brutes.

L'intégration des données à travers les modalités est généralement réalisée à l'aide de l'analyse des voisins les plus proches pondérés (WNN) dans Seurat v5, qui apprend des poids de modalité spécifiques au type cellulaire à partir des modalités GEX et ADT et construit un graphe de voisins commun. Pour l'intégration V(D)J, les informations sur les clonotypes sont généralement superposées en tant que métadonnées — colorant les clusters UMAP par la fréquence des clonotypes, mettant en évidence les clonotypes étendus, ou sous-ensemble aux cellules spécifiques à l'antigène identifiées par BEAM. La considération critique de contrôle de qualité (QC) dans le profilage immunitaire multimodal est que chaque modalité a ses propres modes de défaillance : les bibliothèques V(D)J peuvent perdre une chaîne (produisant des séquences de récepteurs non appariées), les bibliothèques ADT peuvent souffrir de signaux d'anticorps ambiants, et les bibliothèques BEAM peuvent produire des appels d'antigène faussement positifs en raison d'une liaison non spécifique des dextramères. Le contrôle de qualité intermodalité — par exemple, confirmer qu'une cellule identifiée comme spécifique à l'antigène par BEAM montre également une signature transcriptionnelle activée et des marqueurs de protéines de surface cohérents avec un engagement récent du TCR — augmente la confiance que l'annotation multimodale reflète une biologie véritable plutôt qu'un artefact technique.

Figure 4 : Pipeline d'analyse de profilage immunitaire multimodal — De Cell Ranger multi à la visualisation intégrée Loupe/Seurat

Applications en immunologie et développement de médicaments

L'application la plus forte de la combinaison de V(D)J et de CITE-Seq se trouve en immuno-oncologie, où la technologie répond simultanément à trois questions sur chaque cellule T dans une tumeur : quel récepteur exprime-t-elle (clonotype), quelles protéines sont à sa surface (phénotype) et que reconnaît-elle (spécificité antigénique avec BEAM). Une étude de 2025 profilant les lymphocytes infiltrant la tumeur chez des patients atteints de mélanome a identifié des clonotypes de cellules T CD8+ spécifiques aux néoantigènes qui co-exprimaient PD-1, TIM-3, CD39 et CD103 au niveau protéique — un phénotype de surface cohérent avec des cellules mémoire résidentes des tissus réactives aux tumeurs — et a suivi leur expansion clonale après blocage des points de contrôle. Sans CITE-Seq, la même étude se serait appuyée sur une inférence basée sur les transcrits de l'expression protéique, qui ne corrèle que modérément (Spearman ρ ≈ 0,5-0,7) avec l'abondance réelle des protéines de surface pour les molécules clés de points de contrôle immunitaires. L'intégration de ces approches de profilage immunitaire multimodal avec ATAC-seq à cellule unique ajoute le profilage de l'accessibilité de la chromatine, permettant une vue dimensionnelle régulatrice des mêmes clonotypes — liant la séquence du TCR aux événements de liaison des facteurs de transcription qui entraînent l'épuisement ou les programmes effecteurs.

La recherche sur les vaccins est le deuxième domaine d'application majeur. Le profilage longitudinal du répertoire des BCR avec des protéomiques de surface appariées peut suivre l'expansion clonale des cellules B spécifiques aux antigènes, le changement d'isotype et l'accumulation de mutations somatiques après l'immunisation. Les marqueurs de surface CITE-Seq — CD27, CD38, CD138, IgD — permettent de résoudre les populations de cellules plasmatiques, de cellules B mémoire et de cellules B naïves avec une résolution supérieure à celle du seul regroupement basé sur les transcrits, permettant une isolation précise des populations répondant au vaccin. Dans une étude de conception de vaccin à ARNm contre le SARS-CoV-2, la combinaison de V(D)J et de CITE-Seq avec le Cell Hashing a réduit le coût par échantillon en multiplexant 12 points temporels provenant de trois donneurs sur deux voies 10x, tout en éliminant les effets de lot inter-voies qui auraient autrement compliqué la comparaison des points temporels avant et après le rappel.

La recherche sur les maladies auto-immunes et la découverte d'anticorps thérapeutiques représentent des applications émergentes. Dans le lupus érythémateux systémique, le séquençage des BCR appariés et le phénotypage de surface peuvent identifier des clonotypes de cellules B autoréactives en fonction de leur utilisation des gènes V et des motifs d'hypermutation somatique, puis les relier à des signatures protéiques de surface qui distinguent les populations pathogènes des populations de soutien. Pour la découverte d'anticorps thérapeutiques, la combinaison du séquençage des BCR avec le CITE-Seq permet de dépister des cellules B spécifiques à un antigène — identifiées par BEAM-Ab — pour des marqueurs de surface associés à la sécrétion d'anticorps de haute affinité (CD27^hi, CD38^hi, CD138+), en priorisant les clonotypes pour l'expression recombinante et la validation fonctionnelle.

Une reconnaissance émergente dans le domaine est que le principal goulot d'étranglement dans le profilage immunitaire multimodal a évolué de la génération de données à l'intégration des données. Chaque modalité — transcriptome, V(D)J, ADT et BEAM — présente des structures de bruit et des effets de lot distincts qui ne s'alignent pas entre les modalités. Lorsque 12 à 14 échantillons Cell-Hashed sont regroupés et démultiplexés, les erreurs de démultiplexage HTO se propagent dans toutes les modalités en aval, ce qui signifie qu'une cellule mal assignée dans le transcriptome est également mal assignée dans les tables de clonotype et de protéines de surface. Des outils tels que Seurat v5 WNN et le cadre d'analyse factorielle multi-omiques (MOFA) prennent désormais en charge la modélisation conjointe de trois modalités ou plus, apprenant des facteurs latents qui capturent la variation coordonnée à travers le transcriptome, le protéome de surface et l'espace de clonotype. Pour les données BEAM en particulier, l'intégration des scores de spécificité des antigènes avec la séquence TCR appariée et les marqueurs d'activation de surface dans une représentation latente unifiée reste un domaine actif de développement de méthodes, avec le potentiel de lier la séquence du récepteur, le phénotype protéique et la cible antigénique dans un seul modèle prédictif de la fonction des cellules T.

Pour les chercheurs concevant des études immunologiques multimodales, une recommandation pratique est de définir quelles modalités sont essentielles pour le critère principal et lesquelles sont exploratoires. Une étude dont le résultat principal est l'expansion clonale après thérapie nécessite V(D)J + GEX ; l'ajout de CITE-Seq permet une caractérisation phénotypique plus approfondie mais augmente le coût de séquençage par cellule de 20 à 30 pour cent. Une étude dont le résultat principal est la quantification des types cellulaires basée sur les protéines de surface à travers les conditions nécessite CITE-Seq + GEX ; l'ajout de V(D)J n'est précieux que si la question biologique implique le suivi des clonotypes. BEAM devrait être réservé aux études où la spécificité antigénique est la question biologique centrale, compte tenu de son exigence pour la chimie héritée 5' v2, la préparation de conjugués BEAM sur mesure et l'enrichissement par tri en flux. L'entrée d'échantillon pour les expériences BEAM doit être planifiée de manière conservatrice : les fréquences de précurseurs spécifiques à l'antigène sont souvent inférieures à 0,1 pour cent dans les populations de cellules T non étendues, ce qui signifie que 5 à 10 millions de cellules d'entrée au total peuvent être nécessaires pour récupérer quelques centaines de cellules spécifiques à l'antigène après tri — une considération qui affecte directement la collecte de tissus et l'allocation des échantillons. Pour une vue d'ensemble de la manière dont les technologies unicellulaires et spatiales s'intègrent dans une stratégie expérimentale unifiée, consultez notre guide central sur Services de biologie unicellulaire et spatiale.

Figure 5 : Applications de V(D)J et CITE-Seq — Immuno-Oncologie, Recherche de Vaccins et Découverte d'Anticorps Thérapeutiques

FAQ

Quelle est la différence entre la chimie monocellulaire 5' et 3' pour le profilage immunitaire ?

La chimie 5' capture les transcrits à partir de l'extrémité 5' et inclut des amorces d'enrichissement V(D)J ciblant les régions constantes des transcrits TCR et BCR, ce qui en fait la chimie requise pour le profilage du répertoire immunitaire. La chimie 3' capture à partir de la queue poly(A) et ne prend pas en charge l'enrichissement V(D)J, mais offre une sensibilité transcriptomique plus élevée pour l'analyse de l'expression génique. Pour le V(D)J + CITE-Seq combiné, la chimie 5' v2 avec des anticorps TotalSeq-C est le flux de travail standard.

Combien de protéines de surface puis-je profiler avec CITE-Seq ?

Les panneaux TotalSeq actuels prennent en charge jusqu'à 200 marqueurs simultanément, bien que la plupart des études utilisent de 30 à 50 anticorps axés sur les lignées immunitaires et les marqueurs fonctionnels pertinents pour leur question biologique. La limite pratique est déterminée par la disponibilité des anticorps, la conception de codes-barres sans chevauchement spectral et les rendements décroissants de l'ajout de marqueurs qui n'améliorent pas la discrimination des types cellulaires au-delà de ce que le panneau de base fournit déjà.

Qu'est-ce que le hachage de cellule et quand devrais-je l'utiliser ?

Le Cell Hashing utilise des anticorps conjugués à des oligonucleotides contre des marqueurs de surface exprimés de manière ubiquitaire (CD298, β2-microglobuline) pour étiqueter chaque échantillon avec un code-barres unique avant le regroupement. Cela permet le multiplexage de jusqu'à 14 échantillons dans une seule voie 10x, réduisant le coût par échantillon et éliminant les effets de lot. Utilisez-le pour des études multi-échantillons, multi-conditions ou multi-points dans le temps où la correction de lot compliquerait autrement l'analyse.

Puis-je effectuer un séquençage V(D)J sur des espèces non humaines/non murines ?

Les amorces d'enrichissement 10x V(D)J sont conçues pour les régions constantes humaines et murines. Une réactivité croisée a été signalée pour certains échantillons de primates non humains et de rats, mais la plupart des espèces non modèles nécessitent une conception d'amorces sur mesure ciblant les régions constantes de leurs loci TCR/BCR. Pour toute espèce non standard, consultez le fournisseur de services sur la faisabilité des amorces sur mesure avant d'engager des échantillons.

Quel est le nombre minimum de cellules nécessaires pour le séquençage V(D)J ?

Un minimum de 5 000 à 10 000 cellules T ou B viables est recommandé pour une analyse significative de la diversité des clonotypes, bien que l'expansion clonale — où quelques clonotypes dominants occupent une grande fraction du répertoire — puisse être détectée avec aussi peu que 1 000 cellules. Pour des populations rares telles que les cellules T spécifiques aux antigènes (avant enrichissement), des nombres d'entrée plus élevés (50 000 à 100 000 cellules au total) sont recommandés pour garantir une représentation adéquate de la population d'intérêt.

Comment le CITE-Seq se compare-t-il à la cytométrie en flux pour la détection des protéines de surface ?

CITE-Seq détecte les protéines de surface via un code-barres ADN plutôt que par fluorescence, permettant la mesure simultanée de 30 à 200 marqueurs — bien au-delà des 18 à 30 paramètres réalisables avec la cytométrie en flux spectrale. Cependant, CITE-Seq détruit la cellule et ne peut pas trier des populations vivantes. Les deux technologies sont complémentaires : la cytométrie en flux pour l'isolement et le tri de cellules vivantes, CITE-Seq pour la découverte à haut paramètre et l'intégration avec les données transcriptomiques et de répertoire.

Quelle profondeur de séquençage est recommandée pour le séquençage combiné V(D)J + CITE-Seq ?

Bibliothèque d'expression génique : 20 000 à 25 000 paires de lectures par cellule. Bibliothèque V(D)J : 5 000 à 10 000 paires de lectures par cellule. Bibliothèque ADT : 5 000 à 10 000 paires de lectures par cellule. Pour les bibliothèques de capture d'antigène BEAM, 5 000 lectures par cellule. À 10 000 cellules par échantillon, le séquençage total est d'environ 350 à 500 millions de paires de lectures.

Quel est le délai de réalisation pour un projet V(D)J + CITE-Seq ?

Le traitement des échantillons par construction de bibliothèque nécessite généralement de 2 à 3 semaines, et le séquençage 1 à 2 semaines supplémentaires. L'analyse bioinformatique complète — incluant l'assemblage des clonotypes, la normalisation des ADT, le clustering multimodal et l'évaluation de la spécificité antigénique — ajoute de 2 à 4 semaines.

Références :

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À des fins de recherche uniquement, non destiné à un diagnostic clinique, un traitement ou des évaluations de santé individuelles.