Directives de Soumission d'Échantillons
Questions et réponses sur le séquençage de l'ARN total
- Questions générales
- Quels types de services de séquençage de l'ARN total proposez-vous ?
- CD Genomics Service de séquençage de l'ARN total est une solution puissante et complète pour analyser le transcriptome cellulaire. Le séquençage RNA complet a un large éventail d'applications, allant des études fondamentales sur la structure et la fonction des cellules à la détection et à l'analyse de diverses maladies. Par exemple, les changements dans l'expression des gènes avant et après une intervention thérapeutique peuvent être comparés pour déterminer la présence ou l'absence de maladie. Le séquençage RNA peut également être utilisé pour détecter l'épissage alternatif, les modifications post-transcriptionnelles et l'analyse des exons et introns. Les données obtenues peuvent fournir des informations précieuses sur les mécanismes cellulaires sous-jacents, la structure du génome et les effets induisant des maladies.
- Comment fonctionne le séquençage de l'ARN total ?
- Le processus de RNA-Seq tourne autour de la construction d'une bibliothèque d'ADN complémentaire (cDNA) pour le séquençage. La construction de la bibliothèque commence par l'isolement de l'ARN cellulaire, suivi d'essais de contrôle de qualité pour déterminer l'intégrité de l'ARN. Ensuite, l'ARN cible dans la bibliothèque peut être enrichi soit par élimination, soit par un essai de dépistage. L'ARN est ensuite transcrit inversement en cDNA avant le séquençage.
- Devrais-je choisir le séquençage de l'ARN total ou le séquençage de l'ARNm ?
- Le choix entre le séquençage de l'ARN total et le séquençage de l'ARNm dépend de l'objectif de l'expérience. Le séquençage de l'ARN total offre l'analyse la plus complète de l'ensemble du transcriptome. Si des eucaryotes sont étudiés et que seules les régions codantes sont d'intérêt, et qu'il y a peu de matériel de départ disponible, le séquençage de l'ARNm est la solution idéale.
- Quels types d'espèces d'ARN peuvent être obtenus par séquençage de l'ARN total ?
- Le séquençage total de l'ARN (Total RNA-Seq) est le séquençage de l'ARN dont l'ARN ribosomique (rRNA) a été éliminé, ce qui contient une variété de molécules d'ARN. Celles-ci incluent l'ARN messager précurseur (pre-mRNA), l'ARN messager (mRNA) et de nombreux types d'ARN non codants (ncRNA) tels que l'ARN de transfert (tRNA), l'ARN micro (miRNA) et l'ARN long non codant (lncRNA, transcrits de plus de 200 nucléotides qui n'ont pas été traduits en protéines).
- Quelles stratégies utiliser pour améliorer la qualité des données de séquençage d'ARN ?
- La suppression des ribosomes ou l'enrichissement en ARNm peuvent améliorer la qualité des données de séquençage. Les deux approches permettent de séquencer uniquement la molécule d'ARN cible et minimisent le gaspillage de lectures de séquençage.
L'élimination des transcrits d'ARNr permet de concentrer davantage de lectures de séquençage sur les transcrits souhaités, améliorant ainsi la sensibilité du séquençage. L'étape d'élimination de l'ARNr est particulièrement importante si le niveau d'expression du transcrit souhaité est très faible. La sélection par poly-A est suffisante pour étudier l'ARNm chez les eucaryotes. L'analyse des lncRNA ou des transcrits bactériens nécessite une déplétion de l'ARNr.
- La suppression des ribosomes ou l'enrichissement en ARNm peuvent améliorer la qualité des données de séquençage. Les deux approches permettent de séquencer uniquement la molécule d'ARN cible et minimisent le gaspillage de lectures de séquençage.
- Quelles plateformes de séquençage sont utilisées pour le RNA-Seq ?
- La RNA-Seq standard, spécifique à un brin, unicellulaire, à faible et ultra-faible entrée utilise le séquençage à lecture courte sur des plateformes Illumina telles que NovaSeq et HiSeq.
- Pouvez-vous analyser les petits ARN ou les miARN ?
- Oui, le séquençage RNA total fournit des informations sur les ARN codants ainsi que sur les ARN non codants tels que les lncARN et les miARN.
- Combien de données de séquençage ai-je besoin en séquençage d'ARN total ?
- La séquençage total d'ARN nécessite plus de données de séquençage (généralement 100 à 200 millions de lectures de séquençage par échantillon). Pour des espèces matures telles que l'humain, le rat et la souris, 6G de bases sont suffisants pour étudier uniquement l'expression des ARNm, et 12-15G sont recommandés pour l'expression des lncARN. 5-10M de lectures sont généralement suffisants pour le séquençage des petits ARN. Pour d'autres espèces ou besoins, vous pouvez contactez-nous pour plus d'informations.
- Quelles analyses bioinformatiques fournit le séquençage total d'ARN ?
- Nous avons une équipe de soutien en bioinformatique complète pour fournir une analyse de données supplémentaire pour les demandes routinières et personnalisées. Cela inclut, mais sans s'y limiter, l'analyse de l'épissage alternatif, l'identification de nouveaux transcrits, l'analyse des gènes de fusion, la détection de SNP, ainsi que l'analyse différentielle, l'analyse des tendances et l'analyse d'enrichissement.
Visitez les pages suivantes pour plus d'informations sur l'analyse bioinformatique des RNA-Seq.
- Nous avons une équipe de soutien en bioinformatique complète pour fournir une analyse de données supplémentaire pour les demandes routinières et personnalisées. Cela inclut, mais sans s'y limiter, l'analyse de l'épissage alternatif, l'identification de nouveaux transcrits, l'analyse des gènes de fusion, la détection de SNP, ainsi que l'analyse différentielle, l'analyse des tendances et l'analyse d'enrichissement.
- Préparation des échantillons
- Quels types d'échantillons prenons-nous en charge ?
- Nous supportons une grande variété d'échantillons tels que des cellules, des tissus, des FFPE, du sang, de l'urine et des exosomes. Pour plus d'informations, veuillez lire notre soumission d'échantillon spécifique ou soumettre une demande ici.
- Comment extraire l'ARN total ?
- L'extraction d'ARN commence par l'homogénéisation de l'échantillon, suivie de la lyse des cellules pour libérer l'ARN. L'ARN est ensuite conditionné pour se lier à une colonne de capture, puis lavé pour éliminer les sels et autres contaminants avant d'être élué. Tout ADN génomique contaminant peut être éliminé par des méthodes basées sur des colonnes ou des enzymes.
Découvrez notre Protocole d'extraction/purification de l'ARN total pour plus d'informations.
- L'extraction d'ARN commence par l'homogénéisation de l'échantillon, suivie de la lyse des cellules pour libérer l'ARN. L'ARN est ensuite conditionné pour se lier à une colonne de capture, puis lavé pour éliminer les sels et autres contaminants avant d'être élué. Tout ADN génomique contaminant peut être éliminé par des méthodes basées sur des colonnes ou des enzymes.
- Comment devrais-je prélever des échantillons ?
- L'ARN est très dégradable et la préférence est donnée aux tissus frais et en pleine croissance. Les échantillons cellulaires doivent contenir au moins 10^7 cellules. Les échantillons de sang total ne doivent pas être inférieurs à 5 ml. Les échantillons doivent être congelés dans de l'azote liquide et stockés à -80°C. Les échantillons doivent être soigneusement scellés et expédiés sur de la glace sèche.
- Comment commander
- Comment devrais-je préparer et envoyer des échantillons ?
- Révisez notre lignes directrices pour la livraison d'échantillons pour des instructions sur la préparation et l'envoi d'échantillons pour le séquençage de l'ARN total.
- Quel type de données vais-je recevoir ?
- Notre livraison de données et notre format varient selon la plateforme/application et suivent les normes de l'industrie NGS. Les données de séquençage, filtrées et non filtrées, sont généralement livrées sous forme de fichiers fastq. Les alignements de référence sont fournis sous forme de fichiers .bam. Les appels SNP et/ou les variants sont fournis sous forme de fichiers VCF. Nous proposons également des formats de données et des rapports personnalisés pour répondre à vos exigences spécifiques.
À des fins de recherche uniquement, non destiné à un diagnostic clinique, un traitement ou des évaluations de santé individuelles.
Services associés
