Directives de Soumission d'Échantillons
Questions Fréquemment Posées
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Livraison d'échantillons
- 1. Quels matériaux de départ CD Genomics accepte-t-il pour ses services ?
- Nous acceptons l'ARN total, l'ADN génomique, les amplicons, les cultures cellulaires et les pellets, les tissus, le sang, etc.
- 2. Nous aurons plusieurs échantillons collectés à différents moments. Devons-nous faire le séquençage lorsque nous avons collecté tous les échantillons ?
- Vous pouvez nous envoyer des échantillons en plusieurs lots. Cela nous permettra de réaliser d'abord un contrôle qualité pour vérifier la qualité des échantillons. Si un échantillon ne passe pas le contrôle qualité, cela vous donnera du temps pour préparer de nouveaux échantillons, et nous procéderons au séquençage lorsque nous aurons reçu tous les échantillons.
- 3. Pouvez-vous recommander des kits d'isolement d'ARN/ADN préférés pour fournir les meilleurs échantillons de qualité pour les services de NGS ?
- Pour l'ARN-seq, le Trizol est plus couramment utilisé, vous pouvez simplement utiliser la méthode Chloroforme/Phénol pour la purification comme indiqué dans le kit Trizol. Une autre méthode plus simple consiste à utiliser un kit commercial (par exemple, le Qiagen RNeasy Mini Kit). De plus, pour l'isolement de l'ARN total à partir d'échantillons de plantes, nous recommandons le Qiagen RNeasy Plant Mini Kit.
Pour le séquençage de miARN, vous pouvez isoler votre échantillon d'ARN avec un kit d'isolement de miARN mirVana™ ou le kit de Qiagen. Nous préférons cependant recevoir un échantillon d'ARN total afin de pouvoir effectuer le contrôle de qualité avec le Bioanalyzer pour vérifier la qualité de l'ARN avant de commencer la construction de la bibliothèque.
Pour d'autres services, il n'y a généralement pas de kits d'isolement d'ADN/ARN préférés tant que les exigences minimales pour le contrôle de qualité sont respectées.
- Pour l'ARN-seq, le Trizol est plus couramment utilisé, vous pouvez simplement utiliser la méthode Chloroforme/Phénol pour la purification comme indiqué dans le kit Trizol. Une autre méthode plus simple consiste à utiliser un kit commercial (par exemple, le Qiagen RNeasy Mini Kit). De plus, pour l'isolement de l'ARN total à partir d'échantillons de plantes, nous recommandons le Qiagen RNeasy Plant Mini Kit.
- 4. Combien de temps CD Genomics conserve-t-il mes échantillons ? Renvoie-t-il les échantillons restants ?
- En raison de l'espace limité dans le congélateur de l'installation de séquençage ADN, nous ne conservons vos échantillons que pendant 2 mois, après quoi ils seront jetés sans préavis. Si vous souhaitez que vos échantillons restants vous soient retournés, veuillez nous contacter, nous facturerons des frais d'expédition et de manutention.
- 5. Le transport longue distance (par exemple, international) affectera-t-il l'état de l'échantillon ?
- En utilisant des méthodes d'expédition appropriées, le transport n'affectera pas l'état de l'échantillon. Pour les échantillons d'ADN, la plupart des ADN sont stables sur glace pendant quelques jours, la glace carbonique n'est pas nécessaire. Pour les échantillons d'ARN, l'ARN est beaucoup moins stable que l'ADN, vous pouvez l'envoyer avec de la glace carbonique, avec un précipité d'éthanol ou en utilisant un réactif RNAstable. Pour les échantillons de tissu, vous pouvez les envoyer dans des réactifs RNAlater et les expédier à température ambiante.
Veuillez sceller chaque tube de vial pour prévenir absolument les fuites, les ruptures et l'évaporation, et un conteneur secondaire est recommandé.
- En utilisant des méthodes d'expédition appropriées, le transport n'affectera pas l'état de l'échantillon. Pour les échantillons d'ADN, la plupart des ADN sont stables sur glace pendant quelques jours, la glace carbonique n'est pas nécessaire. Pour les échantillons d'ARN, l'ARN est beaucoup moins stable que l'ADN, vous pouvez l'envoyer avec de la glace carbonique, avec un précipité d'éthanol ou en utilisant un réactif RNAstable. Pour les échantillons de tissu, vous pouvez les envoyer dans des réactifs RNAlater et les expédier à température ambiante.
- 6.Acceptez-vous des échantillons FFPE pour le WES et l'ARN-seq ?
- Oui. Pour le WES, nous pouvons utiliser de l'ADN dégradé. Pour l'ARN FFPE dégradé, nous utilisons la technologie Ribo-Zero pour éliminer l'ARNr, car le protocole normal ne fonctionnera pas en raison de la perte des queues poly-A.
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Plateforme technologique
- 1. Quelles plateformes de séquençage avez-vous ?
- Nous avons les plateformes de séquençage Illumina et la plateforme de séquençage PacBio SMRT Sequel, et nous mettons en place la plateforme Oxford Nanopore.
- 2. Comment garantissez-vous la qualité du séquençage ?
- Nous fournirons aux clients le rapport de contrôle qualité à chaque étape majeure, c'est-à-dire le contrôle qualité de l'échantillon d'entrée initial, le contrôle qualité de la préparation de la bibliothèque et le contrôle qualité des données brutes pour détecter la qualité du séquençage. Néanmoins, assurez-vous de réaliser votre propre contrôle qualité avant d'expédier les échantillons afin d'éviter des retards ou d'autres pièges dans le traitement.
Pour surveiller le contrôle de la qualité du séquençage, le contrôle PhiX sera utilisé. Le contrôle PhiX d'Illumina peut être utilisé comme un contrôle positif dans le processus de clustering. Si un problème survient lors de la préparation de l'échantillon, le PhiX génère tout de même des clusters. Ces clusters aident à déterminer si un manque de clusters est dû à un échec de la préparation de l'échantillon ou à un échec dans le processus de génération de clusters. Et nous répéterons l'étape de séquençage si l'échec est dû à l'exécution du séquençage.
- Nous fournirons aux clients le rapport de contrôle qualité à chaque étape majeure, c'est-à-dire le contrôle qualité de l'échantillon d'entrée initial, le contrôle qualité de la préparation de la bibliothèque et le contrôle qualité des données brutes pour détecter la qualité du séquençage. Néanmoins, assurez-vous de réaliser votre propre contrôle qualité avant d'expédier les échantillons afin d'éviter des retards ou d'autres pièges dans le traitement.
- 3. Quels types de méthodes utilisez-vous pour le contrôle qualité ?
- En général, nous effectuerions un contrôle qualité des échantillons en utilisant le Qubit, le NanoDrop et le gel d'agarose pour détecter la quantité d'échantillon, et en utilisant l'Agilent Bioanalyzer (norme de l'industrie) pour déterminer le nombre d'intégrité de l'ARN (RIN).
Le contrôle de qualité de la bibliothèque sera également effectué à l'aide de l'Agilent Bioanalyzer pour déterminer la taille et la pureté de la bibliothèque. De plus, avant de charger les bibliothèques sur le séquenceur, nous effectuons une quantification par qPCR. Le coût de cela est inclus dans le service de séquençage.
Pour le contrôle qualité des données finales générées par notre service de séquençage, le logiciel intégré fera généralement le travail et fournira des informations de contrôle qualité adéquates. Cependant, nous pouvons également fournir des données de contrôle qualité supplémentaires telles que FASTQC sur demande.
- En général, nous effectuerions un contrôle qualité des échantillons en utilisant le Qubit, le NanoDrop et le gel d'agarose pour détecter la quantité d'échantillon, et en utilisant l'Agilent Bioanalyzer (norme de l'industrie) pour déterminer le nombre d'intégrité de l'ARN (RIN).
- 4. Combien de réplicats biologiques ai-je besoin pour chaque condition ?
- Pour augmenter la confiance et réduire l'erreur expérimentale, il est fortement recommandé de soumettre au moins 3 répliques pour chaque traitement/groupe. Veuillez noter que cela sert uniquement de ligne directrice et que le nombre final de répliques et d'échantillons doit être déterminé par l'utilisateur final en fonction de ses conditions expérimentales finales. Nous ne créons pas de bibliothèques de répliques techniques à partir du même échantillon, car la technologie de séquençage de nouvelle génération elle-même est très reproductible.
- 5. Regroupez-vous des échantillons/bibliothèques dans une seule voie de séquençage ?
- Oui, nous pouvons multiplex vos échantillons et réduire le coût moyen de séquençage pour chaque échantillon.
- 6. Si nous n'avons pas suffisamment de matériel d'entrée comme vous le suggérez, pouvez-vous quand même procéder ?
- Nous pouvons appliquer la stratégie de préparation de bibliothèque d'ADN/ARN à faible apport. Alternativement, nous pouvons également proposer une option pour l'amplification de l'ADN/ARN, suivie de la préparation de la bibliothèque.
- 7.Acceptez-vous des bibliothèques préparées par soi-même ?
- Oui, et nous ferons un Bioanalyzer pour la qualification avant de charger dans le séquenceur. Nous exigeons au moins une bibliothèque en pool de 10 nM.
- 8. Quelle technologie utilisez-vous pour le génotypage SNP ?
- Nous proposons des services de génotypage SNP à l'échelle du génome entier ainsi que dans des loci ciblés.
Pour le génotypage SNP du génome entier, nous proposons un séquençage du génome entier en utilisant la technologie de séquençage de nouvelle génération, et nous proposons également des microarrays SNP en utilisant des arrays commerciaux.
Pour le génotypage de loci ciblés, nous pouvons utiliser plusieurs technologies, y compris le génotypage SNP MassARRAY, SNaPshot et la technologie KASP en utilisant le séquençage de nouvelle génération. Nous pouvons offrir une consultation gratuite pour concevoir des approches appropriées pour votre projet demandé.
- Nous proposons des services de génotypage SNP à l'échelle du génome entier ainsi que dans des loci ciblés.
- 9. Quels avantages l'ARN-Seq présente-t-il par rapport à l'utilisation des microarrays de profilage de l'expression génique ?
- Comparé aux méthodes basées sur les microarrays, le RNA-seq offre une couverture bien plus élevée et une meilleure résolution de la nature dynamique du transcriptome, ce qui est plus rentable. Nous disposons de la plateforme Illumina à la pointe de la technologie, avec la stratégie de séquençage PE150 (une moyenne de 6 Go de données par échantillon) et une forte capacité d'analyse des données, pour soutenir votre recherche.
- 10. Quand est-il nécessaire d'éliminer l'ARNr de mes échantillons avant le séquençage, et quel est l'avantage de le faire ?
- Dans l'ARN total, l'ARNr représente plus de 90 %. Réaliser un séquençage d'ARN (RNA-Seq) sans enrichissement en Poly(A) ou sans déplétion de l'ARNr entraînera la majorité des lectures provenant de l'ARN ribosomique. Ainsi, l'enrichissement en Poly(A) ou la déplétion de l'ARNr est nécessaire pour toute plateforme de séquençage.
- 11.Devez-vous effectuer une isolation de miARN pour le séquençage de miARN ?
- Il n'est pas nécessaire de purifier les miARN car le kit NEBNext Small RNA Library Prep utilise de l'ARN total comme matériau de départ. Ce kit utilise des adaptateurs spéciaux en 3' et 5' qui se lieront spécifiquement aux miARN et non à l'ARNr ou à d'autres transcrits. NE PAS utiliser le kit de colonne qui pourrait filtrer les petits ARN.
- 12. Que se passe-t-il si le séquençage échoue ?
- Tout d'abord, nous effectuons un contrôle qualité à chaque étape majeure pour garantir le succès du projet. Cependant, le séquençage peut parfois échouer pour de nombreuses raisons, y compris des échecs de notre part, par exemple des dysfonctionnements d'instruments, des erreurs de techniciens, et des échecs du client, par exemple un échantillon impur ou une expérience mal conçue. Nous évaluerons, dans la mesure de nos capacités, si une analyse échouée est due à une défaillance de notre part, et nous pourrions, dans de tels cas, répéter une analyse à nos frais. Nous ne serons pas tenus responsables des échecs de séquençage résultant d'erreurs ou de problèmes dans le laboratoire du client.
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Rapport d'analyse
- 1. Comment puis-je obtenir les données brutes ?
- Les données brutes et les résultats analysés peuvent être transférés via un FTP sécurisé et protégé par mot de passe.
- 2. Quel type de logiciel spécial est nécessaire pour visualiser les fichiers de rapport de données ?
- Vous devrez d'abord décompresser les fichiers fastq.gz avec WinRAR pour les visualiser avec vim, nano, gedit ou Notepad++. Nextgen Workbench peut généralement afficher les données immédiatement sans décompression. Les données décompressées peuvent être importées en tant que texte dans l'onglet de données d'Excel.
- 3. Quel type de données fournissez-vous ?
- Les données NGS brutes que nous avons livrées seront des fichiers fastq propres. Nous envoyons également un rapport pour votre projet. Si vous choisissez notre service d'analyse bioinformatique, des fichiers supplémentaires tels que des fichiers bam, des fichiers vcf et d'autres (selon l'analyse) seront livrés.
- 4. Combien de temps mes données de projet seront-elles conservées ?
- Nous conservons vos données pendant 3 mois après leur génération sans frais supplémentaires. Vous pouvez nous demander de les conserver plus longtemps (avec un coût).
- 5. Dois-je fournir un génome de référence pour l'analyse des données ?
- En plus de la réorganisation, de nombreuses applications telles que le séquençage du transcriptome reposent sur un génome de référence de haute qualité comme base pour une analyse plus approfondie. La séquence de référence complète garantit où compter, tandis que l'annotation de référence complète garantit quoi compter. Des annotations supplémentaires d'un génome de référence permettent des analyses plus approfondies telles que l'analyse des voies métaboliques et la détection de transcrits alternatifs.
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Horaire
- 1. Quel est le délai de traitement pour vos services NGS ?
- Le délai de traitement dépendra du nombre d'échantillons à tester, du type de course, des exigences d'extraction d'acides nucléiques et d'analyse des données, ainsi que d'autres facteurs. En général, le délai de construction de la bibliothèque et de séquençage est d'environ 30 jours ouvrables. Lorsque nous mettrons en place un projet avec vous, nous vous donnerons une estimation du temps que nous prévoyons que cela prendra.
- 2. Quelle est la durée de validité typique d'un devis ?
- La validité du devis est de 60 jours.
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Sécurité de la vie privée
- 1. Possède-je la propriété intellectuelle de mes résultats ? Et comment pouvez-vous garantir la sécurité de nos données ?
- Oui, nous sommes un prestataire de services et, en tant que tel, nous ne revendiquons aucun droit de propriété intellectuelle. Nous garderons toutes les données confidentielles et promettons de ne pas les partager avec quiconque sans votre permission.
À des fins de recherche uniquement, non destiné à un diagnostic clinique, un traitement ou des évaluations de santé individuelles.
