Séquençage du répertoire immunitaire TCR et BCR : Profilage de la diversité des récepteurs des cellules T et B dans la santé et la maladie

Intention MétamétaUn guide pratique de conception de recherche pour décider de ce qu'un résultat de répertoire TCR ou BCR peut légitimement revendiquer, puis sélectionner l'architecture d'échantillon, l'essai, la définition de clonotype et le plan d'analyse nécessaires pour soutenir cette revendication.

Le séquençage du répertoire immunitaire est souvent décrit comme un moyen de mesurer la diversité, de détecter des clones étendus et de suivre l'immunité adaptative. Ces descriptions sont utiles, mais elles omettent la décision qui détermine si le résultat final sera convaincant : que doit-on exactement observer pour que la conclusion biologique soit valide ? Un tableau de clonotypes classés peut montrer que des séquences ont été récupérées. Il ne peut pas, à lui seul, établir la spécificité antigénique, une lignée cellulaire stable, un changement longitudinal significatif ou un récepteur fonctionnel. Cette ressource commence par la revendication de preuve et remonte à travers le choix des tests, l'échantillonnage et l'analyse. Elle est délibérément différente des articles HLA liés dans cette matrice de contenu : l'accent ici est mis sur l'intégrité des preuves clonales, et non sur le rapport de résolution des allèles ou l'appariement des unités de donneurs.

Un répertoire est un recensement moléculaire échantillonné, pas une carte antigénique directe.

Chaque ensemble de données de répertoire est un recensement de molécules de récepteurs ou de réarrangements récupérés à partir d'un aliquote fini. L'unité comptée peut être un réarrangement génomique, un transcript exprimé, une molécule réduite par UMI, un code-barres de cellule, ou un récepteur apparié porté par une cellule. Ceux-ci ne sont pas interchangeables. Un clone qui est abondant en ARN peut être transcriptionnellement actif, représenté par plus de cellules, ou les deux. Un clone absent d'un échantillon ultérieur peut être biologiquement absent, en dessous de la limite d'échantillonnage, perdu avant la construction de la bibliothèque, ou filtré par une règle d'analyse.

Commencez chaque projet par une phrase dans le protocole : "Nous utiliserons ce test pour estimer [caractéristique du récepteur définie] dans [compartiment cellulaire défini] à [point de comparaison défini], et nous interpréterons une différence uniquement après [vérifications techniques définies]." Cette phrase évite l'erreur courante de transformer une observation en une affirmation plus forte. Par exemple, "des séquences TRB CDR3 étendues dans des cellules T mémoire triées" est une observation ; "une réponse T-cellulaire spécifique à un antigène persistante" est une hypothèse qui nécessite des preuves supplémentaires. La même distinction est importante pour les cellules B : des séquences IGH partagées peuvent établir des réarrangements liés, tandis qu'une famille clonale avec un modèle de mutation somatique cohérent nécessite un modèle de lignée explicitement énoncé.

Figure 1 : La chaîne de preuves du répertoire. Un résultat devient plus biologiquement spécifique uniquement lorsque sa définition, son cadre d'échantillonnage et les preuves orthogonales soutiennent l'étape suivante de la chaîne de preuves.

Choisissez l'unité de quantification avant de choisir les codes-barres RNA, ADN ou cellulaires.

La première décision d'analyse n'est pas "TCR ou BCR ?" mais "que doit représenter l'abondance ?" L'ADN génomique commence près d'un modèle de comptage cellulaire car chaque lymphocyte contribue à des loci de récepteurs réarrangés. Il est utile lorsqu'une étude nécessite un enregistrement durable de l'abondance des réarrangements ou doit travailler avec de l'ADN qui est plus stable que l'ARN. L'ARN capture les transcrits de récepteurs exprimés, soutient les informations complètes sur la région variable de manière plus naturelle et est particulièrement précieux lorsque l'hypermutation somatique du BCR, le contexte d'isotype ou les caractéristiques de récepteurs au niveau des transcrits sont centraux. Mais l'abondance de l'ARN ne doit pas être présentée comme un comptage cellulaire direct sans correction moléculaire appropriée et sans une déclaration claire de l'unité de mesure.

Pour les conceptions basées sur l'ARN, les identifiants moléculaires et l'analyse tenant compte des répliques aident à séparer les molécules des duplicatas PCR. Ils ne suppriment pas toutes les sources de variance : la capture cellulaire, l'extraction d'ARN, la transcription inverse et l'aliquotage initial définissent toujours quelles molécules étaient disponibles à l'observation. Un projet utilisant Séquençage du répertoire immunitaire TCR et BCR devrait donc enregistrer le matériel source, l'historique d'enrichissement cellulaire, le type d'acide nucléique, la chimie de la bibliothèque et l'unité de comptage dans une feuille de projet lisible par machine. Lorsque la question de recherche nécessite également un contexte d'expression plus large à partir du même matériel, un séquençage de l'ARN total Le design peut fournir une couche complémentaire au niveau du transcriptome ; il ne doit pas être considéré comme un substitut à un test de répertoire enrichi en récepteurs.

Une règle pratique est d'éviter un changement silencieux dans le dénominateur. Si une visite est rapportée comme "fraction de molécules de récepteurs UMI-collapsées" et une autre comme "fraction de clonotypes productifs", les pourcentages résultants ne peuvent pas être comparés en tant que trajectoire longitudinale. Maintenez un dénominateur primaire stable, conservez des dénominateurs secondaires pour l'analyse de sensibilité et documentez tout échantillon où le dénominateur change en raison d'une faible entrée ou d'un flux de travail modifié.

Le séquençage du répertoire en vrac et des cellules uniques répond à des questions différentes.

Le séquençage de répertoire en vrac est bien adapté à une surveillance large et répétable d'une population cellulaire définie à travers de nombreux échantillons ou points temporels. Il peut récupérer une longue traîne de séquences de récepteurs d'une population en pool et soutient des questions telles que : Quels clonotypes sont détectés de manière répétée ? La distribution de fréquence est-elle devenue plus concentrée ? L'utilisation des V/J ou les propriétés du CDR3 ont-elles changé entre des groupes prédéfinis ? Dans ce mode, le principal défi de conception est la représentativité : les cellules entrant dans le tube, l'acide nucléique entrant dans la bibliothèque et la profondeur moléculaire entrant dans l'analyse contraignent tous la revendication.

Le profilage des récepteurs à cellule unique doit être sélectionné lorsque l'appariement des chaînes ou le contexte cellulaire modifient l'interprétation biologique. Une séquence de TCR alpha-bêta ou de BCR lourd-léger appariée n'est pas simplement plus détaillée qu'une seule chaîne ; c'est un objet de preuve différent. Elle peut être liée à un état cellulaire, à un panel de marqueurs de surface, à un programme transcriptionnel ou à un phénotype spécifique à un clone. Le pont approprié est un service de séquençage TCR et BCR à cellule unique lorsque le projet nécessite réellement des récepteurs appariés ou un contexte au niveau cellulaire. Ne pas utiliser le profilage unicellulaire simplement parce qu'il est plus granulaire si la question centrale concerne un changement à l'échelle d'un cohort dans une chaîne non appariée à travers des échantillons sériels. Dans ce cas, le fait de manquer des clones à faible fréquence et une couverture du répertoire par échantillon plus faible peut affaiblir l'objectif principal.

De nombreuses études solides utilisent un design en étapes plutôt que de forcer un seul essai à accomplir les deux tâches. Un criblage de masse identifie des points temporels, des compartiments tissulaires ou des échantillons avec un signal de répertoire prédéfini. Un cohorte de cellules uniques ciblée teste ensuite si le signal candidat est associé à un récepteur apparié et à un état cellulaire défini. Cette séquence rend explicite la règle d'escalade et maintient l'analyse des cellules appariées liée à une question à laquelle les données de masse ne peuvent pas répondre. Lorsque le contexte du transcriptome est la seconde couche prévue, RNA-Seq peut être planifié comme un ensemble de données d'expression complémentaire, avec des identifiants d'échantillons et des fenêtres de collecte harmonisées avant la génération de l'une ou l'autre bibliothèque.

Figure 2 : Sélection des tests par exigence de preuve. La sélection des tests devrait suivre l'objet de preuve nécessaire pour la conclusion finale : fréquence au niveau de la population, identité des récepteurs appariés, ou identité des récepteurs liée à l'état cellulaire.

Définir ce qui compte comme le même clone avant d'examiner les données.

Le "clonotype" n'est pas un objet universel. Dans un ensemble de données TCR en vrac, une étude peut définir un clonotype par la séquence de nucléotides CDR3 productive plus l'attribution V et J pour une chaîne. Une autre peut utiliser les acides aminés CDR3 plus les appels de gènes pour regrouper des séquences apparentées. Dans les données unicellulaires, un clonotype peut être une configuration de récepteur alpha-bêta appariée ; dans l'analyse BCR, une famille clonale peut incorporer l'attribution V et J, la similarité des jonctions et un modèle de mutation somatique. Chaque définition a des conséquences sur les comptes de clones, le partage, le chevauchement et les valeurs de diversité.

Écrivez la définition avant d'examiner les différences entre les groupes. Au minimum, définissez si les séquences doivent être productives, si la clé d'identité est la séquence de nucléotides ou d'acides aminés, quelles règles d'ambiguïté d'appel de gènes sont acceptées, comment les chaînes multiples dans une cellule sont gérées, et comment les contigs non appariés sont conservés ou exclus. Stockez cette définition à côté des données sous forme de champs tels que clone_definition, productive_rule, reference_release, et contig_filter_versionC'est plus utile qu'une déclaration générique selon laquelle un pipeline était "standard". Cela permet à un analyste futur de reproduire pourquoi deux séquences ont été regroupées.

Pour les projets BCR, la définition doit séparer trois niveaux : un réarrangement unique, une famille clonale apparentée et un chemin de lignée candidat. L'hypermutation somatique rend ces niveaux particulièrement faciles à brouiller. Une famille observée de séquences IGH apparentées n'est pas automatiquement une trajectoire de maturation directionnelle, et une ressemblance de séquence n'est pas une preuve de liaison d'antigène partagée. Si le contexte complet de la région variable est nécessaire pour la question de recherche, profilage complet du répertoire des TCR et BCR donne un objet de données plus approprié qu'une revendication uniquement CDR3. Si une séquence d'anticorps sélectionnée nécessite ultérieurement une caractérisation moléculaire indépendante, cela constitue une tâche distincte du profilage du répertoire au niveau de la population et peut être défini par séquençage d'anticorps.

Construire un échantillonnage autour du signal biologique, pas autour d'un tube pratique.

La plus grande source d'incertitude dans le travail sur le répertoire se produit souvent avant le séquençage. Le sang périphérique, les tissus, un sous-ensemble trié et une suspension enrichie en cellules sont différents cadres d'échantillonnage biologique. Une séquence de récepteur peut être commune dans une lésion mais rare dans la circulation ; une séquence dominante dans un échantillon de tissu en vrac peut provenir d'un petit compartiment cellulaire. Le protocole doit indiquer quel compartiment représente la question et si les comparaisons traversent les compartiments. Si c'est le cas, la comparaison doit être formulée comme un trafic, un partage ou un enrichissement - et non comme une équivalence directe des fréquences.

Pour les études longitudinales, standardisez les fenêtres de collecte par rapport à l'événement de recherche, à la méthode de conservation, au délai de traitement, à la stratégie d'enrichissement et à la population cellulaire entrant dans chaque bibliothèque. Un échantillon "de référence" collecté après une perturbation non enregistrée n'est pas un échantillon de référence. De même, un passage des PBMC entiers aux cellules CD8 positives triées modifie le dénominateur et doit être analysé comme une nouvelle série de mesures, à moins qu'un échantillon de liaison planifié n'établisse la comparabilité. Lorsque l'étude nécessite un petit ensemble prédéfini de cibles génomiques comme contrôle orthogonal, séquençage de région ciblée peut être conçu séparément ; il doit valider une identité cible ou d'échantillon définie plutôt que d'être utilisé pour inférer un répertoire de récepteurs entier.

Les répliques techniques sont les plus informatives lorsqu'elles répondent à une incertitude connue. Les bibliothèques répliquées provenant du même extrait d'acide nucléique testent la variabilité de la bibliothèque et du séquençage ; les aliquotes de cellules divisées testent une étape d'échantillonnage antérieure ; les collections indépendantes testent la variabilité biologique. Étiquetez clairement ces rôles. Les combiner en une seule colonne de "répétition" cache la variation exacte que nécessite une analyse de sensibilité ultérieure.

Figure 3 : Architecture d'échantillonnage pour les études de répertoire longitudinal. La séparation de la collecte biologique, de la sélection des cellules, de l'aliquotage des acides nucléiques et de la réplication de la bibliothèque révèle où un changement rapporté pourrait avoir surgi.

Utilisez les diagnostics de couverture avant d'interpréter la diversité ou le partage.

Les métriques de diversité sont attrayantes car elles transforment un répertoire complexe en un seul chiffre. Leur faiblesse est que ce chiffre est indissociable de l'échantillon observé. L'entropie de Shannon, la diversité de Simpson, la clonalité, les mesures de concentration basées sur le Gini, la part du clone dominant, la richesse et les indices de chevauchement mettent en avant différentes parties de la distribution des fréquences des clones. Un résultat peut donc changer en raison de l'expansion de quelques clones dominants, parce que des clones rares sont manqués, parce que la population cellulaire évolue, ou parce que le seuil de détection a changé.

Intégrez les diagnostics de couverture dans le rapport principal. Les courbes de rarefaction, le sous-échantillonnage par lecture ou UMI, les fractions de séquences productives, la charge de duplicata et la distribution du soutien des clones montrent si la queue de faible fréquence est encore en cours de découverte. Un graphique de rang-abondance doit être accompagné de son dénominateur et d'une déclaration indiquant si les valeurs ont été normalisées avant la comparaison entre échantillons. Pour un projet comparant des groupes avec une profondeur utilisable inégale, définissez à l'avance une stratégie de rééchantillonnage commune ou rapportez les résultats de sensibilité stratifiés par profondeur. Le sous-échantillonnage ne restaure pas les clones qui n'ont jamais été inclus dans l'échantillon ; il empêche simplement qu'une bibliothèque plus profonde apparaisse comme plus diversifiée simplement parce qu'elle a eu plus d'opportunités de détecter des séquences rares.

Choisissez une métrique principale qui correspond à l'hypothèse, puis un petit ensemble de métriques diagnostiques qui la remettent en question. Si l'hypothèse concerne l'expansion clonale dominante, une mesure de concentration et une trajectoire de clone dominant peuvent être primaires ; la richesse peut être supportive mais ne doit pas porter la conclusion. Si l'hypothèse concerne l'étendue du répertoire, la raréfaction et la robustesse à faible fréquence deviennent centrales. CD Genomics peut aligner ces choix avec le résultat prévu de Séquençage du répertoire immunitaire TCR et BCR afin que le tableau de clonotypes exporté, les définitions de métriques et les visualisations demandées se réfèrent au même contrat d'analyse.

Figure 4 : Diagnostics de couverture avant les métriques de diversité. La raréfaction, le soutien moléculaire et les diagnostics de rang-abondance révèlent si une comparaison de diversité ou de partage est influencée par la couverture plutôt que par la biologie.

Interpréter le suivi longitudinal des clonotypes comme un problème de recapture.

Les études sur le répertoire des clones sont généralement résumées par les termes "apparu", "persisté" ou "disparu". Ces mots impliquent une certitude que la plupart des analyses ne fournissent pas. Une meilleure approche est la probabilité de recapture : étant donné le soutien observé du clone au premier point temporel, la taille de l'échantillon et la diversité au point temporel suivant, ainsi que le seuil technique, quelle était la probabilité qu'il soit observé à nouveau s'il restait présent ? Les clonotypes bien soutenus et de grande taille ont plus de chances d'être recapturés que les singletons. Cela ne rend pas les petits clones non pertinents ; cela signifie que leur non-détection nécessite un langage plus prudent.

Prédéfinir les catégories de preuves. Par exemple, "observé de manière cohérente" peut nécessiter une détection sous la même définition de clone dans plus d'une collecte planifiée, avec un soutien moléculaire minimum déclaré. "Non détecté" doit rester distinct de "perdu". "Expansion" doit nécessiter un changement qui dépasse la variation technique informée par les réplicats et est visible sous la même règle de normalisation. Un rapport longitudinal doit inclure une trace au niveau du clone pour les candidats prédéfinis, un résumé de la distribution au niveau de la population, et un enregistrement des échantillons qui n'ont pas satisfait aux critères de couverture plutôt que de les exclure silencieusement.

Pour les programmes de recherche où la dynamique des récepteurs est interprétée en fonction du contexte immunogénétique hérité, reliez explicitement les deux couches plutôt que de les confondre. Typage HLA décrit les informations sur les allèles germinaux ; le séquençage du répertoire décrit les populations réarrangées somatiquement. Le hub matriciel, Services de typage HLA et de séquençage du répertoire immunitaireexplique comment ces types de preuves peuvent être planifiés ensemble. Le guide compagnon, Typage HLA haute résolution par NGS, doit être utilisé lorsque la question concerne la résolution déclarable de l'appel HLA plutôt que la dynamique clonale.

Figure 5 : De la détection à la recapture longitudinale. L'interprétation longitudinale doit tenir compte du fait que la probabilité de recapture dépend du soutien initial du clone et de la profondeur d'échantillonnage effective à chaque point dans le temps.

Maintenez l'inférence de lignée BCR séparée des revendications de fonction des récepteurs.

Les ensembles de données BCR ajoutent une seconde couche de complexité car les séquences apparentées peuvent accumuler des mutations somatiques. Une analyse BCR rigoureuse commence par l'attribution des segments V, D et J par rapport à une version de référence spécifiée, puis applique une règle documentée pour regrouper les séquences en familles clonales candidates. Ce n'est qu'après cela que la reconstruction de lignées, l'analyse du spectre des mutations, les motifs d'isotypes ou les comparaisons entre familles partagées doivent être envisagés. Chaque étape doit conserver l'incertitude introduite par les erreurs de séquençage, les artefacts d'amplification, la couverture de séquence incomplète et l'ambiguïté de référence germinale.

Un diagramme en arbre est un outil d'exploration utile, mais ce n'est pas un essai fonctionnel. Il peut soutenir une affirmation telle que "ces séquences sont cohérentes avec une famille clonale de cellules B apparentée selon la règle de regroupement énoncée." Il ne peut pas établir la liaison avec l'antigène, l'affinité, la neutralisation ou l'activité biologique sans expériences orthogonales. Cette limite est productive : elle indique à l'équipe ce qu'il faut valider ensuite. Lorsqu'un projet nécessite que la séquence du récepteur, l'état cellulaire, l'accessibilité de la chromatine et l'expression soient interprétés ensemble, un planifié service multi-omique peut organiser les couches pertinentes. Un ATAC-Seq Le jeu de données peut être précieux lorsque la question est de savoir si des cellules clonales apparentées occupent des états régulatoires distincts, et non lorsque le seul résultat nécessaire est un changement de fréquence de clone en vrac.

Figure 6 : Familles clonales BCR et limites de l'inférence de lignée. Le regroupement familial BCR et la reconstruction de lignées peuvent organiser des séquences apparentées, mais la fonction des récepteurs nécessite des preuves au-delà de la similarité des séquences.

Concevez un contrat d'analyse qui peut résister à une réanalyse.

Une réanalyse est attendue dans le travail de répertoire. Les bases de données germinales sont mises à jour, les algorithmes d'annotation s'améliorent, les règles de contig productif sont affinées, et les collaborateurs peuvent poser une question différente sur le même matériel. Un projet défendable conserve les lectures brutes, le manifeste d'échantillons, les paramètres de traitement, les versions de référence et les sorties d'annotation intermédiaires nécessaires pour régénérer le tableau final. Le livrable ne devrait pas se limiter à un PDF avec des graphiques.

Avant le séquençage, définissez un contrat d'analyse compact contenant : la question biologique principale ; la population et le compartiment ; le choix des acides nucléiques et du test ; les chaînes requises ; la règle d'identité des clones ; le dénominateur principal ; la règle de soutien minimum ; les diagnostics de couverture ; les métriques principales et de sensibilité ; la logique de comparaison longitudinale ; et les exclusions. Ajoutez des identifiants tels que participant_id, collection_window, cell_population, library_id, umi_policy, et analysis_version au manifeste. Ces champs rendent une future fusion possible sans avoir à reconstruire l'historique des études à partir des fils de discussion par e-mail.

Cette approche clarifie également quand un essai supplémentaire est justifié. Passer du séquençage en vrac au séquençage de cellules uniques appariées lorsque l'identité ou le phénotype des paires est requis pour la revendication. Passer à une couverture complète des récepteurs lorsque le contexte de la région variable modifie l'interprétation des BCR ou des TCR. Passer à un contexte multi-omique lorsque le résultat de fréquence de clone nécessite une explication au niveau de l'état. Ne pas escalader simplement pour créer un package de données plus volumineux. Chaque nouvelle couche devrait combler un écart de preuve nommé.

Utilisez trois vérifications Go/No-Go prédéclarées.

• CouvertureLa raréfaction et les diagnostics de soutien moléculaire respectent-ils la condition déclarée avant l'analyse ?
• stabilité définitionLa conclusion persiste-t-elle sous la définition de clone et le choix de normalisation énoncés ?
• Limite de preuveLa conclusion n'est-elle pas plus forte que les preuves moléculaires mesurées par ce test ?

Figure 7 : Le contrat d'analyse du répertoire. Un contrat d'analyse versionné relie la question de recherche à la définition du clone, aux seuils de qualité et à la conclusion rapportable.

Ce que devrait contenir un livrable de répertoire prêt à la décision

Un package final utile comporte deux niveaux. Le premier est une couche d'interprétation lisible : contrôle qualité des échantillons et des bibliothèques, langage de définition des clones, diagnostics de couverture, métriques prédéfinies et visualisations adaptées à la question de recherche. Le second est une couche de données réutilisable : fichiers de séquence bruts ou démultiplexés selon le cas, enregistrements de réarrangement annotés, tables de clonotypes et de familles clonales, un manifeste d'échantillons, des paramètres d'analyse versionnés et un dictionnaire de données. La couche de données permet à un chercheur de tester une nouvelle comparaison sans changer le sens original de chaque champ.

Pour un projet en vrac, demandez si le rapport distingue les lectures, les molécules et les clonotypes ; si les séquences productives et non productives sont traitées séparément ; si des diagnostics de raréfaction ou de couverture comparable sont inclus ; et si toutes les étapes de normalisation sont explicites. Pour un projet de cellule unique, demandez si les chaînes appariées et non appariées sont rapportées séparément, comment les cellules avec plusieurs contigs ont été traitées, et comment les appels de récepteurs ont été liés aux annotations cellulaires. Pour le travail sur les BCR, demandez si l'attribution de la lignée germinale, le regroupement par famille, l'analyse des mutations et l'inférence de lignées sont clairement séparés. Ces questions rendent une conversation de service plus efficace car elles définissent les objets de données requis avant le début du projet.

Comment CD Genomics soutient les études sur le répertoire immunitaire axées sur les questions

CD Genomics soutient les équipes de recherche qui ont besoin de transformer une question sur le répertoire immunitaire en un plan d'essai et d'analyse avec des limites de preuve explicites. Une discussion de projet peut commencer par les chaînes de récepteurs requises, le matériel source, la structure de comparaison et les objets d'analyse attendus plutôt que par une demande générique de "séquençage profond". L'objectif est un rapport qui peut être lu en parallèle avec ses tableaux de clonotypes, ses métadonnées et ses contrôles de qualité, et non un résultat visuellement poli qui ne peut pas être réinterprété.

Pour les études centrées sur les dynamiques de population en série, commencez par le principal Service de séquençage du répertoire immunitaire TCR et BCRPour les projets qui nécessitent des récepteurs appariés et un contexte cellulaire, utilisez le service de séquençage TCR et BCR à cellule unique comme l'escalade appropriée. Chaque escalade doit combler un écart de preuve déclaré, et non simplement élargir le paquet de données.

Questions Fréquemment Posées

Avis d'utilisation à des fins de rechercheCette ressource est réservée à un usage de recherche uniquement.

Références:

1. Ma K-Y, et al. Séquençage du répertoire immunitaire utilisant des identifiants moléculaires permet une découverte précise de la clonalité et une quantification de la taille des clones. Frontiers in Immunology. 2018. DOI : 10.3389/fimmu.2018.00033
2. De Simone M, Rossetti G, Pagani M. Séquençage des récepteurs T des cellules individuelles : Techniques et défis futurs. Frontiers in Immunology. 2018. DOI : 10.3389/fimmu.2018.01638
3. López-Santibáñez-Jácome L, Avendaño-Vázquez SE, Flores-Jasso CF. Le répertoire de pipeline pour l'analyse Ig-Seq. Frontiers in Immunology. 2019. DOI : 10.3389/fimmu.2019.00899
4. de Greef PC, et al. Sur la faisabilité d'utiliser le séquençage des TCR pour suivre une réponse vaccinale : leçons apprises. Frontiers in Immunology. 2023. DOI : 10.3389/fimmu.2023.1210168
5. Pavlova AV, Zvyagin IV, Shugay M. Détection des expansions clonales des cellules T et quantification de la survie des clones à l'aide du profilage approfondi des répertoires immunitaires. Frontiers in Immunology. 2024. DOI : 10.3389/fimmu.2024.1321603
6. Aoki T, Shichino S, Matsushima K, Ueha S. Révéler les réponses clonales des T-lymphocytes réactifs aux tumeurs par l'analyse du répertoire des récepteurs des cellules T. Frontiers in Immunology. 2022. DOI : 10.3389/fimmu.2022.807696