Séquençage génomique entier peu profond

CD Genomics propose un service de séquençage génomique entier peu profond précis et rentable en utilisant les plateformes Illumina ou BGI DNBseq pour atteindre la variation génétique à l'échelle du génome pour les plantes, les animaux et les humains.

Qu'est-ce que le séquençage génomique entier peu profond ?

Le séquençage génomique entier peu profond (shallow WGS, également connu sous le nom de séquençage génomique entier à faible couverture) est une nouvelle technologie à haut débit permettant d'obtenir avec précision et de manière rentable des variations génétiques à l'échelle du génome pour une large gamme d'espèces : bovins, porcs, poules, chiens, chats, rats, souris, maïs, riz, soja, pois et humains. Basé sur séquençage shotgunLe séquençage génomique peu profond (WGS) peut être utilisé pour obtenir le séquençage complet du génome à une couverture très faible (le plus souvent entre 0,4x et 1x) avec des appels de variants précis à plus de 99 %. Le WGS peu profond retourne plus de données, une plus grande puissance statistique et de nouvelles capacités de découverte de variants rares par rapport aux méthodes traditionnelles. génotypage tableaux et GBS méthode. Le WGS peu profond peut être utilisé dans étude d'association à l'échelle du génome (GWAS)analyse évolutive, pharmacogénomique, élevage moléculaire, etc. De plus, le séquençage génomique peu profond peut être utilisé pour construire un panel de référence personnalisé pour une population spécifique.

Avantages du séquençage génomique complet superficiel

• Plus rentable que les puces de génotypage et régulières. séquençage du génome entier
• Plus de données, une plus grande puissance statistique et de nouvelles capacités de découverte de variantes rares par rapport aux méthodes traditionnelles. génotypage tableaux
• Appels de variantes précis à plus de 99 % sur l'ensemble du génome
• Configuration flexible de nouvelles espèces ou de populations personnalisées

Flux de travail de séquençage génomique entier peu profond

CD Genomics fournit un séquençage génomique complet peu profond précis et rentable, ainsi qu'une analyse bioinformatique pour les plantes, les animaux et les humains. Notre équipe d'experts professionnels exécute une gestion de la qualité, suivant chaque procédure pour garantir des résultats fiables et impartiaux. Le flux de travail général pour le séquençage génomique complet peu profond est décrit ci-dessous.

Spécifications du service

	Exigences d'échantillon Types d'échantillons pour l'ADN génomique : salive, sang, tissu frais congelé, cellules cultivées et échantillons FFPE. Échantillons réguliers : ADN génomique intact ≥ 1 μg, Concentration ≥ 12,5 ng/μl ; Échantillons à faible entrée : ADN génomique intact ≥ 200 ng, Concentration ≥ 2,5 ng/μl PCR libre de vérité : ADN génomique intact ≥ 1,5 μg, Concentration ≥ 12,5 ng/μl Volume d'échantillon minimum : 15 μl Remarque : Les montants d'échantillons sont indiqués à titre de référence uniquement. Pour des informations détaillées, veuillez contactez-nous avec vos demandes personnalisées.
Cliquez	Stratégies de séquençage Plateformes Illumina ou BGI DNBseq Les bibliothèques PCR et PCR-Free peuvent être construites lors de l'étape de préparation de la bibliothèque. Séquençage paired-end de 100 pb et 150 pb disponible Plus de 80 % des bases avec un score de qualité ≥Q30
	Analyse de données Nous proposons une analyse bioinformatique personnalisée incluant : Alignement de lecture Appel de variants par imputation (panel de référence : 1000 Genomes Phase 3) Découverte de variantes nouvelles Analyse généalogique Microbiome Remarque : Les sorties de données et les contenus d'analyse recommandés affichés sont à titre de référence uniquement. Pour des informations détaillées, veuillez contactez-nous avec vos demandes personnalisées.

Pipeline d'analyse

CD Genomics propose un service complet de séquençage génomique entier peu profond, incluant l'extraction d'ADN, la construction de bibliothèques, le séquençage, le contrôle de qualité des données brutes et l'analyse bioinformatique. Nous pouvons adapter ce processus à vos intérêts de recherche. Nous pouvons vous fournir des fichiers de données BAM et VCF. Si vous avez des exigences supplémentaires ou des questions, n'hésitez pas à contactez-nous.

Livrables

• Les données de séquençage originales
• Résultats expérimentaux
• Rapport d'analyse des données
• Détails sur le séquençage génomique entier peu profond pour votre rédaction (personnalisation)

Résultats de la démo

FAQ sur le séquençage génomique complet peu profond

1. Combien de temps faut-il pour recevoir mes résultats ?

Typiquement, 30 à 40 jours ouvrables entre l'acceptation de l'échantillon qualifié et la disponibilité du rapport d'analyse des données.

2. Quelles machines de séquençage utilisez-vous pour le séquençage du génome entier à faible couverture ?

Les plateformes Illumina ou BGI DNBseq peuvent être utilisées pour le séquençage.

3. Quels sont les avantages du séquençage du génome entier à passage bas par rapport aux puces de génotypage traditionnelles ?

Le séquençage du génome entier à faible couverture peut être utilisé pour obtenir le séquençage du génome entier à une couverture très faible (le plus souvent entre 0,4x et 1x) avec plus de 99 % d'appels de variants précis. Plus de 10 fois plus de données que génotypage les arrays à un coût similaire ou inférieur. De plus, le séquençage du génome entier à faible couverture permet de découvrir de nouveaux variants rares. Tout cela suggère que le séquençage du génome entier à faible couverture surpasse les arrays de génotypage.

Études de cas sur le séquençage génomique complet peu profond

Séquençage génomique entier peu profond à partir du plasma identifie des cancers du sein amplifiés en FGFR1 et prédit la survie globale.

Journal : Cancers

Facteur d'impact : 6,575

Publié : 6 juin 2020

Contexte

La famille FGFR présente diverses altérations génomiques, avec l'amplification de FGFR1 liée à un mauvais pronostic et à une résistance au traitement dans le cancer du sein. Les essais cliniques rencontrent des difficultés pour obtenir des biopsies de tissus frais pour l'analyse moléculaire, ce qui conduit à une dépendance aux tissus archivés, dont la représentation de l'hétérogénéité tumorale est limitée. L'amplification génique évolue au cours de la progression du cancer, soulignant la nécessité d'un profilage moléculaire en temps réel. Le séquençage de génome entier peu profond (sWGS) émerge comme une méthode rentable pour détection de l'ADN tumoral circulant (ctDNA), aidant à la surveillance du traitement et à la pronostic. Cette étude utilise le sWGS pour explorer le ctDNA comme un substitut de l'amplification de FGFR1 dans le cancer du sein métastatique, corrélant les niveaux de ctDNA avec la survie des patients.

Méthodes

Résultats

Vingt cas, dont dix amplifiés en FGFR1 et dix cas témoins, ont été analysés pour l'ADN tumoral circulant (ctDNA) en utilisant mFAST-SeqS, suivi de sWGS indépendamment des résultats de mFAST-SeqS. Bien que mFAST-SeqS ne puisse pas détecter l'amplification de FGFR1, sWGS a identifié des amplifications jusqu'à 1 %. Une bonne corrélation a été observée entre les scores z de mFAST-SeqS et les estimations d'ichorCNA. Les cas avec des fractions alléliques de ctDNA (AF) supérieures à 3 % ont identifié avec précision l'amplification de FGFR1, mais les cas avec de faibles AF de ctDNA ont tout de même détecté l'amplification, soulignant les défis pour établir des seuils de détection. Une corrélation entre le log2ratio et la fraction tumorale a été observée pour les cas amplifiés, avec des nombres de copies hypothétiques corrélant avec Oncoscan mais pas avec les résultats de FISH. La détection de l'amplification de FGFR1 dans le plasma dépend à la fois du nombre de copies du gène et de la fraction tumorale, rendant difficile l'établissement d'un seuil généralisé.

Fig 1. Carte thermique des échantillons de plasma sélectionnés avec différentes valeurs de scores z à l'échelle du génome.

Fig 2. Statut du nombre de copies du chromosome 8 des échantillons d'ADN libre de cellules (cfDNA) établis par séquençage du génome entier à faible profondeur (sWGS).

Cette étude a évalué la fraction tumorale en utilisant ichorCNA avec ULP-WGS dans le cancer du sein métastatique. La stratification basée sur le z-score médian à l'échelle du génome (>2,2) et la fraction tumorale (>4,6) a révélé une réduction significative de la survie globale (SG). En revanche, la quantité totale d'ADNcf n'a montré aucune pertinence discernable dans la discrimination de la SG.

Fig 3. Courbes d'analyse de Kaplan-Meier pour la survie globale des patientes atteintes de cancer du sein métastatique.

Conclusion

En résumé, cette étude met en évidence l'utilité du séquençage génomique complet peu profond (sWGS) pour détecter des altérations du nombre de copies somatiques (SCNA) cliniquement pertinentes, comme l'amplification de FGFR1, dans le plasma de patients atteints de cancer du sein métastatique. Le sWGS offre un outil de dépistage précieux lorsque des biopsies fraîches ne sont pas disponibles, permettant une réévaluation du statut d'amplification à l'aide d'échantillons archivés. De plus, à la fois mFAST-SeqS et sWGS montrent un potentiel pour estimer la fraction tumorale et surveiller la dynamique tumorale chez les patients atteints de cancer avancé.

Référence :

1. Bourrier C, Pierga J-Y, Xuereb L et al. Séquençage génomique complet peu profond à partir du plasma identifie les cancers du sein amplifiés en FGFR1 et prédit la survie globale. Cancers. 2020 ; 12(6) : 1481.