Pourquoi la détection des variants ne prend-elle en charge que l'humain et pas d'autres espèces, et quelles sont les limitations ?

La détection des variants par séquençage PacBio HiFi prend en charge toutes les espèces. La raison pour laquelle les résultats actuels concernent principalement l'humain est que le génome de référence humain actuel est le plus précis.

Quel est l'avantage de PacBio par rapport à Nanopore en ce qui concerne les lectures HiFi ?

L'avantage principal du séquençage PacBio SMRT est qu'il n'y a pas d'erreur systématique, ce qui explique pourquoi les lectures HiFi sont si précises.

Quelle est la profondeur de séquençage minimale requise pour une assemblage HiFi standard ? Quelle profondeur de séquençage serait préférable ?

En général, cela dépend du nombre de ploïdies du génome assemblé spécifique. Prenons l'exemple du génome humain, nous recommandons un minimum de 15X-20X, si le génome a plus d'un haplotype, il faut augmenter les données de 10X HiFi. Mais cela dépend également de la complexité du génome, s'il s'agit d'un génome complexe, il peut nécessiter 20X HiFi supplémentaires pour un haplotype supplémentaire.

La construction de bibliothèques à volume de départ ultra-bas nécessite des génomes inférieurs à 500M, pouvons-nous faire d'autres espèces en plus des arthropodes comme les insectes ?

Nous n'avons pour l'instant testé que les insectes et les arthropodes, car la quantité d'ADN des individus de ces échantillons est très faible. Nous n'avons pas encore testé les microorganismes. Pour clarifier, le génome doit être inférieur à 500M, cela concerne les applications De Novo, s'il s'agit de resequencement, il n'y a pas de limite de taille de génome.

Les données HiFi sont plus précises, pouvez-vous estimer la taille du génome ?

En fait, toutes peuvent être estimées par k-mer.

La taille du génome de la phlébotome estimée par GenomeScope est de 306 Mb, et l'assemblage obtenu est de 370 Mb, est-ce sous-estimé par GenomeScope ou surestimé par l'assemblage ?

Cela est principalement lié à l'hétérozygotie génomique. Lors de l'assemblage, si la différence entre deux haplotypes est grande, alors cette différence se reflétera dans le résultat de l'assemblage, et il apparaîtra plus grand.

Quel est le processus et l'enzyme de la PCR pour la construction de bibliothèques à volume de départ ultra-bas ?

Nous utilisons la PCR à longue portée. PacBio a effectué de nombreux tests pour sélectionner les deux enzymes de PCR qui peuvent mieux couvrir les régions génomiques à haute et basse GC autant que possible. Après interruption de l'échantillon, nous divisons l'échantillon en deux parties, une pour la PCR A et l'autre pour la PCR B. L'instrument est capable d'obtenir la couverture génomique la plus uniforme.