Profilage complet des ARN circulaires avec le séquençage Nanopore et CIRI-Long

Jinyang Zhang, Lingling Hou, Zhenqiang Zuo, Peifeng Ji, Xiaorong Zhang, Yuanchao Xue et Fangqing Zhao
Publié : 11 mars 2021

Résumé : La reconstruction de la séquence des ARN circulaires (circARN) à partir de lectures de séquençage d'ARN courts s'est avérée difficile en raison de la similitude entre les circARN et leurs ARN messagers linéaires correspondants. Les méthodes de séquençage précédentes n'ont pas réussi à atteindre une détection à haut débit des circARN de pleine longueur. Ici, nous décrivons un protocole pour l'enrichissement et le séquençage de pleine longueur des isoformes de circARN utilisant la technologie des nanopores. La transcription inverse circulaire et la sélection de taille permettent un enrichissement 20 fois plus élevé des circARN à partir de l'ARN total par rapport aux méthodes précédentes. Nous avons développé un algorithme, appelé identificateur de circARN utilisant des données de séquençage à longues lectures (CIRI-long), pour reconstruire la séquence des circARN. Le flux de travail a été validé avec des données simulées et par comparaison avec le séquençage Illumina ainsi que la PCR quantitative en temps réel. Nous avons utilisé CIRI-long pour analyser des échantillons de cerveau de souris adultes et profiler systématiquement les circARN, y compris les circARN dérivés des mitochondries et ceux issus de la transcription. Nous avons identifié un nouveau type de circARN intronique auto-ligaturé qui présente des motifs d'épissage et d'expression particuliers. Notre méthode tire parti des longues lectures des nanopores et permet une reconstruction sans biais des séquences de circARN de pleine longueur.

Plus d'infos sur : https://www.nature.com/articles/s41587-021-00842-6
CIRI-long chemin de code : https://github.com/bioinfo-biols/CIRI-long