Comment utiliser DAP-Seq pour des études de facteurs de transcription chez des organismes non-modèles ?

Qu'est-ce que l'analyse des facteurs de transcription ?

la recherche sur les facteurs de transcription est l'un des composants importants de la recherche réglementaire moléculaire, qui est elle-même une classe de protéines capables de se lier directement à des séquences d'ADN et de réguler spécifiquement l'expression des gènes en amont de la machinerie moléculaire. Dans un sens biologique, les facteurs de transcription jouent un rôle réglementaire important dans la croissance et le développement des organismes vivants ainsi que dans leur réponse au monde extérieur. Parmi eux, l'analyse des types, des rôles fonctionnels, des forces d'influence et des sites de liaison des facteurs de transcription (TFBS) est la clé de la recherche sur les facteurs de transcription. Dans l'étude des facteurs de transcription basée sur les TFBS, ChIP-seq est généralement utilisé pour extraire les TFBS et les gènes cibles associés, mais en raison des limitations des anticorps, le ChIP-seq ne fonctionne pas bien chez les organismes non-modèles. À ce moment-là, un autre essai devient le premier choix pour la recherche sur les TFBS chez les organismes non-modèles, qui est DAP-seqDans la recherche actuelle, un essai de transcriptome est généralement ajouté avec le DAP-seq pour former un schéma d'association multi-omiques transcriptome + DAP-seq.

Qu'est-ce que le DAP-seq ?

DAP-seq peut être considéré comme une sorte d'expansion et de profondeur de l'« analyse des facteurs de transcription » dans l'analyse du transcriptome ; les études DAP-seq examinent la séquence de liaison à l'ADN et les gènes cibles potentiels d'un certain facteur de transcription, tandis que l'ARN-seq étudie les gènes différentiels parmi les échantillons. Les études DAP-seq analysent les séquences de liaison à l'ADN et les gènes cibles potentiels d'un facteur de transcription, tandis que RNA-seq étudie les gènes différentiels parmi les échantillons. De plus, le DAP-seq est un outil de génomique basé sur des expériences qui identifie les gènes cibles régulateurs de manière plus précise. Transcriptomique et DAP-seq se complètent dans l'étude de la relation entre le réseau régulatoire des facteurs de transcription et des gènes cibles, et peuvent identifier avec précision les gènes clés ayant une contribution significative au phénotype.

Flux de travail en bioinformatique de DAP-Seq – CD Genomics

Veuillez vous référer à notre service. Service DAP-Seq (séquençage par purification d'affinité de l'ADN).

Si vous souhaitez en savoir plus sur le DAP-seq, veuillez lire notre article. Qu'est-ce que le DAP-Seq ?.

Étude de cas : Mécanisme de régulation du facteur de transcription Cswrky33 pour la résistance aux maladies contre la moisissure verte des agrumes

Les auteurs ont réalisé un essai de transcriptome pour identifier les facteurs de transcription qui répondent de manière significative à l'infection des agrumes par la moisissure verte, et ont finalement identifié CsWRKY33 comme un facteur de transcription clé dans le mécanisme de résistance aux maladies des agrumes.

Ensuite, afin d'identifier le site de liaison de l'ADN de CsWRKY33 dans le génome, et ensuite d'identifier les gènes cibles correspondants, les auteurs ont utilisé la technique DAP-seq pour identifier les gènes cibles liés à CsWRKY33. La technique DAP-seq a été utilisée pour identifier les gènes cibles liés à CsWRKY33, c'est-à-dire que le facteur de transcription CsWRKY33 a été exprimé in vitro, et la réaction de reconnaissance de séquence-liaison-précipitation a été réalisée avec le génome extrait des agrumes comme substrat de réaction. Les séquences précipitées sont ensuite converties et les gènes cibles pertinents qui se lient à CsWRKY33 sont ainsi identifiés.

Analyse de la transcriptomique et de DAP-seq. (Wang et al., 2023)

Dans le DAP-seq, les informations de séquence, le type et la distribution des sites de liaison liés à CsWRKY33, ainsi que l'analyse des séquences de motifs significativement enrichies, peuvent être obtenus. D'après les résultats ci-dessus, il a été constaté que CsWRKY33 est un facteur de transcription typique qui se lie aux promoteurs d'ADN et régule l'activité des gènes, et son principal site de liaison est la W-box (une région hautement conservée). Au total, 40 365 gènes de pic ont été identifiés avec une longueur moyenne de 294 pb, représentant 3,63 % du génome.

Référence :

1. Wang, Wenjun, et al. "Un facteur de transcription autorégulé CsWRKY33 renforce la résistance des fruits d'agrumes à Penicillium digitatum." Biologie et technologie post-récolte 198 (2023) : 112267.