CD Genomics réalise un séquençage à haut débit de courtes lectures Illumina sur NovaSeq X et NovaSeq X Plus pour des projets de recherche nécessitant des données PE150 fiables à grande échelle (RUO). En termes simples, le NovaSeq X est le cheval de bataille à cellule de flux unique pour un rendement élevé dans une configuration de course simple, tandis que le NovaSeq X Plus ajoute une configuration à double cellule de flux - particulièrement précieux lorsque vous souhaitez la plus grande capacité par course unique avec une cellule de flux à haute densité de 25B.
Points clés rapides
Conçu pour un travail intensif en données : grand WGS cohortes, profond RNA-seq, exomes à grande échelle, et plus encore
Options de cellule de flux pour correspondre à la taille du projet : 1,5B / 10B / 25B
Configuration courante : PE150 (2×150 pb) (d'autres longueurs de lecture peuvent être planifiées selon les besoins)
Une analyse secondaire optionnelle (par exemple, DRAGEN, sur demande) peut aider à raccourcir le chemin entre l'achèvement de l'exécution et les résultats prêts à l'analyse.
Citer mon exécution NovaSeq
Table des matières
01 Pour Qui Cette Plateforme Est-elle Destinée (et Quel Problème Elle Résout)
Si vous êtes ici, vous n'avez probablement pas besoin d'un rappel sur ce qu'est le séquençage Illumina : vous avez besoin d'une réponse à une question plus pratique : Cette plateforme rendra-t-elle mon projet plus facile à terminer ??
Les plateformes de la série NovaSeq X sont bien adaptées lorsque vous êtes confronté à une (ou plusieurs) de ces réalités :
Votre étude est à l'échelle de la cohorte.
Une fois que le nombre d'échantillons augmente, la douleur passe souvent de la "génération de données" à "l'assemblage, la cohérence et la planification." Vous souhaitez avoir moins de limites d'exécution, moins de maux de tête liés à "ce lot semble différent" et un plan qui ne s'effondre pas lorsque vous ajoutez 200 échantillons supplémentaires.
Votre essai est avide de lecture.
Les conceptions de séquençage RNA-seq profond, les génomes à haute couverture, le séquençage au bisulfite et les productions de bibliothèques mixtes exercent tous une pression sur le nombre total de lectures par semaine, pas seulement sur une seule voie ici ou là.
Vous vous souciez d'un contrôle qualité prévisible à haute production.
À haut débit, la bonne question n'est pas "est-ce que Q30 est bon ?" mais "la QC est-elle cohérente entre les lots, et les métriques en aval se comportent-elles comme nous l'attendons pour ce type de bibliothèque ?"
Si vous êtes encore en train de cartographier votre projet selon une stratégie Illumina, commencez par un aperçu général du séquençage à haut débit et de ses applications ici : Séquençage de nouvelle génération.
02 NovaSeq X contre NovaSeq X Plus : Lequel convient à votre échelle ?
La plupart des équipes ne choisissent pas entre X et X Plus en raison de la longueur de lecture. Elles choisissent en fonction de comment ils souhaitent regrouper l'étude.
NovaSeq X (cellule de flux unique)
NovaSeq X est la configuration la plus simple : une cellule de flux par course. C'est un excellent choix lorsque vous souhaitez un rendement élevé mais que la planification de votre projet ne nécessite pas de capacité à double cellule de flux. Si vous exécutez des lots cohérents et répétables—et que vous souhaitez que la planification des courses reste claire—NovaSeq X atteint souvent le juste milieu.
NovaSeq X Plus (deux cellules de flux)
NovaSeq X Plus prend en charge deux cellules de flux par course. Cela compte lorsque vous visez un débit de style production : de grandes cohortes, des lots répétés chaque semaine, ou des situations où "une course de plus" fait la différence entre atteindre un objectif ou le manquer. Avec le 25B cellule de flux, X Plus est la configuration que la plupart des gens désignent lorsqu'ils parlent de "max output par course".
Une façon rapide de décider :
Si votre plan d'étude se transforme constamment en "nous allons le répartir sur plusieurs courses", X Plus mérite généralement un examen sérieux. Si votre plan s'intègre déjà confortablement dans un rythme de course régulier, NovaSeq X peut être l'option plus simple et plus claire.
03 Choisir un Flow Cell (1.5B vs 10B vs 25B)
Le choix de la cellule d'écoulement est l'endroit où la capacité de la plateforme se transforme en un véritable plan d'exécution. Vous ne choisissez pas "meilleur contre pire" - vous choisissez échelle et flexibilité.
Un sélecteur pratique
Cellule d'écoulement
Meilleur pour
Pourquoi c'est choisi dans des projets réels
1,5 milliard
Essais pilotes, plus petits lots, développement de méthodes
Planification flexible lorsque vous n'avez pas besoin d'une production maximale.
10B
Études de taille moyenne à grande
Option équilibrée : fort débit avec un traitement par lots adaptable
25B
Production à l'échelle de cohorte et séquençage approfondi
Densité/production la plus élevée ; idéal lorsque la quantité totale de données est la contrainte.
Quand 25B est le choix évident.
Vous ressentirez les avantages de 25B lorsque votre étude est limitée par le nombre total de lectures ou par le nombre de sessions que vous pouvez raisonnablement planifier. C'est particulièrement courant pour :
Grandes cohortes WGS (par exemple, planification à 30×)
Conceptions de transcriptome profondes où la profondeur de lecture par échantillon est non négociable.
Des productions en bibliothèque mixte où vous souhaitez réduire le nombre de limites de production entre les groupes d'échantillons.
Si vous avez déjà des bibliothèques préparées et que vous souhaitez uniquement le séquençage, le point d'entrée le plus pertinent est Séquençage de bibliothèque préfabriquée.
04 Spécifications principales (PE150 par défaut)
La plupart des conceptions d'études à haut débit se standardisent autour de PE150 (2×150 pb) car il est largement compatible avec les types de bibliothèques courants et les pipelines en aval.
Voici le cadre de spécifications qui est réellement utile lors de la planification :
Mode lecturePE150 est la configuration la plus courante pour le séquençage WGS, RNA-seq, WES et de nombreux runs de production.
Sortie: échelles avec type de cellule de flux (1,5B/10B/25B) et si vous utilisez des cellules de flux simples ou doubles.
Temps d'exécution: dépend de la configuration et de la longueur de lecture ; pour la planification, pensez en termes de large fenêtre plutôt qu'à un seul nombre fixe.
Planification de la courseNovaSeq X Plus (double cellules de flux) est conçu pour rendre des sorties très importantes plus "prévisibles en une seule course" lorsque le projet est suffisamment grand.
Si vous comparez des plateformes, il est utile de séparer les "maximums de la fiche technique" de "ce sur quoi vous allez planifier." Les maximums de la fiche technique fixent le plafond ; la complexité de votre bibliothèque, votre stratégie de regroupement et la profondeur cible déterminent ce que vous allez réellement programmer.
05 Ce que le NovaSeq X Plus 25B permet (en termes simples)
La cellule d'écoulement 25B existe pour une raison : un rendement utilisable plus élevé par course, avec une configuration conçue pour rester stable lors de travaux de production à fort volume.
En pratique, la mise à niveau que vous remarquez le plus souvent n'est pas une seule métrique, mais plutôt la façon dont la plateforme modifie votre planification :
Vous pouvez souvent terminer une cohorte en moins de sessions, ce qui réduit la variabilité d'une session à l'autre et la charge administrative.
Le regroupement et le traitement par lots deviennent plus faciles à standardiser car vous travaillez avec un budget de lectures par exécution plus important.
Pour les types de bibliothèques mixtes, vous pouvez réserver suffisamment de marge pour éviter des décisions du type "ce tirage est serré ; nous avons dû faire des compromis".
Vous évaluerez toujours le QC de la même manière que sur n'importe quelle plateforme Illumina : Q30 est utile, mais ce n'est pas toute l'histoire. L'idée est que 25B vous donne plus de marge pour concevoir un run qui ne semble pas fragile.
06 Configurations d'étude recommandées (WGS 30× / 90×, Deep RNA-seq)
C'est ici que les pages de la plateforme doivent être honnêtes : la "bonne" configuration dépend de votre biologie, de la taille de votre cohorte et de ce que vous considérez comme un point de terminaison réussi. Ci-dessous se trouvent des modèles qui se traduisent bien pour la planification de la série NovaSeq X.
WGS 30× (planification prête pour la cohorte)
WGS 30× concerne généralement moins "pouvons-nous obtenir les données ?" et plus sur à quel point nous pouvons le mettre à l'échelle proprementSi vous avez une cohorte avec de nombreux échantillons, vous souhaitez un plan qui maintienne les effets de lot sous contrôle et minimise la fragmentation des courses.
La série NovaSeq X est particulièrement adaptée lorsque :
le nombre d'échantillons est élevé,
vous voulez du PE150 avec un contrôle qualité cohérent entre les lots,
et vous préféreriez passer du temps à interpréter les résultats plutôt qu'à réajuster constamment les plans de course.
Le séquençage génomique à haute profondeur déplace le goulet d'étranglement vers lectures totales par échantillonLa planification devient un compromis entre la taille du groupe, la profondeur et le nombre de sessions que vous êtes prêt à gérer. C'est ici qu'une capacité par session plus élevée (souvent avec X Plus + 25B) peut simplifier la planification, car vous êtes moins susceptible de vous retrouver avec un plan qui s'étend sur de nombreuses sessions partielles.
Lorsque les équipes choisissent des conceptions à haute profondeur, c'est souvent parce qu'elles privilégient la sensibilité pour des questions de recherche spécifiques (RUO). La meilleure approche consiste à commencer par votre objectif de profondeur, puis à le mapper à un plan de course qui évite une fragmentation inutile des courses.
Séquençage RNA profond (conceptions de transcriptome gourmandes en lectures)
Le séquençage RNA profond n'est pas une seule chose. Certaines études nécessitent une puissance sur de nombreux échantillons ; d'autres ont besoin de profondeur pour soutenir des signaux de faible abondance, des conceptions complexes ou des types d'échantillons difficiles. La série NovaSeq X peut prendre en charge les deux modèles, mais votre plan de séquençage doit être explicite sur ce que vous optimisez : le nombre d'échantillons ou la profondeur par échantillon.
Flux de travail de séquençage NovaSeq X / NovaSeq X Plus chez CD Genomics
08 NovaSeq X Series vs NovaSeq 6000 (Comparaison rapide des paramètres + planification)
Résumé orienté vers la planification (pas une fiche technique). Pour des détails exacts sur les plafonds et la configuration, veuillez vous référer à la Caractéristiques principales / référence.
Caractéristiques clés et points de décision
NovaSeq X Plus
NovaSeq X
NovaSeq 6000
Spécifications clés : format d'exécution
Cellule à double flux capable (conçue pour un maximum de lots)
Simplicité à cellule unique
Formats de cellules de flux multiples (dimensionnement flexible des courses)
Caractéristiques clés : options de "taille" de cellule d'écoulement (en un coup d'œil)
25B (et d'autres options de la série X, selon disponibilité)
25B / 10B / 1,5B (selon disponibilité)
SP / S1 / S2 / S4
Spécifications clés : configuration de lecture typique
Lectures courtes en paires (PE150 couramment utilisées ; dépendant de la configuration)
Lectures courtes en paires (PE150 couramment utilisées ; dépendantes de la configuration)
Lectures courtes en paire (PE150 couramment utilisées ; dépendantes de la configuration)
Caractéristique clé : niveau de débit (relatif)
Niveau de débit le plus élevé (idéal pour consolider les courses)
Niveau de très haute capacité de traitement
Haute capacité avec une large adoption
Point de décision : taille d'étude optimale
Cohortes très larges / séries de production à grande échelle où vous souhaitez moins de séries.
Grands projets nécessitant une forte production avec des opérations simplifiées.
Projets de petite à grande échelle nécessitant des configurations flexibles
Point de décision : stratégie de regroupement
Maximiser la consolidation pour réduire la fragmentation des courses et la variabilité d'un lot à l'autre.
Conservez les ensembles d'échantillons majeurs ensemble tout en maintenant une simplicité opérationnelle.
Ajustez la taille des courses en choisissant le type de cellule de flux pour correspondre à l'échelle du projet.
Point de décision : quand envisager de changer
Trop de courses partielles, de longs cycles de production ou une forte fragmentation des courses.
Vous avez besoin d'un rendement par course plus élevé sans les frais généraux de double cellule de flux.
Vous privilégiez la familiarité/la flexibilité et n'exigez pas le dernier niveau de débit.
Point de décision : préparation en aval
Attendez-vous à des ensembles de données très volumineux : planifiez le stockage/le calcul et des pipelines standardisés.
Grandes ensembles de données - planifier le débit du pipeline et le reporting au niveau des cohortes
Gestion de données volumineuses mais souvent plus "standardisées" dans les pipelines existants.
Point de décision : quoi confirmer lors du lancement
Plan de regroupement/lotissement, seuils de contrôle qualité et limites d'exécution pour votre essai.
Plan de regroupement, attentes en matière de lectures exploitables et cadence d'exécution
Choix de la cellule de flux, objectifs de profondeur et planification pour une couverture cohérente
Remarque: Utilisez ce tableau pour choisir une stratégie de plateforme ; utilisez les sections Paramètres de performance / Spécifications principales pour les détails numériques (RUO).
Si vous souhaitez la page de la plateforme NovaSeq 6000 pour le contexte, voir NovaSeq 6000.
09 NovaSeq vs HiSeq X
NovaSeq est généralement le meilleur choix lorsque vous avez besoin d'un débit plus élevé et d'une planification de course plus flexible, tandis que HiSeq X est principalement pertinent pour les pipelines WGS hérités qui sont déjà établis autour de cette plateforme.
Débit par exécutionNovaSeq prend généralement en charge un rendement plus élevé par course, ce qui aide les grandes cohortes à terminer en moins de courses ; HiSeq X a un plafond par course plus bas selon les normes actuelles.
Planification et regroupement des coursesNovaSeq offre plus de flexibilité pour le regroupement et la mise à l'échelle (utile lorsque le nombre d'échantillons fluctue) ; les flux de travail HiSeq X sont généralement plus rigides mais stables une fois standardisés.
Cas d'utilisation optimalNovaSeq convient aux projets modernes et intensifs en données (grandes cohortes de WGS, séquençage profond, courses à volume élevé mixtes) ; HiSeq X est principalement utilisé lorsqu'un laboratoire maintient un flux de travail WGS à haut débit existant et validé.
Efficacité opérationnelleLes plateformes NovaSeq intègrent généralement de nouvelles options d'automatisation des flux de travail et d'analyse qui peuvent simplifier le traitement de bout en bout ; HiSeq X s'appuie généralement davantage sur des pipelines externes et établis.
Déclencheur de décision de mise à niveauSi votre plan nécessite de diviser les cohortes sur plusieurs exécutions ou si vous augmentez le volume d'échantillons, le NovaSeq est généralement la voie la plus évolutive ; si votre flux de travail HiSeq X actuel répond déjà à vos besoins, un changement peut ne pas être nécessaire.
10 Qualité des données : Comment lire Q30, la couverture et les doublons
Sur les plateformes à haut débit, les gens aiment débattre d'un seul chiffre. Le problème est que la qualité est multidimensionnelle.
Q30 est utile, mais ce n'est pas suffisant.
% bases ≥ Q30 c'est un instantané solide du niveau d'exécution. Il vous indique si la qualité de l'exécution est globalement saine. Cela ne vous dit pas, à lui seul, si les données se comporteront comme vous le souhaitez lors de l'analyse en aval.
La distribution de la couverture et la duplication comptent souvent plus que vous ne le pensez.
Pour le WGS, vous voudrez généralement examiner :
uniformité de couverture (pas seulement la profondeur moyenne)
taux de duplication (en particulier dans les bibliothèques à faible apport ou sur-amplifiées)
consistance entre les lots (si l'étude s'étend sur plusieurs exécutions)
Pour l'ARN-seq, la qualité se manifeste souvent par :
fragments utilisables après filtrage,
comportement de mappage/assignation,
et si la profondeur est équilibrée entre les groupes d'échantillons (en particulier dans les conceptions différentielles)
Que dire de la performance des bibliothèques "réelles" à travers les tests ?
En pratique, le comportement en aval est généralement plus influencé par la qualité des bibliothèques, la précision du regroupement et la gestion des lots que par l'étiquette de la plateforme elle-même. Lorsque les mêmes bibliothèques sont préparées de manière cohérente et que le contrôle qualité est satisfaisant, les métriques en aval suivent souvent de près les performances des séquençages à haut débit à lecture courte. Considérez les maximums spécifiés comme des plafonds : planifiez en fonction des lectures utilisables, de la couverture/duplication et de la cohérence d'un lot à l'autre pour votre essai.
11 Support de projet sur NovaSeq X/X Plus
Sur les projets NovaSeq X/X Plus, CD Genomics se concentre sur la prévisibilité du plan de course avant le début de l'exécution. Nous aidons à traduire votre objectif d'étude (nombre d'échantillons plus profondeur/lectures) en un choix clair entre NovaSeq X et X Plus et des cellules de flux de 1,5B/10B/25B, puis validons la compatibilité des bibliothèques/index et la logique de regroupement afin que les lots restent cohérents. Les données sont livrées sous forme de fichiers FASTQ démultiplexés avec un résumé QC concis, et nous pouvons aligner le transfert avec votre flux de travail en aval, que vous souhaitiez une analyse secondaire activée par DRAGEN ou que vous préfériez exécuter votre propre pipeline.
Directives de Soumission d'Échantillons
