Directives de Soumission d'Échantillons
NovaSeq 6000
En 2017, Illumina a annoncé de nouveaux séquenceurs, le NovaSeq 6000, qui pourraient potentiellement réduire le coût du séquençage du génome humain à 100 $ à l'avenir. Le NovaSeq est assemblé avec un nouvel ensemble de flowcells : S1, S2, S3 et S4. Les deux systèmes peuvent fonctionner avec une ou deux flowcells. De plus, le NovaSeq 6000 peut effectuer des lectures de 2×50 pb, 2×100 pb et 2×150 pb en utilisant les flowcells S1 et S2, assez similaire aux machines Illumina existantes.
Le système NovaSeq 6000 inaugure une nouvelle ère dans le séquençage grâce à des innovations révolutionnaires, offrant aux utilisateurs le débit, la vitesse et la flexibilité nécessaires pour réaliser des projets plus rapidement et de manière plus économique que jamais auparavant. Construit de manière entièrement nouvelle, il offre évolutivité et flexibilité pour tout type de séquençage, qu'il soit à grande échelle ou séquençage ciblé.
La série NovaSeq vous permet d'approfondir vos recherches avec une large gamme de tailles de projets pour des applications diverses, le tout sur un seul système. Cette plateforme redéfinit séquençage à haut débit avec un débit inégalé, une facilité d'utilisation, des coûts par échantillon bas et une flexibilité sans pareille. Que vous soyez intéressé par des applications à haut rendement pour des projets à grande échelle ou par des applications à faible rendement pour des projets à petite échelle, la série NovaSeq vous ouvrira de nouvelles possibilités. Regardez génome entier et séquençage de l'exome entier démonstrations et découvrez comment la série NovaSeq peut répondre aux besoins évolutifs de votre laboratoire.
Points forts du NovaSeq 6000 :
- Débit évolutif. Le système NovaSeq 6000 offre séquençage à haut débit dans un large éventail d'applications. Répondez à vos besoins de recherche avec un débit sans précédent au coût par échantillon le plus bas.
- Extrêmement flexible. Adaptez la sortie des données aux besoins du projet. Avec la possibilité de choisir parmi 4 types de cellules de flux différentes, la sortie peut être configurée pour correspondre à votre application et à votre projet. Une ou deux cellules de flux fonctionnant indépendamment peuvent être facilement chargées en place pour s'adapter à vos besoins évolutifs.
- Technologie mûre : La série NovaSeq incarne la puissance, la simplicité et l'évolutivité d'Illumina. séquençage à haut débit plateforme, dont la pierre angulaire est la technologie SBS d'Illumina, éprouvée. Cette méthode, basée sur des terminateurs réversibles, permet le séquençage parallèle massif de milliards de fragments d'ADN, les détectant au fur et à mesure que des bases individuelles sont incorporées dans des brins d'ADN en croissance. En réduisant les erreurs causées par les répétitions de nucléotides (homopolymères) et les omissions de détection, cette approche garantit des résultats de séquençage robustes et précis.
- Une large gamme d'applications. Le séquençage de haute qualité et à large couverture offre une vue complète du génome pour détecter les variants avec précision, caractériser les isoformes, et plus encore. Le système NovaSeq 6000 vous permet d'adapter le séquençage aux besoins spécifiques de votre étude. Que vous exploriez le génome, l'épigénome ou le transcriptome, les possibilités pour votre recherche sont infinies.
Caractéristiques du NovaSeq 6000 en un coup d'œil
- Cellules de flux : SP / S1 / S2 / S4
- Mode de lecture : Séquençage en paires (PE150 couramment utilisé)
- Sortie maximale : Jusqu'à ~3 To par exécution (dépend de la configuration)
- Temps d'exécution : ~13–44 heures (dépend de la configuration)
Paramètres de performance du NovaSeq 6000
| Type de cellule d'écoulement | SP | S1 | S2 | S4 |
|---|---|---|---|---|
| Voies par cellule de flux | 2 | 2 | 2 | 2 |
| Sortie par cellule de flux | ||||
| 2×50 pb | 65-80 Go | 134-167 Go | 333-417 Go | N/A |
| 2×100 pb | N/A | 266-333 Go | 667-833 Go | 1600-2000 Go |
| 2×150 pb | 200-250 Go | 400-500 Go | 1000-1250 Go | 2400-3000 Go |
| Lectures uniques | 0,65-0,8 B | 1,3-1,6 B | 3,3-4,1 B | 8-10 B |
| Lectures en paires | 1,3-1,6 B | 2,6-3,2 B | 6,6-8,2 B | 16-20 B |
| Scores de qualité | ||||
| 2×50 pb | ≥ 85 % | |||
| 2×100 pb | ≥ 80 % | |||
| 2×150 pb | ≥ 75 % | |||
| Temps d'exécution | ||||
| 2×50 pb | ~13 h | ~13 h | ~16 h | N/A |
| 2×100 pb | N/A | ~19 h | ~25 h | ~36 h |
| 2×150 pb | ~25 h | ~25 h | ~36 h | ~44 h |
Flux de travail du NovaSeq 6000 :
La procédure opérationnelle standard sur le système NovaSeq 6000 comprend plusieurs étapes impératives :
- Préparation de la bibliothèque : Commençant par des échantillons d'ADN ou d'ARN, cette phase implique la fragmentation du matériel génétique, le ligaturage des adaptateurs et la réalisation de l'amplification.
- Génération de clusters : Les bibliothèques sont introduites dans la cellule de flux, catalysant l'émergence de conglomérats de fragments d'ADN clonaux par des techniques d'amplification en pont.
- Séquençage : La cellule de flux est intégrée au système NovaSeq 6000, où des optiques de pointe et des chimies de séquençage accélérées capturent les informations génomiques.
- Analyse des données : La sortie de séquençage est soumise à une analyse utilisant la suite de ressources bioinformatiques d'Illumina, facilitant des opérations rationalisées telles que l'alignement, l'identification des variants et l'interprétation des données qui en découle.
Applications du NovaSeq 6000 :
L'adaptabilité du système NovaSeq 6000 permet une large gamme d'applications, englobant :
- Séquençage du génome entierExamen complet des génomes entiers crucial pour génétique des populationsla biologie évolutive et la recherche en génomique biomédicale.
- Séquençage de l'exomeSéquençage ciblé des exons de gènes pour identifier les variants codants associés à phénotypes et caractéristiques.
- Séquençage du transcriptome (RNA-Seq) : Acquérir des connaissances sur l'expression des gènes, découvrir de nouveaux transcrits et explorer la régulation et la fonction des gènes.
- ÉpigénomiquePlongée dans les altérations épigénétiques telles que la méthylation de l'ADN et les modifications des histones pour déchiffrer les mécanismes de régulation des gènes.
- Métagénomique: Enquête sur la diversité microbienne et les fonctions dans l'environnement et échantillons associés à l'hôte.
NovaSeq 6000 vs NovaSeq X Series (Comparaison rapide)
Comparez le débit, l'évolutivité et les types de projets les mieux adaptés pour choisir la bonne plateforme pour votre étude de séquençage.
| Facteur de décision | NovaSeq 6000 | Série NovaSeq X |
|---|---|---|
| Meilleur ajustement | Séquençage à haut débit à lecture courte éprouvé pour de nombreuses études routinières et de grande envergure. | Ultra-haut débit de nouvelle génération pour des projets de très grande envergure et un rendement maximal. |
| Exécuter la sortie | Jusqu'à ~3 To par exécution (dépendant de la configuration) | Débit maximum par course plus élevé que le NovaSeq 6000 (dépendant du modèle/configuration) |
| Mise à l'échelle | Formats de cellules de flux multiples (SP/S1/S2/S4) pour des tailles d'étude flexibles | Conçu pour un évolutivité à haut débit pour de grandes cohortes et un traitement multi-échantillons étendu. |
| Gestion des données | Grandes ensembles de données ; flux de travail d'analyse à haut débit typiques | Ensembles de données très volumineux ; prévoir une augmentation du stockage/de la puissance de calcul et un redimensionnement des pipelines. |
| Quand choisir | Lorsque vous souhaitez des performances élevées avec des options de cellule d'écoulement flexibles. | Lorsque vous avez besoin d'un débit maximal et souhaitez minimiser le nombre de passes pour des projets très volumineux. |
Analyse comparative du NovaSeq 6000 et d'autres systèmes de séquençage
| Caractéristique | NovaSeq 6000 | HiSeq 2500 | MiSeq | NextSeq 500 |
|---|---|---|---|---|
| Débit | Ultra-haut (jusqu'à 3 To) | Élevé (jusqu'à 1 To) | Faible (jusqu'à 15 Go) | Moyen-haut (jusqu'à 120 Go) |
| Longueur de lecture | 50 points de base à 300 points de base | 50 points de base à 250 points de base | 50 points de base à 600 points de base | 75 points de base à 150 points de base |
| Temps d'exécution | Court (<48 heures) | Long (36 heures à 11 jours) | Court (de 4 à 55 heures) | Moyen (~29 heures) |
| Applications | Génomique, transcriptomiquerecherche sur le cancer | Génomique, transcriptomique, recherche sur le cancer | Petits génomes, séquençage de l'ARNr 16S, séquençage ciblé | Génomique, transcriptomique, séquençage ciblé |
| Débit d'échantillon | Élevé (plusieurs échantillons par course) | Moyen (plusieurs échantillons par course) | Faible (adapté à quelques échantillons) | Moyen-haut (plusieurs échantillons par course) |
| Coût de l'instrument | Élevé | Élevé | Bas | Moyen-haut |
| Coût de fonctionnement | Élevé | Élevé | Bas | Moyen |
| Qualité des données | Élevé (haute précision et cohérence) | Élevé (haute précision et cohérence) | Élevé (haute précision) | Élevé (haute précision et cohérence) |
Remarques :
Débit : La quantité de données générées par course de séquençage.
Longueur de lecture : Le nombre de paires de bases lues par lecture de séquençage.
Temps d'exécution : Le temps nécessaire pour compléter un cycle de séquençage.
Applications : Les domaines et les utilisations pour lesquels le système est adapté.
Débit d'échantillons : Le nombre d'échantillons pouvant être traités par exécution.
Coût de l'instrument : Le coût d'achat et de maintenance de l'instrument de séquençage.
Coût de fonctionnement : Le coût par séquençage, y compris les réactifs et les consommables.
