Nouvelle génération de séquençage cDNA - Oxford Nanopore introduit de nouveaux kits de séquençage cDNA

4 février 2019

Oxford Nanopore a lancé ses deux nouveaux kits de cDNA ‘109’ pour sa technologie de séquençage évolutive en temps réel. Les nouveaux kits offrent un haut débit tout en générant des séquences complètes de brins de cDNA de pleine longueur, avec une option d'entrée faible de seulement 1 ng d'ARN PolyA+.

Les deux nouveaux kits maintenant disponibles sont les kits de séquençage Direct cDNA (SQK-DCS109) et PCR-cDNA (SQK-PCS109). En combinaison avec des mises à jour des plateformes de séquençage et des logiciels d'Oxford Nanopore, le séquençage cDNA par nanopore permet un enrichissement efficace pour les transcrits de pleine longueur (PCR-cDNA). Dans le cas du kit Direct cDNA, la PCR n'est pas nécessaire — éliminant ainsi le biais, tandis que le kit cDNA-PCR permet un haut débit à partir d'une faible entrée d'ARN (seulement 1 ng d'ARN PolyA+) et offre la possibilité de commencer à partir d'ARN total.

Les nouveaux kits de cDNA sont disponibles pour une utilisation sur tous les appareils Oxford Nanopore, permettant à tous les types d'utilisateurs de générer des rendements très élevés de données transcriptomiques pour la découverte de nouveaux isoformes à haute résolution, l'identification de transcrits à faible nombre de copies et le séquençage de novo de transcriptomes entiers avec une couverture élevée.

La nouvelle méthode de séquençage cDNA permet aux utilisateurs de séquencer des transcriptomes entiers avec une couverture élevée sur une seule cellule de flux MinION (10-15 millions de lectures x transcrits de pleine longueur), avec des capacités de débit substantiellement plus élevées sur PromethION (plus de 60 millions de lectures x transcrits de pleine longueur par cellule de flux), ou des essais rapides et plus petits sur Flongle. Cela facilite de nouvelles perspectives biologiques dans une large gamme d'applications.

Explorer plus en profondeur le transcriptome permet aux chercheurs de mieux comprendre comment l'ADN d'un organisme est interprété à un moment donné. Cela pourrait mieux informer les traitements en santé et fournir une méthode rapide d'identification des virus.

Les deux kits sont maintenant disponibles à l'achat sur le site d'Oxford Nanopore.