Directives de Soumission d'Échantillons
Questions et réponses sur le séquençage d'amplicons
Questions générales
- Comment construire une bibliothèque d'amplicons ?
- Séquençage d'amplicons méthode de construction de bibliothèque qui utilise principalement des méthodes de PCR pour amplifier des fragments moléculaires spécifiques et introduit des régions de primers de jonction et de séquençage pendant le processus d'amplification.
- Quel est votre processus de construction de bibliothèque d'amplicons ?
- Il existe actuellement deux principales options de processus. La construction de bibliothèque en une étape signifie que l'amplification et la ligation sont effectuées simultanément lors d'un tour de réactions PCR. La construction de bibliothèque en deux étapes implique deux tours de réactions PCR avec une amplification et une ligation séparées.
- Quels sont les principaux problèmes qui peuvent être résolus par le séquençage d'amplicons ?
- Il est actuellement le plus largement utilisé dans le domaine de la microbiologie, qui est utilisé pour détecter la composition de la communauté microbienne. Il comprend principalement Séquençage de l'ADNr 16Sséquençage de l'ADNr 18S, séquençage ITS et séquençage d'amplicons de région cibleLes séquences d'une région hautement variable de 16S/18S/ITS déterminées par la plateforme de séquençage à haut débit de deuxième génération sont utilisées pour répondre aux différences entre les espèces dans la taxonomie des bactéries, des champignons et des archées dans des échantillons environnementaux, ce qui constitue un guide important pour étudier la composition microbienne dans les environnements marins, terrestres et fécaux intestinaux.
- La séquençage d'amplicons peut-il obtenir toutes les séquences du génome ?
- Le séquençage par amplicon ne peut détecter qu'un ou quelques fragments de gènes spécifiques dans un échantillon, mais pas tous les gènes. Le processus de construction de la bibliothèque passe par un enrichissement par PCR et un dépistage, ce qui amplifie les fragments d'intérêt pour le chercheur des dizaines de milliers et des centaines de milliers de fois.
- Quels sont les facteurs qui influencent la construction de bibliothèques d'amplicons ?
- Le processus de construction de la bibliothèque d'amplicons est affecté par de nombreux facteurs tels que la méthode d'amplification, l'enzyme et le nombre de cycles d'amplification. Plus la concentration initiale de l'échantillon est élevée, plus le nombre de cycles est important, et plus les résultats s'écartent de la réalité.
- L'amplification par séquençage peut-elle être utilisée pour l'analyse de la composition des espèces ?
- Il existe différentes formes de résultats de séquençage d'amplicons qui peuvent être utilisées pour montrer la composition des communautés bactériennes dans un échantillon. Les diagrammes de Venn, les cartes de composants de structure de communauté, les cartes de clusters, les cartes de chaleur, les arbres phylogénétiques, etc. sont tous efficaces pour montrer la composition des espèces.
- Dans quels domaines le séquençage d'amplicons peut-il être appliqué ?
- Le séquençage par amplicon est un type de séquençage par capture de région cible (une autre technique de capture de région cible est la capture par sonde d'hybridation). Le séquençage par amplicon consiste à séquencer un fragment de produit PCR d'une longueur spécifique pour analyser la variation dans la séquence. Séquençage d'amplicon est capable de séquencer des régions cibles avec une couverture élevée et également de détecter des mutations à faible fréquence en fonction des différents besoins. Les types actuels de séquençage d'amplicons incluent le séquençage de gènes fonctionnels, le séquençage de fragments de capture ciblée et le séquençage de fragments méthylés.
- Quel est notre service d'analyse de données de séquençage d'amplicons ?
- • QC, conception expérimentale, fusion de séquences à double extrémité
• Extraction de code-barres, contrôle qualité et séparation d'échantillons, excision des amorces d'amplification
• Conversion de format, suppression de redondance, regroupement
• Suppression des chimères, séquences non bactériennes, génération de séquences représentatives et tableaux OTU
• Annotation des espèces, manipulation de la table OTU
• Arbre évolutif, diversité Alpha et Beta
• Statistiques de classification des espèces, filtrage des arbres évolutifs et autres
- • QC, conception expérimentale, fusion de séquences à double extrémité
-
Préparation d'échantillons
- Dois-je standardiser le matériau de départ pour mon séquençage d'amplicons ?
- Nous ajusterons la concentration de vos échantillons pour convenir à votre projet. Cependant, vous devrez suivre notre Directives de soumission d'échantillons ou contactez-nous avant soumission.
- Pourquoi ai-je des concentrations d'ADN élevées avant de soumettre et de faibles concentrations après l'avoir envoyé à l'entreprise pour les tests ?
- NanoDrop ne peut pas distinguer entre l'ADN double brin (dsDNA) et l'ADN simple brin (ssDNA) (oligonucléotides et dNTP), ce qui peut vous amener à surestimer la quantité d'ADN double brin dans votre échantillon. Dans notre entreprise, nous combinons Qubit, Nanodrop et électrophorèse sur gel d'agarose pour tester la qualité des échantillons d'ADN.
- Comment purifier les amplicons ?
- Les échantillons purifiés peuvent être purifiés par des billes/colonnes de liaison à l'ADN, un nettoyage enzymatique et une purification par gel.
- Quelles sont les directives de soumission d'échantillons pour le séquençage d'amplicons ?
- • Pour le séquençage d'amplicons
Type d'échantillon : Amplicon purifié
Quantité recommandée : ≥ 1 µg
Quantité minimale : 500 ng
Concentration minimale : 20 ng/µL
• Pour le séquençage 16S/18S/ITS
Type d'échantillon : ADN génomique
Quantité recommandée : ≥ 100 ng
Quantité minimale : 500 ng
Concentration minimale : 1 g/µL
Vérifiez notre Directives de Soumission d'Échantillons pour plus de détails.
- • Pour le séquençage d'amplicons
À des fins de recherche uniquement, non destiné à un diagnostic clinique, un traitement ou des évaluations de santé individuelles.
Services associés
