Service de profilage de l'expression des microARN par microarray

Le profilage de l'expression des microARN (miARN) via des microarrays constitue une méthode sophistiquée pour élucider la régulation génique au niveau post-transcriptionnel. Cette technique permet aux chercheurs d'examiner les motifs d'expression des miARN à travers diverses conditions biologiques et espèces, offrant ainsi des aperçus profonds sur divers processus cellulaires et mécanismes de maladies. CD Genomics propose un service complet de profilage par microarray des miARN, utilisant des plateformes de pointe reconnues pour leur précision et leur sensibilité exceptionnelles.

Qu'est-ce que le profilage d'expression avec des microarrays ?

profilage d'expression avec des microarrays est une technique sophistiquée à haut débit qui permet de mesurer simultanément les niveaux d'expression de milliers de gènes. Cette méthode implique l'hybridation d'échantillons d'ARN à un microarray puce intégrée avec des sondes complémentaires. En capturant et en quantifiant les signaux d'hybridation, les chercheurs peuvent évaluer l'expression des gènes dans une large gamme de conditions. Cette approche est essentielle pour identifier les gènes avec une expression différentielle, élucider des réseaux régulateurs complexes et étudier les mécanismes moléculaires sous-jacents à divers processus biologiques.

Comment réaliser le profilage des miARN

Le profilage des microARN est essentiel pour déchiffrer la régulation des gènes et élucider les mécanismes des maladies. Voici un aperçu simplifié des méthodologies utilisées :

1. Méthodes traditionnelles

• Transfert NorthernCette approche classique détecte les miARN par hybridation de sondes. Bien qu'elle soit fiable, elle se caractérise par une faible sensibilité, nécessite des quantités importantes d'ARN et est chronophage.
• MicroarrayCette technique permet une détection à haut débit en hybridant des miARN avec des sondes d'ADN sur une puce. Des avancées telles que les sondes modifiées par LNA et les améliorations basées sur des nanoparticules ont considérablement amélioré sa sensibilité et sa spécificité.
• qRT-PCRConsidéré comme la référence en la matière, le qRT-PCR offre une sensibilité et une spécificité exceptionnelles. Des techniques telles que le tailing et le RT-PCR en boucle de tige répondent aux défis posés par les courtes séquences de l'ARNmi, les sondes TaqMan offrant une spécificité supérieure, bien qu'à un coût plus élevé par rapport aux méthodes SYBR Green.
• PCR numérique par gouttelettes (ddPCR)Une avancée plus récente, le ddPCR permet une quantification absolue des miARN avec une grande sensibilité et précision. Il consiste à diviser les échantillons en gouttelettes individuelles et à quantifier les miARN sans dépendre de courbes standard.

2. Méthodes émergentes

• Détection basée sur des nanomatériauxCette approche tire parti de nanomatériaux tels que les nanoparticules d'or et les points quantiques pour améliorer les capacités de détection. Des techniques comme les essais colorimétriques et les méthodes basées sur la fluorescence offrent une sensibilité accrue et des besoins en échantillons réduits.

Qu'est-ce qu'un microarray de miARN ?

Les microarrays de miARN sont des outils analytiques avancés conçus spécifiquement pour détecter et quantifier les profils d'expression des miARN. Contrairement aux microarrays d'expression génique conventionnels, qui ciblent les ARNm, les microarrays de miARN utilisent des sondes spécifiques aux séquences de miARN. Cela permet la détection simultanée de milliers de miARN, offrant un aperçu complet de l'expression des miARN dans diverses conditions.

La prééminence du profilage de l'expression des miARN découle de la compréhension que les miARN fortement exprimés dans des tissus, types cellulaires ou stades de développement particuliers jouent souvent des rôles régulateurs cruciaux. Pour une analyse précise et efficace, il est conseillé de faire appel à des spécialistes en miARN et en technologies de microarrays. Ces experts travaillent dans des laboratoires à la pointe de la technologie qui respectent des protocoles de contrôle qualité rigoureux et fournissent des résultats rapides. Ils offrent une analyse de données sophistiquée adaptée aux besoins spécifiques de votre recherche, garantissant à la fois des résultats de haute qualité et le respect des contraintes budgétaires.

Avantages et caractéristiques des microarrays de miARN

• Haute DébitLes microarrays de miARN peuvent détecter des milliers de miARN simultanément, offrant une méthode efficace pour profiler l'expression des miARN de manière exhaustive.
• Couverture complèteIls couvrent un large éventail de miARN connus, détectant à la fois des miARN abondants et de faible abondance pour une analyse d'expression approfondie.
• Reproductibilité: Microarrays offrir des résultats cohérents et fiables, permettant des comparaisons précises de l'expression des miARN à travers différentes expériences et conditions.
• Coût-efficacité: Comparé à Séquençage d'ARNLes microarrays de miARN sont plus économiques pour le profilage à grande échelle, offrant un bon rapport qualité-prix pour des études approfondies.
• Haute SensibilitéCes microarrays sont conçus pour détecter les miARN à de faibles concentrations, garantissant une mesure précise et exacte des niveaux d'expression.
• Flexibilité de contenu complète (toutes les espèces)
• Probes d'hybridation ARN optimisées
• Solution économique tout-en-un
• Fournisseur de services expérimenté traitant divers types d'échantillons de recherche et cliniques (y compris des échantillons FFPE et de sang/plasma)

Applications des microarrays de miARN

• Distinguer les signatures d'expression associées au diagnostic, au pronostic et aux interventions thérapeutiques.
• Réaliser une analyse à l'échelle du génome de l'expression des miARN dans des échantillons normaux et pathologiques, tels que le cancer.
• Le profilage de l'expression des miARN révèle des changements associés à des maladies telles que les affections cardiovasculaires, les troubles neurologiques et les syndromes métaboliques, ce qui peut aider à identifier des cibles thérapeutiques potentielles.
• Dans la découverte de médicaments, les microarrays de miARN aident à identifier les cibles de miARN et à évaluer les effets des candidats médicaments sur l'expression des miARN, facilitant ainsi la création de thérapies innovantes.
• L'analyse à l'échelle du génome de l'expression des miARN dans des échantillons normaux et malades, tels que le cancer, aide à distinguer les profils d'expression pertinents pour le diagnostic, le pronostic et les réponses aux traitements.

Flux de travail de microarrays de miARN

Spécifications de service

	Exigences d'échantillon Divers échantillons, y compris des tissus, du sérum, du plasma, FFPE, etc. ARN total ≥200 ng par échantillon ; Tissu animal : Pas moins de 200 mg ; Cellules animales : Au moins 10^7 cellules. Remarque : Les montants d'échantillons sont indiqués à titre de référence uniquement. Pour des informations détaillées, veuillez contactez-nous avec vos demandes personnalisées.
Cliquez	Stratégie de séquençage Multiples plateformes vous pouvez vous référer aux recommandations et au service personnalisé suivants.
	Analyse bioinformatique Nous proposons plusieurs analyses bioinformatiques personnalisées : Contrôle qualité des données brutes Analyse en composantes principales (ACP) Dépistage de l'expression différentielle des miARN Construction du réseau GO Construction de réseau de voies métaboliques analyse du réseau ceRNA (ARN endogènes concurrents) Analyse de la durée Remarque : Les sorties de données et les contenus d'analyse recommandés affichés sont à titre de référence uniquement. Pour des informations détaillées, veuillez contactez-nous avec vos demandes personnalisées.

Recommandations et service personnalisé

Tableau 1 Arrays d'expression miRNA Agilent

Tableau 2 Arrays d'expression miRNA Affymetrix

Tableau 3 Cartes TaqMan® Array MicroARN

Pipeline d'analyse

Livrables

• Les images de scan de microarray originales et traitées.
• Un fichier de disposition de tableau
• Un fichier de données d'intensité brute dans Excel
• Un fichier de données entièrement traité dans Excel
• Une liste de transcrits régulés à la hausse et à la baisse qui sont appelés sur la base d'une analyse statistique.
• De plus, pour chaque lot d'échantillons, le client reçoit un résumé de données contenant un catalogue de fichiers de données, des images de régions représentatives des matrices correspondantes et des descriptions de caractéristiques spécifiques des matrices.

CD Genomics peut également vous aider à créer votre microarray miARN personnalisé. Nous sommes prêts à vous aider avec vos besoins en matière de microarray personnalisé, que ce soit un design standard ou quelque chose de plus créatif.

Pour plus de détails, n'hésitez pas à nous contacter pour toute question en remplissant un formulaire sans engagement. Demande de devis.

Les résultats partiels sont présentés ci-dessous :

1. Quels types d'échantillons peuvent être utilisés pour le profilage par microarray de miARN ?

Le profilage par microarray des miARN peut être réalisé à partir de divers types d'échantillons, y compris des tissus, des cellules et des biofluides tels que le plasma ou le sérum. Il est crucial d'utiliser des méthodes d'extraction d'ARN qui préservent les petits ARN afin d'assurer un profilage précis des miARN.

2. Combien de temps dure une expérience de microarray de miARN ?

La durée d'une expérience de microarray de miARN, englobant la préparation des échantillons jusqu'à l'analyse des données, varie généralement de plusieurs jours à quelques semaines. Ce délai est influencé par la complexité de la configuration expérimentale et le nombre d'échantillons traités.

3. Les microarrays de miARN sont-ils adaptés à tous les types d'études sur les miARN ?

Les microarrays de miARN sont bien adaptés aux investigations impliquant des miARN connus et sont efficaces pour des applications telles que la découverte de biomarqueurs et les études fonctionnelles. Cependant, ils peuvent ne pas détecter tous les miARN nouveaux ou moins caractérisés.

4. Comment les microarrays de miARN se comparent-ils au séquençage d'ARN ?

Alors que Séquençage de l'ARN fournit une analyse plus exhaustive et identifie de nouveaux miARN, les microarrays de miARN sont une option rentable et à haut débit qui fournit des données solides pour les miARN connus.

Profil de variation de l'expression des LncRNA-miRNA-mRNA dans l'urine des patients atteints de calculs d'oxalate de calcium

Journal : BMC Génétique Médicale
Facteur d'impact : 3,622
Publié : 29 avril 2019

Contexte

L'urolithiase, en particulier les calculs d'oxalate de calcium (CaOx), est courante et problématique, avec des taux de récidive élevés. Des facteurs tels que l'hyperoxalurie et l'inflammation contribuent à la formation des calculs. Les microARN et les ARN longs non codants jouent un rôle dans la régulation de l'expression génique et pourraient influencer la formation des calculs. Cette étude analyse des échantillons d'urine de patients atteints d'urolithiase pour explorer les interactions entre les miARN, les ARNm et les lncARN, en utilisant microarray technologie pour une compréhension approfondie.

Matériaux et Méthodes

Résultats

Dans des échantillons d'urine de patients atteints de calculs rénaux en oxalate de calcium (CaOx), les auteurs ont identifié neuf miARN avec des changements significatifs, dont quatre étaient surexprimés et cinq sous-exprimés. De plus, l'analyse a révélé des altérations dans 883 ARNm et 1002 lncARN, dont beaucoup étaient soit surexprimés soit sous-exprimés dans le groupe des calculs par rapport aux témoins. Les auteurs ont construit un réseau ceARN pour explorer les interactions entre ces ARN exprimés différemment, mettant en évidence des relations régulatrices clés et des voies impliquées dans la formation de calculs CaOx, y compris la production de ROS et divers processus métaboliques.

Tableau 1. Total des miARN différentiellement exprimés entre le groupe formant des calculs et le groupe normal

Fig 1. Clustering hiérarchique et graphiques en volcan des miARN, ARNm et lncARN dysrégulés.

Fig 2. Le réseau CeRNA a réagi aux variations de miARN, d'ARNm et d'ARNlnc dans les urines des patients atteints de calculs de CaOx.

Conclusion

L'étude a clairement défini les différences d'expression des miARN, des ARNm et des lncARN dans l'urine entre les patients atteints de calculs de CaOx et les individus en bonne santé, en utilisant des analyses GO et KEGG pour découvrir les fonctions et les voies géniques pertinentes. Ce travail pourrait conduire à de nouveaux biomarqueurs diagnostiques ou cibles de traitement pour les calculs rénaux de CaOx et orienter les recherches futures sur les mécanismes de l'urolithiase.

Référence

1. Liang X, Lai Y, Wu W, et al. Profil d'expression variationnel des LncRNA-miRNA-mRNA dans l'urine des patients atteints de calculs d'oxalate de calcium. BMC Génomique Médicale. 2019, 12:1-1.