L'application du séquençage par immunoprécipitation d'ARN (RIP-seq) dans la recherche sur le carcinome hépatocellulaire (CHC) et le cancer de l'ovaire.

RIP-seq (L'immunoprécipitation par ARN) est une technologie utilisée pour étudier la liaison entre l'ARN et les protéines dans les cellules. L'immunoprécipitation par ARN utilise l'anticorps de la protéine cible pour précipiter le complexe ARN-protéine correspondant (RBP), isoler et purifier l'ARN capturé, puis combiner la technologie de séquençage à haut débit pour séquencer et analyser l'ARN cible. L'immunoprécipitation par ARN peut être considérée comme une application similaire de l'immunoprécipitation de la chromatine. ChIP La technologie, dont la cible de liaison avec la protéine est l'ARN, a été largement utilisée. Le séquençage RIP fait référence au séquençage à haut débit de fragments d'ARN enrichis et est un outil puissant pour comprendre le processus dynamique du réseau de régulation post-transcriptionnelle, et aide également à découvrir des cibles régulatrices de l'ARN.

Ces dernières années, le RIP-seq a contribué de manière extraordinaire à la recherche des mécanismes moléculaires liés à la pathologie du cancer.

Principe expérimental :

(1) Utilisez des anticorps ou des marqueurs d'épitopes pour capturer des protéines de liaison à l'ARN endogènes dans le noyau ou le cytoplasme.

(2) Prévenir la liaison de l'ARN non spécifique

(3) La protéine de liaison à l'ARN et son ARN de liaison ont été séparés par immunoprécipitation.

(4) La séquence d'ARN combinée a été identifiée par microarray (RIP-chip), RT-PCR quantitative ou séquençage à haut débit (RIP-Seq)

Le processus expérimental de RIP-seq

Direction de l'application :

(1) Étudier la liaison de l'ARN et des protéines dans les cellules.

(2) Découvrez l'interaction entre les RBP et les ARN non codants (LncRNA, miRNA, etc.).

(3) Cartographie de la carte d'interaction entre l'ARN à l'échelle du génome et les protéines liant l'ARN (RBP).

La séquençage RIP aide à révéler le mécanisme de modification post-traductionnelle des protéines.

L'infection par le virus de l'hépatite B (VHB) est un facteur de risque majeur pour le carcinome hépatocellulaire (CHC). Le lecteur d'ARN N6-méthyladénosine (m6A), le domaine YTH (homologie YT521-B) 2 (YTHDF2), joue un rôle crucial dans la progression du CHC. Des études récentes ont révélé que YTHDF2 peut être modifié par O-GlcNAc et ont confirmé que Ser263 est le site clé pour la modification O-GlcNAc de YTHDF2 par le biais de l'immunoprécipitation couplée à la spectrométrie de masse (IP-MS). De plus, les chercheurs ont filtré et identifié MCM2 et MCM5 comme des molécules modifiées par m6A régulées par m6A-seq, séquençage RIP, RNA-seq et d'autres technologies. L'O-GlcNAcylation médiée par OGT de YTHDF2 au Ser263 a favorisé la stabilisation de l'ARNm de MCM2 et MCM5 de manière dépendante à l'm6A dans le CHC. Cette étude fournit de nouvelles idées pour la recherche de nouveaux marqueurs pronostiques et cibles moléculaires du carcinome hépatocellulaire associé au VHB.

Identification des cibles de YTHDF2 par RNA-seq à haut débit, m6A-seq et RIP-seq

Identification des événements d'épissage par RNA-seq et RIP-seq dans la recherche sur le cancer de l'ovaire

Le splicing alternatif a été associé à diverses maladies, y compris les cancers humains. L'expression aberrante des facteurs d'épissage a été trouvée pour promouvoir la tumorigénèse et le développement de tumeurs malignes humaines. Le cancer de l'ovaire est la malignité gynécologique la plus létale et l'expression anormale des facteurs d'épissage est liée au développement du cancer de l'ovaire. Des études récentes ont montré que les protéines surexprimées dans les cancers de l'ovaire de type haut grade (HGSOC) sont significativement enrichies en protéines de la voie d'épissage. Le facteur d'épissage USP39 est souvent surexprimé dans les HGSOC, et l'augmentation du niveau d'USP39 est associée à un mauvais pronostic. USP39 favorise la prolifération/l'invasion in vitro et la croissance tumorale in vivo, et il a été activé transcriptionnellement par la protéine oncogène c-MYC dans les cellules de cancer de l'ovaire simultanément. Les événements d'épissage variables régulés par USP39 ont été identifiés par séquençage d'ARN (RNA-seq) et séquençage d'immunoprécipitation d'ARN (RIP-seq). En particulier, USP39 favorise l'épissage efficace de HMGA2 (high-mobility group AT-hook 2), augmentant ainsi la malignité des cellules cancéreuses de l'ovaire. Cette étude indique qu'USP39 pourrait représenter un nouveau biomarqueur pronostique et une cible potentielle pour les HGSOC.

Identification des événements d'épissage régulés par USP39 par RNA-seq et RIP-seq

La technologie RIP est un outil puissant pour étudier le processus dynamique du réseau de régulation post-transcriptionnelle. Les résultats détectés par le RIP-seq ont une large couverture et un haut débit. Son application peut rendre le niveau de recherche complet et le mécanisme plus approfondi, et nous aider à comprendre les changements d'ARN au niveau global du cancer et d'autres maladies grâce à un haut débit.

Références:

1. Xie, Fei et al. "CircPTPRA bloque la reconnaissance de l'ARN N6-méthyladénosine en interagissant avec IGF2BP1 pour supprimer la progression du cancer de la vessie." Cancer moléculaire vol. 20,1 68. 14 avr. 2021.
2. Wang, Shourong et al. "Le facteur de splicing USP39 favorise la malignité du cancer de l'ovaire en maintenant un épissage efficace de l'oncogène HMGA2." Mort cellulaire et maladie vol. 12,4 294. 17 mars 2021