Tirez parti des avantages du séquençage du génome entier dans Mycobacterium tuberculosis Recherche

Séquençage du génome entier (SGE) fait référence à une technologie de recherche qui utilise la technologie de séquençage à haut débit pour séquencer des individus ou des populations d'espèces, analyser les cartes génomiques obtenues et identifier leurs différences, afin d'explorer l'évolution des espèces et de dépister des gènes fonctionnels au niveau du génome entier. Elle présente les avantages d'une acquisition d'informations complète, précise, à haut débit et à haute résolution. Actuellement, de plus en plus de chercheurs l'appliquent à l'étude épidémiologique des microorganismes tels que les bactéries.

Les avantages de la technologie de séquençage du génome entier

1. Il peut détecter rapidement et de manière exhaustive tous les sites de résistance aux médicaments pertinents, ce qui est propice à la sélection opportune et raisonnable des options de traitement par les cliniciens.
2. La technologie est simple à utiliser, plus pratique et plus facile à promouvoir.
3. Comparé aux tests de sensibilité aux médicaments traditionnels, le prix est plus économique et plus propice à l'acceptation par les patients.

Prédire la résistance bactérienne aux antibiotiques par séquençage du génome entier

Dans le diagnostic de la tuberculose résistante aux médicaments, la détection rapide de la résistance aux médicaments de Mycobacterium tuberculosis est essentiel d'améliorer l'effet du traitement des patients et de réduire la propagation des bactéries. Le séquençage du génome entier (SGE) a montré un potentiel énorme dans le diagnostic rapide de la tuberculose (TB) résistante aux médicaments. Les chercheurs ont effectué un SGE sur des souches de tuberculose résistantes. Mycobacterium tuberculosis des isolats obtenus de Shanghai (n= 137) et de Russie (n=78). De plus, des tests de sensibilité aux médicaments et des techniques de séquençage à l'échelle du génome ont été utilisés pour détecter simultanément la résistance de toutes les souches à sept médicaments anti-tuberculeux (isoniazide, rifampicine, streptomycine, éthambutol, ofloxacine, amikacine et capréomycine). Les résultats prédits de résistance médicamenteuse par séquençage à l'échelle du génome ont été comparés aux résultats des tests de sensibilité aux médicaments phénotypiques afin de déterminer la sensibilité et la spécificité de la prédiction par séquençage à l'échelle du génome. Les résultats ont montré que le séquençage à l'échelle du génome pouvait prédire 82,07 % des souches domestiques résistantes aux médicaments sur le plan phénotypique. Cette étude démontre que la technologie de séquençage à l'échelle du génome a une grande sensibilité pour prédire le phénotype de résistance aux médicaments anti-tuberculeux.

Le séquençage de l'ensemble du génome révèle une pré-résistance dans Mycobacterium tuberculosis

Les avancées récentes dans le séquençage du génome entier des bactéries ont abouti à un catalogue complet des signatures génomiques de résistance aux antibiotiques dans Mycobacterium tuberculosisLes chercheurs ont séquencé l'ensemble du génome de plus de 3000 échantillons de tuberculose et ont suivi l'infection tuberculeuse des patients au cours des 20 dernières années pour reconstruire l'arbre généalogique des bactéries de la tuberculose, connu sous le nom de numéros phylogénétiques. Les chercheurs ont ensuite utilisé une analyse informatique pour identifier le code génétique ancestral des bactéries (ce qui conduit par la suite à la résistance aux médicaments). En analysant les branches de l'arbre généalogique, les chercheurs ont identifié des changements clés liés à la résistance au MTB, permettant ainsi de comprendre quels facteurs sont les plus susceptibles de provoquer une résistance au MTB. Cette étude a décrit des loci et des polymorphismes génomiques associés à un risque accru d'acquisition de résistance. L'identification de marqueurs de résistance future aux antibiotiques pourrait permettre une thérapie ciblée pour prévenir l'émergence de la résistance dans M. tuberculosis et d'autres agents pathogènes par séquençage du génome complet. Mycobacterium tuberculosis Les données de séquençage du génome entier peuvent fournir des informations sur les tendances temporelles et géographiques dans l'acquisition de la résistance et éclairer les interventions de santé publique. Des recherches récentes ont utilisé un grand nombre de données collectées cliniquement. Mycobacterium tuberculosis données de séquençage à l'échelle du génome et données de tests de résistance aux médicaments phénotypiques pour étudier quand, où et comment M. tuberculosis la résistance médicamenteuse acquise dans le monde entier. Ces études montrent que le séquençage de l'ADN entier a favorisé la recherche de M. tuberculosis.

La technologie de séquençage du génome entier a été largement utilisée dans la recherche de Mycobacterium tuberculosis, y compris l'identification de lignées, la microévolution, la prédiction de la résistance aux médicaments, la surveillance de la transmission et le diagnostic des infections mixtes. Il est prévu que cela permette de prévenir, contrôler et diagnostiquer rapidement et mieux la tuberculose, et de mener des recherches épidémiologiques détaillées et en temps réel sur les épidémies de tuberculose. D'un point de vue d'exactitude, de commodité et d'économie, il est sans aucun doute de plus grande valeur d'utiliser la technologie de séquençage de génome entier pour diagnostiquer la tuberculose pulmonaire multirésistante et même extensivement résistante à l'avenir.

Références :

1. Torres Ortiz, Arturo et al. "Signatures génomiques de pré-résistance dans" Mycobacterium tuberculosis." Communications naturelles vol. 12,1 7312. 15 déc. 2021
2. Wang, Luqi et al. "Séquençage de l'ensemble du génome de" Mycobacterium tuberculosis pour la prédiction de la résistance aux médicaments. Épidémiologie et infection vol. 150 e22. 7 janv. 2022
3. Ektefaie, Yasha et al. "Globalement divers Mycobacterium tuberculosis acquisition de résistance : une analyse géographique et temporelle rétrospective des séquences de génome entier. The Lancet. Microbe vol. 2,3 (2021) : e96-e104.