Service de séquençage de méthylation de l'ARN

Qu'est-ce que les modifications de l'ARN ?

Les modifications de l'ARN jouent un rôle essentiel dans la régulation épigénétique de l'expression génique post-transcriptionnelle. Bien que des recherches approfondies aient été menées sur les modifications de l'ARN m6A, divers autres types de modifications de l'ARN participent également à la régulation de l'expression génique post-transcriptionnelle. Celles-ci incluent m1A, m5C, m7G, la 2'-O-méthylation et l'acétylation ac4C. Il est à noter que les études en cours dans ces domaines continuent de produire des publications à fort impact.

CD Genomics se positionne comme un leader dans le séquençage des modifications de l'ARN, offrant une gamme complète de services de séquençage des modifications de l'ARN adaptés à l'ARNm et à divers ARN non codants. Nos services couvrent un éventail de modifications de l'ARN, y compris m6A, m1A, m5C, m7G, ac4C, 2'-O-méthylation et pseudouridine (Ψ), contribuant à faire progresser la compréhension du paysage complexe des modifications de l'ARN.

(Jinghui Song et al., ACS Chem. Biol. 2017)

Méthodes de détection des modifications de l'ARN

Séquençage de la méthylation de l'ARN m6A : Techniques sensibles détectant simultanément les modifications m6A dans l'ARNm, l'ARN long non codant et l'ARN circulaire.

Séquençage de la méthylation de l'ARN m6A à des niveaux quantitatifs et tracesMeRIP/m6A-seq)

La méthylation m6A est une modification d'ARN répandue chez les organismes eucaryotes, y compris l'ARNm et même l'ARN viral. Bien que la modification m6A ait été rapportée dès les années 1970, les connaissances complètes sur sa distribution globale dans l'ARN et son impact sur la régulation de l'expression génique ont été limitées. La découverte de la première véritable déméthylase d'ARN, FTO, en 2011 a renouvelé l'intérêt pour la méthylation de l'ARNm/lncARN.

MeRIP, utilisant des anticorps spécifiques à m6A pour l'enrichissement suivi du séquençage, est une méthode conçue pour étudier les modifications de méthylation de l'adénosine dans l'ARN. EasyGene a développé de manière indépendante une technologie de détection de la méthylation de l'ARN à un niveau de trace, permettant de réduire l'apport d'échantillon à 10-20 μg, avec une exigence minimale de seulement 5 μg d'ARN total. Cette avancée facilite l'analyse précise des modifications m6A à travers diverses espèces d'ARN, y compris l'ARNm, l'ARNlnc et l'ARN circulaire.

Séquençage de la méthylation de l'ARN m5C : traitement au bisulfite pour la détection de précision à base unique des niveaux de modification m5C

Méthylation de l'ARN m5C (RNA-BS-seq, m5C)

Parmi les nombreuses modifications de l'ARN, le m5C est l'un des plus étudiés. Lorsqu'il est présent dans l'ARNt, le m5C peut réguler la traduction ; sur l'ARNr, il joue un rôle dans le contrôle de la qualité lors de la biogenèse des ribosomes, et lorsqu'il est trouvé sur l'ARNm, il influence la structure, la stabilité et les processus de traduction de l'ARNm.

La séquençage RNA-BS se distingue comme une technique puissante pour détecter le m5C. Cette méthode consiste à traiter l'ARN avec du bisulfite, convertissant les cytosines (C) non modifiées en uraciles (U), tandis que les cytosines modifiées par m5C restent inchangées. Grâce à une PCR subséquente, les uraciles sont convertis en thymines (T), permettant de faire la distinction entre m5C et C. Associé à un séquençage à haut débit, le RNA-BS-seq permet la détection complète des modifications m5C à travers l'ensemble du transcriptome.

(3) RIP-seqDémêler les interactions ARN-protéine grâce au séquençage basé sur l'immunoprécipitation

La séquençage par immunoprécipitation de l'ARN (RIP-seq) constitue une méthodologie robuste utilisée pour explorer le paysage complexe des interactions ARN-protéine, offrant des perspectives sur les associations dynamiques entre les molécules d'ARN et leurs protéines interactives. Cette technique repose sur la capture précise des complexes ARN-protéine par immunoprécipitation, facilitée par des anticorps dirigés contre la protéine d'intérêt.

Détenant une importance considérable dans l'exploration de la régulation génique post-transcriptionnelle, le RIP-seq sert d'outil essentiel pour identifier les cibles d'ARN liées à des protéines spécifiques. Après immunoprécipitation, l'ARN associé est soigneusement isolé et soumis à un séquençage à haut débit, fournissant un profil complet des molécules d'ARN participant activement aux interactions protéiques. Cette approche joue un rôle clé dans l'avancement de notre compréhension des processus cellulaires fondamentaux, englobant le traitement de l'ARN, la localisation et la stabilité.

(4) Service de séquençage de la méthylation de l'ARN par nanopore: Révéler les détails fins des motifs de modification de l'ARN avec une précision au niveau des nucléotides.

Notre service de séquençage de méthylation de l'ARN par nanopore représente une solution avancée conçue pour révéler le paysage nuancé des modifications de l'ARN avec une précision inégalée. Tirant parti des capacités de la technologie de séquençage par nanopore, ce service offre une résolution au niveau des nucléotides, facilitant l'identification et la caractérisation de diverses modifications de l'ARN, y compris m6A, m1A, m5C, m7G, ac4C et 2'-O-méthylation.

Distingué par sa capacité à capturer les subtils nuances des modifications de l'ARN à travers diverses espèces d'ARN, englobant l'ARNm et l'ARN non codant, ce service utilise la technologie des nanopores pour un séquençage en temps réel et à longues lectures. Cette approche garantit la détection des modifications avec une précision et une sensibilité accrues. En mettant l'accent sur une analyse complète et à haut débit, notre service permet aux chercheurs d'explorer le domaine dynamique des modifications de l'ARN, révélant leurs implications fonctionnelles avec des insights profonds.

(5) séquençage 2'-O-méthyléProfilage des motifs de 2'-O-méthylation dans les molécules d'ARN

Notre service de séquençage 2'-O-méthylé est dédié à l'élucidation des motifs complexes de 2'-O-méthylation dans les molécules d'ARN. Cette modification, se produisant au niveau du groupe 2'-hydroxyle du ribose, joue un rôle crucial dans la stabilité et la fonction de l'ARN. En tirant parti des technologies de séquençage à la pointe de la technologie, ce service fournit des données haute résolution sur la distribution de la 2'-O-méthylation à travers diverses espèces d'ARN, englobant l'ARNm, l'ARNlnc, le pri-miARN, l'ARNt et l'ARNr.

En priorisant à la fois l'exactitude et l'efficacité, le séquençage 2'-O-méthylé fournit des informations précieuses sur les emplacements spécifiques et l'abondance des sites de 2'-O-méthylation au sein des molécules d'ARN. Le service excelle dans le traitement d'une variété de types d'échantillons, garantissant une couverture complète et une détection robuste des événements de 2'-O-méthylation. Les chercheurs peuvent compter sur ce service pour explorer le domaine nuancé de la 2'-O-méthylation, éclairant sa pertinence fonctionnelle et ses implications potentielles dans les processus biologiques.

acRIP-seq : Profilage à haut débit des régions d'ARN acétylées

La séquençage par immunoprécipitation de l'ARN acétylé (acRIP-seq) représente une approche novatrice pour délimiter les motifs d'acétylation de l'ARN à travers le transcriptome. Cette technique utilise des anticorps qui se lient spécifiquement aux bases nucléotidiques acétylées, facilitant l'enrichissement des fragments d'ARN acétylés par immunoprécipitation. Le séquençage à haut débit qui suit permet une analyse complète de la distribution et de la fréquence des sites acétylés dans diverses espèces d'ARN. L'acétylation, notamment la N4-acétylcitidine (ac4C), a été identifiée comme une modification cruciale influençant la traduction des protéines, la stabilité de l'ARN et l'épissage alternatif. Des recherches récentes ont révélé que l'ac4C, auparavant considéré comme principalement associé à l'ARNt et à l'ARNr 18S, est abondamment présent dans d'autres types d'ARN. Ces découvertes soulignent le rôle significatif de l'ac4C dans la régulation de l'expression génique et mettent en évidence son potentiel en tant qu'élément central dans le domaine de l'épitrancriptomique.

PA-Ψ-seq : Déchiffrer les modifications de pseudouridine avec une précision à un nucléotide près

La séquençage Ψ assisté par photo-réticulation (PA-Ψ-seq) est une méthodologie sophistiquée conçue pour réaliser une cartographie à haute résolution des modifications de pseudouridine (Ψ) au niveau des nucléotides individuels. Cette technique utilise la photo-réticulation pour stabiliser l'ARN modifié par Ψ, suivie d'un enrichissement médié par des anticorps et d'un séquençage à haut débit. Le PA-Ψ-seq excelle dans la génération de cartes complètes des modifications de pseudouridine à travers tout le transcriptome, fournissant des informations précieuses sur le rôle des modifications Ψ dans divers processus biologiques, y compris la régulation des gènes et les maladies. Bien que la signification fonctionnelle de Ψ dans l'ARNr et l'ARNt soit bien établie, son rôle dans l'ARNm est resté insaisissable en raison des défis techniques liés à la détection. Le PA-Ψ-seq répond à ces limitations, offrant un outil robuste pour élucider les implications fonctionnelles des modifications Ψ dans l'ARNm et examiner leurs potentielles altérations dans des conditions pathologiques, telles que le cancer.