Service de génotypage SNP par PCR-LDR

Avec l'avancement des techniques de génomique et de biologie moléculaire, des technologies de marqueurs moléculaires à haut débit telles que les puces SNP et Génotypage par séquençage (GBS) basé sur séquençage de deuxième génération ont été développées. Ces technologies offrent des perspectives considérables dans un éventail de domaines de recherche, y compris l'identification des loci SNP parmi des matériaux génétiques divers, la sélection des arrière-plans génétiques dans l'amélioration des cultures, et études d'association à l'échelle du génomeCependant, leur application dans la sélection assistée par marqueurs moléculaires pour les cultures est entravée par les coûts relativement élevés et la complexité des procédures expérimentales impliquées.

Dans la mise en œuvre pratique du breeding assisté par marqueurs moléculaires pour les cultures, de nombreux loci polymorphes fonctionnels associés à des traits agronomiques clés sont souvent utilisés. À cette fin, des marqueurs moléculaires fondés sur la technologie PCR sont conçus pour ces loci, facilitant ainsi la sélection assistée des lignées génétiques.

Qu'est-ce que la technologie de réaction de détection par ligase (LDR) ?

La technologie de réaction de détection par ligase (LDR) est une technique moléculaire hautement précise utilisée pour l'identification des polymorphismes nucléotidiques simples (SNP) dans l'ADN. Cette technique repose sur l'utilisation de la ligase Taq, une enzyme qui facilite la ligature des sondes d'oligonucléotides. La ligature se produit exclusivement lorsque ces sondes sont parfaitement complémentaires à la séquence d'ADN cible, garantissant une continuité sans lacunes. En présence d'inadéquations, telles que des substitutions de bases ou des insertions/délétions, la ligature ne se poursuit pas.

Le processus LDR implique deux étapes principales : l'hybridation des sondes à l'ADN cible et la ligation subséquente de ces sondes une fois qu'une correspondance parfaite est atteinte. Après la ligation, le balayage par fluorescence et l'électrophorèse sur gel sont utilisés pour analyser les tailles des fragments et détecter les variations dans la séquence d'ADN. Cette technique offre une haute résolution et spécificité dans la détection des SNP en scrutant les différences de bases aux extrémités des sondes.

Introduction du service de génotypage SNP par PCR-LDR

CD Genomics propose un service avancé de génotypage SNP par PCR-LDR conçu pour fournir une analyse génétique de haute précision. Ce service combine la réaction en chaîne par polymérase (PCR) avec la technologie LDR pour identifier avec précision les SNPs sur plusieurs loci simultanément. L'intégration de ces méthodes garantit une performance robuste dans Génotypage SNP, en particulier dans le contexte d'échantillons génétiques divers et complexes.

Notre service PCR-LDR exploite la haute spécificité de la LDR pour détecter de minuscules variations génétiques, en parallèle avec la capacité d'amplification de la PCR. Cette approche est bien adaptée à un large éventail d'applications, allant de la recherche fondamentale aux études génétiques appliquées, et garantit des résultats fiables et précis.

Méthodes de génotypage des SNP

Sequenom MassArray

Le Méthode Sequenom MassArray utilise la spectrométrie de masse pour détecter les SNP en mesurant la masse des produits de PCR. Bien qu'elle soit très précise, la méthode peut être coûteuse et est généralement réservée aux analyses à haut débit.

Génotypage SNP SNaPshot multiplex

Cette technique utilise des didéoxynucléotides marqués par fluorescence pour déterminer les génotypes SNP. Elle facilite l'analyse multiplex de plusieurs SNPs dans une seule réaction. Cependant, l'interprétation des données résultantes peut être complexe, nécessitant des compétences analytiques avancées.

LDR (PCR-LDR)

La technologie LDR, telle qu'elle est mise en œuvre dans notre service PCR-LDR, implique l'utilisation d'une enzyme ligase à haute température pour reconnaître les SNP en ligaturant des sondes parfaitement appariées. Cette méthode garantit une précision exceptionnelle et peut être adaptée à divers loci SNP, ce qui la rend adaptée aux analyses à faible et moyen débit.

Séquençage direct

Le séquençage direct fournit des informations détaillées en séquençant directement l'ADN. Bien que cette méthode soit très précise, elle a tendance à être plus gourmande en ressources par rapport à d'autres. génotypage techniques, limitant souvent son application à des contextes spécifiques où de tels détails sont essentiels.

Avantages du service de génotypage SNP par PCR-LDR

• Universalité : Applicable pour le génotypage de tout locus polymorphe et de divers loci SNP, sans nécessiter l'introduction de sites d'enzymes de restriction.
• Saisie précise avec des taux de détection élevés : la précision peut dépasser 99,2 %.
• Détection rapide : L'avantage le plus significatif de la technologie LDR est son temps expérimental court. Comparée à la RFLP, la SSCP et la DHPLC, la technologie LDR permet un contrôle plus facile des conditions de détection, ce qui se traduit par une durée expérimentale globale de seulement quelques semaines.
• Expérimentation flexible, taux de détection élevés et cycles expérimentaux courts.
• Double assurance basée sur l'hybridation et les réactions de connexion, garantissant des résultats précis.
• Contrôle qualité rigoureux pendant le processus expérimental et un contrôle de réplique de 10 %, garantissant l'exactitude des résultats.
• Adapté aux échelles de typage SNP de moyenne à faible, recommandé pour une utilisation avec jusqu'à 30 loci SNP et des tailles d'échantillon de moins de mille.

Applications de la génotypage SNP par PCR-LDR

Cette technologie de détection est bien adaptée à divers échelles de tests SNP à débit moyen à faible, y compris les études de localisation des loci de traits quantitatifs (QTL), l'analyse d'association des gènes ou loci candidats, le breeding moléculaire et d'autres applications connexes.

• Recherche génétique : Le génotypage SNP par PCR-LDR est essentiel dans la recherche génétique pour identifier les variations génétiques associées à des traits ou des maladies. Il soutient les études en génétique des populations, en biologie évolutive et en génomique fonctionnelle.
• Sélection moléculaire : Dans l'agriculture, notre service PCR-LDR facilite le breeding moléculaire en identifiant des SNP associés à des traits souhaitables. Cette application aide au développement de nouvelles variétés de plantes avec des caractéristiques améliorées.
• Génétique clinique : Le service est précieux pour la recherche clinique et le diagnostic, aidant à identifier des marqueurs génétiques liés à diverses maladies et conditions. Il soutient la médecine personnalisée en fournissant des informations sur les prédispositions génétiques et les cibles thérapeutiques.
• Analyse judiciaire : La technologie PCR-LDR est utile en science judiciaire pour analyser des échantillons d'ADN dégradés, tels que ceux trouvés sur les scènes de crime. Sa sensibilité et sa précision en font un outil efficace pour les enquêtes judiciaires.

Flux de travail de la technologie de génotypage SNP par PCR-LDR

• Amplification PCR multiplex : Obtention du fragment où se trouve le locus cible.
• Multiplex LDR : Production de produits de détection de longueurs variées.
• Séquençage : Différentes pointes sont obtenues en fonction de l'électrophorèse de séquençage.
• Interprétation des résultats SNP et analyse des données.

Spécifications du service

	Exigences d'échantillon ADN génomique : Volume > 20 μL, concentration ≥ 200 ng/µL Sang > 500 μL Cellule ou tissu : cellule ≥ 105tissu ≥ 100 mg, taille de soja. Les échantillons d'ADN doivent avoir un rapport OD260/280 aussi proche que possible de 1,8 à 2,0. Tout l'ADN doit être traité avec de l'ARNase et ne doit montrer aucune dégradation ni contamination. Remarque : Les montants d'échantillons sont indiqués à titre de référence uniquement. Pour des informations détaillées, veuillez contactez-nous avec vos demandes personnalisées.
Cliquez	Stratégie de séquençage ABI3730xl Taux de détection : >95% Taux de précision : >98%
	Analyse bioinformatique Nous proposons plusieurs analyses bioinformatiques personnalisées : Analyse de Pic de Séquençage Appel de génotype Contrôle de la qualité Analyse statistique Remarque : Les résultats de données et les contenus d'analyse recommandés affichés sont uniquement à titre de référence. Pour des informations détaillées, veuillez contactez-nous avec vos demandes personnalisées.

Pipeline d'analyse

Livrables

• Résultats expérimentaux
• Rapport d'analyse de données
• Détails sur le génotypage SNP PCR-LDR pour votre rédaction (personnalisation)

CD Genomics propose un service complet de génotypage SNP par PCR-LDR, gérant tout, de la préparation des échantillons et l'amplification PCR à la détection et l'analyse précise des SNP. Nous offrons une conception de sondes sur mesure et des solutions adaptées à vos besoins de recherche. Pour plus de détails ou pour discuter de votre projet, veuillez contacter notre équipe.

Résultats de la démo

Les résultats partiels sont affichés ci-dessous :

FAQs sur le service de génotypage SNP par PCR-LDR

1. Quels types d'échantillons peuvent être analysés à l'aide du service de génotypage SNP PCR-LDR ?

Le service de génotypage SNP PCR-LDR est compétent pour analyser une grande variété de types d'échantillons, y compris le sang, les tissus et la salive. Son efficacité s'étend aux échantillons d'ADN dégradés, mettant en avant la robustesse de la technologie PCR-LDR dans diverses conditions d'échantillons.

2. Combien de SNPs peuvent être analysés dans une seule expérience ?

Notre service est équipé pour analyser jusqu'à 30 SNPs dans une seule expérience. Cette capacité le rend particulièrement adapté aux projets de taille moyenne et aux études génétiques étendues nécessitant une analyse précise des SNP.

3. Quel est le délai de retour des résultats ?

En général, les résultats sont fournis dans un délai de quelques semaines. Ce délai d'exécution accéléré est attribué au flux de travail efficace et aux capacités de traitement rapide inhérentes à notre service PCR-LDR, garantissant une livraison rapide des données génétiques.

4. Comment l'exactitude des résultats est-elle garantie ?

Pour garantir l'exactitude, des mesures de contrôle qualité strictes sont mises en œuvre, y compris la réanalyse de 10 % des échantillons. De plus, la haute précision de la technologie LDR renforce considérablement la fiabilité des résultats.

Études de cas sur le service de génotypage SNP par PCR-LDR

L'association entre le polymorphisme rs895819 du pré-miR-27a et le risque de infarctus du myocarde dans une population Han chinoise

Journal : Lipides dans la santé et la maladie

Facteur d'impact : 4,5

Publié : 06 janvier 2018

Contexte

L'infarctus du myocarde (IM) représente un défi de santé majeur en Chine, impliquant à la fois des facteurs environnementaux et génétiques. Cette étude a utilisé la PCR-LDR pour réaliser le génotypage SNP sur 287 patients ayant subi un IM et 646 témoins. Elle a identifié que le SNP rs895819 du pré-miR-27a est associé à la susceptibilité à l'IM dans la population Han chinoise, affectant probablement les niveaux de HDL-C.

Matériaux et Méthodes

Résultats

Distribution des génotypes : Les distributions des génotypes suivaient l'équilibre de Hardy-Weinberg chez les témoins, indiquant qu'il n'y avait pas de stratification de la population.

Tableau 1 Associations multivariées du pré-miR-27a rs895819 avec le risque de MI

Association avec le risque d'infarctus du myocarde : Les génotypes AG et AA de pré-miR-27a rs895819 étaient liés à un risque réduit d'infarctus du myocarde par rapport au génotype GG. D'autres polymorphismes de miARN n'ont montré aucune association significative.

Tableau 2 Associations multivariées du pré-miR-27a rs895819 avec le risque d'infarctus du myocarde par stratification supplémentaire selon l'âge, le sexe, le tabagisme et la consommation d'alcool.

Analyse stratifiée : Le risque d'infarctus du myocarde réduit associé aux génotypes AG+AA était plus évident chez les jeunes individus, les hommes et les fumeurs.

Tableau 3 Analyse ANOVA de l'association entre le pré-miR-27a rs895819 et les niveaux de TG, TC, LDL-C et HDL-C.

Profil lipidique : Les génotypes AG et AA du pré-miR-27a rs895819 étaient associés à des niveaux plus élevés de HDL-C par rapport au génotype GG.

Conclusion

En conclusion, les génotypes AG et AA de pré-miR-27a rs895819 sont associés à un risque réduit de crise cardiaque (MI) dans la population Han chinoise, en particulier chez les jeunes, les hommes et les fumeurs. Cette association pourrait être liée à des niveaux plus élevés de HDL-C. Des recherches supplémentaires sont nécessaires pour valider ces résultats et comprendre les mécanismes sous-jacents.

Référence :

1. Cai MY, Cheng J, Zhou MY, Liang LL, Lian SM, Xie XS, Xu S, Liu X, Xiong XD. L'association entre le polymorphisme rs895819 du pré-miR-27a et le risque de infarctus du myocarde dans une population Han chinoise. Lipides dans la santé et la maladie2018, 17:1-8.