Nouveau test génétique détecte efficacement les cancers héréditaires.

18 février 2021

Des chercheurs ont développé un nouveau protocole de séquençage ADN génétique/épigénétique intégré connu sous le nom de MultiMMR, qui peut identifier la présence et la cause de la déficience de réparation des mésappariements (MMR) dans un seul test à partir d'un petit échantillon d'ADN dans des cancers du côlon, de l'endomètre et d'autres cancers. Cette alternative aux flux de tests complexes en plusieurs étapes peut également déterminer les causes de la déficience de MMR souvent manquées par les tests cliniques actuels. Leurs résultats sont présentés dans The Journal of Molecular Diagnostics, publié par Elsevier.

Les gènes MMR surveillent et réparent les erreurs qui peuvent se produire lors de la réplication et de la recombinaison cellulaires normales. Dans certains cancers héréditaires et acquis, un ou plusieurs des gènes MMR sont désactivés. "L'impact du MultiMMR est vaste. Les tumeurs avec une déficience en MMR répondent bien aux nouvelles immunothérapies contre le cancer," explique le chercheur principal Trevor J. Pugh, PhD, Département de biophysique médicale, Université de Toronto ; Centre de cancer Princess Margaret, Réseau de santé de l'Ontario ; et Institut ontarien de recherche sur le cancer, Toronto, ON, Canada. "Déterminer si un individu a une forme héréditaire de déficience en MMR peut également permettre aux cliniciens d'inscrire les patients dans une surveillance active, de s'engager dans des stratégies de réduction des risques et de fournir des tests génétiques aux proches – améliorant potentiellement les résultats pour les patients."

Les tests cliniques standards pour la déficience en MMR peuvent être inconsistants, nécessitant plusieurs tests et types d'expertise, ce qui entraîne des soins suboptimaux pour les patients. Les tests de séquençage de nouvelle génération ont gagné en popularité et sont utilisés dans les laboratoires cliniques. Cependant, ils n'identifient pas toutes les variations génétiques liées à la déficience en MMR et des tests supplémentaires sont souvent nécessaires.

Le MultiMMR teste simultanément la méthylation des promoteurs, les mutations, l'état du nombre de copies, la perte d'hétérozygotie neutre en copies et l'instabilité des microsatellites à partir d'une petite quantité d'ADN. Dans cette étude, les chercheurs ont séquencé l'ADN de 142 échantillons (82 échantillons normaux et 60 échantillons tumoraux) provenant de 82 patients atteints de cancers colorectaux, endométriaux et cérébraux associés au MMR. Comme contrôle positif, les résultats de 45 patients ont été comparés à des tests cliniques antérieurs utilisant des tests conventionnels. Ils ont également utilisé le MultiMMR pour profiler un contrôle ADN commercialement disponible qui comprend 11 variantes difficiles à détecter avec le séquençage de nouvelle génération.

Pour détecter la présence d'une déficience en MMR, les analyses de méthylation du promoteur MultiMMR et d'instabilité des microsatellites ont trouvé une concordance de 95 % et 97 % avec les tests cliniques, respectivement. Dans la détection des variants responsables de la déficience en MMR, MultiMMR a concordé avec les résultats des tests cliniques dans 23 cas sur 24. Le test a identifié toutes les 11 mutations dans le mélange synthétique lors de plusieurs séquençages et a identifié la déficience en réparation des mésappariements chez 29 patients avec des tests incomplets ou non concluants. Le panel a pu identifier des causes de MMR souvent manquées par la cascade clinique actuelle.

« Nous avons montré que la présence et la cause du MMR peuvent être déterminées par un seul test, à partir d'un seul aliquote d'ADN, ce qui permet de tirer le meilleur parti des tissus disponibles, de rationaliser les flux de travail et d'améliorer les rapports intégrés pour le syndrome de Lynch et les cancers héréditaires associés », commente l'auteur principal Leslie Oldfield, MSc, Département de biophysique médicale, Université de Toronto ; et Centre de cancérologie Princess Margaret, Réseau de santé de l'Université, Toronto, ON, Canada.

Les chercheurs notent que les protocoles de test en cascade actuels pourraient ne pas être en mesure de répondre à la demande croissante de tests tumoraux universels chez les patients atteints de cancers colorectal et endométrial. De nombreux tests de séquençage de nouvelle génération ne dépistent pas l'instabilité des microsatellites et la méthylation des promoteurs en plus des mutations somatiques, par exemple.

"L'éligibilité à l'immunothérapie dépend souvent du statut MMR, il est donc important de réaliser des tests rapides et fiables," ajoute Mme Oldfield. "MultiMMR simplifie le processus et distingue le type de déficit MMR avec un temps de réponse amélioré, peut s'adapter facilement à l'augmentation des demandes, et peut fournir aux cliniciens des informations importantes pour orienter la gestion des patients et les décisions de traitement."

Cette étude a été soutenue par le Programme des chaires de recherche du Canada, le Prix de chercheur senior de l'Institut ontarien de recherche sur le cancer IA-063, le Fonds de médecine personnalisée Gattuso-Slaight de la Fondation Princess Margaret, la subvention 704038 de l'Institut de recherche de la Société canadienne du cancer, BioCanRx et la subvention 32383 du Fonds d'opportunités pour les leaders de la Fondation canadienne pour l'innovation.

Plus d'infos sur : https://scitechdaily.com/new-genetic-test-effectively-screens-for-hereditary-cancers/
DOI : 10.1016/j.jmoldx.2020.11.006