Séquençage de l'ADN 6mA

En tant que fournisseurs expérimentés de Séquençage de nouvelle génération (NGS) et des services de séquençage de troisième génération, notre engagement réside dans la fourniture de quantités inégalées de données de séquençage pour soutenir des méthodologies analytiques rapides et novatrices, tout en offrant des solutions économiques. Profondément compétents dans le domaine du séquençage de l'ADN 6mA, nous exploitons des séquenceurs à haut débit de pointe, des méthodologies de séquençage méticuleuses et sophistiquées. analyse bioinformatique des voies pour fournir à notre clientèle des services garantis et impartiaux.

L'introduction du séquençage de l'ADN 6mA

La méthylation de l'ADN est impliquée en tant que marque épigénétique dans divers processus importants chez les eucaryotes. La 5-méthylcytosine (5mC) est la modification de méthylation de l'ADN la plus prédominante chez les eucaryotes et a été reconnue comme l'un des marqueurs épigénétiques les mieux caractérisés. La N6-méthyladénine (6mA) était auparavant considérée comme n'existant que chez les procaryotes, les eucaryotes unicellulaires et les plantes. Au cours des dernières années, la 6mA dans l'ADN a été définie comme un autre marqueur épigénétique et épitranscriptomique important chez les eucaryotes supérieurs. Une diminution significative des niveaux de 6mA a également été rapportée dans une variété de cellules cancéreuses (données non publiées).

CD Genomics utilise plusieurs stratégies pour valider le statut de méthylation à l'échelle du génome et l'abondance des sites individuels de 6mA. Le séquençage à longues lectures développé par Pacbio et Nonapore peut être utilisé pour détecter 6mA dans différents génomes. L'immunoprécipitation de l'ADN 6mA suivie d'un séquençage profond (DIP-Seq) est un autre outil clé pour identifier les régions du génome contenant 6mA.

Méthodes de détection de l'ADN 6mA

Dans le domaine de la détection de 6mA, plusieurs méthodologies se distinguent :

6mA-IPseq : Cette méthode implique l'immunoprécipitation de fragments d'ADN méthylés à l'aide d'anticorps anti-6mA, suivie du séquençage. Elle est économique mais manque de localisation précise des sites de méthylation en raison des limitations des anticorps et des faux positifs potentiels provenant de l'ADN non méthylé et de l'interférence de l'ARN.

6mA-REseq : Basé sur la digestion par des enzymes de restriction des motifs non méthylés, cette méthode évalue l'état de méthylation en fonction du rapport entre les motifs internes et terminaux. Elle est limitée par des sites de restriction spécifiques et des faux positifs potentiels dus à une digestion incomplète.

HPLC-MS/MS : La chromatographie liquide à haute performance couplée à la spectrométrie de masse en tandem offre une sensibilité et une spécificité exceptionnelles dans l'identification de 6mA. Cette méthode permet une quantification précise des nucléosides ; cependant, elle est sujette à des interférences dues à la contamination bactérienne, nécessitant des contrôles expérimentaux rigoureux.

SMRT : Séquençage en temps réel à molécule unique exploite les ADN polymérases et les nucléotides marqués par fluorescence pour détecter directement les modifications 6mA. Bien qu'il offre une puissance considérable, il est susceptible d'avoir des taux de faux positifs élevés, en particulier dans des scénarios avec de faibles concentrations de 6mA. De plus, il n'a pas la capacité de différencier les modifications 6mA et 1mA.

Modèles prédictifs d'apprentissage profond : Divers modèles d'apprentissage profond ont émergé pour la prédiction des sites 6mA, par exemple, DNA6mA-MINT, i6mA-stack, Deep6mA, et d'autres. Ces modèles affichent une précision impressionnante ; cependant, leur applicabilité à travers les espèces peut être limitée, nécessitant des efforts d'optimisation continus.

Figure 1. Méthodes de détection de 6 mA. (A) 6 mA-IPseq et 6 mA-REseq. (B) HPLC-MS/MS. (C) SMRT. (D) Modèle prédictif d'apprentissage profond. (Li et al., 2022)

Avantages du séquençage de l'ADN 6mA

• Décodage des motifs de méthylation de l'ADN génomique : 6mA est une modification cruciale de l'ADN génomique, impliquée dans la régulation de l'expression génique et la stabilité génomique. Le séquençage du 6mA offre des aperçus sur son motif de distribution, ses niveaux de modification et son association avec des processus biologiques, faisant ainsi progresser notre compréhension de sa fonction et de son importance.
• Couverture à haute résolution et génomique complète : La technologie de séquençage de troisième génération permet le séquençage direct de molécules d'ADN individuelles, offrant une résolution supérieure à celle des méthodes traditionnelles. séquençage de deuxième générationPar conséquent, cela permet une détection précise de la distribution de 6mA et offre un accès illimité à l'ensemble du génome, permettant la détection de 6mA à l'échelle du génome entier.
• Haute sensibilité et spécificité : Le séquençage de troisième génération se distingue par une sensibilité et une spécificité exceptionnelles, permettant la détection précise des modifications 6mA tout en discernant d'autres modifications connexes. Cette capacité facilite l'enrichissement et la détection efficaces des 6mA, favorisant ainsi une compréhension plus approfondie de sa fonction biologique et de son importance.
• Capturer des informations à longue portée : La capacité du séquençage de troisième génération à capturer de plus grands fragments d'ADN en une seule lecture améliore notre compréhension des interactions à longue portée et des mécanismes régulateurs de 6mA à l'échelle génomique.
• Enrichissement et Détection Efficaces : La technique DIP-Seq 6mA exploite la spécificité des anticorps 6mA pour enrichir les fragments d'ADN méthylés et les analyser à l'aide de la technologie de séquençage profond. Cette approche facilite l'enrichissement et la détection efficaces de 6mA, permettant une détermination précise de ses loci et de ses motifs de distribution.
• Coût-efficacité : Par rapport à d'autres méthodes comparables, le 6mA DIP-Seq s'avère moins coûteux, le positionnant comme un choix économiquement viable, en particulier pour des projets de séquençage 6mA à grande échelle ou ceux contraints par un budget.
• Facilité d'utilisation : La procédure relativement simplifiée et directe du 6mA DIP-Seq élimine le besoin d'étapes de prétraitement complexes, la rendant plus accessible aux chercheurs tout en garantissant des données de séquençage 6mA fiables dans un délai plus court.

Application du séquençage de l'ADN 6mA

Études sur la régulation épigénétique : L'utilisation du séquençage de l'ADN 6mA s'est avérée essentielle pour déverrouiller le paysage épigénétique complexe des organismes. Cette méthode avancée identifie les sites de modification 6mA à travers le génome, une étape cruciale pour révéler leurs schémas de distribution et leurs dynamiques temporelles. Notre compréhension de la manière dont les modifications 6mA servent d'éléments régulateurs dans l'expression génique, la conformation de la chromatine et des mécanismes épigénétiques plus larges est essentielle pour déconstruire les mécanismes sophistiqués régissant diverses activités cellulaires et trajectoires de développement.

Exploration des mécanismes de la maladie : Les perturbations des modifications de l'ADN 6mA sont de plus en plus impliquées dans la pathologie d'un éventail de maladies, parmi lesquelles le cancer, les dysfonctionnements neurologiques et les troubles métaboliques. La puissance du séquençage de l'ADN 6mA réside dans sa capacité à faciliter des comparaisons éclairées entre les tissus pathologiques et sains, permettant ainsi de mettre en évidence divers motifs de modifications 6mA qui reflètent les états pathologiques. De telles découvertes révélatrices accélèrent l'identification de biomarqueurs diagnostiques et de cibles thérapeutiques possibles, et fournissent finalement des orientations innovantes pour de futurs efforts de prévention et de contrôle des maladies.

Recherche en biologie du développement : Les modifications de l'adénine N6-méthylée (6mA) de l'ADN jouent des rôles essentiels dans une gamme de processus biologiques, y compris le développement embryonnaire, la différenciation des tissus et l'organogenèse. L'application du séquençage de l'ADN 6mA permet aux scientifiques de cataloguer les changements dynamiques dans la distribution de 6mA tout au long des différentes étapes de développement, enrichissant ainsi notre compréhension du contrôle épigénétique des transitions développementales. Déchiffrer les intersections entre les modifications de 6mA et les profils d'expression génique peut éclairer les mécanismes moléculaires qui dirigent la croissance des organismes et les événements morphogénétiques complexes.

Études sur les réponses environnementales : Les stimuli environnementaux peuvent influencer le paysage des modifications de l'ADN 6mA, contribuant à la réponse adaptative d'un organisme. L'utilisation du séquençage de l'ADN 6mA permet de cartographier les altérations du profil 6mA induites par l'environnement, éclairant ainsi les rôles adaptatifs de ces modifications épigénétiques en réponse aux perturbations environnementales. Une compréhension approfondie des mécanismes moléculaires sous-jacents à ces réponses non seulement élargit notre compréhension de l'adaptation environnementale, mais peut également fournir des éclairages sur la résilience de divers systèmes biologiques.

Enquête sur le microbiome : Les modifications de l'ADN N6-méthyladénine (6mA) jouent un rôle crucial dans la dynamique physiologique, la pathogénicité et les interactions hôte-microbe. Le séquençage de l'ADN 6mA permet le profilage exhaustif de ces modifications 6mA au sein des génomes microbiens, facilitant ainsi l'exploration de la régulation épigénétique microbienne et de ses effets conséquents sur le comportement et l'écologie microbienne. En discernant la fonction des modifications 6mA dans l'adaptabilité et la pathogénie microbiennes, les chercheurs ont le potentiel de formuler des approches innovantes pour le contrôle des maladies infectieuses et la manipulation des populations microbiennes.

Flux de travail de séquençage de l'ADN 6mA

Le séquençage de l'ADN 6mA, un outil crucial dans la recherche épigénétique, implique plusieurs étapes clés pour identifier et analyser avec précision les modifications N6-méthyladénine (6mA) dans l'ADN génomique. Voici un flux de travail typique pour le séquençage de l'ADN 6mA :

Spécifications de service

Nos méthodes de séquençage de l'ADN 6mA

Séquençage à lecture longue a contribué de manière significative à identifier la distribution à l'échelle du génome de 6mA et peut atteindre une résolution au niveau des nucléotides. Étant donné que l'abondance absolue de 6mA est relativement faible, une couverture suffisante supérieure à 100x est nécessaire. Séquençage SMRT permet la détection directe des nucléotides modifiés dans le modèle d'ADN, y compris le 6mA, 5mC, et 5-hydroxyméthylcytosine, et n'affecte pas négativement la détermination de la séquence primaire de l'ADN. Les modifications de bases (6mA) sont identifiées à l'aide de l'analyse des modifications RS et des motifs.

Figure 2. Collecte simultanée de données incluant des modifications de l'ADN.

La précipitation d'immunoglobulines de l'ADN à 6mA suivie d'un séquençage profond (6mA DIP-Seq) a été développée à partir des approches existantes utilisées pour détecter la méthylation de l'adénosine dans l'ARN. Nous avons développé ce protocole et l'avons adapté pour la détection du 6mA dans l'ADN. Dans ce protocole, l'ADN génomique est extrait, fragmenté, puis l'ADN contenant 6mA est récupéré à l'aide d'un anticorps qui reconnaît le 6mA dans l'ADN génomique. Après des lavages successifs, les fragments d'ADN ne contenant pas de 6mA sont éliminés, et les fragments contenant du 6mA sont éludés de l'anticorps afin d'être traités ultérieurement pour des analyses subséquentes.

Figure 3. Illustration de l'immunoprécipitation de l'ADN à 6mA.

	Exigences d'échantillon Séquençage à lecture longue : Un minimum de 10 μg d'ADN HMW est requis. 6mA DIP-Seq : Un minimum de 5 μg de gDNA est requis. Valeur DIN ≥ 7,0.
	Séquençage Plateforme SMRT de PacBio NovaSeq6000, PE150 20-30 millions de lectures propres
	Analyse de données Nous proposons plusieurs analyses bioinformatiques personnalisées : Identification des pics d'enrichissement de la méthylation de l'ADN Identification des sites 6mA Annotation des pics d'enrichissement de la méthylation de l'ADN Identification et annotation des DMRs Analyse GO et des voies des régions de méthylation de l'ADN différentielle Visualisation de la méthylation de l'ADN … (plus sur demande)

Pipeline d'analyse

Livrables

• Les données de séquençage originales
• Résultats expérimentaux
• Rapport d'analyse des données
• Détails sur le séquençage de l'ADN 6mA pour votre rédaction (personnalisation)

Si vous avez des exigences supplémentaires ou des questions, n'hésitez pas à nous contacter.

Références :

1. Koziol MJ, et al. Identification des désoxyadénosines méthylées dans l'ADN génomique par immunoprécipitation de l'ADN dA6m. Bio Protoc. 2016 Nov 5;6(21).
2. Chuan-Le Xiao, et al. Séquençage à résolution d'un nucléotide de la N6-méthyldeoxyadénosine humaine révèle des clusters asymétriques en fonction des brins associés à SSBP1 sur le génome mitochondrial. Acides Nucleiques Res. 2018 déc. 14;46(22):11659-11670.
3. Li H, Zhang N, Wang Y, et al. Modification de l'adénine N6-méthylée de l'ADN dans le génome eucaryote. Frontières en génétique, 2022, 13 : 914404.
4. Li X, Zhang Z, Luo X, et al. L'exploration de la méthylation de N6-désoxyadénosine dans les génomes des mammifères. Protéine et cellule, 2021, 12(10) : 756-768.

Exemples de tableau de livraison partielle :

1. Quelles sont les méthodes les plus couramment utilisées pour la détection de l'ADN 6mA ?

Les méthodologies couramment utilisées pour la détection de l'ADN 6mA englobent un éventail de techniques, y compris la chromatographie liquide-spectrométrie de masse en tandem (LC-MS/MS), des tests dépendants des anticorps tels que l'immunoblotting et l'immunofluorescence (IF), l'immunoprécipitation couplée au séquençage (DIP-seq) et des approches non dépendantes des anticorps.

LC-MS/MS se distingue par sa sensibilité et sa spécificité remarquables, permettant la quantification précise de l'ADN 6mA avec une sensibilité atteignant jusqu'à un sur dix millions. Cette méthode discrimine habilement entre l'ADN 6mA et ARN m6A ou d'autres modifications de l'ADN. Cependant, une préparation minutieuse des échantillons est impérative pour éradiquer toute contamination potentielle, en particulier provenant des bactéries, qui pourrait entraîner des résultats faussement positifs.

les techniques dépendantes des anticorps, telles que l'immunoblotting et l'immunofluorescence, bien que moins sensibles par rapport à la LC-MS/MS, offrent simplicité et utilité répandue dans l'étude de 6mA. Néanmoins, les anticorps actuels manquent de discrimination entre l'ADN 6mA et ARN m6A ou m6Am, nécessitant une élimination rigoureuse de la contamination par l'ARN pour prévenir des résultats erronés.

Le DIP-seq émerge comme une approche robuste, amalgamant l'immunoprécipitation avec le séquençage, facilitant la détection précise et la quantification de la distribution de 6mA à travers le génome. Néanmoins, l'optimisation de la spécificité des anticorps pour des systèmes expérimentaux individuels est primordiale, tandis que l'abondance de 6mA joue un rôle essentiel dans l'enrichissement réussi.

Les méthodes non dépendantes des anticorps jouent un rôle essentiel dans la validation des résultats dépendants des anticorps et la réduction des signaux non spécifiques. L'une de ces méthodes implique l'utilisation d'endonucléases de restriction sensibles à la méthylation pour cliver l'ADN, mais sa dépendance à des motifs d'ADN spécifiques limite sa polyvalence. Une autre voie prometteuse est le séquençage de troisième génération, illustré par le SMRT-seq, qui tire parti des propriétés cinétiques de l'ADN polymérase lors de la réplication pour détecter la 6mA. Bien que le SMRT-seq ait prouvé son efficacité dans la détection de la 6mA chez les mammifères et les plantes, des défis se posent en raison de la faible abondance de la 6mA, nécessitant un enrichissement et une couverture de séquençage robuste.

2. Quels organismes contiennent 6mA ?

La marque épigénétique, N6-méthyladénine (6mA), est distribuée de manière ubiquitaire à travers diverses formes de vie, se rencontrant le plus souvent chez les procaryotes, bien qu'elle ait également été détectée chez certaines espèces eucaryotes. Dans ce document, nous décrivons certains organismes reconnus pour leur possession de modifications 6mA :

Dans le domaine des procaryotes, les modifications 6mA représentent une forme prédominante de modification de l'ADN, apparaissant largement dans diverses espèces bactériennes telles qu'Escherichia coli et Clostridium perfringens, ainsi que dans des sous-ensembles du phylum des archées, y compris Méthanobactérium et Sulfolobus solfataricus.

En se tournant vers les eucaryotes, la découverte des modifications 6mA dans ce domaine a été quelque peu différée, mais des études récentes ont confirmé son existence chez certains organismes :

• Levure : Certaines espèces de levure, comme Saccharomyces cerevisiae, sont connues pour présenter des modifications 6mA.
• Nématodes : L'organisme eucaryote, Caenorhabditis elegans, présente des modifications de 6mA.
• Mouches à fruits : Des preuves suggèrent la présence de modifications 6mA au sein du génome de Drosophila melanogaster.
• Plantes : Diverses plantes, telles que l'Arabidopsis thaliana, présentent des modifications de 6mA.

Conformément aux avancées des technologies de séquençage, la surveillance des modifications 6mA à travers un plus large éventail d'organismes eucaryotes continue de s'intensifier. Il est prévu que les découvertes futures augmentent encore la liste des organismes connus pour abriter des modifications 6mA.

3. Comment fonctionne le séquençage de l'ADN 6mA ?

Le séquençage de l'ADN 6mA implique généralement plusieurs étapes : extraction de l'ADN, fragmentation, enrichissement des fragments d'ADN modifiés 6mA, préparation de la bibliothèque, séquençage à haut débitet analyse computationnelle. Diverses méthodes d'enrichissement, telles que l'immunoprécipitation basée sur des anticorps ou le marquage chimique, peuvent être utilisées pour capturer sélectivement des fragments d'ADN modifiés par 6mA avant le séquençage.

4. Comment les données de séquençage de l'ADN 6mA sont-elles déchiffrées ?

L'analyse des données de séquençage de l'ADN 6mA englobe généralement le traitement préliminaire des lectures de séquençage brutes, l'alignement sur le génome de référence, l'identification des lieux de modification 6mA, l'examen différentiel entre les conditions expérimentales et l'annotation fonctionnelle des régions personnalisées 6mA. De nombreux outils bioinformatiques et suites logicielles sont disponibles pour faciliter chaque étape du processus analytique.

5. Quels sont les défis associés au séquençage de l'ADN 6mA ?

Les défis de la séquençage de l'ADN 6mA incluent l'enrichissement efficace des fragments d'ADN modifiés par 6mA, la détection précise des sites 6mA parmi d'autres modifications de l'ADN, et l'interprétation des données de séquençage pour déchiffrer la signification fonctionnelle des modifications 6mA. De plus, la variabilité technique et bioinformatique Les complexités peuvent poser des défis dans l'analyse et l'interprétation des données.

N⁶modification de l'ADN par -méthyladénine dans le génome humain

Journal : Cellule moléculaire

Facteur d'impact : 15,280

Publié : 19 juillet 2018

Arrière-plans

Émergeant d'une longue histoire de recherche sur 5mC, largement soutenue par sa large occurrence chez les eucaryotes, l'attention académique portée à 6mA a principalement été confinée aux frontières procaryotes. Quoi qu'il en soit, les avancées récentes dans les technologies de séquençage profond ont ouvert la voie à la localisation de traces potentielles de 6mA dans certains domaines eucaryotes, suscitant ainsi de nouvelles enquêtes sur son rôle conséquent dans la régulation des gènes et l'hérédité épigénétique. L'examen mentionné ici a utilisé la précision de Séquençage SMRT de PacBio technologie pour mettre à jour les vestiges de 6mA dans le génome humain, avec un accent particulier sur l'ADN des mitochondries.

Méthodes

Résultats

1. La modification 6mA de l'ADN se produit dans le génome humain.

L'étude a utilisé des données de séquençage PacBio pour identifier plus de 880 000 sites de modification 6mA dans le génome humain, avec une densité d'environ 0,051 % du total des adénines. Cette densité s'est révélée être plus faible chez les humains par rapport à certains autres organismes comme les champignons, Chlamydomonas et C. elegans, mais similaire à celle observée chez Drosophila et les porcs. Une validation supplémentaire utilisant le séquençage par immunoprécipitation 6mA (6mA-IP-seq) et la chromatographie liquide-spectrométrie de masse en tandem (LC-MS/MS) a confirmé la présence de 6mA dans l'ADN génomique humain.

La distribution des sites de 6mA dans le génome humain variait, avec une densité plus élevée observée dans l'ADN mitochondrial par rapport aux chromosomes autosomiques. Les chromosomes X et Y présentaient une densité de 6mA plus faible, contrastant avec les niveaux plus élevés de modifications de l'ADN 5mC. L'étude a également identifié des différences dans les niveaux de modification de 6mA à travers différentes régions chromosomiques, avec un enrichissement observé dans la catégorie de niveau de modification moyen. De plus, les distributions chromosomiques des fragments d'ADN contenant du 6mA identifiés par différentes techniques se sont avérées cohérentes.

Figure 1. Distribution des sites 6mA dans le génome humain.

2. 6mA est significativement enrichi dans les régions d'exon.

Cette recherche intrigante a scruté la distribution des modifications 6mA à travers les zones fonctionnelles du génome humain, délimitant que la prépondérance de ces sites était située dans des régions introniques et intergéniques. Un enrichissement substantiel de 6mA a été discerné dans les domaines codant pour les exons, suggérant un rôle putatif dans la modulation de l'expression génique. Cet enrichissement est resté robuste et cohérent lorsqu'il a été analysé par diverses techniques de séquençage, démontrant son indépendance par rapport à la variabilité des niveaux de sensibilité des méthodes. Cependant, contrairement aux résultats observés chez d'autres organismes modèles tels que C. reinhardtii, il n'y avait pas d'enrichissement discernable de 6mA autour des sites d'initiation et de terminaison de la transcription, incitant ainsi à des investigations plus approfondies dans ce domaine.

N6AMT1 est une méthyltransférase pour 6mA dans le génome humain.

L'étude visait à identifier la méthyltransférase responsable de la modification de l'ADN 6mA chez les humains. La méthyltransférase 1 spécifique de l'adénine N6 (N6AMT1) a été identifiée en raison de sa similarité avec les méthyltransférases d'ADN 6mA bactériennes et de son rôle potentiel en tant que méthyltransférase dépendante de l'S-adénosyl-l-méthionine (AdoMet). Le silençage de N6AMT1 a conduit à une diminution des niveaux de modification de l'ADN 6mA, tandis que la surexpression a augmenté ces niveaux tant dans des expériences in vivo qu'in vitro. La N6AMT1-Flag recombinante a efficacement augmenté les niveaux de modification 6mA dans des substrats d'oligonucléotides synthétiques in vitro, un effet aboli par la mutation du motif catalytique conservé NPPY. De plus, le knockout de N6AMT1 a entraîné une réduction des niveaux de 6mA dans l'ADN génomique, qui ont été restaurés par l'expression ectopique de N6AMT1 de type sauvage mais pas d'un mutant dépourvu du motif NPPY. Ces résultats établissent collectivement N6AMT1 comme la méthyltransférase responsable de la modification de l'ADN 6mA dans le génome humain.

Figure 2. N6AMT1 est une méthyltransférase pour la méthylation de l'ADN 6mA chez l'humain, et NPPY est le motif catalytique de N6AMT1.

4. La diminution des niveaux d'ADN génomique 6mA favorise la tumorigenèse

L'enquête scientifique a exploré les implications de la modification de l'ADN 6mA sur la tumorigenèse en modulant l'expression de N6AMT1 et ALKBH1 au sein des cellules malignes. Une conséquence intrigante de la suppression de N6AMT1, qui a entraîné une diminution des concentrations d'ADN génomique 6mA dans les cellules, a été la promotion de propriétés tumorigeniques telles que la prolifération cellulaire, l'origine des colonies, la migration et l'intrusion ; tandis qu'une N6AMT1 régulée à la hausse a contrecarré ces processus. En revanche, la suppression de ALKBH1, entraînant une augmentation des concentrations d'ADN génomique 6mA dans les cellules, a entravé ces propriétés tumorigeniques, qui ont de nouveau été ressenties de manière inversée lors de la surexpression de ALKBH1. Les validations in vivo ont convergé avec ces observations, comme en témoigne la progression tumorale accélérée dans des xénogreffes hébergeant des cellules dont N6AMT1 était supprimé, et une tendance inverse de progression tumorale dans celles hébergeant des cellules dont ALKBH1 était supprimé. Des nodules métastatiques manifestés dans les poumons murins reflétaient les paysages d'expression de N6AMT1 et ALKBH1. La prévision du risque de mortalité liée au cancer, mesurée par l'analyse de survie de Kaplan-Meier, a été augmentée chez les souris portant des xénogreffes supprimées de N6AMT1, tandis qu'elle montrait une diminution chez celles portant des xénogreffes supprimées de ALKBH1. Les résultats des tests de sauvetage utilisant des avatars de type sauvage et mutants de N6AMT1 et ALKBH1 ont renforcé ces observations. Collectivement, ces résultats pointent vers une hypothèse éclairante selon laquelle une diminution de la modification de l'ADN génomique 6mA dans les cellules cancéreuses humaines a le potentiel d'amplifier la tumorigenèse.

Figure 3. La diminution du niveau de modification 6mA génomique favorise la tumorigenèse

Figure 4. Augmentation du niveau de modification 6mA génomique inhibe la tumorigenèse

Conclusion

La recherche académique en question s'est efforcée de discerner l'occurrence et la pertinence des modifications de l'ADN N6-méthyladénine (6mA) dans les cellules humaines, considérées principalement comme un phénomène caractéristique des procaryotes avant cette étude. Grâce à la détection de plus de 880 000 sites de 6mA dans le génome humain et à une évaluation complète de leur distribution et de leurs implications fonctionnelles, la recherche a réussi à mettre au jour le rôle du 6mA dans la régulation des gènes. Notamment, les enzymes désignées sous les noms de N6AMT1 et ALKBH1 ont émergé comme des contributeurs essentiels dans l'administration de la dynamique des modifications de 6mA. D'une importance cruciale, la découverte que les fluctuations des niveaux de 6mA étaient intrinsèquement liées à la genèse du cancer a suggéré la valeur potentielle du 6mA en tant que biomarqueur et point d'appui thérapeutique potentiel dans la gestion des affections cancéreuses.

Référence :

1. Xiao C L, Zhu S, He M, et al. Modification de l'ADN N6-méthyladénine dans le génome humain. Cellule moléculaire, 2018, 71(2) : 306-318. e7.