Service de séquençage du génome entier De Novo

Qu'est-ce que c'est ? De Novo Séquençage du génome entier

Génome entier de novo séquençage, également connu sous le nom de de novo le séquençage, permet le séquençage d'une espèce sans s'appuyer sur des informations de séquence génétique préexistantes. Grâce à des méthodes bioinformatiques, les séquences obtenues sont assemblées et alignées, aboutissant à une carte génomique détaillée de l'espèce étudiée. Cette approche facilite l'acquisition de séquences génomiques entières pour une grande variété d'organismes, y compris les animaux, les plantes, les bactéries et les champignons, propulsant ainsi notre compréhension et notre recherche sur ces espèces.

Lors de la finalisation du séquençage du génome entier processus, une base de données génomique complète peut être établie pour l'espèce en question. Cette base de données sert de plateforme robuste pour les études post-génomiques ultérieures, améliorant la capacité à entreprendre efficacement le minage de gènes et le travail de validation fonctionnelle. L'avènement et l'application des technologies de nouvelle génération séquençage à haut débit Les technologies ont rendu possible l'acquisition des séquences génomiques de divers organismes de manière à la fois rentable et efficace. Par conséquent, ces avancées stimulent considérablement la recherche et élargissent notre base de connaissances dans les sciences biologiques, englobant les animaux, les plantes, les bactéries et les champignons.

Dans l'ensemble, l'utilisation du génome entier de novo Les techniques de séquençage permettent l'acquisition de séquences génomiques complètes de divers organismes, tels que les plantes et les animaux, stimulant ainsi les recherches ultérieures concernant ces espèces. Une fois le séquençage du génome entier terminé, une base de données génomique complète peut être établie pour l'espèce en question. Cette base de données sert de plateforme efficace pour les études post-génomiques, facilitant la découverte de gènes et la vérification fonctionnelle en fournissant des informations critiques sur les séquences d'ADN.

Notre De Novo Service de séquençage du génome entier

CD Genomic propose une solution clé en main pour de novo services de séquençage du génome, couvrant la conception expérimentale, la préparation des échantillons, le séquençage et l'analyse bioinformatique, visant à fournir des solutions génomiques pour votre recherche. Notre de novo les services de séquençage du génome incluent :

• De nouveau séquençage des génomes animaux et végétaux.
• De nouveau séquençage des génomes bactériens.
• De nouveau séquençage des génomes fongiques.
• De nouveau séquençage des métagénomes.

Avantages de notre De Novo Service de séquençage du génome entier

• Avantages de la plateforme : Obtention de cartes génomiques de haute qualité
• Séquençage à haute profondeur, Haute précision
• Contenu d'analyse de données riche : Analyse standard, analyse avancée, analyse personnalisée
• Expérience approfondie en séquençage et analyse de génomes : A mené à bien de nombreux projets de séquençage de génomes à grande échelle.
• Solutions de séquençage génomique personnalisées : Les solutions de séquençage génomique personnalisées peuvent être adaptées en fonction des exigences spécifiques.

Application de De Novo Séquençage du génome entier

• Obtention de la séquence de référence d'une espèce
• Étudier l'origine et l'histoire évolutive d'une espèce
• Extraction de gènes fonctionnels
• Établissement d'une base de données sur les espèces
• Recherche sur le génome d'une nouvelle espèce
• Analyse des structures génomiques complexes
• Génétique des populations et diversité génomique
• Génomique des maladies
• Génomique fonctionnelle et éléments régulateurs

Flux de travail de De Novo Séquençage du génome entier

Notre De Novo Le service de séquençage du génome entier commence par l'extraction de l'ADN, suivie d'un séquençage à la pointe de la technologie et d'une analyse bioinformatique rigoureuse. Nous fournissons un assemblage et une annotation précis du génome pour révéler efficacement des informations génétiques.

Spécifications de service

	Exigences d'échantillon Séquençage du génome entier: ADN génomique ≥ 500 ng Quantité minimale : 200 ng Concentration ≥ 10 ng/µL Séquençage du génome entier (sans PCR) : ADN génomique ≥ 1 µg Quantité minimale : 500 ng Concentration ≥ 20 ng/µL Séquençage complet du génome (PacBio) ADN génomique ≥ 1 µg Concentration ≥ 80 ng/µL Séquençage du génome entier (Nanopore) ADN génomique ≥ 5 µg Concentration ≥ 20 ng/µL OD260/280=1,8~2,0 Tous les échantillons d'ADN sont validés pour leur pureté et leur quantité. Remarque : Les montants d'échantillons sont indiqués à titre de référence uniquement. Pour des informations détaillées, veuillez contactez-nous avec vos demandes personnalisées.
Cliquez	Stratégie de séquençage Illumina HiSeq X Ten, PacBio SMRT ou Oxford Nanopore. Profondeur de couverture ≥ 100x. Plus de 80 % des bases avec un score de qualité ≥Q30. Les bibliothèques à extrémités appariées et les bibliothèques à paires de mates peuvent être construites lors de l'étape de préparation de la bibliothèque.
	Analyse bioinformatique Enquête génomique Estimation de la taille du génome Estimation de l'hétérozygotie Estimation de séquence répétée Pré-assemblage du génome Évaluation de la qualité de l'assemblage Annotation du génome Regroupement de familles de gènes Analyse évolutive Études structurelles et fonctionnelles Remarque : Les sorties de données recommandées et les contenus d'analyse affichés sont à titre de référence uniquement. Pour des informations détaillées, veuillez contactez-nous avec vos demandes personnalisées.

Pipeline d'analyse

I. Analyse des données pour les animaux et les plantes de novo séquençage du génome

II. Analyse des données pour les bactéries et les champignons de novo séquençage du génome

Livrables

• Les données de séquençage originales
• Résultats expérimentaux
• Rapport d'analyse des données
• Détails dans De Novo Séquençage du génome entier pour votre écriture (personnalisation)

Résultats de la démo

Les résultats partiels sont affichés ci-dessous :

FAQs sur le séquençage du génome entier De Novo

1. Quelle est la différence entre de novo et assemblage de référence ?

De nouveau L'assemblage implique la construction d'une séquence génomique à partir de zéro sans s'appuyer sur un génome de référence préexistant, ce qui est particulièrement utile pour les espèces sans séquence génomique connue. L'assemblage de référence, en revanche, utilise une séquence génomique existante comme modèle pour aligner et cartographier les lectures de séquençage, permettant ainsi d'identifier les variations génétiques dans le génome étudié par rapport à la référence.

2. Comment évaluer la qualité du génome de novo assemblage ?

La qualité du génome de novo L'assemblage est couramment évalué à l'aide de métriques telles que le N50 des contigs et le N50 des échafaudages. La valeur N50 est déterminée en classant les contigs ou échafaudages assemblés du plus grand au plus petit et en identifiant la longueur du contig ou de l'échafaudage au point où la longueur cumulée dépasse 50 % de la longueur totale de l'assemblage. Cette valeur fournit des informations significatives sur la continuité et l'exhaustivité des séquences assemblées. Des mesures supplémentaires comme le N70 et le N90 sont calculées de manière similaire, avec des seuils de pourcentage ajustés à 70 % et 90 %, respectivement. Ces métriques servent collectivement à évaluer de manière exhaustive l'intégrité et la fiabilité de l'assemblage du génome.

3. L'ADN utilisé dans le séquençage d'enquête et le séquençage du génome entier de novo la séquence doit-elle être la même ?

En principe, l'ADN utilisé pour le séquençage d'enquête et de novo le séquençage doit provenir du même individu. Si la quantité d'ADN est insuffisante pour l'ensemble de novo Pour le projet de séquençage, il est recommandé que l'ADN pour la bibliothèque de courtes lectures provienne du même individu. Pour le séquençage de troisième génération avec des bibliothèques de longues lectures ou même de très longues lectures, l'ADN d'un autre individu au sein de la même population peut être utilisé.

Études de cas sur le séquençage du génome entier de novo

Comparaison de Arachis monticola avec des génomes diploïdes et tétraploïdes cultivés révèle une évolution asymétrique des sous-genomes et une amélioration de l'arachide

Journal : Science Avancée

Facteur d'impact : 15,804

Publié : 28 novembre 2019

Contexte

L'arachide est une légumineuse oléagineuse mondiale essentielle, originaire d'Amérique du Sud et cultivée principalement en Asie et en Afrique. Son évolution d'espèces diploïdes sauvages vers des formes tétraploïdes cultivées offre des perspectives sur l'évolution des génomes polyploïdes et la domestication des cultures, ce qui est crucial pour améliorer la sécurité alimentaire et oléagineuse mondiale. Les auteurs ont utilisé le séquençage du génome et une analyse génomique complète pour étudier l'évolution et la domestication des arachides.

Matériaux et Méthodes

Résultats

L'étude a re-séquençé les génomes de 17 diploïdes sauvages et de 30 tétraploïdes sauvages/cultivés, effectuant des analyses phylogénétiques et d'ACP pour les classer en groupes sauvages et cultivés. Elle a montré que les tétraploïdes cultivés ont évolué à partir de tétraploïdes sauvages. Une duplication complète du génome a eu lieu il y a environ 58 millions d'années, accélérant la divergence des séquences chez les arachides tétraploïdes. L'étude a reconstruit l'évolution des arachides allotétraploïdes, mettant en évidence des événements d'hybridation et de domestication autour de 4500 ans, impactant les traits agronomiques et les caractéristiques de résistance.

Fig 1. Origines des sous-genomes et analyse phylogénétique des lignées de cacahuètes sauvages et cultivées.

Dans les cacahuètes tétraploïdes, une évolution asymétrique entre les sous-genomes était évidente. Les échanges de séquences favorisaient les sous-genomes A par rapport aux sous-genomes B, influençant les tailles des familles de gènes et des voies comme la biosynthèse des flavonoïdes. Un biais d'expression pendant le développement des gousses indiquait des rôles divergents des sous-genomes A et B. Les pressions de sélection différaient entre les formes sauvages et cultivées, mettant en évidence des impacts asymétriques sur l'évolution et l'expression des gènes dans les cacahuètes.

Fig 2. Évolution asymétrique des sous-genomes des arachides allotétraploïdes.

Les SV (délétions et insertions) influencent l'expression des gènes et les traits chez les arachides. L'analyse des paires homéologues révèle des pressions de sélection différentes sur les gènes SV entre les sous-genomes pendant la domestication de l'arachide, indiquant des schémas distincts d'accumulation de SV et des impacts évolutifs.

Fig 3. Accumulation asymétrique de SV des diploïdes sauvages aux arachides allotétraploïdes.

Conclusion

La séquence de haute qualité de l'arachide tétraploïde sauvage comble le fossé génomique entre les espèces diploïdes et cultivées, révélant une évolution asymétrique dans les sous-genomes et fournissant des ressources précieuses pour l'étude de l'évolution des polyploïdes et l'amélioration de l'arachide.

Référence

1. Yin D, Ji C, Song Q, Zhang W, Zhang X, Zhao K, Chen CY, Wang C, He G, Liang Z, Ma X. Comparaison d'Arachis monticola avec des génomes diploïdes et des tétraploïdes cultivés révèle une évolution asymétrique des sous-genomes et une amélioration de l'arachide. Science avancée. 2020, 7(4):1901672.