Service ChIP-on-chip

CD Genomics propose un service complet de ChIP-on-chip, englobant toutes les étapes, de la préparation initiale des échantillons à la livraison finale des données. Disponible pour les chercheurs académiques et commerciaux, ce service s'appuie sur des techniques hautement estimées. microarray plateformes, garantissant la production de résultats de haute qualité et fiables.

Quelle est la technique ChIP-chip ?

La précipitation d'immunochromatine (ChIP) est devenue une méthode essentielle pour l'analyse in vivo des interactions protéine-ADN, évoluant au cours de la dernière décennie en un pilier de la recherche épigénétique. La technique, également connue sous le nom d'analyse spécifique au site, a connu des avancées significatives avec son intégration dans la technologie des puces, donnant naissance à la précipitation d'immunochromatine-puce (ChIP-chip ou ChIP-on-chip). Il est crucial de distinguer la capitalisation dans ChIP-chip, où 'ChIP' désigne la précipitation d'immunochromatine et 'chip' signifie technologie de puce génique.

Le principe fondamental de ChIP-chip implique la fixation des complexes protéine-ADN dans des cellules vivantes, leur fragmentation en petits fragments de chromatine dans une plage de taille définie, et l'immunoprécipitation de ces complexes à l'aide d'anticorps spécifiques. Ce processus enrichit les segments d'ADN liés à la protéine cible, permettant la purification et la détection pour révéler des détails cruciaux sur les interactions protéine-ADN.

Une distinction notable par rapport au ChIP traditionnel réside dans la capacité du ChIP-on-chip à identifier des gènes cibles potentiels liés à une protéine A donnée sans connaissance préalable de séquences d'ADN spécifiques. Cette approche capture un ensemble complet de fragments d'ADN associés à la protéine A, facilitant le dépistage en aval et l'identification de ses cibles régulatrices.

À quoi sert le ChIP-on-chip ?

ChIP-on-chip est une méthode robuste utilisée pour identifier les emplacements génomiques où des protéines spécifiques interagissent avec l'ADN, offrant des informations cruciales sur la régulation des gènes et la dynamique de la chromatine.

• Identification des interactions protéine-ADNChIP-on-chip identifie précisément les régions génomiques où les protéines se lient, ce qui est essentiel pour comprendre comment les facteurs de transcription et les modificateurs de la chromatine orchestrent la régulation des gènes.
• Cartographie des éléments réglementairesIl caractérise les amplificateurs, les silencieux et d'autres régions non codantes, révélant leurs rôles essentiels dans la régulation des motifs d'expression génique et l'influence sur les processus de différenciation cellulaire.
• Étude des modifications épigénétiquesCette technique examine les modifications des histones telles que l'acétylation et la méthylation, fournissant des informations clés sur la dynamique de la structure de la chromatine et leur impact sur la régulation des gènes à différents stades de développement et dans diverses maladies.
• Aperçus sur les mécanismes de la maladieLe ChIP-on-chip corrèle les interactions protéine-ADN avec les voies de la maladie, facilitant la découverte de biomarqueurs et favorisant le développement d'interventions thérapeutiques ciblées.
• Intégration avec la biologie des systèmesLes données dérivées de ChIP-on-chip aident à construire des réseaux régulateurs complets, approfondissant notre compréhension des systèmes biologiques complexes et prédisant les réponses cellulaires dans différentes conditions.
• Faire avancer la médecine de précisionEn identifiant les variations génétiques qui affectent les interactions protéine-ADN, le ChIP-on-chip permet des stratégies thérapeutiques personnalisées adaptées aux profils génomiques individuels, optimisant ainsi les résultats des traitements en médecine de précision.

Différence entre ChIP-on-chip et ChIP-seq

ChIP-on-chip et ChIP-seqBien que les deux soient conçus pour explorer les interactions protéine-ADN, ils divergent remarquablement dans leurs méthodologies et applications. Le ChIP-on-chip utilise l'hybridation de fragments d'ADN immunoprécipités sur une plateforme de microarray. Cette approche permet l'examen simultané de plusieurs loci génomiques, ce qui la rend particulièrement adaptée aux dépistages génomiques larges et expansifs.

En contraste frappant, le ChIP-seq utilise séquençage à haut débit technologie pour séquencer directement les fragments d'ADN immunoprécipités. Cette méthode offre une résolution sans précédent à un seul nucléotide et une sensibilité accrue, permettant une identification précise des sites de liaison protéine-ADN. Le détail minutieux dans la cartographie de ces interactions fourni par le ChIP-seq dépasse ce que le ChIP-on-chip peut offrir.

Par conséquent, bien que le ChIP-on-chip brille par sa capacité à dépister efficacement de grandes régions génomiques, le ChIP-seq est devenu la norme en matière de délimitation détaillée et précise des interactions protéine-ADN. Chaque technique, par conséquent, offre des avantages uniques adaptés aux objectifs spécifiques et à la portée de la recherche en cours.

Avantages du service ChIP-on-chip

• Couverture génomique complète et ciblée
• Performance et capacité supérieures des microarrays
• Confiance accrue dans les données d'événements de liaison
• Formats de microarray définis par l'utilisateur, flexibles et polyvalents
• Une plus grande confiance dans les données des événements de liaison
• Délai d'exécution rapide
• Logiciel d'analyse de données facile à utiliser
• Accès aux informations de séquence et d'annotation des sondes

Applications de notre service ChIP-on-chip

• Découvrir et valider la régulation des gènes et les réseaux régulateurs par une détermination complète de l'occupation des promoteurs.
• Identifier et caractériser les événements moléculaires associés aux processus de transcription, de réplication et de réparation de l'ADN, ainsi qu'aux modifications de la chromatine et à la méthylation de l'ADN.
• Élucider les modes d'action et les activités thérapeutiques potentielles des composés et des gènes cibles en cartographiant les réseaux de régulation génique pertinents pour les maladies et les états pathophysiologiques.
• Valider et compléter les données d'expression génique existantes avec des événements de liaison authentiques.
• Identifier, évaluer et surveiller la réponse des biomarqueurs aux événements de liaison protéine-ADN pour servir d'analyses biologiques ou de signatures de toxiques pour la toxicogénomique.
• Découvrir et profiler les événements hors cible ainsi que valider les effets primaires et secondaires dans le dépistage de composés candidats, d'ARNsi, de thérapeutiques, etc.

Notre flux de travail de service ChIP-on-chip

Spécifications du service

	Exigences d'échantillon Accepte plusieurs espèces, y compris les humains, les souris, etc.. Remarque : Les montants d'échantillons sont indiqués à titre de référence uniquement. Pour des informations détaillées, veuillez contactez-nous avec vos demandes personnalisées.
Cliquez	Stratégie de séquençage Puce personnalisée multi-plateforme Vous pouvez vous référer aux Recommandations et au Service Client ou nous contacter directement.
	Analyse bioinformatique Nous proposons plusieurs analyses bioinformatiques personnalisées : Contrôle de la qualité des données Extraction de caractéristiques Analyse quantitative Analyse différentielle Découverte de motifs Analyse d'intégration …et plus encore Remarque : Les sorties de données recommandées et les contenus d'analyse affichés sont à titre de référence uniquement. Pour des informations détaillées, veuillez contactez-nous avec vos demandes personnalisées.

Recommandations et Service Personnalisé

Tableau 1 Arrays ChIP-on-chip Agilent

Tableau 2 Arrays ChIP-on-chip Affymetrix

Pipeline d'analyse

Livrables

• Données brutes
• Résultats expérimentaux
• Rapport d'analyse de données

CD Genomics peut également vous aider à créer votre propre microarray personnalisé. Nous sommes prêts à vous aider avec vos besoins en matière de microarray personnalisé, que ce soit un design standard ou quelque chose de plus créatif.

Pour plus de détails, n'hésitez pas à nous contacter à tout moment avec vos questions en remplissant un formulaire sans engagement. demande de devis.

Des résultats partiels sont affichés ci-dessous :

1. Quelle est la sensibilité de ChIP-on-chip pour détecter les interactions protéine-ADN ?

ChIP-on-chip démontre une grande sensibilité et est compétent pour détecter les interactions protéine-ADN, même lorsque celles-ci se produisent à faible abondance. Cette capacité en fait une technique polyvalente pour l'étude des événements de liaison courants et rares.

2. Comment les données ChIP-on-chip peuvent-elles être analysées ?

L'analyse des données ChIP-on-chip implique plusieurs étapes nuancées. Dans un premier temps, les données brutes de microarray doivent être soigneusement traitées pour identifier les fragments d'ADN enrichis. Par la suite, des outils de bioinformatique sont utilisés pour cartographier ces fragments sur le génome, en les annotant avec les gènes et éléments régulateurs voisins. Les méthodes statistiques, en particulier les algorithmes de détection de pics, sont essentielles pour déterminer les sites de liaison significatifs. Enfin, l'intégration des données ChIP-on-chip avec d'autres ensembles de données omiques permet des analyses approfondies des réseaux régulateurs et des annotations fonctionnelles.

3. Quelles sont les limitations de ChIP-on-chip ?

Bien que la technique ChIP-on-chip présente des avantages distincts, elle n'est pas sans limitations. Cette méthode nécessite une connaissance préalable des sites de liaison potentiels et dépend de la qualité et de la disponibilité des plateformes de microarrays. L'exactitude des données peut être affectée par des problèmes tels que l'hybridation croisée et le bruit de fond dû à des liaisons non spécifiques. De plus, le ChIP-on-chip peut ne pas réussir à capturer efficacement les interactions protéine-ADN transitoires ou faibles, limitant ainsi son applicabilité dans l'étude de certains processus biologiques dynamiques.

L'interaction de miR-137 et EZH2 contribue à la redistribution à l'échelle du génome de H3K27me3 sous-jacente au déficit de mémoire induit par le Pb.

Journal : Cell Death & Disease
Facteur d'impact : 5,959
Publié : 11 septembre 2019

Contexte

Cette étude relie l'exposition au plomb (Pb) durant le développement à une mémoire spatiale altérée par des changements épigénétiques impliquant H3K27me3 et EZH2. Le Pb réduit les niveaux de H3K27me3 en supprimant l'expression d'EZH2 dès le début, affectant la mémoire chez les rats. La surexpression d'EZH2 restaure H3K27me3 et améliore la mémoire. MiR-137 et EZH2 régulent les niveaux de H3K27me3 en réponse au Pb. Des études ChIP-chip montrent que le Pb modifie la distribution de H3K27me3, impactant des voies comme la régulation transcriptionnelle et la signalisation Wnt, cruciales dans les maladies neurodégénératives influencées par des facteurs environnementaux.

Matériaux et Méthodes

Résultats

Le Pb induit des modifications à l'échelle du génome dans l'occupation de H3K27me3 : l'analyse ChIP-chip a révélé que le traitement au Pb modifie la liaison de H3K27me3 à travers le génome, avec 327 gènes gagnant et 261 gènes perdant des marques H3K27me3. Ces changements affectent des voies cruciales pour la fonction et le développement neuronal, soulignant l'impact large du Pb sur la régulation épigénétique dans les neurones.

Fig. 1 : La redistribution à l'échelle du génome de H3K27me3 est provoquée dans les neurones hippocampiques par l'exposition au Pb.

Le Pb module l'état bivalent du locus Wnt9b : l'exposition au Pb réduit l'enrichissement en H3K27me3 au promoteur de Wnt9b, entraînant une augmentation de l'expression de Wnt9b. Ce locus montre également une régulation bivalente avec H3K4me3, impliquant le Pb dans la perturbation des modifications des histones associées à l'activation et à la répression des gènes, contribuant potentiellement aux anomalies neurodéveloppementales induites par l'exposition au Pb.

Fig. 2 : H3K27me3 cible Wnt9b de manière bivalente.

Conclusion

Cette étude élucide comment le plomb (Pb) perturbe la fonction synaptique, le métabolisme du glutamate et les voies neuronales, contribuant à des déficits de mémoire. Cibler H3K27me3 représente une voie prometteuse pour atténuer les déficits de mémoire induits par le Pb, offrant des implications thérapeutiques potentielles pour les maladies neurodégénératives.

Fig. 3 : Modèle proposé des rôles de H3K27me3 dans les déficits de mémoire spatiale causés par l'exposition au Pb.

Référence

1. Gu X, Xu Y, Xue WZ, et al. L'interaction de miR-137 et EZH2 contribue à la redistribution à l'échelle du génome de H3K27me3 sous-jacente au déficit de mémoire induit par le Pb. Mort Cellulaire & Maladie2019 Sep 11;10(9):671.