Caractérisation de la séquence complète du génome chloroplastique des espèces de Dalbergia et ses implications phylogénétiques.

31 décembre 2019

Yun Song, Yongjiang Zhang, Jin Xu, Weimin Li et MingFu Li

Rapports scientifiques volume 9Numéro d'article : 20401 (2019)

Résumé

Le genre de plante pantropicale Dalbergia comprend environ 250 espèces, dont la plupart ont une grande valeur économique et écologique. Cependant, ces espèces figurent parmi les plus menacées en raison de l'exploitation forestière illégale et du commerce du bois. Pour appliquer la législation de protection et garantir une conservation efficace de Dalbergia les espèces, l'identité du bois échangé doit être validée avec précision. Pour l'identification rapide et précise de Dalbergia l'évaluation des espèces et des relations phylogénétiques, il serait très souhaitable de développer des codes-barres ADN plus efficaces pour ces espèces. Dans cette étude, nous avons séquencé et comparé les génomes chloroplastiques de neuf espèces de Dalbergia. Nous avons constaté que ces génomes chloroplastiques étaient conservés en ce qui concerne la taille, la structure et le contenu génétique, et montraient une faible divergence de séquence. Nous avons identifié huit hotspots de mutation, à savoir six régions d'espacement intergénique (trnL-trnT, atpA-trnG, rps16-accD, petG-psaJ, ndhF-trnL et ndhG-ndhI) et deux régions codantes (ycf1a et ycf1b), comme candidats pour des codes-barres ADN. DalbergiaLes analyses phylogénétiques basées sur les données du génome chloroplastique entier ont fourni la meilleure résolution de Dalbergiaet l'analyse phylogénétique des Fabaceae a montré que Dalbergia était sœur de l'Arachis. Sur la base de la comparaison des génomes des chloroplastes, nous avons identifié un ensemble de marqueurs hautement variables qui peuvent être développés en tant que codes-barres ADN spécifiques.

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