Séquençage de nouvelle génération pour l'analyse des phages : une approche moderne

Les bactériophages—les entités biologiques les plus abondantes sur Terre—exercent une influence fondamentale sur l'écologie microbienne, l'évolution bactérienne et la santé humaine, y compris les applications thérapeutiques. Leur extraordinaire diversité génétique et leurs cycles de vie complexes posent cependant des défis significatifs aux méthodologies de recherche conventionnelles. Séquençage de nouvelle génération Les technologies de séquençage de nouvelle génération (NGS) entraînent désormais des avancées révolutionnaires dans recherche sur les phages, permettant une analyse complète de cette "matière noire" génétiquement sous-explorée.

I. Limitations des approches de recherche sur les phages avant le séquençage de nouvelle génération (NGS)

Avant le séquençage de nouvelle génération (NGS), les études sur les phages faisaient face à d'importantes contraintes méthodologiques en raison de la dépendance à des techniques conventionnelles :

• Découverte dépendante de la culture : L'isolement de nouveaux phages nécessitait la formation de plaques visibles sur des hôtes bactériens spécifiques, rendant les populations virales non cultivables inaccessibles, qualifiées de "matière noire".
• Capacité de séquençage inadéquate : Le faible débit du séquençage Sanger ne permettait l'analyse que d'un nombre limité de clones de phages par course. Cette approche s'est révélée excessivement gourmande en ressources et incapable de capturer la diversité au niveau de la population.
• Bottlenecks de l'analyse métagénomique : Les méthodes moléculaires traditionnelles (par exemple, DGGE, RFLP) manquaient de résolution suffisante pour caractériser des communautés de phages complexes dans des échantillons environnementaux (microbiote intestinal, sol, écosystèmes marins), échouant à reconstruire des profils génomiques complets.
• Évaluation de la diversité superficielle : La classification basée sur la morphologie des plaques et la gamme d'hôtes a fourni peu d'informations sur les relations évolutives profondes ou les schémas de distribution mondiale parmi les lignées de phages.

Ⅱ. Autonomisation des NGS : Révolutionner la recherche sur les phages grâce aux technologies à haut débit

Le séquençage de nouvelle génération (NGS) est devenu une biotechnologie transformative, accélérant la recherche sur les phages grâce à un débit, une sensibilité et une rentabilité sans précédent. En permettant une analyse génomique complète, le NGS soutient des applications critiques allant de la virologie environnementale au développement thérapeutique.

1. Célibataire-Séquençage génomique de phages

• Flux de travail technique :
  • Purifiez les particules virales par centrifugation/filtration.
  • Extraire l'acide nucléique viral (principalement de l'ADN)
  • Construire des bibliothèques compatibles avec le NGS
  • Réaliser un séquençage à haut débit
  • Réaliser un assemblage de novo ou une annotation basée sur une référence
• Sélection de la plateforme de séquençage :
  • Lecture courte (Illumina) : Coût-efficace avec une haute précision (Q30 > 99,9 %), idéal pour l'assemblage rapide de phages connus (par exemple, la résolution des mutations de résistance au SARS-CoV-2)
  • Lecture longue (PacBio/Nanopore) : Résout les défis des séquences répétitives (par exemple, les clusters de gènes de queue), permet des génomes circulaires complets (par exemple, le génome ΦX174 de 5,3 kb via un seul passage Nanopore)
• Optimisation de l'assemblage :
  • Assemblage hybride : Fusionne la précision des lectures courtes avec la continuité des lectures longues (pipeline SPAdes-Unicycler)
  • Capture des télomères : L'ajout d'aptamères médié par la terminale transférase prévient la perte des extrémités linéaires du génome (par exemple, le phage T7)
• Valeur scientifique :
  • Acquisition rapide de génome (jours contre mois avec le séquençage Sanger)
  • Annotation structurale complète incluant les séquences codantes et les éléments régulateurs.
  • Identification des gènes fonctionnels régissant la reconnaissance de l'hôte, la lyse et la lysogénie.
  • Classification phylogénétique précise et analyse évolutive
  • Fondation pour une thérapie phagique personnalisée grâce au profilage de la virulence et de l'hôte.
• Avancées fonctionnelles dans l'exploitation minière :
  • Génomique comparative : le modèle PhageGCN2 permet la prédiction d'hôtes inter-espèces (>85 % de précision via des réseaux de partage de gènes)
  • Biologie synthétique :
    • Rationalisation du génome : Suppression de régions non essentielles (par exemple, réduction de 30 % dans le phage T3 d'E. coli tout en conservant l'infectiosité)
    • Évolution dirigée : sélection guidée par NGS de mutants adaptés à la température/spectre (par exemple, PP7 ingénieré contre P. aeruginosa)

Plateforme de séquençage profond de bibliothèque de phages (Soluri MF et al., 2018)

2. Environnemental Métagénomique des phages (Viromique)

• Flux de travail technique :
  • Collecter des échantillons environnementaux (fèces, eau, sol)
  • Enrichir les particules virales par des méthodes physico-chimiques.
  • Éliminer les débris cellulaires/DNase par filtration/traitement enzymatique
  • Extraire et amplifier des acides nucléiques viraux
  • Construire des bibliothèques métagénomiques pour le séquençage de nouvelle génération (NGS)
  • Assembler et annoter les données communautaires
• Traitement des échantillons :
  • Floculation par fer (FeCl₃) : >80 % de récupération virale de l'eau, éliminant la dépendance à l'ultracentrifugation.
  • Élimination des contaminants : traitement par DNase double + PMA inhibe l'ADN des cellules libres/mortes.
  • Contrôle de la contamination hôte : Taxator-tk quantifie l'ARNr 16S résiduel (<5 % seuil)
• Innovations en bioinformatique :
  • MetaViralSPAdes : Identification de contigs spécifiques aux virus
  • Le binning VAMB : La composition des séquences + l'analyse de la couverture doublent la complétude des contigs macroviraux.
• Contributions principales :
  • Profilage indépendant de la culture : Accès aux systèmes phages-hôtes non cultivables
  • Dynamique des communautés : quantifie les changements structurels à travers les environnements (par exemple, intestin malade vs. eaux usées)
  • Expansion taxonomique : Découverte de nouvelles lignées virales (nouveaux ordres/familles)
    • Cartographie des interactions hôtes :
      • L'analyse des espaces CRISPR prédit des liens entre phages et hôtes (par exemple, les phages marins SAR11)
      • Prédiction d'hôte par apprentissage automatique (WISH : actinobactériophages du sol ; VHULK : phages intestinaux-Bacteroidetes)
    • Preuves de coévolution :
      • Suivi en temps réel de la "course aux armements" via la dynamique des arrays CRISPR-hôte des phages (par exemple, le phage Synechococcus S-RSM4)
      • Transfert horizontal de gènes de résistance aux antibiotiques/facteurs de virulence (par exemple, exoT dans le phage Gifsy-2 de P. aeruginosa)

3. Hôte Transcriptomique pour la dynamique phage-hôte

• Flux de travail technique :
  • Récolter les cellules hôtes infectées à des moments d'infection définis.
  • Extraire l'ARN total
  • Préparer des bibliothèques spécifiques à un brin
  • Réaliser un séquençage d'ARN (RNA-seq)
  • Analyser l'expression génique différentielle
• Affinement Méthodologique :
  • Résolution temporelle : un échantillonnage de 2 à 5 minutes capture les transitions lytiques (par exemple, le changement de promoteur du phage T4)
  • Bibliothèques spécifiques à un brin : Résout la régulation antisens (par exemple, le phage Streptomyces ΦC31)
• Principales informations :
  • Chorégraphie de l'infection : Dynamiques transcriptionnelles pendant la lyse (prise de contrôle de la machinerie de l'hôte) et la lysogénie (programmation d'intégration/dormance)
  • Nœuds régulateurs : Régulateurs de phages maîtres contrôlant l'initiation de la lyse et la suppression de la défense de l'hôte
  • Mécanismes de défense de l'hôte : activation immunitaire innée (systèmes RM/DIS) et adaptative (CRISPR-Cas)
    • Régulation positive de Cas9 multipliée par 8 après infection (S. pyogenes)
    • Clivage de l'ARNm médié par Argonaute prokaryote (T. thermophilus Pago)
  • Approches intégratives :
    • Séquençage d'ARN double : Quantification simultanée des transcrits hôte-phage (par exemple, le phage Salmonella SPN3US inhibe la réparation SOS tout en activant l'ADN polymérase virale)

4. Génomique des cellules uniques et des virus uniques

• Plateformes de pointe :
  • Analyse unicellulaire :
    • Microfluidique par goutte : 99,7 % de résolution des destins d'infection (par exemple, décisions de lyse/lysogénie du phage SPβ de B. subtilis)
    • Transcriptomique spatiale Visium : Cartographie des points chauds d'expression des phages (par exemple, les phages M. tuberculosis dans les granulomes)
  • Séquençage de virions uniques :
    • Séquençage d'ARN direct par nanopore : une sensibilité de 0,1 fg détecte l'hétérogénéité de l'emballage de l'ARNm (par exemple, le phage MS2)
    • Suivi des infections en temps réel : Surveille les cycles d'adsorption à libération
  • Impact scientifique :
    • Détermination du destin de l'infection : probabilité de lysogénie liée aux rapports d'expression CI/CRO dans le phage λ
    • Évolution de la résistance : Le profilage des mutations à l'échelle unicellulaire prédit les voies de résistance (par exemple, le phage Acinetobacter AbTNL)
  • Méthodologies convergentes :

Orientations futures et conclusion

• Frontières Émergentes :
  • Intégration de l'IA : AlphaFold3 prédit les interfaces fibre de queue-récepteur pour l'ingénierie de la gamme hôte
  • Surveillance in situ : Dispositifs à nanopores implantés dans le fermenteur pour la détection en temps réel des phages
  • Initiatives mondiales : Projet Earth Virome compilant plus de 10⁷ échantillons pour la modélisation de l'écosystème des phages.
• Conclusion : Le NGS est passé d'un outil de séquençage à un paradigme de recherche holographique :
  • Largeur : >100 000 nouveaux génomes de phages/an (ICTV 2023)
  • Profondeur : Résolution à l'échelle de la molécule unique de l'hétérogénéité de l'infection
  • Essais cliniques de phase II de phages modifiés (par exemple, les phages améliorés par CRISPR-Cas3 de Locus Biosciences)

Avec l'amélioration de la précision des lectures longues (Q50+) et du débit à cellule unique, le séquençage de nouvelle génération (NGS) décodera davantage la biologie des phages et transformera l'ingénierie biomédicale/écologique.

Ⅲ. Défis et solutions stratégiques pour la mise en œuvre du NGS dans la recherche sur les phages

Malgré son potentiel transformateur, le séquençage de nouvelle génération (NGS) fait face à des obstacles uniques dans les études sur les phages nécessitant des solutions ciblées :

1. Complexités de préparation d'échantillons

• Défi : Enrichissement viral efficace tout en prévenant la contamination par l'ADN bactérien lors de la lyse cellulaire.
  • Stratégie : Filtration optimisée (membranes de 0,22 μm), centrifugation sur gradient de densité, ultrafiltration centrifuge et dégradation enzymatique (DNase/RNase) des acides nucléiques libres.
• Défi : Concentrations ultra-basses d'acides nucléiques viraux dans des échantillons environnementaux
  • Stratégie : Kits d'extraction à haute efficacité associés à des technologies de construction de bibliothèques à faible apport.

2. Obstacles en bioinformatique

• Défi : Difficultés d'assemblage dues à des séquences répétitives, des régions riches en GC et à la recombinaison intergénique.
  • Solution : Pipelines d'assemblage hybrides (par exemple, MetaSPAdes) augmentés par le séquençage à longues lectures (PacBio/Nanopore)
• Défi : Limitations du binning viral en raison de l'absence de gènes marqueurs universels
  • Solution : Binning multi-paramètres utilisant des profils K-mer, des variations de couverture et des informations sur l'hôte, amélioré par des classificateurs ML (VirFinder, DeepVirFinder, VIBRANT)
• Défi : Prédiction inexacte du lien entre les phages et les hôtes
  • Solution : Approches intégrées : alignement des espaces CRISPR, correspondance des tRNA, analyse de la composition des séquences et corrélation métatranscriptomique appariée.

3. Lacunes d'annotation fonctionnelle

• Défi : ~80 % des gènes de phages manquent de caractérisation fonctionnelle.
  • Stratégie : enquête multimodale :
    • Dépistage fonctionnel à haut débit (par exemple, Tn-seq basé sur l'hôte)
    • Prédiction de structure basée sur l'IA (AlphaFold)
    • Modélisation par homologie
    • Validation expérimentale

Iv. Exemples d'application et perspectives d'avenir

Révolutionner l'évaluation des bibliothèques de phages via le séquençage de nouvelle génération (NGS)

1. Exposer les lacunes critiques des bibliothèques

• Rapport de titrage inexact : Les titrages de phages quantifiés n'étaient que 1/43 des revendications du fabricant (indiquant un problème systémique), augmentant considérablement le risque de perdre des peptides rares lors du criblage.
• Contamination de clones de type sauvage : Une digestion incomplète du vecteur a entraîné 9,65 % de clones de type sauvage non fonctionnels, provoquant un enrichissement non ciblé qui compromet la fidélité du dépistage.
• Défauts de séquence prévalents : L'analyse a révélé que 8 % des séquences contenaient des codons stop ambrés prématurés (suggérant une suppression inadéquate de l'hôte), ainsi que 0,075 % de mutations par décalage de cadre attribuables à des erreurs de synthèse d'oligonucléotides.

2. Révéler les biais de séquence systématique

• Flaws de composition en acides aminés :
  • Une fréquence anormalement élevée de cystéine (C) a été observée ; les cystéines non appariées sont connues pour perturber l'assemblage des particules de phages.
  • L'épuisement systémique de l'arginine (R), un résidu chargé positivement essentiel pour le transport, entrave la translocation membranaire dépendante de SecY.
• Contraintes spécifiques à la position : Un biais significatif existait à des positions de résidus spécifiques, notamment :
  • Évitement de la proline N-terminale (Pro), qui inhibe la clivage de la signal peptidase.
  • Les résidus N-terminaux ont globalement montré les biais les plus forts, impactant directement l'efficacité de la sécrétion des peptides.

3. Découverte de l'hétérogénéité latente des bibliothèques

• Distribution non aléatoire des peptides : L'abondance des peptides suivait un schéma très biaisé et à longue traîne, dominé par un ensemble limité de séquences prédominantes plutôt que par une distribution aléatoire théorique.
• Enrichissement compétitif récessif : Les clones se propageant rapidement (Pr-TUP) possèdent intrinsèquement un avantage de croissance lors de l'amplification de bibliothèques non filtrées, faussant la représentation indépendamment de la liaison à la cible.

4. Surmonter les limitations traditionnelles du contrôle qualité

• Le contrôle qualité (CQ) des fabricants conventionnels, reposant sur le séquençage Sanger d'environ 100 clones, échoue à détecter :
  • Séquences défectueuses apparaissant à faible fréquence (par exemple, mutations par décalage de cadre).
  • Les structures de sous-populations complexes identifiées par l'analyse en composantes principales (ACP), qui ont révélé quatre clusters distincts (Sloth AB et al., 2022).

Graphique à barres empilées avec des segments codés par couleur regroupant les séquences selon leur abondance (voir la légende des couleurs) (Sloth AB et al., 2022)

L'impact transformateur du NGS sur la découverte d'anticorps phagiques

1. Surmonter les principales limitations technologiques

• Contraintes des lectures courtes : Les plateformes NGS conventionnelles (par exemple, Illumina) sont limitées à l'analyse de domaines d'anticorps individuels (comme les VHH) en raison des limitations de longueur de lecture.
• Solution de lecture longue : Le séquençage PacBio SMRT, générant des lectures continues dépassant 1000 pb, permet l'acquisition directe de séquences scFv complètes, y compris des informations critiques sur l'appariement des chaînes légères/lourdes.

2. Avantages principaux de SMRT-NGS

• SMRT-NGS offre des améliorations significatives par rapport aux méthodes traditionnelles :
  • Capture de séquence complète : Contrairement aux approches nécessitant un assemblage PCR segmenté, SMRT offre une couverture en lecture unique de l'ensemble des scFv (~750 bp).
  • Chronologie considérablement accélérée : Les processus nécessitant des mois pour le dépistage et la validation sont réalisés en quelques jours.
  • Accéder à une diversité cachée : cette approche réussit à isoler des anticorps fonctionnels "cachés" souvent manqués par les protocoles de dépistage routiniers.

3. Validation expérimentale

• La validation utilisant des antigènes de surface cellulaire (CD160/CD123) a démontré :
  • Taux de succès fonctionnel élevé : 75-81 % des clones à haute fréquence ont montré une capacité de liaison aux cibles sans dépistage supplémentaire.
  • Propriétés natives conservées : L'acquisition directe de séquences de chaînes légères/lourdes naturellement appariées préserve des caractéristiques critiques de maturation d'affinité in vivo.

4. Aborder les limitations actuelles

• Contrainte de débit : Les séquences SMRT uniques produisent environ 80 000 lectures, ce qui est considérablement inférieur aux millions d'Illumina.
• Stratégie d'atténuation : Atteindre une couverture plus profonde nécessite une profondeur de séquençage considérablement augmentée (10x), bien que cela entraîne des coûts proportionnellement plus élevés (10x).

5. Positionnement stratégique

• Avantage par rapport aux méthodes à cellule unique : SMRT-NGS offre un coût environ 50 % inférieur, élimine la manipulation complexe des cellules vivantes et permet le dépistage d'une diversité de bibliothèques beaucoup plus grande.
• Proposition de valeur unique : C'est la seule solution combinant l'immense capacité des bibliothèques d'affichage de phages avec la rétention cruciale des informations de couplage naturel des chaînes légères/lourdes (Nannini F et al., 2021).

Identification de liants alternatifs dans le jeu de données NGS (Nannini F et al., 2021)

Révolutionner le dépistage de peptides liant l'arsenic par affichage de phages via le séquençage de nouvelle génération (NGS)

1. Surmonter les limitations des dépistages traditionnels

• Découverte de motifs cachés : Le séquençage NGS d'Illumina a permis une couverture séquentielle approfondie, révélant des motifs de liaison critiques (QxQ, SxHS) auparavant indétectables par le séquençage Sanger (<0,1 % de taux de détection).
• Élimination des interférences : NGS a identifié des contaminants significatifs : 43 % de phages de type sauvage (causés par des défauts de restriction du vecteur) et des peptides parasitaires hautement prolifératifs (par exemple, FHMPLTDPGQVQ, présentant un avantage d'amplification de 89 fois), qui faussent les résultats de dépistage.

2. Aperçus Mécanistes Fondamentaux sur la Liaison de l'Arsenic

• Motif QxQ (Terminaison Carboxyle) : Les résidus de L-Glutamine au sein de ce motif forment des liaisons hydrogène avec des anions arsenite (AsO₃³⁻).
• Motif SxHS : Le résidu d'histidine central coordonne directement l'atome d'arsenic.
• Changement de paradigme : Ces résultats remettent fondamentalement en question la vision historique selon laquelle les résidus de cystéine sont exclusivement responsables de la liaison à l'arsenic.

3. Cadre analytique innovant

• Algorithme de Score Principal : Cet outil computationnel filtre les séquences présentant une dominance proliférative, garantissant la rétention de véritables peptides liant l'arsenic.
• Récupération de liants rares : La méthode identifie avec succès des peptides fonctionnels à faible abondance (par exemple, QLQLDMDLSLHS à 0,01 % d'abondance) qui sont manqués par les approches conventionnelles.
• Visualisation Open-Source : La prévalence et la structure des motifs sont analysées et visualisées à l'aide d'outils établis (pLogo, MEME).

4. Valeur Pratique Démontrée

• Découverte accélérée : Le séquençage de nouvelle génération (NGS) permet l'identification directe de séquences peptidiques fonctionnelles, réduisant considérablement la dépendance à la validation en laboratoire humide et raccourcissant les cycles de développement.
• Potentiel de Remédiation Environnementale : Les peptides à haute affinité identifiés servent de modèles de conception pour de nouveaux biosorbants visant à nettoyer la pollution par l'arsenic (Braun R et al., 2020).

Fixation de l'arsenic sur des colonnes à trois roues pour le biobalancement et le calcul des fractions principales dans QxQ (Braun R et al., 2020).

Avancement des thérapeutiques antivirales par peptides contre le SARS-CoV-2 basé sur le NGS

1. Découverte à haut débit accélérée

• Décodage à l'échelle des milliards : les processus NGS traitent des données à l'échelle de la bibliothèque en 5 jours - une tâche nécessitant des mois par le biais du dépistage conventionnel - permettant l'identification rapide de 5 motifs structurels fondamentaux représentant 96 % des séquences fonctionnelles.
• Priorisation intelligente des séquences : Le filtrage automatisé par clustering élimine les liants non spécifiques et produit directement des candidats à haute affinité comme CVRBDL-3 (K_D = 1,3 μM).

2. Élucidation des mécanismes d'action précis

• Fonctions antivirales doubles :
  • Prévention : Bloque l'attachement initial de la protéine Spike aux récepteurs hACE2.
  • Perturbation : Dissocie les complexes Spike-hACE2 préformés.
• Résilience aux variants : Maintient une inhibition puissante contre les souches évolutives (par exemple, B.1.1.7) en ciblant des régions conservées de la Spike identifiées par analyse NGS.

3. Activation de l'ingénierie des peptides rationnels

• Optimisation de la conception bivalente : Aperçus structurels issus de la création guidée par CVRBDL-3 d'un analogue bivalent donnant :
  • Affinité de liaison 3 fois plus élevée (IC₅₀ = 47 nM)
  • Dissociation complexe 10 fois plus lente (effet inhibiteur prolongé)
• Ingénierie axée sur l'évasion : le séquençage NGS a confirmé des sites de liaison éloignés des points chauds de mutation des VOC courants, minimisant ainsi le risque d'évasion immunitaire.

4. Avantages thérapeutiques translationnels

• Profil de sécurité amélioré : Utilise des échafaudages peptidiques d'origine non humaine, réduisant les risques d'effets secondaires par rapport aux médicaments mimétiques de l'ACE2.
• Développabilité : La compatibilité avec la modification de l'arrière-plan D-énantiomère améliore considérablement la stabilité protéolytique in vivo (Sevenich M et al., 2022).

CVRBDL-3 et CVRBDL-3_3 déplacent hACE2 du complexe préformé avec SARS-CoV-2 S1S2 (Sevenich M et al., 2022)

Conclusion

NGS a révolutionné la recherche sur les phages en offrant des capacités analytiques sans précédent, s'établissant comme la pierre angulaire de la virologie moderne. Cette technologie permet une exploration complète à travers des échelles - de la caractérisation précise des virions individuels au profilage global du métavirome - et fait le lien entre la découverte biologique fondamentale et les applications transformantes en thérapie clinique et en gestion écologique. Grâce à des avancées continues dans quatre domaines clés :

• Méthodologies de préparation d'échantillons
• Plateformes de séquençage à lecture longue
• Algorithmes de bioinformatique
• Intégration de l'intelligence artificielle

NGS déchiffre progressivement la complexité de la biologie des phages et son rôle intégral dans les réseaux de vie de la Terre. En tant que moteur central de ce domaine, NGS continuera d'élargir les frontières scientifiques tout en alimentant les innovations en médecine, en sciences de l'environnement et dans la recherche fondamentale en sciences de la vie.

Pour plus d'informations sur ce qu'est le séquençage de phages, voir "Qu'est-ce que le séquençage de phages ? Un guide complet pour les chercheurs.

Pour en savoir plus sur le séquençage du phage M13, voir "Séquençage du génome du phage M13 : des bibliothèques d'affichage à l'analyse des données.

Les gens demandent aussi

Qu'est-ce que le phage display de séquençage de nouvelle génération ?

Le séquençage de nouvelle génération (NGS) combiné à l'affichage de surface de phages (PSD) sont des outils puissants dans la nouvelle boîte à outils de biologie moléculaire pour l'identification de biomolécules spécifiques se liant à des cibles.

Qu'est-ce qu'un affichage de phages ?

L'affichage de phages est une plateforme de laboratoire qui permet aux scientifiques d'étudier les interactions protéiques à grande échelle et de sélectionner des protéines ayant la plus forte affinité pour des cibles spécifiques.

Références :

1. Soluri MF, Puccio S, Caredda G, Grillo G, Licciulli VF, Consiglio A, Edomi P, Santoro C, Sblattero D, Peano C. "Interactome-Seq : Un protocole pour la construction, la validation et la sélection de bibliothèques de domainomes par affichage de phages et séquençage de nouvelle génération." J Vis Exp. 2018 oct. 3;(140):56981. doi : 10.3791/56981
2. Tiu CK, Zhu F, Wang LF, de Alwis R. "Séquençage par Immunoprécipitation de Phages (PhIP-Seq) : La Promesse de la Sérologie à Haut Débit." Pathogènes. 2022 11 mai ; 11(5) : 568. doi : 10.3390/pathogens11050568
3. Sloth AB, Bakhshinejad B, Jensen M, Stavnsbjerg C, Liisberg MB, Rossing M, Kjaer A. "Analyse du biais compositionnel dans une bibliothèque de peptides par phage display commercial par séquençage de nouvelle génération." Virus. 2022 29 oct;14(11):2402. doi: 10.3390/v14112402
4. Nannini F, Senicar L, Parekh F, Kong KJ, Kinna A, Bughda R, Sillibourne J, Hu X, Ma B, Bai Y, Ferrari M, Pule MA, Onuoha SC. "Combinaison de l'affichage de phages avec le séquençage de nouvelle génération SMRTbell pour la découverte rapide de fragments scFv fonctionnels." AcMabs2021 Jan-Déc;13(1):1864084. doi : 10.1080/19420862.2020.1864084
5. Braun R, Schönberger N, Vinke S, Lederer F, Kalinowski J, Pollmann K. "Application du séquençage de nouvelle génération (NGS) dans la sélection de peptides affichés sur phages pour soutenir l'identification de motifs de liaison à l'arsenic." Virus2020 Nov 27;12(12):1360. doi : 10.3390/v12121360
6. Sevenich M, Thul E, Lakomek NA, Klünemann T, Schubert M, Bertoglio F, van den Heuvel J, Petzsch P, Mohrlüder J, Willbold D. "Des composés dérivés de l'affichage de phages déplacent hACE2 de son complexe avec la protéine Spike du SARS-CoV-2." Biomédicaments2022 14 fév;10(2):441. doi : 10.3390/biomedicines10020441